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单细胞TCR测序分析SARS-CoV-2感染患者不同感染时期免疫组库特征
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作者 宁可 高建龙 +1 位作者 马恩泽 朱晓 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1096-1101,共6页
目的:采用单细胞测序的方法,分析SARS-CoV-2感染患者不同感染时期免疫组库特征,探讨其可能的发病机制。方法:利用NCBI数据库获得数据,设置对照组、进展组和康复组。使用RStudio、Origin、Hipliot和Excel软件对单细胞测序数据进行分析。... 目的:采用单细胞测序的方法,分析SARS-CoV-2感染患者不同感染时期免疫组库特征,探讨其可能的发病机制。方法:利用NCBI数据库获得数据,设置对照组、进展组和康复组。使用RStudio、Origin、Hipliot和Excel软件对单细胞测序数据进行分析。结果:TCR在识别抗原和清除病毒的过程中发挥重要作用,免疫组库特征在不同感染时期有很大差异。细胞的克隆数量均超过26.92%。α链CDR3长度分布集中在14个氨基酸上,而β链集中在15个氨基酸上。V和J区基因片段使用频率不同,TRAV13-1、TRAJ20、TRBV20-1、TRBJ2-1等基因的使用频率差异有统计学意义(P<0.05)。进一步V-J基因组合分析显示,对照组和进展组、对照组和康复组的单链V-J对使用频率差异均有统计学意义(P<0.05)。对照组αβ双链V-J对使用频率最高的是TRAV19-J34-TRBV4-1-J2-1,进展组αβ双链V-J对使用频率最高的是TRAV12-1-J30-TRBV19-1-J2-1,康复组αβ双链V-J对使用频率最高的是TRAV12-2-J52-TRBV7-9-J1-5。结论:本研究分析免疫组库T细胞的全局特征,有助于理解SARSCoV-2感染患者的发病机制,使患者在感染初期及时得到有效的治疗。 展开更多
关键词 T细胞受体 免疫组库 感染时期 全局特征
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基于TCR组库分析流程的非小细胞肺癌特征分析
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作者 赵卓明 刘振浩 +3 位作者 鲁曼曼 张钰 许林锋 谢鹭 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1520-1528,共9页
目的·探究非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)免疫相关特征,发掘V-J基因中的肿瘤潜在标志物,为建立T细胞受体(T-cell receptor,TCR)-抗原识别预测模型提供基础。方法·收集704例NSCLC样本,用于构建一套系统的TCR... 目的·探究非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)免疫相关特征,发掘V-J基因中的肿瘤潜在标志物,为建立T细胞受体(T-cell receptor,TCR)-抗原识别预测模型提供基础。方法·收集704例NSCLC样本,用于构建一套系统的TCR组库分析流程,涵盖从原始数据到质控、过滤、TCR序列的识别和提取等上游分析部分,以及组库克隆分布、克隆分型、V-J基因共享性、互补决定区3(CDR3)分布特征以及克隆追踪等下游分析流程。使用Shannon-Weiner指数、Chao1等指数分析样本克隆分布。根据克隆扩增数目进行克隆分型,以探索不同分型间的差异。选取2例甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)样本进行去克隆扩增权重V-J基因共享分析,以探究低频克隆型对V-J基因共享性的影响。最后,通过分析V基因及高频克隆型CDR3分布特征和克隆追踪分析,监测肿瘤免疫前后克隆型频率的变化,寻找潜在的肿瘤标志物。结果·①NSCLC不同组织间克隆分布和克隆分型均存在显著差异,且在不同年龄与性别间存在显著差异。②在V-J基因共享性分析中发现了特定高共享V-J基因,同时在CDR3分布特征分析中存在非正态分布的高克隆V基因与氨基酸高频克隆型。③高频克隆型克隆追踪分析中,观察到NSCLC中高表达或新表达的高频克隆型,提示这些克隆型可作为潜在的肿瘤相关抗原或新抗原结合CDR3参考序列。④通过去克隆扩增权重V-J基因共享分析,发现原本低表达的TRBJ2-5基因表达频率显著增加,提示该基因可能为肿瘤免疫反应的潜在低频关键基因。结论·TRAV21和TRBV6.5基因在NSCLC中高克隆扩增,可作为潜在肿瘤标志物。 展开更多
关键词 T细胞受体 tcr组库 肿瘤免疫 非小细胞肺癌
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再生障碍性贫血儿童TCRVβ亚家族T细胞克隆性增殖及其与HLA-DRB1*15的关系 被引量:11
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作者 黄永兰 黄绍良 +2 位作者 包蓉 张绪超 吴燕峰 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期165-168,172,共5页
【目的】探讨再生障碍性贫血(再障)儿童TCRVβ24个亚家族T细胞克隆性及其与HLA-DRB1*15的关系。【方法】再障儿童17例(SAA14例,MAA3例),采用RT-PCR和基因扫描分析外周血或骨髓TCRVβ24个亚家族基因的表达和克隆性,SSP-PCR检测HLA-DR。... 【目的】探讨再生障碍性贫血(再障)儿童TCRVβ24个亚家族T细胞克隆性及其与HLA-DRB1*15的关系。【方法】再障儿童17例(SAA14例,MAA3例),采用RT-PCR和基因扫描分析外周血或骨髓TCRVβ24个亚家族基因的表达和克隆性,SSP-PCR检测HLA-DR。【结果】再障儿童外周血T细胞仅表达4~22个Vβ亚家族,而正常儿童外周血T细胞几乎表达所有Vβ亚家族。12例(包括初诊SAA4例,CR4例,复发1例和MAA3例)再障儿童存在不同程度T细胞克隆性增殖,但个体间差异较大,正常外周血和骨髓均为多克隆性T细胞。5例HLA-DRB1*15(+)患儿中4例(80%)有寡克隆T细胞,而12例HLA-DRB1*15(-)患儿中仅3例(25%)见寡克隆T细胞,两组比较差异具有显著意义(P<0.05)。伴寡克隆T细胞的6例SAA儿童经免疫抑制治疗后达CR;不伴寡克隆T细胞的5例SAA儿童接受免疫抑制治疗,其中CR1例,PR2例、无效1例,死亡1例。【结论】大多数再障儿童存在T细胞克隆性增殖,寡克隆T细胞多见于SAA,尤其是HLA-DRB1*15(+)的SAA儿童。TCRVβT细胞克隆的检测对进一步了解再障免疫功能状态、预测免疫抑制治疗效果具有一定的参考价值。 展开更多
关键词 再生障碍性贫血 tcr Vβ基因谱 T细胞克隆 HLA—DR
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AML-M5b外周血T细胞TCR Vβ亚家族表达及克隆性增殖特点 被引量:1
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作者 张玉平 王彩霞 +7 位作者 许艳丽 王汉平 王顺清 杜庆华 莫文健 陈小卫 李庆山 毛平 《中国热带医学》 CAS 2007年第10期1749-1752,共4页
目的研究AML-M5b患者外周血T细胞TCR Vβ亚家族表达及克隆性增殖特点,并分析分选的患者T细胞经体外诱导、活化及短期培养后其TCR Vβ亚家族的利用及克隆性增殖情况。方法运用RT-PCR-基因扫描技术分析初治AML-M5b患者外周血T细胞TCR Vβ... 目的研究AML-M5b患者外周血T细胞TCR Vβ亚家族表达及克隆性增殖特点,并分析分选的患者T细胞经体外诱导、活化及短期培养后其TCR Vβ亚家族的利用及克隆性增殖情况。方法运用RT-PCR-基因扫描技术分析初治AML-M5b患者外周血T细胞TCR Vβ亚家族利用和克隆性增殖,免疫磁珠分选患者T淋巴细胞,体外利用自体白血病DC细胞联合CD3单抗、CD28对T细胞进行诱导、活化,并对诱导后T细胞进行TCR Vβ亚家族表达和克隆性增殖分析。结果9例患者T细胞在体外获得增殖,TCR Vβ分析显示患者外周血T细胞均表达部分Vβ亚家族,体外诱导前后的T细胞TCR Vβ亚家族表达和克隆性增殖特点不完全相同,有部分出现新的Vβ亚家族表达及克隆性增殖,有部分Vβ亚家族在诱导前后始终表现为克隆性增殖,体外杀伤性分析发现诱导后的T细胞对自体白血病细胞具有一定的识别作用。结论AML-M5患者TCR Vβ亚家族T细胞的倾斜性分布和克隆性增殖,部分Vβ亚家族T细胞在诱导前后始终保持克隆性增殖状态,可能是机体针对白血病相关抗原的特异性CTL,体外诱导活化及短期培养后患者T细胞TCR Vβ亚家族表达数量增加,并出现新的克隆性增殖Vβ亚家族T细胞,提示体外诱导活化能够产生白血病患者自体的白血病特异性CTL。 展开更多
关键词 急性单核细胞白血病 VΒ亚家族 克隆性增殖 基因扫描
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T细胞受体(TCR)组库多样性及其在肺癌防治中的应用进展 被引量:1
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作者 罗斌 楚小鸽 +1 位作者 于盼 田建辉 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期939-943,共5页
免疫检查点抑制剂已成为晚期肺癌的标准治疗,但在转移防治中尚无明确突破。T细胞受体(TCR)是识别癌细胞表面新生抗原的关键“信号感受器”,我们从TCR组库多样性及其识别肿瘤抗原机制的角度,总结了基因工程编辑的T细胞受体T(TCR-T)细胞... 免疫检查点抑制剂已成为晚期肺癌的标准治疗,但在转移防治中尚无明确突破。T细胞受体(TCR)是识别癌细胞表面新生抗原的关键“信号感受器”,我们从TCR组库多样性及其识别肿瘤抗原机制的角度,总结了基因工程编辑的T细胞受体T(TCR-T)细胞疗法在肺癌防治中的研究进展,以期提高肺癌转移防治疗效。 展开更多
关键词 免疫组库 T细胞受体(tcr) 肿瘤转移 免疫治疗 免疫正常化 综述
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禽TCR谱系分析的研究进展 被引量:1
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作者 任超 刘贤勇 崔丽 《天津农学院学报》 CAS 2014年第3期44-48,共5页
禽T细胞通过TCR将外部信号转化为内部信号,刺激T细胞增殖分化并发挥效应功能。对TCR谱系进行分析,可以充分展示机体的TCR克隆状况,从而对机体的免疫功能进行全面评估。TCR谱系分析技术已广泛应用于病原体感染、肿瘤、自身免疫性疾病等... 禽T细胞通过TCR将外部信号转化为内部信号,刺激T细胞增殖分化并发挥效应功能。对TCR谱系进行分析,可以充分展示机体的TCR克隆状况,从而对机体的免疫功能进行全面评估。TCR谱系分析技术已广泛应用于病原体感染、肿瘤、自身免疫性疾病等领域。利于TCR谱系分析技术研究禽类动物在病原体感染和肿瘤疾病发生中TCR克隆的变化情况,能够为病原体的生物学特性以及相关疾病的诊断与防控提供更多的研究资源。 展开更多
关键词 tcr 谱系分析 T细胞克隆 免疫优势性 多样性
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肿瘤患者胸/腹水和外周血中TCR Vβ亚家族表达及调节性T细胞亚群的研究 被引量:4
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作者 区裕升 邵红伟 +2 位作者 吴凤麟 黄树林 肖兰凤 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期368-371,383,共5页
目的:探讨肿瘤患者胸/腹水中肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)和外周血T细胞中T细胞受体(TCR)Vβ亚家族的表达变化情况、CD4/CD8细胞比例变化和Treg细胞的分布情况,分析肿瘤患者的免疫状态。方法:分离11例肿瘤患者胸/腹水和外周血以及4例健康人... 目的:探讨肿瘤患者胸/腹水中肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)和外周血T细胞中T细胞受体(TCR)Vβ亚家族的表达变化情况、CD4/CD8细胞比例变化和Treg细胞的分布情况,分析肿瘤患者的免疫状态。方法:分离11例肿瘤患者胸/腹水和外周血以及4例健康人外周血的T细胞,采用流式方法检测Vβ24个亚家族及CD3、CD4、CD8、CD25、CD127的表达情况,统计分析T细胞中Vβ24个亚家族、Treg细胞的特点。结果:TCR Vβ亚家族的表达在肿瘤患者胸/腹水TIL中与血液淋巴细胞中存在着显著差异,其中肺癌患者(4/5)TIL中TCR Vβ8,结肠癌患者(3/4)TIL中TCR Vβ2等亚家族显著高表达;11例肿瘤患者胸/腹水样本中Treg的比例均比外周血高(P<0.05),其中5例肺癌患者胸腹水中CD8+T细胞比例降低。结论:肿瘤患者胸/腹水中的淋巴细胞TCR Vβ亚家族表达与外周血存在差异,表明肿瘤患者体内淋巴细胞发生了明显的优势取用和定向趋化。此外肿瘤微环境可能影响了TIL中CD4+细胞的分化导致胸腹水中Treg细胞的比例升高,同时伴随着CD8+T比例的下降,并可能因此影响到TIL中TCR Vβ亚家族的优势取用情况,且导致免疫耐受。 展开更多
关键词 肿瘤 tcrVβ表达谱 调节性T细胞
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HBsAb滴度高于10000mU/ml外周血BCR CDR3受体库的组成及特征分析 被引量:2
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作者 潘娟 石彬 +1 位作者 马龙 姚新生 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期300-303,共4页
目的:分析HBs Ab滴度>10 000 m U/ml外周血BCR CDR3受体库的组成及特征,寻找可能的HBs Ab序列,为维持后续研究提供数据基础。方法:提取HBs Ab滴度高于10 000 m U/ml样本的PBMC总DNA,外送美国Adaptive Biotechnologies Immuno SEQ平台... 目的:分析HBs Ab滴度>10 000 m U/ml外周血BCR CDR3受体库的组成及特征,寻找可能的HBs Ab序列,为维持后续研究提供数据基础。方法:提取HBs Ab滴度高于10 000 m U/ml样本的PBMC总DNA,外送美国Adaptive Biotechnologies Immuno SEQ平台行Illumina Solexa高通量测序,用IMGT数据库中的High V-QUEST软件初步分析BCR CDR3受体库IGHV、IGHJ和IGHD基因亚群的分布情况、IGHV-J配对取用情况、CDR3区氨基酸长度分布及氨基酸取用情况,并与NCBI数据库中HBs Ab序列进行比对。结果:实验样本均高频取用基因亚群IGHV3、IGHV4,IGHJ4、IGHJ6,IGHD3、IGHD6;高频取用配对IGHV3-J4、IGHV3-J6。CDR3区氨基酸长度均以14及15个氨基酸长度为中线呈正态分布,高频取用的氨基酸依次为Y、G、D、A、R、S,在107、108、109、113、114位点呈现氨基酸多样性取用,在105、106、115、116、117位点上取用氨基酸保守。与NCBI数据库中HBs Ab序列比对,得到IGHV、IGHJ、CDR3氨基酸长度完全一致的独特序列共48条。结论:HBs Ab滴度高于10 000m IU/ml样本BCR CDR3受体库的组成具备基本一致的特征,获得的48条独特序列为维持后续研究提供了坚实的数据基础。 展开更多
关键词 Illumina高通量测序技术 乙肝表面抗体 bcr CDR3受体库 乙肝病毒
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BCR组库分析乙肝疫苗接种反应及初步机理分析 被引量:1
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作者 姜琼 郑文红 +4 位作者 王晨辉 唐小琴 董惠 尚小云 吴玉章 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期743-748,共6页
目的接种乙肝疫苗是控制乙肝流行最经济有效的方法,通过对3次乙肝注射疫苗前后的B细胞库进行高通量测序分析,探讨注射乙肝疫苗后体液免疫的动态过程。方法将志愿者接种乙肝疫苗前后的外周血样进行密度梯度离心获得淋巴细胞并提取RNA,逆... 目的接种乙肝疫苗是控制乙肝流行最经济有效的方法,通过对3次乙肝注射疫苗前后的B细胞库进行高通量测序分析,探讨注射乙肝疫苗后体液免疫的动态过程。方法将志愿者接种乙肝疫苗前后的外周血样进行密度梯度离心获得淋巴细胞并提取RNA,逆转录为cDNA后对B细胞受体H链的CDR3区序列进行高通量测序,以揭示注射乙肝疫苗前后B细胞应答的变化,分析人外周血B细胞受体CDR3的多样性以及序列变化与疫苗应答之间的关系。结果志愿者外周血B细胞受体CDR3的种类和数量在接种疫苗后都有所降低,并表现出其特有的免疫学特征,包括高频取用的V、D、J家族、V-J家族配对发生了改变,CDR3区氨基酸的取用和长度分布也发生显著变化;并且接种疫苗后,志愿者外周血中存在某些寡克隆异常增殖的情况。结论大部分志愿者在接种疫苗后,B细胞受体组库的多样性等发生特征性改变,并且出现某些疫苗接种相关的寡克隆。B细胞受体高通量测序技术可以从克隆水平上监控乙肝疫苗接种后抗体产生和表达的动态变化过程。 展开更多
关键词 B细胞受体 免疫组库 乙肝疫苗 高通量测序
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建立一种survivin抗原肽诱导T淋巴细胞优势取用TCR Vβ基因的方法
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作者 林燕梅 沈晗 +3 位作者 邵红伟 吴凤麟 黄树林 肖兰凤 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期300-303,共4页
目的:探讨survivin抗原肽体外诱导健康人外周血单个核细胞(PBMC)后T淋巴细胞活化情况及TCRVβ表达谱变化。方法:分离健康人PBMC经rhIL-4、rhGM-CSF诱导DCs,将成熟DCs分为阴性组(不负载肽)、未洗脱负载组(负载survivin肽)、洗脱负载组(... 目的:探讨survivin抗原肽体外诱导健康人外周血单个核细胞(PBMC)后T淋巴细胞活化情况及TCRVβ表达谱变化。方法:分离健康人PBMC经rhIL-4、rhGM-CSF诱导DCs,将成熟DCs分为阴性组(不负载肽)、未洗脱负载组(负载survivin肽)、洗脱负载组(经酸液洗脱并多聚甲醛固定后负载survivin肽),分别与自体淋巴细胞共培养诱导抗原特异性T淋巴细胞。分别于24小时、48小时、96小时和7天以Elisa法检测诱导后T淋巴细胞中IFN-γ的分泌,并于第7天通过流式细胞仪分析TCRVβ表达谱。结果:随着时间延长两实验组IFN-γ的分泌比阴性组显著增高,且洗脱负载组增加更为显著。流式细胞仪分析结果显示洗脱负载组相比于阴性组及未洗脱负载组引起TCR Vβ表达谱的改变更为明显,其中TCR亚家族Vβ7.2、Vβ12、Vβ14、Vβ16、Vβ20、Vβ22最为显著。结论:DCs经酸液洗脱表面多肽并固定的方法更能有效地诱导TCRVβ亚家族优势取用。 展开更多
关键词 SURVIVIN DC负载抗原 tcr Vβ表达谱
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T细胞受体(TCR)库及其高通量测序常用分析工具 被引量:2
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作者 张敏敏 李俊 +1 位作者 石彬 姚新生 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期851-857,共7页
T细胞受体(TCR)是T细胞识别抗原的关键部分,个体中所有的TCR总和称为TCR库。研究机体健康或患病状态下TCR库的组成及特征有助于我们更好地理解适应性免疫。目前已有大量针对高通量数据的分析工具,分析内容包括基本组成分析和下游功能分... T细胞受体(TCR)是T细胞识别抗原的关键部分,个体中所有的TCR总和称为TCR库。研究机体健康或患病状态下TCR库的组成及特征有助于我们更好地理解适应性免疫。目前已有大量针对高通量数据的分析工具,分析内容包括基本组成分析和下游功能分析等。抗原特异性T细胞数据库的建立为临床研究提供基础,对TCR库功能特征的分析是重点与难点,但现阶段已发布的下游分析工具还有待更多的实践与验证。我们总结了几种常用的TCR库分析工具,为非生物信息专业的科研人员选择分析工具提供参考。 展开更多
关键词 T细胞受体(tcr)库 高通量测序 国际免疫基因信息系统(IMGT) 综述
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SARS患者康复期T细胞亚群、活化状态及TCRVβ表达格局的分析 被引量:1
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作者 曾星 蔡萃 +2 位作者 黄羽 欧爱华 张娴 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期114-117,共4页
目的: 研究中西医结合治疗后, SARS患者康复期淋巴细胞功能状态和T细胞受体(TCR)Vβ24个亚家族表达的格局。方法: 应用流式细胞分析技术, 观察我院 76例康复期患者T细胞亚群, T、B细胞的活化状态及CD3+和TCRVβ1、2、3、4、5. 1、5. 2、... 目的: 研究中西医结合治疗后, SARS患者康复期淋巴细胞功能状态和T细胞受体(TCR)Vβ24个亚家族表达的格局。方法: 应用流式细胞分析技术, 观察我院 76例康复期患者T细胞亚群, T、B细胞的活化状态及CD3+和TCRVβ1、2、3、4、5. 1、5. 2、5. 3、7. 1、7. 2、8、9、11、12、13. 1、13. 2、13. 6、14、16、17、18、20、21. 3、22及 23等 24个亚家族的表达。结果: T细胞亚群中, CD3+和CD4+ T细胞的百分率均数低于参考值; CD8+ T细胞的百分率高于参考值。CD8+ /CD28- T细胞(Ts)的百分率较参考值增高; 而CD8+ /CD28+ T细胞(Tc)的百分率较参考值降低, 其中有 39例Tc细胞的百分率降低, 有 48例Ts细胞的百分率升高。CD3+HLA DR+和CD3- /HLA DR+细胞的百分率高于正常参考值,增加的例数分别是 36例和 30例。TCRVβ24个亚家族中,TCRVβ14的表达最高, TCRVβ5. 3和 23的表达次之, 表现出TCRVβ呈优势表达。正常对照组TCRVβ24个亚家族中,只TCRVβ14的表达最高, 与SARS患者的结果相一致; 但TCRVβ24个亚家族的分布格局不一样。两组比较, Vβ1、Vβ5. 2、Vβ5. 3、Vβ7. 2、Vβ9、Vβ11、Vβ13. 1、Vβ13. 2、Vβ17、Vβ18、Vβ22和Vβ23表达有显著性差异, 康复期SARS患者组均高于正常对照组。同时, SARS患者激素用? 展开更多
关键词 SARS 康复期 T细胞亚群 tcr 24亚家族
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Characterization of human αβTCR repertoire and discovery of D-D fusion in TCRβ chains 被引量:1
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作者 Peipei Liu Di Liu +11 位作者 Xi Yang Jing Gaoai Ma3, Fangqing Zhaos, Xuyu Zhou~'2~, George F. Gao1'2'4'5~, Baoli Zhu~'2~ Yan Chen Xue Xiao Fei Liu Jing Zou Jun Wu Juncai Ma Fangqing Zhao Xuyu Zhou George F. Gao Baoli Zhu 《Protein & Cell》 SCIE CAS CSCD 2014年第8期603-615,共13页
The characterization of the human T-cell receptor (TCR) repertoire has made remarkable progress, with most of the work focusing on the TCRβ chains. Here, we ana- lyzed the diversity and complexity of both the TCRa ... The characterization of the human T-cell receptor (TCR) repertoire has made remarkable progress, with most of the work focusing on the TCRβ chains. Here, we ana- lyzed the diversity and complexity of both the TCRa and TCRβ repertoires of three healthy donors. We found that the diversity of the TCRα repertoire is higher than that of the TCRβ repertoire, whereas the usages of the V and J genes tended to be preferential with similar TRAV and TRAJ patterns in all three donors. The V-J pairings, like the V and J gene usages, were slightly preferential. We also found that the TRDV1 gene rearranges with the majority of TRAJ genes, suggesting that TRDV1 is a shared TRAV/DV gene (TRAV42/DV1). Moreover, we uncovered the presence of tandem TRBD (TRB D gene) usage in -2% of the productive human TCRβ CDR3 sequences. 展开更多
关键词 tcr repertoire next-generationsequencing V/J usage V-J pairing CDR3 D-D fusion
原文传递
老年急性淋巴细胞白血病分子生物学改变的初步观察 被引量:1
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作者 许家仁 朱广荣 《实用老年医学》 CAS 2003年第6期315-316,共2页
目的 研究老年急性淋巴细胞白血病 (ALL)的分子生物学特征。  方法  应用多聚酶链反应技术(PCR)检测了 16例老年ALL患者的bcr/abl融合基因、TCRγ基因重排 (TCRγRA)以及IgH基因重排 (IgHRA)。  结果  16例患者中IgHRA 11例 ,TCRγ... 目的 研究老年急性淋巴细胞白血病 (ALL)的分子生物学特征。  方法  应用多聚酶链反应技术(PCR)检测了 16例老年ALL患者的bcr/abl融合基因、TCRγ基因重排 (TCRγRA)以及IgH基因重排 (IgHRA)。  结果  16例患者中IgHRA 11例 ,TCRγRA 4例 ,两类基因重排均阴性 1例 ;bcr/abl融合基因阳性 9例 ,阳性率 5 6 2 5 %。  结论  老年ALL以B ALL为多 ,bcr/abl融合基因阳性率较高 ,可能是其治疗效果较差的原因之一。 展开更多
关键词 急性淋巴细胞白血病 IGH基因重排 tcrΓ基因重排 bcr/ABL融合基因 老年人 分子生物学
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成人急性淋巴细胞白血病分子生物学改变与临床治疗及预后关系的初步研究 被引量:1
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作者 许家仁 朱广荣 陈丽娟 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CSCD 1997年第4期351-353,共3页
应用多聚酶链反应技术检测了14例急性淋巴细胞白血病(ALL)患者的bcr/abl融合基因、TCRγ基因重排及IgH基因重排,结果发现,bcr/abl融合基因阳性5例,阳性率35.7%,其中4例为B-ALL,1例TCR... 应用多聚酶链反应技术检测了14例急性淋巴细胞白血病(ALL)患者的bcr/abl融合基因、TCRγ基因重排及IgH基因重排,结果发现,bcr/abl融合基因阳性5例,阳性率35.7%,其中4例为B-ALL,1例TCRγ及IgH基因重排均阴性。bcr/abl(+)患者与bcr/abl(-)患者在临床表现方面无显著性差异,但bcr/abl(+)患者治疗效果比bcr/abl(-)患者差。 展开更多
关键词 白血病 CML 治疗 预后 成人 分子生物学
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急性淋巴细胞白血病患儿化疗结束后T淋巴细胞克隆谱系分析
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作者 张蕊 李志刚 +2 位作者 吴敏媛 朱平 胡亚美 《中国小儿血液与肿瘤杂志》 CAS 2010年第3期122-126,共5页
目的了解急性淋巴细胞白血病(ALL)患儿化疗结束后T淋巴细胞免疫重建情况。方法逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)高压变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法检测8例正常对照及44例化疗结束后的ALL患儿外周血T细胞受体(TCR)β链可变区(BV)第三互补决定区(C... 目的了解急性淋巴细胞白血病(ALL)患儿化疗结束后T淋巴细胞免疫重建情况。方法逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)高压变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法检测8例正常对照及44例化疗结束后的ALL患儿外周血T细胞受体(TCR)β链可变区(BV)第三互补决定区(CDR3)的克隆谱系。结果白血病化疗结束至48个月TCRBV家族仍可见表达增高或降低(P均<0.05)。化疗结束后TCRBVCDR3谱型多态性基本恢复,但寡克隆增生情况仍明显高于正常对照组(P均<0.05),小于6个月组差异最明显(P均<0.05)。16例普通B细胞急淋(c-ALL)BV8、BV5.1、BV5.2和BV12发生克隆性增生的频率较高,9例前B细胞急淋(pre-B)BV6家族发生克隆性增生较多。结论白血病患儿化疗结束至48个月T细胞免疫尚未完全恢复;T细胞克隆谱系异常以寡克隆增生为主。 展开更多
关键词 白血病 淋巴细胞 急性 T细胞受体β链V区 CDR3克隆谱系 免疫重建
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IFN-α治疗后发生HBsAg转阴的慢性乙型肝炎患者外周血免疫库谱特征分析 被引量:2
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作者 王晨辉 刘明 +5 位作者 姜琼 唐小琴 董惠 尚小云 毛青 吴玉章 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期332-337,共6页
目的通过对慢性乙型肝炎患者经IFN-α治疗后出现HBs Ag转阴病例与未转阴病例外周血中T细胞受体β链(TCRβ,TRB)序列分析比较,探讨HBs Ag转阴病人外周血免疫库TCRβ的特征,为预测病人临床结局以及评价治疗效果提供新的指标。方法收集HBV... 目的通过对慢性乙型肝炎患者经IFN-α治疗后出现HBs Ag转阴病例与未转阴病例外周血中T细胞受体β链(TCRβ,TRB)序列分析比较,探讨HBs Ag转阴病人外周血免疫库TCRβ的特征,为预测病人临床结局以及评价治疗效果提供新的指标。方法收集HBV感染病人的外周血样进行密度梯度离心获得淋巴细胞,冻存。待IFN-α治疗一段时间后,取HBs Ag转阴病例与未转阴病例相应的冻存细胞,提取RNA,逆转录为c DNA后通过多重PCR对TCRβ链的CDR3区序列进行扩增、纯化,高通量测序后将测序结果与IMGT数据库进行比对,以找到HBs Ag转阴病人外周血TRB-CDR3免疫组库的特征,分析人外周血TRB-CDR3多样性及其他免疫学特征与HBs Ag转阴之间的关系。结果 IFN-α治疗后HBs Ag转阴的患者TRB-CDR3的多样性高于未转阴患者,并表现出其特有的免疫学特征,包括高频取用的V、J家族、V-J家族配对、基因的插入、CDR3区长度分布等均与未转阴组有明显差异,而基因的缺失方面未发现差异。结论 IFN-α治疗后HBs Ag转阴的患者的免疫组库呈现明显的免疫学特征,可为临床疗效的预测提供新的切入点。 展开更多
关键词 免疫库 T细胞受体 慢性乙肝感染 HBSAG转阴
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Characterization of Distinct T Cell Receptor Repertoires in Tumor and Distant Non-tumor Tissues from Lung Cancer Patients 被引量:6
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作者 Xiang Wang Botao Zhang +5 位作者 Yikun Yang Jiawei Zhu Shujun Cheng Yousheng Mao Lin Feng Ting Xiao 《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》 SCIE CAS CSCD 2019年第3期287-296,共10页
T cells and T cell receptors(TCRs)play pivotal roles in adaptive immune responses against tumors.The development of next-generation sequencing technologies has enabled the analysis of the TCRb repertoire usage.Given t... T cells and T cell receptors(TCRs)play pivotal roles in adaptive immune responses against tumors.The development of next-generation sequencing technologies has enabled the analysis of the TCRb repertoire usage.Given the scarce investigations on the TCR repertoire in lung cancer tissues,in this study,we analyzed TCRb repertoires in lung cancer tissues and the matched distant non-tumor lung tissues(normal lung tissues)from 15 lung cancer patients.Based on our results,the general distribution of T cell clones was similar between cancer tissues and normal lung tissues;however,the proportion of highly expanded clones was significantly higher in normal lung tissues than in cancer tissues(0.021%±0.002%vs.0.016%±0.001%,P=0.0054,Wilcoxon signed rank test).In addition,a significantly higher TCR diversity was observed in cancer tissues than in normal lung tissues(431.37±305.96 vs.166.20±101.58,P=0.0075,Mann-Whitney U test).Moreover,younger patients had a significantly higher TCR diversity than older patients(640.7±295.3 vs.291.8±233.6,P=0.036,Mann-Whitney U test),and the higher TCR diversity in tumors was significantly associated with worse cancer outcomes.Thus,we provided a comprehensive comparison of the TCR repertoires between cancer tissues and matched normal lung tissues and demonstrated the presence of distinct T cell immune microenvironments in lung cancer patients. 展开更多
关键词 Adaptive immune response T cell receptor repertoire Lung cancer HIGH-THROUGHPUT sequencing tcr diversity
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同卵双胞胎与B细胞的研究进展
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作者 董晓衡 苏丹华 +1 位作者 马龙 姚新生 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期382-385,共4页
B细胞是机体体液免疫应答的关键部分,B细胞表面的B细胞受体(B cell receptor,BCR)分子是识别抗原的关键分子。同卵双胞胎来自于同一受精卵,具有相同的遗传物质,在评估遗传、环境等多因素对疾病的影响中起着不可替代的作用。本文在同卵... B细胞是机体体液免疫应答的关键部分,B细胞表面的B细胞受体(B cell receptor,BCR)分子是识别抗原的关键分子。同卵双胞胎来自于同一受精卵,具有相同的遗传物质,在评估遗传、环境等多因素对疾病的影响中起着不可替代的作用。本文在同卵双胞胎B细胞对肿瘤,自身免疫病以及其他疾病的免疫应答做了概括,同时也对目前关于同卵双胞胎BCR组库的特征及可能重排机制研究成果做出综述。 展开更多
关键词 同卵双胞胎 遗传 bcr CDR3组库 B淋巴细胞
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Changes in the T-cell receptor Vβ gene repertoire after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 被引量:6
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作者 刘启发 李扬秋 +6 位作者 杨冬 张钰 杨力建 陈少华 孙竞 刘晓力 周淑芸 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2004年第3期413-418,共6页
Background We distinguished graft-versus-host disease (GVHD) from graft-versus-leukemia (GVL) effects and to investigate the distribution of T-cell receptor (TCR) Vβ gene repertoire in individuals with leukemia befor... Background We distinguished graft-versus-host disease (GVHD) from graft-versus-leukemia (GVL) effects and to investigate the distribution of T-cell receptor (TCR) Vβ gene repertoire in individuals with leukemia before and after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (allo-HSCT).Methods Peripheral blood mononuclear cells (PBMC) were obtained from 10 normal individuals, 8 donors and 11 patients with leukemia before and after transplantation. Polymerase chain reaction (PCR) amplification of complementarity-determining region 3 (CDR3) of 24 TCR Vβ genes was used to examine serial samples of PBMC. The PCR products were further analyzed by genescan to evaluate clonality of T cells.Results The 24 TCR Vβ gene repertoire displayed highly diverse and polyclonal spectratypes in all normal individuals and 4 of 8 donors. Anoth er 4 donors expressed part of the 24 TCR Vβ subfamily and 1 donor had oligoclonality. The expressions of the 24 TCR Vβ subfamilies were skewed and restric ted in 11 leukemia patients before and after transplantation. Some absences of 24 TCR Vβ subfamily expression were quite similar between the recipients pro-transplantation and related donors. The number of subfamilies expressed increased over time post-transplantation, but the restricted expressions of the subfamily could last 6-30 months after transplantation. All patients with GVHD and some without GVHD exhibited T cell clonal expansion. The expansive T cell clone was distributed in Vβ 2-3, 16-17, 18-19, 21 and Vβ 23 in patients with GVHD and in Vβ 7, 9, 16 and 19 in patients without GVHD. One patient with syngeneic-HSCT (syn-HSCT) had Vβ 15 and 16 T cell expansion after transplantation. One patient displayed Vβ 18 T cell expansion after donor lymphocyte infusion (DLI).Conclusions Normal individuals express the entire 24 TCR Vβ ge ne repertoire and have polyclonal distribution. However, the TCR Vβ gene repertoire is only partially expressed in some donors. The TCR Vβ gene repertoire is restrictedly expressed in a skew fashion in patients with leukemia before and after transplantation. The number of TCR Vβ gene subfamilies increases over time post- transplantation. GVHD and GVL effects may induce the proliferation of T cell clones.Clinical GVL response may be distinguished from GVHD alloreactivity through the host MHC antigen. 展开更多
关键词 tcr gene repertoire · T cell clonality · hem atopoietic stem cell transplantation · graft-versus-host disease · graft-versus-leukemia
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