TPD52和TPD52L2在胃癌中异常表达的临床病理特征分析和相关基因共表达意义研究

目的应用生物信息学的方法探讨肿瘤蛋白D52(tumor protein D52,TPD52)和肿瘤蛋白D52样2(tumor protein D52-like 2,TPD52L2)在胃癌中异常表达的临床病理特征,并分析相关基因共表达的意义。方法基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome AHas,TCGA)获取数据,利用R语言软件包比较TPD52和TPD52L2在胃癌组织和癌旁组织中的差异表达与临床病理特征的相关性,并探索与免疫细胞浸润水平的情况,Kaplan-Meier生存分析和Cox回归评估TPD52和TPD52L2的表达与患者预后的关系。利用Human Protein Atlas数据库分析TPD52和TPD52L2在胃癌组织中的免疫组化染色情况。借助cBioPortal数据库分析TPD52和TPD52L2的共表达基因,并使用SangerBox平台进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。通过STRING数据库对共表达基因建立蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape 3.9筛选核心共表达基因,并进一步验证核心共表达基因的生存期和相关性。结果胃癌组织中TPD52和TPD52L2的表达水平均明显高于癌旁组织,并与病理分期、组织学分级、幽门螺旋杆菌感染和Barretts食管密切相关。TPD52的表达与Th2和NK细胞等细胞的浸润丰度相关,TPD52L2的表达与Th2和肥大细胞等细胞的浸润丰度相关。与TPD52L2高表达组相比,低表达组有更长的总生存期(OS)、首次进展生存期(FP)和再次进展生存期(PPS)。单因素Cox分析结果表明,TPD52和TPD52L2的表达与TNM分期、病理分期及胃癌患者的预后不良相关,多因素Cox分析结果表明,M分期是影响胃癌患者OS的独立危险因素。KEGG富集分析发现TPD52的共表达基因参与了代谢通路和癌症的转录失调等信号通路,TPD52L2的共表达基因参与了癌症通路和剪接体等信号通路。PPI网络中核心基因生存分析结果表明,高表达组的PLCG1、PRKACA、MAPK11、NGFR和HSP90AB1预后较差,相关性分析发现MAPK11、CYCS和NGFR是与TPD52关系最紧密的基因,RUVBL1、NOP56、HSP90AB1和CCT6A是与TPD52L2关系最紧密的基因,可作为探讨TPD52和TPD52L2参与胃癌恶性生物学行为的候选基因。结论TPD52和TPD52L2在胃癌组织中高表达,且在胃癌的发生发展中发挥着重要作用,有望成为胃癌早期诊断和预后的生物标志物和治疗靶点。

TPD52L2基因在肝癌组织中的表达及其价值:基于TCGA数据的分析

目的:探讨TPD52L2(TPD54)基因在肝细胞肝癌(HCC)组织中的表达及价值。方法:下载癌症基因组图谱(TCGA)的公开数据,评估TPD52L2在HCC中的作用。采用Wilcoxon signed-rank检验和Logistic回归分析TPD52L2表达与HCC临床病理特征的关系。采用Cox回归和Kaplan-Meier生存分析HCC患者的临床病理特征与总生存期的关系。利用基因集富集分析(GSEA)方法预测调控通路。结果:HCC组织中TPD52L2的高表达与高分期、高分级、T分期及致癌因素相关(P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析显示,TPD52L2高表达的HCC患者预后比低表达的差(P=0.002)。单因素分析提示,TPD52L2高表达与较差的总体生存率(OS)显著相关(HR:1.04,95%CI:1.02~1.06,P=0.000);多因素分析显示TPD52L2表达和伴瘤生存是OS的两个独立预后因子。GSEA预测出剪接体通路、嘧啶代谢、RNA降解、细胞周期、WNT信号通路和凋亡通路在TPD52L2高表达中均有不同程度的富集。结论:TPD52L2可能是HCC不良预后的潜在生物标志物,而剪接体通路、嘧啶代谢、RNA降解可能是HCC中TPD52L2调控的关键通路。