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中国桫椤科植物叶绿体trnL内含子和trnL-trnF基因间隔区序列的系统发育分析 被引量:12
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作者 王艇 苏应娟 +3 位作者 郑博 李雪雁 陈国培 曾庆璐 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期137-142,共6页
运用对PCR产物直接测序和克隆后测序的方法测定了蚌壳蕨科1种和桫椤科11种(其中桫椤分别测定19株,小羽桫椤测定2株)植物的叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF基因间隔区序列。12种植物相应的长度介于1004-1082之间,A+T平均含量60.9%,G+C... 运用对PCR产物直接测序和克隆后测序的方法测定了蚌壳蕨科1种和桫椤科11种(其中桫椤分别测定19株,小羽桫椤测定2株)植物的叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF基因间隔区序列。12种植物相应的长度介于1004-1082之间,A+T平均含量60.9%,G+C平均含量39.1%。计算了不同种间以及种内不同个体间序列的碱基差别(转换值/颠换值)和Kimura遗传距离。序列数据经排列后分别进行最简约法、最大似然法和邻接法分析,结果显示:(1)白桫椤、海南白桫椤和大羽桫椤构成的分支最早和该科内其余植物组成的另一分支分歧,而后者又进一步分为两个亚分支,分别和桫椤亚属、黑桫椤亚属对应,支持夏群的分类处理;(2)大桫椤—狭羽桫椤—毛轴桫椤—篦齿桫椤、大羽桫椤—白桫椤—海南白桫椤以及小羽桫椤—桫椤各自构成独立、自然的末端分支,再参照分支内植物间的遗传距离取值,建议将此3个末端分支依次归并为3种:大桫椤、白桫椤和桫椤;(3)白桫椤属在科内处于基部位置,桫椤属的桫椤亚属和黑桫椤亚属为衍生分支,赞同Tryon关于桫椤科进化和囊群盖起源的假说。 展开更多
关键词 桫椤科 TRNL内含子 trnL-trnf基因间隔区 系统发育
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桑树TrnL-trnF基因间隔区序列的特点及分析 被引量:9
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作者 赵卫国 张志芳 +2 位作者 潘一乐 何家禄 史全良 《蚕业科学》 CAS CSCD 2002年第2期83-86,共4页
设计桑树TrnL trnF基因间隔区序列的特异引物 ,扩增并分析了桑属育 71 1和桑莲 2个品种的TrnL trnF基因间隔区序列 ,其长度分别为 4 14bp和 4 17bp ,且富含A/T。该序列有 4 2 1个分析性状 ,具有 17个变异位点。在这些变异中主要以碱基... 设计桑树TrnL trnF基因间隔区序列的特异引物 ,扩增并分析了桑属育 71 1和桑莲 2个品种的TrnL trnF基因间隔区序列 ,其长度分别为 4 14bp和 4 17bp ,且富含A/T。该序列有 4 2 1个分析性状 ,具有 17个变异位点。在这些变异中主要以碱基的插入和缺失 (主要是插入 /缺失dA)为进化形式 ,其余的发生了少数置换。除这些变异位点以外的核苷酸序列完全相同 ,说明两者有高度同源性 ,与桑科、菊科和蔷薇科的TrnL trnF基因间隔区序列有一定同源性。用Clustalx软件对 2 1份材料的TrnL trnF基因间隔区序列进行聚类分析 。 展开更多
关键词 桑树 TrnL-trnf基因间隔区序列 聚类分析 特点
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基于trnL-trnF序列分析的何首乌PCR-RFLP分子鉴别 被引量:6
3
作者 郑传进 生书晶 赵树进 《中药材》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期543-547,共5页
目的:建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术。方法:对何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF(trnL基因和trnF基因间隔区)序列进行比较分析。结果:何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF差异率为2.1%~22%,何首乌种内各居群... 目的:建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术。方法:对何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF(trnL基因和trnF基因间隔区)序列进行比较分析。结果:何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF差异率为2.1%~22%,何首乌种内各居群间trnL-trnF差异率为0%~1.5%。基于何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF序列的差异,找出一个位于trnL5'-trnL3'间区的何首乌特征性Xba I酶切位点(T↓CTAGA),用Xba I酶对不同采集地的何首乌样品trnL-trnF序列扩增产物酶切后均得到含约804~819 bp和256 bp两个片段的PCR-RFLP图谱,而其混淆品trnL-trnF序列扩增产物因不能被Xba I酶切,图谱呈单一条带。结论:利用建立的PCR-RFLP方法可以很好地区分何首乌及其混淆品植物。 展开更多
关键词 何首乌 分子鉴别 trnL基因和trnf基因间隔区 PCR.RFLP
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基于叶绿体DNAtrnT-trnF序列研究祁连圆柏的谱系地理学 被引量:15
4
作者 张茜 杨瑞 +1 位作者 王钦 刘建全 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2005年第6期503-512,共10页
由于青藏高原的地貌效应,第四纪冰期气候的反复变化应对现今该地区生物的地理分布及其居群遗传结构产生重大影响。本文对这一地区特有分布物种祁连圆柏JuniperusprzewalskiiKom.整个分布区内20居群392个个体的trnT-trnF序列变化进行了研... 由于青藏高原的地貌效应,第四纪冰期气候的反复变化应对现今该地区生物的地理分布及其居群遗传结构产生重大影响。本文对这一地区特有分布物种祁连圆柏JuniperusprzewalskiiKom.整个分布区内20居群392个个体的trnT-trnF序列变化进行了研究;共发现3种单倍型(haplotype),构成两种地理区域:高原台面上的居群主要固定HapA,而HapA、HapB和HapC在高原边缘居群均有分布。所有居群总的遗传多样性HT=0.511,GST=0.847。在低海拔的高原边缘,HapA、HapB和HapC高频率固定在不同的居群中,表明可能存在多个不同的避难所,居群反复缩小和扩张的瓶颈效应造成了遗传多样性的丢失。而边缘的一个居群含有两种相似单倍型频率则可能是冰期后迁移融合而成或者该居群在冰期经受的瓶颈作用更弱。高原台面东部间断分布的居群只固定HapA,表明它们可能经历了冰期后共同的回迁过程和由此产生的奠基者效应。我们的研究结果表明祁连圆柏在冰期可能存在多个避难所,瓶颈效应和奠基者效应造成了这些居群现在的遗传多样性分布式样。 展开更多
关键词 青藏高原 祁连圆柏 叶绿体DNA trnT-trnf序列 谱系地理学 瓶颈效应 奠基者效应
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根据cpDNA trnT-trnF序列变异分析中国互花米草种群的遗传结构 被引量:7
5
作者 吴娟子 王强 +1 位作者 钟小仙 陈建群 《草业学报》 CSCD 北大核心 2012年第4期134-140,共7页
采用直接测序法,测定了中国沿海互花米草8个种群80个样本的叶绿体trnT-trnF序列。结果显示,2个单碱基的插入/缺失将80个序列分为3种单倍型,3种单倍型在美国东海岸均有分布,且属于美国分布最广泛的C单倍型;中国种群的单倍型多样性Hd为0.3... 采用直接测序法,测定了中国沿海互花米草8个种群80个样本的叶绿体trnT-trnF序列。结果显示,2个单碱基的插入/缺失将80个序列分为3种单倍型,3种单倍型在美国东海岸均有分布,且属于美国分布最广泛的C单倍型;中国种群的单倍型多样性Hd为0.379,远低于美国原产地;种群间基因分化系数Gst为0.103、固定指数Fst为0.092;AMOVA分析揭示种群间仅有9%的遗传差异。研究结果表明,中国互花米草种群受瓶颈效应影响明显,种群间遗传变异较低,种群内多样性相对较高。 展开更多
关键词 互花米草 CPDNA trnT-trnf 单倍型 遗传结构
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基于trnL-trnF序列的扁蓿豆和青藏扁蓿豆遗传多样性及其群体遗传结构分析 被引量:14
6
作者 吴小培 沈迎芳 王海庆 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1136-1146,共11页
利用青藏高原及其毗邻地区的7个青藏扁蓿豆(Medicago archiducis-nicolai),以及来自上述地区和内蒙古的3个扁蓿豆(M.ruthenica)野生群体,根据叶绿体trnL-trnF基因间隔区序列,对其遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。对161个个体的trnL... 利用青藏高原及其毗邻地区的7个青藏扁蓿豆(Medicago archiducis-nicolai),以及来自上述地区和内蒙古的3个扁蓿豆(M.ruthenica)野生群体,根据叶绿体trnL-trnF基因间隔区序列,对其遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。对161个个体的trnL-trnF序列的分析,共检测到11个核苷酸变异位点,定义了14种单倍型。对单倍型在不同群体中的分布分析显示,青藏扁蓿豆在青藏高原东南边缘地区可能存在避难所,同时在青藏高原边缘地区可能发生了青藏扁蓿豆向扁蓿豆群体的基因入侵。空间分子变异分析和基于K-2P遗传距离的群体聚类均支持将上述群体分为扁蓿豆和青藏扁蓿豆两组,组间的遗传分化程度很大。分子变异分析表明,群体内的遗传变异明显大于群体间的变异,但部分群体间存在较高水平的遗传分化;错配分布和中性检验表明,在采样范围内两种扁蓿豆都没有经历明显的近期种群扩张。研究认为,青藏高原复杂的地形结构、冰期时的气候波动以及扁蓿豆本身的进化历史可能是造成其现今遗传结构形成的主要原因。 展开更多
关键词 扁蓿豆 叶绿体 TRNL-trnf 遗传多样性 遗传结构
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基于核糖体DNA的ITS序列和叶绿体trnT-trnL及trnL-trnF基因间区的菊花起源与中国菊属植物分子系统学研究(英文) 被引量:7
7
作者 赵惠恩 汪小全 +1 位作者 陈俊愉 洪德元 《分子植物育种》 CAS CSCD 2003年第5期597-604,共8页
Several sequences were applied to resolve phylogenetic relationships within Dendranthema and clarify the origin of garden chrysanthemums including sequences of nrDNA ITS, trnT-trnL and trnL-trnF intergenic spacer regi... Several sequences were applied to resolve phylogenetic relationships within Dendranthema and clarify the origin of garden chrysanthemums including sequences of nrDNA ITS, trnT-trnL and trnL-trnF intergenic spacer regions in cpDNA. The relationships among the species are so close that the three sequences could only provide limited information. From the evidence presented, we suggest that: ① D.rhmobifolium be the chloroplast donor of D.vestitum (HN) with the resembling morphology and the same trnT/L IGS sequence. ② D.vestitum, a putative ancestor, may be not the chloroplast donor of garden chrysanthemums. D.lavand-ulifolium might be the chloroplast donor of the type population of D.indicum (HN) or the direct chloroplast donor of the ancient garden chrysanthemum cultivar. ③ D.zawaskii might be not the ancestor of garden chrysanthemums. 展开更多
关键词 核糖体DNA ITS序列 叶绿体 trnT-trnL基因 trnL—trnf基因 菊花 中国菊属植物 分子系统学
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trnL内含子及trnL-trnF间隔区序列在木兰科系统发育研究中的应用 被引量:22
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作者 王亚玲 张寿洲 崔铁成 《西北植物学报》 CAS CSCD 2003年第2期247-252,共6页
通过木兰科29个种的trnL基因内含子的525个碱基序列及21个种的trnL-trnF基因间隔区的370个碱基序列测定和分析,构建的严格一致性材建议:①含笑属为相对一致的单系类群;②玉兰亚属的几个种形成一个单系类群,与木兰亚属的几个种无共衍位点... 通过木兰科29个种的trnL基因内含子的525个碱基序列及21个种的trnL-trnF基因间隔区的370个碱基序列测定和分析,构建的严格一致性材建议:①含笑属为相对一致的单系类群;②玉兰亚属的几个种形成一个单系类群,与木兰亚属的几个种无共衍位点;③木莲属为一个相对保守的类群,种间碱基差异很小。碱基位点差异分析表明:含笑和野含笑的trnL基因序列具2个位点的差异,结合形态学特征考虑,不支持David把两个种合并的处理;杂交鹅掌揪的trnL-trnF序列相对鹅掌楸有3个位点的变异和一个简单重复序列的插入;鹅掌楸的trnL-trnF序列与GenBank(AF040679)中已注册的序列有3个位点的差异。两个严格一致性树的CI值高达0.978和0.913,说明trnL内含子和trnL-trnF间隔区序列的平行演化在木兰科这几个属间发生频率非常低,只适于木兰科高等级的(属以上)的系统研究。 展开更多
关键词 木兰科 系统分类 TRNL内含子 trnL-trnf间隔区
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绿绒蒿自然杂交种及其亲本cpDNA trnL-trnF基因的遗传学分析 被引量:10
9
作者 袁长春 何雪宝 +1 位作者 袁秋梅 施苏华 《云南植物研究》 CSCD 北大核心 2007年第1期103-108,共6页
对自然杂交种Meconopsis×cookei及其亲本红花绿绒蒿M.punicea和五脉绿绒蒿M.quintuplinervia的叶绿体DNAtrnL-trnF区进行了序列测定,所得序列的长度为957~961bp,其中M.×cookei的序列长度为960bp,红花绿绒蒿为961bp,五脉绿绒... 对自然杂交种Meconopsis×cookei及其亲本红花绿绒蒿M.punicea和五脉绿绒蒿M.quintuplinervia的叶绿体DNAtrnL-trnF区进行了序列测定,所得序列的长度为957~961bp,其中M.×cookei的序列长度为960bp,红花绿绒蒿为961bp,五脉绿绒蒿为957bp。利用软件Clustal X对所得序列进行排序和碱基比较,排序后的序列长度为964bp,其中trnLintron为512bp,trnL3′exon为50bp,trnL-trn Fintergenic spacer(IGS)为361bp,还包括41bp的trnF5′端片段。整个trnL-trnF区序列共有25个变异位点,其中杂交种M.×cookei与红花绿绒蒿具有相同碱基的位点有21个(占84%),M.×cookei与五脉绿绒蒿具有相同碱基的位点仅有1个(占4%),余下3个位点(占12%)中,M.×cookei的碱基与两个亲本均不相同。分析结果表明,杂交种M.×cookei的叶绿体基因trnL-trnF来自红花绿绒蒿,根据质体细胞质遗传的规律,从而推测红花绿绒蒿为该杂交种的母本,五脉绿绒蒿为其父本。 展开更多
关键词 绿绒蒿杂交种 红花绿绒蒿 五脉绿绒蒿 TRNL-trnf
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6个小叶锦鸡儿种群叶绿体DNA trnL-trnF序列变异及其遗传结构分析 被引量:3
10
作者 孙果丽 高洪文 +2 位作者 王学敏 冯光燕 王赞 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2015年第3期6-10,25,共6页
以内蒙古6个小叶锦鸡儿种群共123个个体为材料,对小叶锦鸡儿叶绿体基因间隔区trnL-trnF序列进行了测序与分析。结果显示:6个种群123个个体共检测到2处变异位点,一处为1个碱基(GT)替换,一处为5个碱基(GAATG)缺失/插入,共得到3种单倍型;... 以内蒙古6个小叶锦鸡儿种群共123个个体为材料,对小叶锦鸡儿叶绿体基因间隔区trnL-trnF序列进行了测序与分析。结果显示:6个种群123个个体共检测到2处变异位点,一处为1个碱基(GT)替换,一处为5个碱基(GAATG)缺失/插入,共得到3种单倍型;6个种群总的遗传多样性(Hd)为0.626,核苷酸多样性指数(π)为0.00091,同时海拔越高、纬度越低,小叶锦鸡儿种群的Hd和π值越大;种群遗传分化指数为0.4148,表明种群内遗传变异占58.52%,种群间遗传变异占41.48%;基于N-J法构建的小叶锦鸡儿单倍型系统进化树显示,所有单倍型形成了两大单源群;基于最大简约标准的单倍型网络图表明,单倍型H1为古老单倍型,单倍型H2和单倍型H3是较为年轻的单倍型,结合地理分布图初步推测了两个阶梯的进化路线。 展开更多
关键词 小叶锦鸡儿 叶绿体 DNA trnL-trnf序列 变异 遗传结构
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灰枣和酸枣叶绿体trnL-trnF基因序列分析 被引量:4
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作者 赵志浩 王杰 +2 位作者 李振山 管少华 李继东 《河南科学》 2013年第11期1883-1886,共4页
以灰枣和酸枣叶片为材料,用改良的CTAB法提取总DNA,用通用引物对枣叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF间隔区进行PCR扩增,得到了trnL基因内含子和trnL-trnF间隔序列片段,并对trnL-trnF间隔序列片段回收测序,测序结果符合植物叶绿体基因trn... 以灰枣和酸枣叶片为材料,用改良的CTAB法提取总DNA,用通用引物对枣叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF间隔区进行PCR扩增,得到了trnL基因内含子和trnL-trnF间隔序列片段,并对trnL-trnF间隔序列片段回收测序,测序结果符合植物叶绿体基因trnL-trnF间隔序列特征,用DNAMAN软件进行同源性分析,结果表明灰枣和酸枣trnL-trnF基因序列同源性为94.78%.枣和酸枣的分类学地位是一个长期争议的问题,初步开展了灰枣和酸枣叶绿体基因序列分析的研究,为研究枣和酸枣分子系统进化提供参考. 展开更多
关键词 灰枣 酸枣 叶绿体基因 序列分析 trnL-trnf间隔序列
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基于ITS和trnl-trnF序列的新疆扁桃种质资源亲缘关系研究
12
作者 朱玲 徐崇志 +2 位作者 张锐 周燕 高山 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期412-419,共8页
为探究新疆扁桃种质的亲缘关系,以新疆‘纸皮’与‘阿曼尼沙’等24个扁桃种质为材料,对其叶片及果实的植物学性状进行对比分析。提取总DNA后分别对ITS与trnl-trnF序列进行PCR扩增、纯化及测序,将所测序列进行拼接及同源性比对。利用MEGA... 为探究新疆扁桃种质的亲缘关系,以新疆‘纸皮’与‘阿曼尼沙’等24个扁桃种质为材料,对其叶片及果实的植物学性状进行对比分析。提取总DNA后分别对ITS与trnl-trnF序列进行PCR扩增、纯化及测序,将所测序列进行拼接及同源性比对。利用MEGA5软件构建基于ITS和trnl-trnF序列的不同扁桃种质间的系统发育树。通过植物学性状对比发现,‘矮丰’的叶形指数最高为4.12,‘叶尔羌’的出仁率为72.9%,在供试24个扁桃种质中最高。经相关生物信息学软件分析表明,ITS序列长度为608~610bp,包括42个变异位点和9个简约信息位点,G+C含量为61.16%~61.90%。trnl-trnF序列长度为915~933bp,其变异位点和简约信息位点丰富,分别为457个和332个,分别占总长的48.8%和35.7%,G+C含量较低,为32.46%~32.94%。基于ITS和trnl-trnF序列的系统发育树表明,ITS序列间的遗传距离为0.000~0.008,trnl-trnF序列间的遗传距离为0.000~0.400,‘双薄’与‘双软’具有相同的遗传背景。 展开更多
关键词 扁桃 ITS TRNL-trnf 植物学性状 系统发育
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胞质雄性不育白菜叶绿体ndhJ-trnF区域序列发生变异
13
作者 蒋明 曹家树 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第5期497-502,共6页
以来自Polima胞质甘蓝型油菜雄性不育源转育获得的不育白菜'Bpol97-05A'和其回交亲本即保持系'Bajh97-01B'为材料,利用cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP)技术获得一条长约330bp的特异片段P1708,RT-PCR验证确认该序列... 以来自Polima胞质甘蓝型油菜雄性不育源转育获得的不育白菜'Bpol97-05A'和其回交亲本即保持系'Bajh97-01B'为材料,利用cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP)技术获得一条长约330bp的特异片段P1708,RT-PCR验证确认该序列为不育白菜材料所特有,经测序和BLAST比对,发现该片段除54bp的插入序列外,其余部分与大白菜和甘蓝叶绿体ndhJ-trnF基因之间的一段序列完全一致.根据基因区域两端的保守部位设计引物,以Polima不育白菜DNA和可育甘蓝型油菜的DNA为模板,分别获得了长约1900bp的序列,比较序列发现:不育白菜与可育白菜、甘蓝型油菜的DNA序列存在一定差异,'Bpol97-05A'中除多个位点发生变异外,另有108bp的插入序列,该插入由2个长度为54bp的重复序列组成,重复序列中除5′端3个碱基CTT外,其余部分均与trnF基因3′端51bp完全相同. 展开更多
关键词 白菜 cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP) ndhJ-trnf区域 序列变异 细胞质雄性不育 叶绿体基因
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基于ITS和trnL-trnF序列的草木樨种群遗传多样性研究 被引量:12
14
作者 狄红艳 骆凯 +3 位作者 张吉宇 段珍 霍雅馨 王彦荣 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期265-269,共5页
以白花草木樨(Melilotus alba)和黄花草木樨(Melilotus officinalis)18个地理种群植物为材料,用ITS序列和trnL-trnF序列研究了2种草木樨不同种群间的遗传多样性。结果表明:(1)trnL-trnF序列对位后长度为459bp,其中包括6个变异位点,6个... 以白花草木樨(Melilotus alba)和黄花草木樨(Melilotus officinalis)18个地理种群植物为材料,用ITS序列和trnL-trnF序列研究了2种草木樨不同种群间的遗传多样性。结果表明:(1)trnL-trnF序列对位后长度为459bp,其中包括6个变异位点,6个简约信息位点,G+C含量为33.1%;ITS序列对位后长度为714bp,其中包括5个变异位点,3个简约信息位点,G+C含量为48.9%。(2)在基于trnL-trnF序列构建的系统发育树中,2种草木樨能够形成单系分支,说明trnL-trnF序列在草木樨中的鉴别能力较强。(3)单倍型多样性以及核苷酸多样性分析表明,黄花草木樨的遗传多样性高于白花草木樨。 展开更多
关键词 草木樨 ITS序列 trnL-trnf序列 遗传多样性
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利用trnL-trnF探讨文定果属的系统地位及其与若干近缘科属的系统发育关系 被引量:5
15
作者 赖燕玲 王晓明 +3 位作者 陈国培 王春波 苏应娟 廖文波 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期98-107,共10页
运用克隆测序的方法测定了椴树科Tiliaceae、梧桐科Sterculiaceae、杜英科Elaeocarpaceae和大风子科Flacourtiaceae 21种以及外类群蔷薇科4种植物的叶绿体trnL-trnF序列,并结合GenBank中已公布的3科44个代表种的trnL-trnF序列进行系统... 运用克隆测序的方法测定了椴树科Tiliaceae、梧桐科Sterculiaceae、杜英科Elaeocarpaceae和大风子科Flacourtiaceae 21种以及外类群蔷薇科4种植物的叶绿体trnL-trnF序列,并结合GenBank中已公布的3科44个代表种的trnL-trnF序列进行系统发育分析。采用最简约法、最大似然法和Bayesian推测分析椴树科、梧桐科和杜英科科间和属内的系统发育关系。结果显示:①文定果属Muntingia构成一个独立于梧桐科和椴树科的分支,具有较高bootstrap的支持率和后验概率,表明建立文定果科Muntingiaceae具有合理性;②滇桐属Craigia与梧桐科翅子树属Pterospermum、肖槿属Thespesia、苹婆属Sterculia、可乐果属Cola、梧桐属Firmiana和银叶树属Heritiera的关系密切。支持将滇桐属归于梧桐科的观点;③杜英属Elaeocarpus和猴欢喜属Sloanea均为杜英科的主要成员,应归于杜英科;④椴树科、梧桐科和杜英科有较近的亲缘关系。特别是,椴树科和梧桐科的关系非常密切,两科并没有构成两个独立的单系群,而是形成复系群。 展开更多
关键词 文定果属Muntingia 克隆测序 trnL-trnf序列 系统发育
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基于叶绿体基因trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的甘薯种质遗传多样性分析 被引量:5
16
作者 王崇 焦春海 +5 位作者 杨新笋 张文英 雷剑 柴沙沙 王连军 田小海 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1536-1544,共9页
【目的】利用叶绿体基因组(cpDNA)的间隔区序列(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引... 【目的】利用叶绿体基因组(cpDNA)的间隔区序列(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引物中筛选出能扩增单一、清晰明亮且稳定的序列引物,利用其PCR扩增筛选出间隔区序列,并进行测序及序列拼接。利用DnaSP 5.0进行序列特征分析,采用MEGA X计算52份甘薯种质材料的遗传距离,并构建系统发育进化树。【结果】筛选获得7对扩增结果较理想的引物,其PCR扩增产物经测序分析,共获得3个有效标记(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)。三者的拼接序列长度为2239 bp,共有7个变异位点,2个单一突变位点,5个简约信息位点,11个插入/缺失位点。在52份甘薯种质材料中,trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的变异位点数量(Vs)分别为1、1和5个,单倍型数目(H)分别为2、4和5个,拼接序列的单倍型数目为10个;核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)最高的序列分别为trnT-trnL(π=0.00052)和trnH-psbA(Hd=0.535)。trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和Fu and Li’s F*均无显著差异(P>0.05),符合中性进化模式。基于拼接序列构建的系统发育进化树显示,52份甘薯种质材料的遗传距离为0~1.1848,平均遗传距离0.1018,其分为五大类,其中第Ⅰ类~Ⅳ类仅含有少量种质,其余41份种质归为第Ⅴ类。【结论】52份甘薯种质材料的遗传变异较为丰富,但种质材料间的遗传多样性低,与cpDNA特性和甘薯遗传背景狭窄有关。基于trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL的拼接序列更能准确分析甘薯种质的遗传多样性,且有效划分不同类群,为甘薯集团育种提供候选材料。 展开更多
关键词 甘薯 叶绿体基因组(cpDNA) TRNL-trnf TRNH-PSBA trnT-trnL 遗传多样性 系统发育进化树
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用cpDNA trnS-trnfM区域序列分析19个梨品种的亲缘关系 被引量:1
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作者 韩家萍 杨长红 +1 位作者 李文慧 牛建新 《中国果树》 2017年第S1期9-12,共4页
研究‘库尔勒香梨’等19个主要梨品种的cp DNA trn S-trnf M区域的系统发育。利用trn S-trnf M区域的通用引物对总DNA进行扩增,将扩增出的PCR产物进行克隆测序,获得了长度为1 272~1 642 bp的19条序列。序列分析结果表明,‘库尔勒香梨’... 研究‘库尔勒香梨’等19个主要梨品种的cp DNA trn S-trnf M区域的系统发育。利用trn S-trnf M区域的通用引物对总DNA进行扩增,将扩增出的PCR产物进行克隆测序,获得了长度为1 272~1 642 bp的19条序列。序列分析结果表明,‘库尔勒香梨’与白梨系统的同源性为85.01%,与新疆梨系统的同源性为78.60%,与西洋梨系统的同源性为78.28%,与砂梨系统的同源性为77.47%,与秋子梨系统的同源性为77.91%;基于测定序列构建的系统进化树表明,19个梨梨品种分为两大组,一组是‘库尔勒香梨’‘黑酸梨’‘句句梨’‘金川雪梨’、杜梨、‘京白’‘身不知’‘伏茄’‘冬巴’‘慈梨’;另一组是‘鸭梨’‘苹果梨’‘锦丰’‘砀山酥’梨、‘新世纪’‘南果梨’‘早酥’‘翠伏’和‘象牙’。 展开更多
关键词 CPDNA trn S-trnfM 生物信息 PERL
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基于trnL-trnF基因序列鉴定10种枸杞属种质资源 被引量:2
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作者 万如 王亚军 +2 位作者 赵建华 马婷慧 石志刚 《宁夏农林科技》 2020年第1期14-15,共2页
通过对10份枸杞属种质材料的叶绿体基因trnL-trnF进行克隆测序,获得10条DNA序列,经过比对分析及构建系统发育树,得出以下结果:①trnL-trnF序列总长为1156 bp,其中保守位点1146个,变异位点10个,包括简约信息位点9个,自裔位点1个;GC含量... 通过对10份枸杞属种质材料的叶绿体基因trnL-trnF进行克隆测序,获得10条DNA序列,经过比对分析及构建系统发育树,得出以下结果:①trnL-trnF序列总长为1156 bp,其中保守位点1146个,变异位点10个,包括简约信息位点9个,自裔位点1个;GC含量均值为35.9%;碱基转换颠换值为4.4。②获得的系统发育树分成了两大支,即黑果、W-12-30、黄果变和W-12-27聚为一大支,其余品种聚为一支,各分支内部均具有较高的自展支持率。因此,trnL-trnF序列可以作为初步鉴定枸杞属植物的DNA条形码。 展开更多
关键词 枸杞 trnL-trnf基因 DNA条形码 分子鉴定
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AT和TRNF合用牵引变压器的有效性 被引量:1
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作者 薛卫星 刘赓然 《铁路技术创新》 2013年第3期63-65,共3页
0 引言 目前,我国高速铁路快速发展及既有线路不断提速,对牵引供电系统的要求也不断提高.AT供电相比其他供电方式具有更为优越的综合性能,能满足高速铁路对牵引供电系统的要求.合蚌高铁全线设计采用AT供电方式,变压器采用三相VX接线方... 0 引言 目前,我国高速铁路快速发展及既有线路不断提速,对牵引供电系统的要求也不断提高.AT供电相比其他供电方式具有更为优越的综合性能,能满足高速铁路对牵引供电系统的要求.合蚌高铁全线设计采用AT供电方式,变压器采用三相VX接线方式. 牵引变压器是连接牵引供电系统和电力系统的核心设备,主要完成电压变换和功率传输的功能,其接线形式不仅影响变压器容量和经济性,而且决定了牵引负荷对电力系统的负序影响程度. 展开更多
关键词 牵引变压器 容量配置 高铁 电力变压器 trnf AT
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不同地理种群巴山榧树及近缘种叶绿体trnL-trnF序列的分析 被引量:15
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作者 马俊 陈发波 +2 位作者 周先容 汪建华 宋晓宏 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1053-1058,共6页
本文运用PCR产物直接测序法对巴山榧树10个地理种群的trnL-trnF序列进行了测定,并调用GenBank中6个近缘种的trnL-trnF序列,选用MEGA 4.1软件对巴山榧树不同地理种群及近缘种间的trnL-trnF序列进行分析。结果表明,巴山榧树10个地理种群... 本文运用PCR产物直接测序法对巴山榧树10个地理种群的trnL-trnF序列进行了测定,并调用GenBank中6个近缘种的trnL-trnF序列,选用MEGA 4.1软件对巴山榧树不同地理种群及近缘种间的trnL-trnF序列进行分析。结果表明,巴山榧树10个地理种群间的遗传分化程度较低,只有34个变异位点,1个信息位点;7个近缘种间的遗传分化较显著,有75个变异位点,30个信息位点。聚类分析将巴山榧树10个地理种群与6个近缘种聚为2个分支,巴山榧树、云南榧和日本榧树聚为一支,榧树、长叶榧树、佛罗里达榧和加州榧聚为另一个分支。trnL-trnF序列系统树不支持将榧树属分为皱乳榧组和榧树组;赞同将云南榧并入巴山榧树,或作为巴山榧树的变种处理;不支持将巴山榧树和云南榧合并在榧树下作为变种的处理意见。 展开更多
关键词 巴山榧树 地理种群 近缘种 trnL-trnf序列 遗传分化
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