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牦牛TBC1D7基因克隆、生物信息学及表达分析
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作者 张娟香 欧杰次仁 +6 位作者 喇永富 马晓明 吴晓云 郭宪 褚敏 阎萍 梁春年 《中国草食动物科学》 CAS 北大核心 2024年第2期10-17,共8页
为探究西藏牦牛Tre2-Bub2-CDC16结构域家族成员7(TBC1D7)基因的特征及结构,利用RT-PCR克隆了TBC1D7基因的CDS区序列,并对其进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(qPCR)检测了TBC1D7基因在牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉... 为探究西藏牦牛Tre2-Bub2-CDC16结构域家族成员7(TBC1D7)基因的特征及结构,利用RT-PCR克隆了TBC1D7基因的CDS区序列,并对其进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(qPCR)检测了TBC1D7基因在牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉及脂肪组织的表达水平。结果表明,牦牛TBC1D7基因的CDS区全长为882 bp,共编码293个氨基酸;系统进化树分析结果表明,西藏牦牛与野牦牛的亲缘关系最近,与兔的最远;生物信息学分析结果表明,牦牛TBC1D7蛋白不存在信号肽和跨膜结构,属于亲水性蛋白,主要存在细胞核中,且该蛋白具有24个潜在的磷酸化位点,蛋白的高级结构由α-螺旋(65.53%)、延伸连(3.75%)、β-转角(3.75%)和无规则卷曲(29.96%)构成。qPCR检测结果显示,TBC1D7基因在西藏牦牛脾脏组织中的表达最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。 展开更多
关键词 西藏牦牛 tbc1d7基因 克隆 生物学分析 组织表达
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人类TBC1D7蛋白的表达纯化及其在mTOR通路中的作用机制研究 被引量:1
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作者 盖中朝 王兵 《华中师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期79-88,共10页
mTOR信号通路在真核细胞代谢调控中发挥着关键的调控作用,该通路核心元件mTORC1复合物的活性受其上游TSC复合物负调控,TSC复合物包括TSC1、TSC2、TBC1D7三种蛋白.以TBC1D7蛋白为研究对象,通过氨基酸序列比对显示多物种来源的TBC1D7蛋白... mTOR信号通路在真核细胞代谢调控中发挥着关键的调控作用,该通路核心元件mTORC1复合物的活性受其上游TSC复合物负调控,TSC复合物包括TSC1、TSC2、TBC1D7三种蛋白.以TBC1D7蛋白为研究对象,通过氨基酸序列比对显示多物种来源的TBC1D7蛋白具有较高的保守性,且蛋白三维结构分析证实其分子表面存在高度保守区域.随后,构建了人类TBC1D7蛋白原核表达载体并在大肠杆菌中表达得到全长TBC1D7蛋白,经过酶切去除标签和凝胶排阻层析得到了高纯度TBC1D7蛋白.另一方面,通过在HCM细胞中对TBC1D7进行敲降和过表达,证实了TBC1D7的表达会直接升高mTORC1的活性;反之,升高TBC1D7的表达则会抑制mTORC1的活性.本研究表达和纯化了人类TBC1D7蛋白,并探讨了在人类心肌细胞中TBC1D7的表达与其下游mTOR信号通路之间的联系,为人类TBC1D7蛋白和mTOR信号通路的进一步研究打下了良好基础. 展开更多
关键词 tbc1d7 蛋白表达 纯化 MTOR信号通路 磷酸化
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关岭牛TBC1D7基因单核苷酸多态性筛查及生物信息学分析 被引量:2
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作者 刘鹏程 张继 +5 位作者 邱淦远 龚俞 李雪松 李维 张依裕 刘若余 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第7期1402-1411,共10页
为探究关岭牛TBC1D 7(TBC1 domain family,member 7)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism sites,SNPs)对其生长性状的影响。以贵州关岭牛为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增后直接测序法对关岭牛TBC1D 7基因进行SNPs... 为探究关岭牛TBC1D 7(TBC1 domain family,member 7)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism sites,SNPs)对其生长性状的影响。以贵州关岭牛为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增后直接测序法对关岭牛TBC1D 7基因进行SNPs检测,并对其进行生物信息学分析。结果显示:关岭牛TBC1D 7基因蛋白质编码区(CDS)全长882 bp,编码氨基酸293个,形成了一种不稳定的可溶性蛋白。该蛋白中不存在跨膜区域且不存在信号肽,为非分泌蛋白。蛋白中存在6个潜在的N-糖基化位点,二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成;在关岭牛TBC1D 7基因CDS区共发现了4个同义突变位点,分别为c.402T>C、c.414A>G、c.609C>T和c.648T>C。4个突变位点均导致关岭牛TBC1D 7基因mRNA二级结构、自由能和基因频率发生变化。本实验筛查到关岭牛TBC1D 7基因4个SNPs位点,表明关岭牛TBC1D 7基因多态性丰富,为进一步研究TBC1D 7基因变异和关岭牛生长发育性状的相关性提供理论基础。 展开更多
关键词 关岭牛 TBC1D 7基因 单核苷酸多态性 生物信息学
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关岭牛TBC1D 7基因多态性及其与生长性状的关联分析 被引量:2
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作者 刘鹏程 张继 +5 位作者 邱淦远 龚俞 李雪松 李维 张依裕 刘若余 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第8期2853-2863,共11页
为探究TBC1蛋白家族第7成员(TBC1 domain family member 7,TBC1D7)基因单核苷酸多态性(SNP)对关岭牛生长性状的影响,试验选取116头贵州关岭牛,测定其8项生长性状指标,提取血液基因组DNA,并利用DNA混池扩增TBC1D 7基因全部外显子,通过直... 为探究TBC1蛋白家族第7成员(TBC1 domain family member 7,TBC1D7)基因单核苷酸多态性(SNP)对关岭牛生长性状的影响,试验选取116头贵州关岭牛,测定其8项生长性状指标,提取血液基因组DNA,并利用DNA混池扩增TBC1D 7基因全部外显子,通过直接测序法筛查SNP。利用不同独立样本DNA扩增SNP位点对应外显子并测序,以验证位点并进行基因分型。利用SPSS 19.0软件单因素方差分析TBC1D 7基因不同基因型和关岭牛生长性状之间的相关性。结果显示,在TBC1D 7基因第5、6和8外显子上共发现5个SNPs位点:g.12972 T>C、g.12984 A>G、g.20538 C>T、g.20577 T>C和g.24807 G>A,均存在3种基因型;χ2检验结果显示,5个SNPs位点均显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);群体遗传参数分析发现,5个SNPs位点杂合度较高,多态信息含量均表现为中度多态(0.25<PIC<0.5)。关联性分析结果发现,关岭牛TBC1D 7基因g.24807 G>A位点GA基因型个体体斜长、胸围和后臀围均显著高于AA基因型个体(P<0.05)。在本试验群体中,5个SNPs存在6种单倍型(H1~H6)和9种双倍型(H1H1、H2H2、H2H3、H2H6、H3H3、H3H4、H3H5、H3H6和H5H5),其中H3和H2为优势单倍型,H3H3、H2H2和H2H3为优势双倍型;双倍型关联分析结果显示,H3H6和H5H5个体体斜长和后臀围相比其他双倍型个体占有明显优势,可能是有利基因型。结果表明,TBC1D 7基因g.24807 G>A位点为影响关岭牛生长发育的重要多态位点,本研究为筛选有助于关岭牛生长发育的分子标记提供了理论参考。 展开更多
关键词 关岭牛 TBC1D 7基因 SNPS 生长性状 相关性
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KIF2C:a novel link between Wnt/β-catenin and mTORCI signaling in the pathogenesis of hepatocellular carcinoma 被引量:13
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作者 Shi Wei Miaomiao Dai +10 位作者 Chi Zhang Kai Teng Fengwei Wang Hongbo Li Weipeng Sun Zihao Feng Tiebang Kang Xinyuan Guan Ruihua Xu Muyan Cai Dan Xie 《Protein & Cell》 SCIE CSCD 2021年第10期788-809,共22页
Hepatocellular carcinoma(HCC)is the most common primary liver malignancy and is the fourth-leading cause of cancer-related deaths worldwide.HCC is refractory to many standard cancer treatments and the prognosis is oft... Hepatocellular carcinoma(HCC)is the most common primary liver malignancy and is the fourth-leading cause of cancer-related deaths worldwide.HCC is refractory to many standard cancer treatments and the prognosis is often poor,highlighting a pressing need to identify biomarkers of aggressiveness and potential targets for future treatments.Kinesin family member 2C(KIF2C)is reported to be highly expressed in several human tumors.Nevertheless,the molecular mechanisms underlying the role of KIF2C in tumor development and progression have not been investigated.In this study,we found that KIF2C expression was significantly upregulated in HCC,and that KIF2C up-regulation was associated with a poor prognosis.Utilizing both gain and loss of function assays,we showed that KIF2C promoted HCC cell proliferation,migration,invasion,and metastasis both in vitro and in vivo.Mechanistically,we identified TBC1D7 as a binding partner of KIF2C,and this interaction disrupts the formation of the TSC complex,resulting in the enhancement of mammalian target of rapamycin complexl(mTORCI)signal transduction.Additionally,we found that KIF2C is a direct target of the Wnt/β-catenin pathway,and acts as a key factor in mediating the crosstalk between Wnt/β-catenin and mTORCI signaling.Thus,the results of our study establish a link between Wnt/β-catenin and mTORCI signaling,which highlights the potential of KIF2C as a therapeutic target for the treatment of HCC. 展开更多
关键词 KIF2C HCC tbc1d7 mTORCI signaling Wnt/β-catenin signaling
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