光谱法结合凝胶电泳和荧光显微镜研究萘与DNA的相互作用及其应用

通过紫外光谱、荧光光谱、共振散射光谱、圆二色谱、粘度实验、琼脂糖凝胶电泳和荧光显微镜研究了多环芳烃类化合物萘(NAP)与DNA之间的作用机理。紫外光谱结果表明,NAP通过嵌入结合与DNA形成了稳定的复合物。加入NAP后DNA的热熔温度增加了21.49℃,说明NAP的嵌入使DNA双螺旋结构的稳定性增加。粘度实验结果显示,随着NAP浓度的不断增加,DNA相对粘度逐渐增大,说明二者是通过嵌插方式发生相互作用。圆二色谱进一步证实NAP与DNA的作用模式是嵌入结合。荧光光谱结果表明,DNA能有效猝灭NAP的荧光,猝灭机制以静态猝灭过程为主,常温下结合常数和结合位点数分别是2.9×10^(6) L/mol和1.32。根据共振散射光谱数据计算得到NAP与DNA的结合饱和值为2.5。通过结合过程的热力学参数表明,NAP与DNA之间的主要作用力为氢键和范德华力。琼脂糖凝胶电泳和荧光显微镜结果直观地揭示了NAP与DNA是以嵌入模式相结合。此外,基于NAP嵌入结合DNA的原理,利用DNA与磁珠选择性捕获NAP,其去除率为99.35%。该研究为建立基于多环芳烃(PAHs)-DNA相互作用清除PAHs的方法提供了新思路。

TE-MAGS磁珠法提取效率定量研究

目的利用TE-MAGS在TECAN自动化工作站上结合磁珠试剂盒,定量研究微量DNA提取回收效率和纯化能力。方法 0.1~1ng9947A和混有6种常见PCR抑制剂的1ng9947A,经自动化提取后进行荧光定量和STR分型,定量分析回收效率和纯化能力。结果 0.1~1ng9947A提取后实际回收效率在38.92~60.01%之间,0.3ng以上9947A提取扩增后可以得到完整的STR图谱。胆汁酸盐、胶原质、尿素去除效率大于94.5%,血红素、黑色素、腐殖酸去除效率分别为97.5%、97.85%、82.14%。结论 TE-MAGS磁珠法对微量DNA回收效率较高,纯化能力较强,适合微量DNA提取。

一种适用于高通量基因分型的水稻种子切片DNA制备技术

建立一种高质量、低成本的水稻种子切片DNA制备方法,用于育种群体的高通量基因分型。通过对比TPS法提取水稻叶片DNA及96孔板结合磁珠法提取切片种子DNA的纯度和浓度,进一步采用STARP(Semi-thermal asymmetric PCR)标记检测验证96孔板结合磁珠法提取水稻切片种子DNA的质量。结果表明:96孔板结合磁珠法提取水稻种子切片的DNA质量和纯度优于TPS法提取水稻叶片的DNA质量;STARP标记检测验证结果显示96孔板结合磁珠法提取水稻切片种子DNA可适用于GS3、Wx的STARP标记基因分型,其鉴定结果与测序结果一致。研究显示96孔板结合磁珠法可以从微量水稻种子切片中提出高回收率、高纯度、高完整度、无PCR抑制物的DNA用于高通量STATP法基因单倍型分析,可获得一种96孔板结合磁珠法提取DNA的高通量基因分型操作流程。