TMEM206基因敲除小鼠小脑组织中差异表达基因的筛选及生物学功能分析

目的筛选TMEM206基因敲除小鼠小脑组织中的差异表达基因并进行生物学功能分析,探讨TMEM206基因的功能。方法采用CRISPR/Cas9基因编辑技术制备TMEM206基因敲除小鼠,并通过配殖获得TMEM206基因敲除纯合小鼠。选取3只8周龄雌性TMEM206基因敲除纯合小鼠和3只同窝雌性野生小鼠,分离小脑组织并提取总RNA,转录组测序后,使用Cuffdiff(v2.2.1)软件的EBseq算法筛选差异表达基因,并使用DAVID数据库对差异表达基因进行基因属性(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共筛选出474个差异表达基因,与正常小脑组织相比,TMEM206基因敲除小鼠小脑组织中上调的基因265个、下调的基因209个。GO功能分析结果显示,差异表达基因的表达产物定位于细胞外膜和主要组织相容性复合体Ⅰ类蛋白(MHCⅠ)较多,功能属性主要归类于结合转录因子、脂类分子及抗原分子等;差异表达基因参与的生物学过程众多,如DNA损伤的细胞反应、细胞分化选择、骨质矿化等。KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因在分子属性上多为细胞黏附分子和肿瘤坏死因子路径的分子,功能上主要与细胞吞噬和衰老有关,此外还与人乳头瘤病毒、Ⅰ型人类T淋巴细胞白血病病毒、单纯疱疹病毒、Ⅷ型人疱疹病毒及EB病毒等感染有关。结论TMEM206基因敲除后,小鼠小脑组织中筛选得到474个差异表达基因,差异表达基因与维持细胞外膜结构稳定、细胞黏附、病毒感染有关。

TMEM206促进表皮生长因子诱导的结直肠癌上皮-间质转化

目的研究TMEM206在结直肠癌发生、发展中的作用及其机制。方法将结直肠癌细胞HCT116和SW480均随机分为4组,分别转染空载质粒、转染206过表达质粒、转染空载质粒或206过表达质粒后加入表皮生长因子(EGF)诱导细胞上皮-间质转化(EMT)发生。观察细胞形态改变。采用Western blotting检测TMEM206及EMT相关蛋白的表达,采用Transwell实验分析结直肠癌细胞的侵袭、迁移能力。结果TMEM206过表达促进EGF诱导的EMT样细胞形态。Western blotting结果显示,TMEM206过表达促进了EGF诱导的p-ERK和c-Myc蛋白增加(P<0.05),并促进EGF诱导的E-钙黏蛋白减少以及纤连蛋白、Zeb1、Snail1、Snail2增加(P<0.05)。Transwell结果显示,HCT116和SW480细胞过表达TMEM206后,进一步促进了EGF诱导后细胞侵袭、迁移能力的增强(P<0.05)。结论TMEM206促进结直肠癌EMT发生,进而影响结直肠癌的侵袭、转移。

酸性激活TMEM206通道增加人神经母细胞瘤细胞的凋亡

目的探讨酸性条件下,跨膜蛋白206(TMEM206)构成的氯离子通道对人神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)凋亡的影响。方法通过短发夹RNA技术(shRNA)沉默SH-SY5Y的TMEM206基因,通过流式细胞技术检测SH-SY5Y细胞在pH为7.2和5.0时的凋亡率。结果pH为7.2时,SH-SY5Y细胞凋亡率为12.52%,TMEM206基因被沉默的SH-SY5Y细胞凋亡率为10.95%;pH 7.2条件下,沉默SH-SY5Y细胞的TMEM206基因时,细胞凋亡率的改变差异无统计学意义(χ^(2)=0.53,P>0.05)。pH为5.0时,SH-SY5Y细胞凋亡率为53.11%,TMEM206基因被沉默的SH-SY5Y细胞凋亡率为37.00%。降低培养液pH值至5.0时,细胞凋亡率会增加(12.52%vs.53.11%),差异有统计学意义(χ^(2)=12.26,P<0.01);pH 5.0条件下,沉默SH-SY5Y细胞的TMEM206基因时,细胞凋亡率会显著降低(53.11%vs.37.00%),差异有统计学意义(χ^(2)=3.85,P<0.05)。结论沉默SH-SY5Y细胞的TMEM206基因可以保护酸诱导的细胞凋亡。

基于TCGA数据分析研究TMEM206在HCC中的表达及其与预后的相关性

[目的]探讨TMEM206表达在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)诊断和预后中的价值。[方法]从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载肝细胞癌数据集表达谱及临床病理特征资料。采用Kaplan-Meier和Cox分析,观察TMEM206表达对肝细胞癌患者生存和预后的影响。使用TCGA数据集进行基因集富集分析(GSEA)。[结果]TMEM206在HCC肿瘤组织中的表达高于癌旁组织(P<0.0001),并且TMEM206的表达与HCC的肿瘤分级、肿瘤分期都有显著相关。生存分析结果表明TMEM206表达越高,HCC患者的总体生存时间越短。单因素和多因素Cox分析表明,TMEM206 mRNA的表达可能是判断HCC预后的有效生物标志物。GSEA鉴定了TMEM206在HCC中的高表达可能与泛素介导的蛋白质水解、胞吞作用、RNA降解、小细胞肺癌、癌症通路、胰腺癌、胞质DNA传感途径、慢性粒细胞白血病、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、细胞周期等反应有关。[结论]TMEM206 mRNA高表达是肝细胞癌的诊断和预后中的有效生物标志物。