TAP1基因和FcεRIβ基因多态性与哮喘及其表型的相关性研究

目的 :为研究TAP1基因和FcεRIβ基因多态性与哮喘及其表型的关系。 方法 :选择TAP1基因中微卫星DNA标志———TAP1及FcεRIβ基因中RFLP位点———RsaI,采用Amp FLP和RFLP方法在散发哮喘病人中进行分析 ,并检测其血清总IgE水平 ,过敏原皮试及气道高反应性 ,应用相关分析观察TAP1及RsaI等位基因与哮喘及其表型的关系。结果 :RsaI位点等位基因片段与哮喘及气道高反应性相关 ,未见TAP1与哮喘或其表型相关。结论 :FcεRIβ基因可能是哮喘发病的一个候选基因 ,TAP1基因可能与哮喘的发病无关。

3个安徽地方猪品种TAP1基因编码区遗传多态性分析

以3个安徽地方猪品种皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪共324头猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测猪TAP1基因编码区的遗传多态性。结果表明,在皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪TAP1基因的第10外显子41 bp碱基处发生G>A突变,检测到AA、GA、GG 3种基因型,其中AA基因型频率在这3个群体中分别为59.53%、41.27%和54.91%,为优势基因型;皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪的多态信息含量(PIC)分别为0.2991、0.3611和0.3242,在该位点均处于中度多态。卡方检验表明,皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪群体均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。

不同鸡种TAP1基因SNPs和INDEL比对分析

为探究抗原加工相关转运体1(TAP1)基因在不同鸡种中的遗传多样性及其进化机制,采用目标序列捕获测序技术对29个不同鸡种TAP1基因的序列进行比对分析。结果显示:在29个鸡种中共有270个单核苷酸多态性(SNPs),其中TAP1基因外显子中共有116个SNPs,主要发生在外显子9和外显子1上,分别占突变核苷酸总数的25%和24%;引起非同义突变的SNPs共有82个,突变最多的是A/G,氨基酸同源性高于核苷酸;所有29个鸡种中都存在SNPs,快大型青脚麻鸡和红色原鸡在外显子上具有最多的SNPs,发生碱基缺失的鸡种包括固始鸡、安卡鸡、斗鸡罗斯鸡杂交品种、绿壳蛋鸡、来航鸡,其中固始鸡缺失片段最长。TAP1基因在不同鸡种中存在高度变异性,说明这种多样性对于鸡抗病性具有重要作用,研究结果也为鸡的抗病育种提供了参考。

人类TAP1基因克隆及表达载体pcDNA3.1/V5-His TOPO TA-TAP1的构建(英文)

目的 克隆TAP1 (抗原处理相关转运 1 )基因cDNA序列 ,构建其真核表达载体pcDNA3.1 V5 HisTOPOTA TAP1。方法 从人类B LCL细胞中提取总RNA ,以RT PCR技术扩增TAP1基因片段 ,将该段基因克隆到表达载体pcDNA3.1 V5 HisTOPOTA上测序。结果 通过RT PCR扩增获得 1个 2 5 93bp的DNA片段 ,测序分析表明为TAP1基因。结论 通过RT PCR等技术成功克隆出人类TAP1基因并成功构建了表达载体pcDNA3.1 V5 HisTOPOTA TAP1。

TAP1*rs1057141基因多态性与新疆维吾尔族变应性鼻炎的相关性研究

目的初步探讨抗原提呈转运蛋白1(transporter associated with antigen processing 1,TAP1)基因rs1057141位点多态性与新疆维吾尔族变应性鼻炎(allergic rhinitis,AR)易感性的关系。方法采用病例-对照研究方法,随机选择新疆医科大学第一附属医院耳鼻喉科维吾尔族住院患者150例(病例组)和门诊健康体检者150例(对照组),采用SNaPshot SNP分型技术检测300个样本rs1057141基因位点多态性,并与NCBI基因库中世界其他种族人群进行比较。结果基因型G/G、G/A、A/A在病例组中的频率分别为4.00%、35.33%、60.67%,在对照组中的频率分别为8.67%、40.00%、51.33%,两组间基因型频率分布差异无统计学意义(P>0.05);等位基因G和A的频率在对照组为28.67%、71.33%,在病例组为21.67%、78.23%,两组间等位基因频率分布差异有统计学意义(P<0.05)。维吾尔族TAP1*rs1057141基因型及等位基因与世界其他种族人群相比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论 TAP1*rs1057141多态性与新疆维吾尔族变应性鼻炎易感性相关,可能是易感基因。新疆地区维吾尔族人群中TAP1*rs1057141位点基因型频率分布与世界其他种族人群比较均有差异。

苏太断奶仔猪TAP1基因启动子区甲基化修饰与F18大肠杆菌抗性的关系

本试验运用亚硫酸氢盐(BSP)+Miseq测序法分析苏太断奶仔猪F18大肠杆菌抗性型和敏感型个体十二指肠和空肠组织TAP1基因启动子区的甲基化水平,并运用real-time PCR(RT-PCR)方法检测TAP1的m RNA表达量,进而分析TAP1基因启动子区甲基化修饰对m RNA表达的影响,探讨TAP1基因启动子区甲基化修饰对F18大肠杆菌抗性的调控作用。结果表明:TAP1基因启动子区2个Cp G岛及其中间区域内存在28个Cp G位点,且都存在不同程度的甲基化;其中在Cp G-6位点,抗性型个体空肠组织中的甲基化水平显著低于敏感型个体的甲基化水平(P<0.05);在Cp G-7和Cp G-8位点,抗性型个体十二指肠组织中的甲基化水平显著高于敏感型个体的甲基化水平(P<0.05);Cp G-7和Cp G-8位点甲基化水平与TAP1基因m RNA表达量呈负相关。本实验结果显示,Cp G-6、Cp G-7和Cp G-8是调控基因转录水平的关键性位点,断奶仔猪可能通过对TAP1基因启动子区Cp G岛这些关键位点的去甲基化来提高十二指肠和空肠组织中m RNA的表达水平,进而发挥对E.coli F18抗性的调控作用。

晋汾白猪和新山西黑猪TAP1基因多态性和组织表达谱研究

抗原处理相关转运体1(Transporter associated with antigen processing 1,TAP1)属于ABC转运体超家族的成员,在免疫反应中起着重要的作用。通过采用PCR-RFLP的方法,对猪TAP1基因外显子3的单核苷酸多态性进行检测和分析,结果表明:在晋汾白猪中检测到三种基因型(AA,AG,GG),而在新山西黑猪中检测到两种基因型(AG,GG),晋汾白猪和新山西黑猪在TAP1基因的多态位点的基因型分布差异极显著(P<0.01)。采用RT-PCR半定量方法检测猪TAP1基因在晋汾白猪和新山西黑猪18个组织中的特异性表达,结果显示TAP1基因在晋汾白猪的心、肝、脾、肾、胃、卵巢、皮肤、肌肉、脂肪、大脑、小脑、支气管、盲肠中表达量较高,而在新山西黑猪的18个组织中表达量均较高。研究成功建立了TAP1基因变异信息及其组织表达情况,将为进一步分析猪TAP1基因的分子标记与免疫调控提供基础资料。

TAP1基因外显子3在9个不同猪群体中的遗传多态性分析

本研究利用PCR-RFLP法检测了TAP1基因在4个中国地方猪品种、1个培育猪品种、3个引进猪品种和亚洲野猪等9个群体中的遗传多态性。结果表明:TAP1基因外显子3发现1处SNP位点G729A,并且在所有群体中均检测到3种基因型(AA、AB和BB型),其中引进猪品种B等位基因频率较高,地方猪品种和亚洲野猪的A等位基因频率相对较高。G729A位点上不同基因型的分布在多数群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态,但在苏太猪群体中发生了极显著偏离(P<0.01)。群体内变异分析表明,地方猪品种和亚洲野猪的杂合度、有效等位基因数以及Shannon’s信息指数都普遍高于引进猪品种。UPGMA法聚类分析结果表明,9个群体共出现3个分支,3个外来猪品种聚为一类,苏太猪、梅山猪与二花脸猪聚为一类,淮猪、亚洲野猪与荣昌猪聚为一类。

TAP1基因在F18大肠杆菌抗性型和敏感型断奶仔猪间的差异表达分析

本研究旨在分析TAP1基因在断奶仔猪抗性型和敏感型个体间的表达差异,探讨TAP1基因在断奶仔猪抗F18大肠杆菌中发挥的潜在作用。挑选35日龄苏太猪F18大肠杆菌抗性型和敏感型仔猪各8头,运用实时荧光定量PCR技术对TAP1基因在11个组织中的表达水平进行测定。结果表明:TAP1基因在抗性型和敏感型个体中的组织表达谱呈现一致性,且在肠道组织(十二指肠、空肠)、免疫组织(脾、淋巴结、胸腺)和肺中表达量较高。在11个组织中,抗性型个体的TAP1基因表达量普遍高于敏感型个体,差异倍数从1.21到2.37不等,其中在脾、肺、淋巴结、胸腺和空肠、十二指肠中,抗性型个体的TAP1基因表达量显著高于敏感型个体(P<0.05)。因此,TAP1基因在免疫组织及肠道内的高表达可能对断奶仔猪抵御E.coli F18的感染具有重要作用。

大肠杆菌侵染猪肠上皮细胞IPEC-J2后TAP1基因表达量的变化分析

为了在细胞水平上探究抗原处理相关转运体1(TAP1)基因与仔猪大肠杆菌性腹泻间的关系以及在机体抗大肠杆菌侵染过程中是否发挥了作用,选用3种主要产肠毒素大肠杆菌(F18ab,F18ac和K88ac)刺激离体培养的猪肠上皮细胞(IPEC-J2),用实时荧光定量PCR检测3种大肠杆菌刺激后IPEC-J2细胞中TAP1基因表达量的变化。结果显示:IPEC-J2细胞经过3种大肠杆菌刺激后,TAP1基因在细胞中的表达量均显著高于对照组(P<0.05),差异倍数分别是对照组的1.7,1.8和1.5倍;3种不同的大肠杆菌刺激,TAP1基因在IPEC-J2细胞中的表达量不存在显著差异(P>0.05)。通过分析3种大肠杆菌侵染离体培养的猪肠上皮细胞后TAP1基因表达量的变化,在细胞水平上验证了TAP1基因的表达对仔猪抗细菌性腹泻具有一定的作用,为TAP1基因作为机体免疫调控的相关基因提供了一定的理论依据。

梅山猪TAP1基因多态性及组织表达谱分析

本研究利用PCR-RFLP、Real-time PCR技术以及生物信息学方法,对梅山猪TAP1基因多态性、组织表达水平以及蛋白质保守功能域进行分析,旨在检测81头梅山猪中TAP1基因的多态性,并揭示其组织特异性表达规律,进一步探讨该基因的功能位点 结果表明：TAP1基因存在1个G729A突变,第243号甘氨酸未发生改变,并在梅山猪中检测出3种基因型（AA、AB和BB型）;TAP1基因在肺、十二指肠、空肠等免疫组织和消化道中表达量较高,可能与肺部疾病和肠道疾病的抗性相关;同时保守域分析显示该蛋白N端发现具有4个跨膜区,中端有1个跨膜转运区域（ABC_membrane）,位于183～454号氨基酸,C端有1个各种细胞活动相关的ATP酶保守域（AAA）,位于526～715号氨基酸 本试验所检测的TA P1基因G729A发生在跨膜转运区域（ABC_membrane）内,可能对TAP1蛋白的跨膜转运功能造成一定的影响.

TAP1基因多态性与新疆地区维吾尔族变应性鼻炎相关性

目的初步探讨抗原提呈相关转运蛋白1(transporter associated with antigen processing 1,TAP1)*rs1135216及rs2071480位点基因多态性与新疆维吾尔族变应性鼻炎易感性的关系。方法应用SNaPshot SNP分型技术检测150例变应性鼻炎患者(病例组)、150名体检健康者(对照组)血清样本TAP1*rs1135216及rs2071480基因位点多态性,并与NCBI基因库中世界其他种族人群进行比较。结果新疆维吾尔族人群中TAP1两位点基因型频率及其等位基因频率在病例组与对照组间差异均无统计学意义(P>0.05);维吾尔族TAP1两位点基因型及等位基因与世界其他种族人群相比较,差异均有统计学意义(P<0.05);各位点基因型及等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。结论 TAP1*rs1135216及rs2071480多态性与新疆维吾尔族变应性鼻炎易感性无关,可能不是易感基因。

TAP1基因多态性与新疆地区汉族变应性鼻炎相关性研究

目的:初步探讨抗原处理相关转运蛋白1(TAP1)基因rs1057141、rs1135216位点多态性与新疆汉族变应性鼻炎(AR)易感性的关系。方法:随机选择新疆医科大学第一附属医院耳鼻咽喉科门诊就诊的无血缘关系的汉族AR患者150例(AR组)和门诊体检健康对照150例(对照组),采用SNaPshot SNP分型技术检测300个样本rs1057141、rs1135216基因位点多态性,并与NCBI基因库中世界其他种族人群进行比较。结果:TAP1*rs1057141基因型G/G、G/A、A/A在AR组中的频率分别为2.70%、33.30%、64.00%,在对照组中的频率分别为4.00%、30.00%、66.00%,2组间基因型频率分布差异无统计学意义(P>0.05)。TAP1*rs1135216基因型G/G、G/A、A/A在AR组中的频率分别为1.30%、27.30%、71.40%,在对照组中的频率分别为2.0%、28.7%、69.3%,2组间基因型频率分布差异无统计学意义(P>0.05)。新疆汉族TAP1*rs1057141、rs1135216基因型及等位基因与世界其他人群相比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论:TAP1*rs1057141、rs1135216多态性与新疆汉族AR易感性无关。新疆地区汉族人群中TAP1*rs1057141、rs1135216位点基因型频率分布与世界其他种族人群均有差异。