基于生物信息学分析TMPO基因在肺癌中的表达及临床预测价值

目的:基于生物信息学研究方法分析TMPO基因在肺癌中的表达,评估其与肺癌诊断及预后评估方面的相关性。方法:以GTEx和TCGA数据库为发现数据库,获得健康人群以及肺癌患者的RNA-seq测序结果,绘制箱式图及配对点图展示TMPO基因在肺癌组织及正常组织中的差异化表达。绘制受试者曲线评估TMPO基因用于肺癌的诊断效能。根据TMPO基因表达水平的中位数将肺癌患者区分为TMPO低表达和高表达两组,研究患者的临床病理特征与TMPO基因表达水平的关系。使用Kaplan-MeierPlotter数据库绘制生存曲线,探究TMPO基因的高低表达与肺癌患者生存状况的关系。进一步通过单因素及多因素COX回归分析,筛选出TMPO表达水平为影响患者预后的独立危险因素。结果:肺癌患者的TMPO的表达水平为5.20(4.67~5.79),明显大于正常组织组中的4.29(4.04~4.63),差异具有统计学意义(P<0.05);同样的,在107对配对组织中,TMPO基因在肺癌组织中的表达水平5.50(4.78~6.16)也明显高于对应的癌旁正常组织TMPO的表达水平4.64(4.39~4.84),差异具有统计学意义(P<0.05);受试者曲线的结果表明TMPO用于诊断肺癌有着较高的敏感性[曲线下面积=0.842,95%置信区间为(0.822~0.862)];在针对TMPO基因表达和肺癌患者临床病理特征的关系研究中发现TMPO高表达的肺癌患者相比TMPO低表达的有着更晚的临床分期、T分期以及N分期,差异具有统计学意义(P<0.05);TMPO基因高表达的肺癌患者总体生存期以及无进展生存期也短于TMPO基因低表达的患者;此外,单因素及多因素COX回归分析,最终筛选出临床病理分期、T分期以及TMPO表达水平为影响患者预后的独立危险因素。结论:TMPO有潜力成为用于肺癌诊断和预后评估的新型生物学标志物。

TMPO基因表达对肺癌患者临床预后的影响

目的探讨TMPO基因对肺癌患者预后的影响。方法检索并下载NCBI的肿瘤公共数据集,分析肺癌基因表达谱资料及临床信息,明确TMPO基因在正常肺组织和肺癌组织中的表达差异,并利用基因集富集分析方法(GSEA)进一步探讨TMPO基因对肺癌细胞的具体作用机制。结果 TMPO基因在肺癌组织中的相对表达值为0.254±0.594,明显高于在正常肺组织中的相对表达值-0.332±0.285(P<0.0001)。TMPO基因高表达肺癌患者的TNM分期明显高于TMPO低表达的肺癌患者(P<0.0001,P<0.0001,P=0.031),TMPO低表达组肺癌患者的无进展生存期(P<0.0001)、总生存期(P<0.0001)结果均优于TMPO高表达组的肺癌患者。TMPO高表达样本富集了与DNA修复、MYC信号通路1、有丝分裂、细胞周期G2M检查点、精子发生、E2F信号通路、MYC信号通路2、m TORC1信号通路相关的基因集。结论 TMPO基因在多种肿瘤中高表达,其通过多种途径来促使肿瘤细胞增殖,进而影响肿瘤患者的临床预后,因此TMPO基因可以作为诊疗肺癌的标志物和潜在靶点。

小干扰RNA抑制胸腺生成素基因的表达对肺癌A549细胞增殖和凋亡的影响

目的探讨小干扰RNA(siRNA)抑制胸腺生成素(TMPO)基因的表达对肺癌A549细胞增殖和凋亡的影响及其作用机制。方法采用脂质体转染法将TMPO siRNA转染至人肺癌A549细胞,将转染siRNA control作为阴性对照组。转染后48h,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-PCR)和Western blot检测转染后细胞中TMPO的表达水平,四甲基偶氮唑蓝(MTT)法检测细胞的增殖情况,流式细胞术检测细胞周期和细胞的凋亡情况,Western blot检测细胞中PCNA、cleaved caspase-3、Notch1和mTOR的表达水平。结果RT-PCR检测结果显示,空白对照组、阴性对照组和转染组细胞中TMPO mRNA的表达水平分别为1.01±0.11、0.99±0.10和0.36±0.04。Western blot检测结果显示,空白对照组、阴性对照组和转染组细胞中TMPO蛋白的表达水平分别为0.27±0.02、0.29±0.03和0.08±0.10;转染组细胞中TMPO mRNA和蛋白的表达水平均低于空白对照组和阴性对照组(均P<0.05)。MTT检测结果显示,空白对照组、阴性对照组和转染组细胞在转染24 h时的吸光度(A)值分别为0.35±0.04、0.37±0.04和0.34±0.03,转染48 h时A值分别为0.47±0.06、0.46±0.08和0.37±0.04,转染72 h时A值分别为0.75±0.08、0.73±0.07和0.49±0.05,转染96 h时A值分别为1.09±0.07、1.06±0.08和0.56±0.06;转染组细胞在转染48、72、96 h的A值均低于空白对照组和阴性对照组(均P<0.05)。流式细胞术检测结果显示,空白对照组、阴性对照组和转染组中G0/G1期细胞比例分别为(62.55±2.03)%、(61.24±3.15)%和(47.35±2.44)%,S期细胞比例分别为(17.12±1.31)%、(17.70±2.01)%和(20.81±2.06)%,G2/M期细胞比例分别为(20.33±1.43)%、(21.06±1.52)%和(31.84±2.76)%,转染组G0/G1期细胞比例均低于空白对照组和阴性对照组(均P<0.05),G2/M期细胞比例均高于空白对照组和阴性对照组(均P<0.05)。转染组细胞的凋亡率为(34.10±2.69)%,明显高于空白对照组[(2.96±0.03)%]和阴性对照组[(3.01±0.04)%,均P<0.05]。Western blot检测结果显示,转染后A549细胞中PCNA、Notch1和mTOR蛋白的表达下调,cleaved caspase-3蛋白的表达上调。结论抑制TMPO基因的表达能够显著抑制肺癌A549细胞增殖,诱导细胞凋亡,其作用机制与抑制Notch1/mTOR信号通路激活有关。