草莓miR390靶基因TAS3的克隆及表达分析

以栽培草莓品种‘全明星’为试材,通过3′-和5′-RACE技术克隆出miR390靶基因TAS3的cDNA全长,命名为FaTAS3。序列分析发现:草莓TAS3基因的cDNA全长为742bp,含有16个碱基的Poly A尾巴及2个高度保守的ta-siRNA产生位点和1个miR390靶位点;该基因DNA全长为824bp,5′端130bp处有一个98bp的内含子序列。生物信息学软件预测显示,草莓TAS3基因的启动子除具有TATA/CAAT-box外,还含有G-box、Cbox等特异作用元件。实时定量RT-PCR结果表明,草莓miR390与靶基因TAS3间的表达模式与拟南芥中的表达模式相同,推测草莓TAS3基因的生物合成也受miR390的指导。

菊花TAS3 tasi-RNA靶基因CmARF4的鉴定及表达分析

[目的]本文旨在鉴定菊花TAS3 tasi-RNA的靶基因生长素响应因子CmARF4,并探讨该基因的表达特性。[方法]以菊花品种‘神马’为材料,利用高保真PCR方法克隆CmARF4基因全长,采用5′RLM-RACE技术验证CmARF4基因是否含有TAS3剪切位点,通过qPCR分析CmARF4基因在不同组织器官中和生长素处理及盐处理条件下的表达水平。[结果]CmARF4为TAS3 tasi-RNA的靶基因,其剪切位点位于TAS35′端的第10与第11位碱基之间。CmARF4基因包含开放阅读框(ORF)2322 bp,编码773个氨基酸,预测其蛋白质相对分子质量为85.7×103,理论pI为6.44,且与刺菜蓟的同源性最高(78.63%)。在营养生长期,芽中CmARF4的表达量最高,茎中次之;在盛花期舌状花中CmARF4的表达量最高,其次是茎。亚细胞定位与转录激活活性分析结果显示:CmARF4蛋白定位在细胞核上,且无转录激活活性。CmARF4响应生长素处理,当萘乙酸(NAA)浓度为5μmol·L^-1时,CmARF4基因的相对表达量在12 h时明显升高;当NAA浓度为15μmol·L^-1时,CmARF4的相对表达量呈上升趋势。200 mmol·L^-1 NaCl处理下,CmARF4的相对表达量在盐胁迫1 h时升至最高,之后逐渐下降。[结论]CmARF4基因为TAS3 tasi-RNA的靶基因,CmARF4的转录水平受生长素及盐处理的诱导。

番茄LemiR390及其预测靶基因LeTAS3的鉴定与表达分析

以番茄(Lycopersicon esculentum)紫色花青素积累品系Aft基因型‘LA1996’为试验材料,以番茄总RNA反转录的c DNA文库为模板,根据mirbase数据库中MIR390基因和番茄unigene数据库预测到的靶基因序列,克隆番茄Lemi R390前体基因及其预测靶基因Le TAS3;采用定量PCR技术检测Lemi R390及其预测靶基因Le TAS3在番茄果实不同发育阶段的表达情况,利用RLM 5′RACE技术验证Lemi R390对靶基因m RNA的剪切作用。结果表明,克隆到两个Lemi R390的前体,分别与MIR390a和MIR390b一致,含有完整的茎环结构。Lemi R390与其靶基因Le TAS3在番茄果实不同发育时期表达量不同,果实发育前期特别是花后1~2周幼果期表达量高,发育后期均下降为微量表达,并且在幼果期Lemi R390与Le TAS3表达呈负调控关系。Lemi R390能够靶作用于Le TAS3的转录本调控其降解,其剪切位点为Lemi R390序列5′端的第10位碱基。