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HIV-1 Tat与P-TEFb复合物的分子动力学模拟及结合自由能计算 被引量:1
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作者 张寅晖 张瑞生 +1 位作者 胡荣静 袁永娜 《兰州大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期114-121,共8页
P-TEFb结构中与Tat蛋白的结合位点是新型抗HIV-1药物设计和虚拟筛选的重要靶标.对含有两个锌指结构的Tat.P-TEFb复合物体系进行了14ns的分子动力学模拟,应用MM-PBSA/GBSA方法计算体系的结合自由能,以及通过基于氨基酸残基的能量分解来... P-TEFb结构中与Tat蛋白的结合位点是新型抗HIV-1药物设计和虚拟筛选的重要靶标.对含有两个锌指结构的Tat.P-TEFb复合物体系进行了14ns的分子动力学模拟,应用MM-PBSA/GBSA方法计算体系的结合自由能,以及通过基于氨基酸残基的能量分解来探究体系中蛋白质之间的相互作用.结果表明范德华作用能是复合物形成的主要驱动力,Cys261与ZN88之间的配位作用是结合自由能的最大贡献者.根据Tat.P-TEFb体系的动力学结构信息和残基能量分解结果预测了P-TEFb结构中可能的活性位点.位点Ⅰ和位点Ⅱ应可作为基于受体三维结构的抗HIV-1药物分子设计的起始位点.模拟计算的结果可以为进一步指导药物设计奠定基础. 展开更多
关键词 HIV-1Tat P-tefb MM-PBSA/GBSA 结合自由能
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转录延伸相关因子P-TEFb、HEXIM1与Brd4在小鼠胃腺里的荧光免疫检测
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作者 林大河 王琦 +1 位作者 冉海莹 丁凤 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期443-446,共4页
探讨了正性转录延伸因子b(P-TEFb)及其相关调节因子在小鼠胃中的表达情况及意义.以正常小鼠为材料,通过多聚甲醛固定并石蜡包埋,利用免疫荧光组织化学的方法检测小鼠胃中P-TEFb的2个主要组成部分细胞周期蛋白依赖性激酶9(CDK9)和细胞周... 探讨了正性转录延伸因子b(P-TEFb)及其相关调节因子在小鼠胃中的表达情况及意义.以正常小鼠为材料,通过多聚甲醛固定并石蜡包埋,利用免疫荧光组织化学的方法检测小鼠胃中P-TEFb的2个主要组成部分细胞周期蛋白依赖性激酶9(CDK9)和细胞周期蛋白T1(CyclinT1)以及正向调控P-TEFb的募集因子Brd4、P-TEFb的活性抑制蛋白HEXIM1的表达状况.检测结果表明:CDK9和CyclinT1在鼠胃泌酸腺的所有细胞中均有较强的信号;HEXIM1在胃腺的中部和底部以及胃肌间神经丛内信号强烈;而Brd4在胃腺的底部信号强烈.上述成果为在胃泌酸腺中构建P-TEFb调节转录延伸的正常生理模型奠定了基础. 展开更多
关键词 胃泌酸腺 P—tefb HEXIM1 Brd4
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中医药调控线粒体自噬防治代谢相关脂肪性肝病机制的研究进展
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作者 施雨峰 卢晨霞 +2 位作者 吕安淇 肖明中 李晓东 《天津中医药》 CAS 2024年第10期1354-1360,共7页
代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)是一种最常见的代谢性疾病,已成为目前中国最普遍的肝脏疾病,随着病程的进展会对身体和健康产生诸多负面影响,如肝功能受损,MAFLD可导致肝炎、肝纤维化,甚至发展为肝硬化及肝癌;MAFLD还可导致身体代谢紊乱,从... 代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)是一种最常见的代谢性疾病,已成为目前中国最普遍的肝脏疾病,随着病程的进展会对身体和健康产生诸多负面影响,如肝功能受损,MAFLD可导致肝炎、肝纤维化,甚至发展为肝硬化及肝癌;MAFLD还可导致身体代谢紊乱,从而影响能量代谢和胰岛素抵抗,诱导糖尿病、高血压和心血管疾病的发生。越来越多的研究显示,线粒体自噬能够降解受损或老化的线粒体,维持生物体内线粒体的数量和质量,在MAFLD的进展中发挥着非常重要的作用。已有研究表明,部分中药和复方可以通过调控线粒体自噬途径来治疗MAFLD。文章对中医药调控线粒体自噬治疗代谢相关脂肪性肝病的机制研究作一综述,为该病今后的防治策略提供参考。 展开更多
关键词 代谢相关脂肪性肝病 线粒体自噬 PINK1/Parkin BNIP3 tefb
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蛋白激酶C对转录延伸正调节因子b(P-TEFb)的影响 被引量:1
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作者 任浙丹 黄迎彬 +3 位作者 杨洁 赵长宏 田平平 吴传芳 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期1204-1208,共5页
本文探讨了PKC的4种亚型α、βⅡ、γ和λ对P-TEFb各蛋白组分的表达影响.成功构建了带有HA标签的pcDNA3.1-PKC的各亚型真核表达载体,并转染HEK293细胞株,用Western bolt检测其表达情况,发现这四种PKC亚型在细胞中表达良好。将PKCβⅡ或... 本文探讨了PKC的4种亚型α、βⅡ、γ和λ对P-TEFb各蛋白组分的表达影响.成功构建了带有HA标签的pcDNA3.1-PKC的各亚型真核表达载体,并转染HEK293细胞株,用Western bolt检测其表达情况,发现这四种PKC亚型在细胞中表达良好。将PKCβⅡ或者PKCλ转染进入HEK293细胞株,发现其可使CDK9和Cyclin T蛋白表达量升高;但在细胞中高表达PKCα和PKCγ,对P-TEFb各组分表达量没有影响.表明PKC可通过提高P-TEFb的组分表达量,从而上调某些基因的表达. 展开更多
关键词 蛋白激酶C(PKC) 转录调控 Western免疫印迹 转录延伸正调节因子b(P—tefb)
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HIV-1转录延伸调控潜伏感染的分子机制
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作者 胡淑婧 邓凯 《广西医科大学学报》 CAS 2024年第10期1331-1337,共7页
人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)作为获得性免疫缺陷综合征(AIDS)的主要致病病原体,目前尚无有效治愈方法。现有的抗逆转录病毒疗法(ART)虽然可以有效抑制病毒复制,但却无法清除潜伏感染的细胞。因此,当前面临的主要挑战是找到安全、有效的... 人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)作为获得性免疫缺陷综合征(AIDS)的主要致病病原体,目前尚无有效治愈方法。现有的抗逆转录病毒疗法(ART)虽然可以有效抑制病毒复制,但却无法清除潜伏感染的细胞。因此,当前面临的主要挑战是找到安全、有效的方法清除HIV-1潜伏储存库。HIV-1潜伏维持和再激活分子机制的研究已经揭示了HIV-1转录延伸过程在其中所起的核心作用。本综述主要概述HIV-1转录延伸的具体分子过程以及对潜伏感染的调控作用,为进一步探究HIV-1如何实现潜伏和活跃转录之间的平衡提供理论支持,为实现AIDS治愈提供新方向。 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒1型 潜伏感染 转录延伸 反式激活蛋白(Tat) 正转录延伸因子b(P-tefb)
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P-TEFb的功能及其活性调控机制 被引量:3
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作者 胡向明 陈瑞川 《生命的化学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期429-433,共5页
P-TEFb是调控真核基因转录延伸的核心转录因子之一,为大多数mRNA转录所必需;与艾滋病、心肌肥大和肿瘤均有密切关系;目前有关P-TEFb的生物学功能及其活性调控机制仍在不断的发现之中。在细胞内,P-TEFb以无活性和可被募集两种复合体存在... P-TEFb是调控真核基因转录延伸的核心转录因子之一,为大多数mRNA转录所必需;与艾滋病、心肌肥大和肿瘤均有密切关系;目前有关P-TEFb的生物学功能及其活性调控机制仍在不断的发现之中。在细胞内,P-TEFb以无活性和可被募集两种复合体存在,并且两种复合体之间可互相转化,以严格维持细胞内P-TEFb的总体活性水平。近年的研究已逐渐揭示P-TEFb活性调控的分子模式,以及调控细胞内P-TEFb活化的信号和分子机理。本文综述近年有关P-TEFb的功能和活性调控机制的研究进展。 展开更多
关键词 真核细胞 基因转录延伸期 转录延伸调控 P-tefb
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果蝇P-TEFb与人源P-TEFb组成亚基间相互作用的研究 被引量:1
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作者 陈斌 吴传芳 +1 位作者 欧阳劲 秦岭 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期396-401,共6页
本实验克隆了果蝇与人源P-TEFb(positive transcription elongation factor)组成亚基CycT、CDK9C末端分别带有Flag、HA标签的真核表达质粒,并在293细胞中验证了克隆所得质粒的有效表达.使用免疫共沉淀方法证实了两个种属P-TEFb组成亚基... 本实验克隆了果蝇与人源P-TEFb(positive transcription elongation factor)组成亚基CycT、CDK9C末端分别带有Flag、HA标签的真核表达质粒,并在293细胞中验证了克隆所得质粒的有效表达.使用免疫共沉淀方法证实了两个种属P-TEFb组成亚基间结构的相似性;借助HIV-luciferase与Rellina的双荧光报告系统证实了两个种属P-TEFb组成亚基间功能上的相似性. 展开更多
关键词 P-tefb CDK9 CycT FLAG HA 免疫共沉淀 双荧光报告系统
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AFF4在人类HEL细胞中广泛地影响RNA聚合酶Ⅱ的停滞释放
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作者 杨子玫 张格 +2 位作者 魏刚 经莉莉 于明 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期658-668,共11页
在转录延伸过程中,P-TEFb激酶(由激酶CDK9和Cyclin T1组成的二聚体)是释放停滞的Pol Ⅱ这一步的关键调节因子。在人类细胞中,它可参与形成三个更大的复合体,即超级延伸复合体(super elongation complex,SEC)、BRD4/P-TEFb和7SKsnRNP,其... 在转录延伸过程中,P-TEFb激酶(由激酶CDK9和Cyclin T1组成的二聚体)是释放停滞的Pol Ⅱ这一步的关键调节因子。在人类细胞中,它可参与形成三个更大的复合体,即超级延伸复合体(super elongation complex,SEC)、BRD4/P-TEFb和7SKsnRNP,其活性在前两者中不被抑制,而在后者中被抑制。除P-TEFb外,SEC还含有AFF1或4、AF9或ENL、ELL1、2或3,EAF1或2等无酶活亚基,这些亚基被认为可通过P-TEFb影响转录延伸。本课题组前期的研究和其他实验室的研究工作均已表明AFF1、AF9和ENL亚基均可调控转录启始,但尚不清楚AFF4是否具有相似的功能。在调控基因表达的选择性方面,近期有研究表明BRD4/P-TEFb在人类结直肠腺癌细胞DLD-1中主要负责除热激基因以外的其他基因的停滞释放,而SEC负责热激基因的停滞释放。为了深入理解AFF4的功能,本研究利用RNA干扰技术在人类红系白血病细胞HEL中敲低了AFF4,发现RNA聚合酶Ⅱ (Pol Ⅱ)的羧基端重复区(C-terminal domain,CTD)内第二个丝氨酸(Serine 2,Ser-2)的磷酸化水平降低。利用RNA-seq和CUT&Tag确定了AFF4的直接靶基因,利用ChIP-seq和PRO-seq发现AFF4对转录启始的影响不明确、对Pol Ⅱ的停滞释放的调控不局限于热激基因,利用ChIP-qPCR发现AFF4缺失降低了P-TEFb的染色质结合。上述研究结果表明,AFF4对Pol Ⅱ的停滞释放的调控可能具有一定的细胞类型特异性,即在一些细胞内仅调控热激基因的停滞释放,而在另一些细胞中调控的对象却不仅限于热激基因。 展开更多
关键词 P-tefb 混合系白血病 超级延伸复合体 AFF4 转录延伸
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HEXIM对转录延伸的调控及其在人类疾病中的作用
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作者 郭明日 曾卫民 陈汉春 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期783-787,共5页
环六亚甲基二乙酰胺诱导蛋白(hexamethylene bis-acetamide-inducible protein,HEXIM)是新近发现的参与转录延伸调控的蛋白质,包括HEXIM1和HEXIM2两种同源物.两者均为dsRNA结合蛋白,常以二聚体形式存在,且在调控真核生物RNA聚合酶Ⅱ所... 环六亚甲基二乙酰胺诱导蛋白(hexamethylene bis-acetamide-inducible protein,HEXIM)是新近发现的参与转录延伸调控的蛋白质,包括HEXIM1和HEXIM2两种同源物.两者均为dsRNA结合蛋白,常以二聚体形式存在,且在调控真核生物RNA聚合酶Ⅱ所催化的转录延伸中功能互补.HEXIM主要通过与7SK snRNA结合,再与正性转录延伸因子b(positive transcription elongation factor b,P-TEFb)形成复合物,抑制P-TEFb的激酶活性,进而抑制转录延伸.近年来发现,HEXIM的转录延伸调控作用参与了人类AIDS、心肌肥大、恶性肿瘤等多种疾病的发生、发展过程.开展以HEXIM为分子靶标的新药研发将为相关疾病的治疗开辟新的途径. 展开更多
关键词 环六亚甲基二乙酰胺诱导蛋白(HEXIM) P-tefb 转录延伸 疾病 分子靶标
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免疫应答中基因表达的转录延伸调控 被引量:2
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作者 商营利 胡小玉 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期1121-1128,共8页
基因转录是一个有序的多步骤过程,包括转录起始前、转录起始和转录延伸等几个阶段。长期以来,转录起始前及转录起始阶段调控一直被认为是基因转录的关键限速步骤。然而,近年来利用全基因组深度测序等新技术对转录过程的深入研究,发现转... 基因转录是一个有序的多步骤过程,包括转录起始前、转录起始和转录延伸等几个阶段。长期以来,转录起始前及转录起始阶段调控一直被认为是基因转录的关键限速步骤。然而,近年来利用全基因组深度测序等新技术对转录过程的深入研究,发现转录起始后的转录延伸阶段也是许多基因表达调控的关键步骤,并且这种调控机制在从果蝇到哺乳动物的不同物种之间高度保守。本文综述了NELF、DSIF和P-TEFb等主要转录延伸调控因子调控RNA聚合酶Ⅱ转录暂停和高效转录延伸最新分子机制,并讨论了转录延伸调控在癌症、炎症以及病毒感染等疾病发生中的作用。 展开更多
关键词 基因表达 转录延伸 RNA聚合酶Ⅱ P-tefb NELF
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Mechanism and factors that control HIV-1 transcription and latency activation 被引量:1
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作者 Rong-diao LIU Jun WU +1 位作者 Rui SHAO Yu-hua XUE 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2014年第5期455-465,共11页
After reverse transcription, the HIV-1 proviral DNA is integrated into the host genome and thus subjected to transcription by the host RNA polymerase Ⅱ (Pol Ⅱ). With the identification and characterization of huma... After reverse transcription, the HIV-1 proviral DNA is integrated into the host genome and thus subjected to transcription by the host RNA polymerase Ⅱ (Pol Ⅱ). With the identification and characterization of human P-TEFb in the late 1990s as a specific host cofactor required for HIV-1 transcription, it is now believed that the elongation stage of Pol Ⅱ transcription plays a particularly important role in regulating HIV-1 gene expression. HIV-1 uses a sophisticated scheme to recruit human P-TEFb and other cofactors to the viral long terminal repeat (LTR) to produce full-length HIV-1 transcripts. In this process, P-TEFb is regulated by the reversible association with various transcription factors/ cofactors to form several multi-subunit complexes (e.g., 7SK snRNP, super elongation complexes (SECs), and the Brd4-P-TEFb complex) that collectively constitute a P-TEFb network for controlling cellular and HIV-1 transcription. Recent progresses in HIV-1 transcription were reviewed in the paper, with the emphasis on the mechanism and factors that control HIV-1 transcription and latency activation. 展开更多
关键词 HIV-1 Transcriptional elongation RNA polymerase TAT P-tefb
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