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题名蛋白质结构从头预测多级个体筛选进化算法
被引量:1
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作者
李章维
郝小虎
张贵军
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机构
浙江工业大学信息工程学院
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出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2019年第B06期80-84,97,共6页
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基金
国家自然科学基金(61075062,61379020)资助
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文摘
针对蛋白质高维构象空间采样多样性问题,文中提出了一种蛋白质结构从头预测多级个体筛选进化算法(MlISEA)。基于进化算法框架,首先采用基于知识的Rosetta粗粒度能量模型作为优化目标函数,以降低构象空间优化变量维数;其次以基于9片段和3片段的片段组装技术为不同的变异策略,增加同代种群的多样性;同时,设计多级个体筛选方法,进一步增加不同代种群间的多样性;然后利用MonteCarlo算法较强的局部搜索能力对每个个体做局部增强,以得到当前的局部最优解;最后,得到全局最优解以及不同的局部最优解。10个目标蛋白的测试结果表明,所提方法能够有效提高采样多样性,得到TMscore大于0.5的预测构象,为进一步做结构修饰提供便利。
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关键词
从头预测
进化算法
MONTE
Carlo
片段组装
tmscore
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Keywords
De novo
Evolution algorithm
Monte Carlo
Fragment assembly
tmscore
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分类号
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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