猪传染性胃肠炎病毒S蛋白抗原位点分子特征分析

为了进一步研究猪传染性胃肠炎病毒S蛋白抗原位点的分子特征,选取GenBank中22株TGEV分离株,采用生物信息学方法对抗原位点氨基酸序列进行同源性比对分析。结果表明,不同分离株的A和C位点高度保守,B和D位点则有一些变化。

DNAStar软件在动物病毒研究中的应用实例

利用DNAStar软件包中的Editseq软件将TGEV TH98株spike基因核苷酸序列翻译成氨基酸序列,然后利用Protean软件进行氨基酸序列分析,预测二级结构及B细胞抗原表位.结果表明,TGEV spike蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,含有较多潜在的B细胞抗原表位,包括43～56,97～104,117～128,132～173,238～257,391～398,535～706,779～799,918～987,1165～1200,1257～1266和1430～1446aa区段.

番鸭小鹅瘟弱毒D株NS蛋白抗原位点特征分析

为获得番鸭小鹅瘟病毒弱毒株(MDGPV-D)非结构蛋白NS基因的相关信息,根据已发表的MDGPV-PT株全基因序列,应用DNAStar分子生物学软件设计1对引物,采用高保真PCR技术扩增MDGPV-D株NS全基因序列。对番鸭小鹅瘟病毒疫苗弱毒D株(MDGPV-D)NS基因进行克隆、测序,并利用生物信息学技术分析MDGPV-D株NS蛋白的同源性、遗传衍化、N-糖基化位点、磷酸化位点、B细胞抗原表位、T细胞抗原表位及其二级结构。结果表明,D株NS全基因大小为1 884bp,编码627个氨基酸(GenBank登录号:JF926696),与MDPV NS基因的亲缘性最近核苷酸及其推导氨基酸同源性分别为97.9%～98.6%,97.6%～98.2%;MDGPV-D株NS蛋白具有3个潜在的N-糖基化位点和27个磷酸化位点,可能存在11个B细胞抗原表位,13个CD8+CTL表位,10个CD4+Th抗原表位;二级结构分析显示,α螺旋和无规则卷曲含量高,分别为40.67%、41.15%,而β转角仅占4.63%。与亲本强毒PT株相比,弱毒D株的NS蛋白存在2个定点突变,分别位于核苷三磷酸区域(第338位氨基酸)与CD4+Th抗原表位(第225位氨基酸)。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型4种结构蛋白特性分析

为深入了解严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)S、M、E、N蛋白的分子生物学特征和基本结构特征,选取S、M、E、N蛋白序列进行生物信息学分析和预测,使用DNAstar、SignalP、TMHHM、PSORT Prediction、BUSCA和ABCpred软件,分析并相互验证4种蛋白的结构域特征和S蛋白的潜在B细胞抗原表位,结果预测出了4种结构蛋白的功能结构域,并分析预测出S蛋白潜在的B细胞抗原表位为25~29、75~81、112~116、148~152、773~779 aa。研究结果可为SARS-CoV-2相关的分子生物学和结构生物学研究提供参考,并为疫苗开发等提供理论依据。

猪传染性胃肠炎病毒S蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预测

以TGEV(猪传染性胃肠炎病毒)基因组序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测其S蛋白的二级结构,运用Kyte-Doolittle方法对S蛋白的亲水性进行分析,并分别运用Jameson-Wolf方法和Emini方法预测了其抗原指数和表面可及`性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测了其B细胞抗原表位。结果显示,α螺旋数量少且分散,β折叠占据面积较大,柔性区域主要集中在N端第22～30、45～76、100～172、239～301、348～419、451～519、541～633、645～720、746～796、822～887、921～986、1052～1201、1239～1384、1434～1445区段。S蛋白可能的B细胞抗原位点是N端第20～32、44～54、69～78、97～106、635～655、781～803、949～994、1307～1328、1346～1362、1432～1448区段,这些区段内部或附近都有柔性区域存在,可作为S蛋白的抗原优势表位。