目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、人类蛋白组图谱(The Human Protein Atlas,THPA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库的数据挖掘,探索垂体肿瘤转化基因1(pituitary tumor-tran...目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、人类蛋白组图谱(The Human Protein Atlas,THPA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库的数据挖掘,探索垂体肿瘤转化基因1(pituitary tumor-transforming gene 1,PTTG1)在乳腺癌中的表达及预后意义。方法:从TCGA、THPA和GEO数据库提取PTTG1在乳腺癌及正常组织中mRNA和蛋白水平的变化和患者临床病理资料,GEO在线预后分析数据库Kaplan-Meier Plotter(http://kmplot.com)检索PTTG1乳腺癌预后的相关性。结果:在数据库中,PTTG1 mRNA和蛋白水平在乳腺癌队列中表达显著高于正常乳腺组织(P<0.01);PTTG1 mRNA在不同的分子亚型中表达存在显著差异(P<0.05);PTTG1 mRNA在ER和PR阳性乳腺癌患者组织中表达显著低于ER和PR阴性乳腺癌患者(P<0.05);PTTG1 mRNA在进展期乳腺癌患者组织中表达显著高于早期乳腺癌患者(P<0.05);PTTG1 mRNA随着乳腺癌患者组织学分级程度升高而降低(P<0.05)。PTTG1低表达乳腺癌患者的预后显著好于其高表达患者(P<0.001);PTTG1高表达的ER和PR阳性、HER-2阴性乳腺癌患者的预后均显著差于其低表达者(P<0.05)。PTTG1高表达乳腺癌样本富集到细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、细胞周期、自然杀伤细胞介导细胞毒性、Toll样受体信号通路和T细胞受体信号通路等相关基因集。结论:PTTG1 mRNA和蛋白在乳腺癌组织中高表达,PTTG1 mRNA表达与乳腺癌预后相关且在不同分子分型的乳腺癌中具有不同的预后监测意义,可以作为乳腺癌预后判断的标志物。展开更多
[目的]基于多重生物信息学和体外实验挖掘结肠癌的生物标志物及其靶向中药抑制剂。[方法]利用多重生物信息学筛选结肠癌及正常样本测序数据中的候选生物标志物。结合实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)和人类蛋白质图谱(...[目的]基于多重生物信息学和体外实验挖掘结肠癌的生物标志物及其靶向中药抑制剂。[方法]利用多重生物信息学筛选结肠癌及正常样本测序数据中的候选生物标志物。结合实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)和人类蛋白质图谱(The Human Protein Atlas, THPA)验证其表达。通过文献和分子对接筛选与其结合较强的中药化合物。[结果]基于度值(degree)获得50个核心基因。其中,烯醇化酶2(Enolase 2,ENO2)和热休克蛋白家族A (Hsp70)成员1A (Heat Shock Protein Family A (Hsp70) Member 1A,HSPA1A)在结肠癌中显著高表达(P<0.05),且主要参与糖酵解和糖异生等通路调控结肠癌的发展进程。穗花杉双黄酮与ENO2和HSPA1A的结合能力较阳性抑制剂相当,是其潜在抑制剂。[结论]ENO2{P=0.00507,Hazard Ratio[95%CI=1.8613(1.10314,1.74171)]}和HSPA1A{P=0.01955,Hazard Ratio[95%CI=1.21316(1.03151,1.4268)]}是结肠癌的候选生物标志物,且穗花杉双黄酮是二者潜在的靶向抑制剂。展开更多
文摘[目的]基于多重生物信息学和体外实验挖掘结肠癌的生物标志物及其靶向中药抑制剂。[方法]利用多重生物信息学筛选结肠癌及正常样本测序数据中的候选生物标志物。结合实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)和人类蛋白质图谱(The Human Protein Atlas, THPA)验证其表达。通过文献和分子对接筛选与其结合较强的中药化合物。[结果]基于度值(degree)获得50个核心基因。其中,烯醇化酶2(Enolase 2,ENO2)和热休克蛋白家族A (Hsp70)成员1A (Heat Shock Protein Family A (Hsp70) Member 1A,HSPA1A)在结肠癌中显著高表达(P<0.05),且主要参与糖酵解和糖异生等通路调控结肠癌的发展进程。穗花杉双黄酮与ENO2和HSPA1A的结合能力较阳性抑制剂相当,是其潜在抑制剂。[结论]ENO2{P=0.00507,Hazard Ratio[95%CI=1.8613(1.10314,1.74171)]}和HSPA1A{P=0.01955,Hazard Ratio[95%CI=1.21316(1.03151,1.4268)]}是结肠癌的候选生物标志物,且穗花杉双黄酮是二者潜在的靶向抑制剂。
