鲁西斗鸡三重基序蛋白62基因生物信息学及组织表达特性分析

克隆鲁西斗鸡三重基序蛋白62(Chicken triple motif protein 62,TRIM62)基因并对其编码产物进行生物信息学分析,检测其在不同组织和器官中的表达情况。以鲁西斗鸡肺脏cDNA为模板,克隆TRIM62基因序列,运用生物信息学软件对其编码蛋白的亲/疏水性、跨膜螺旋结构、修饰结构、结构域、高级结构和互作蛋白网络等进行预测分析。采用qRT-PCR技术检测TRIM62基因在鲁西斗鸡不同组织中的表达情况。鲁西斗鸡TRIM62基因CDS区为1428 bp,编码475个氨基酸,编码蛋白分子式为C_(2410)H_(3773)N_(675)O_(712)S_(22),分子量为54.30kD,等电点(PI)为6.40,无信号肽,不存在跨膜区;存在2个明显的亲水区,其编码不稳定的亲水性蛋白。TRIM62蛋白由α-螺旋(39.16%)、β-转角(4.21%)、无规则卷曲(37.68%)和延伸链(18.95%)组成。qRT-PCR结果显示,TRIM62 mRNA在鲁西斗鸡肺脏中表达量最高,在胰腺、腺胃中的表达量次之,在肌肉组织中表达量最低。本研究成功克隆了鲁西斗鸡TRIM62基因,并初步研究了其组织表达规律,结果为TRIM62基因编码蛋白功能的深入研究奠定了基础,为鲁西斗鸡品种保护及开发利用提供有价值的参考资料。