猪传染性胃肠炎病毒TS株非编码区的克隆及其一二级结构的分析

参照GenBank中Purdue株全序列对5′和3′非编码区各设计一对特异性引物,经RT-PCR分别获得了2 957 bp和516 bp大小的片段,与预期结果大小相符。猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)TS株与Puedue株、TH-98和FS772/70株的5′UTR核苷酸序列同源性分别为99.4%,99.3%,99.0%,TGEV TS株的3′UTR与Miller、Purdue、Niigata、h-5株的核苷酸同源性均为100.0%,与Aomori和Ogawa的同源性为99.3%。对非编码区的二级结构进行分析发现其具有复杂的二级结构。

猪繁殖与呼吸综合征病毒TS株结构蛋白基因的克隆与变异分析

从河北唐山分离到一株疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),接种Marc-145细胞,经2代盲传后出现细胞病变,经鉴定为PRRSV,命名为TS株。利用RT-PCR扩增出TS株各基因的cDNA片段,然后克隆入pMD19-T载体并测序。应用DNAStar软件,结合其它河北毒株与多株GenBank中已发表的PRRSV毒株相应基因进行序列比较。结果表明:PRRSV TS株与VR-2332同源性为88.9%-94.7%,与河北省2007年以来发现的8个毒株同源性很强,为98.0%-99.7%;与LV株的亲缘关系较远,同源性为61.2%-69.0%,属于美洲型。遗传进化树表明国内美洲型分离株明显分为2个亚群,所有河北省流行毒株属于同一亚群,且TS株与高致病性代表毒株JXA1关系非常近。本研究将为河北省预防和控制PRRS提供重要的理论数据。

新城疫病毒TS09耐热株HN基因的序列测定与分析

新城疫病毒TS09耐热株是由V4株经耐热选育得到的新毒株。对其血凝素-神经氨酸酶(Hemag-glutinin-Neuraminidase,HN)基因进行序列测定分析。选取GenBank中国内外具有代表性的序列与其进行同源性和系统进化分析。结果表明,氨基酸序列同源性比较中,TS09耐热株与V4株的氨基酸的同源性为96.8%;在核苷酸系统进化树中,V4株位于基因Ⅰ型的分支上,TS09耐热株位于基因Ⅱ型的分支上;耐热株中HN基因中GC含量为47.58%,比不耐热株GC含量高;但比较耐热株和不耐热株HN蛋白的α螺旋,耐热株比不耐热株的HN蛋白在跨膜区和胞外区均多出一个长的α螺旋。同源性和系统进化分析表明TS09耐热株与V4株有很近的亲缘关系;耐热株和不耐热株HN蛋白的GC含量、α-螺旋有很大的差别,这可能与耐热性有一定的关系。

猪繁殖与呼吸综合征病毒河北地方株ORF3基因的克隆及变异分析

从河北唐山分离到一株疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒,接种Marc-145细胞,经过4代盲传后,出现细胞病变,经鉴定为PRRSV,命名为TS株。根据GenBank公布的PRRSV JXA1株ORF3基因的核苷酸序列,设计并合成一对特异性引物,用RT-PCR方法扩增完整ORF3基因,将扩增产物连接到pMD19-T载体并转化克隆菌,将阳性重组质粒PMD-GP3进行序列测定与分析。应用DNA Star软件,将测序结果与国内外已发表野毒株和疫苗株的ORF3基因进行序列比较,并绘制系统进化树。这为研制PRRSV新型疫苗及诊断试剂奠定了基础。

鸡胚免疫新城疫疫苗后宿主法氏囊转录组学分析

【目的】通过转录组学分析鸡胚免疫新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)TS09-C株后宿主法氏囊内免疫关键基因及信号通路分子转录差异,探究免疫后宿主法氏囊内免疫相关分子的调控反应。【方法】将60只18胚龄SPF鸡胚随机分为免疫组和对照组,30枚/组,免疫组将NDV TS09-C株通过羊膜腔接种鸡胚,剂量为103.0 EID 50/枚,注射体积为0.1 mL,对照组以同样的方法接种等体积PBS。检测免疫后不同时间点肺脏、胸腺、脾脏和法氏囊组织的病毒载量。选取病毒载量最高的法氏囊组织进行转录组学测序后,筛选免疫相关差异表达基因并分析其参与的主要功能及通路。【结果】免疫后1 d法氏囊组织中即可监测到病毒,免疫后3 d病毒载量达到最高。将免疫后3 d的法氏囊进行转录组学分析,与对照组相比,免疫组有453个基因上调、98个基因下调,其中免疫相关基因有36个上调、10个下调。免疫相关差异表达基因主要富集于自噬和细胞因子-细胞因子受体相互作用的免疫相关通路。差异表达基因蛋白互作分析显示,自噬通路中富集的BCL2与其他免疫相关基因有较多互作关系,且在B细胞活化、分化、免疫系统发育等功能注释中均有参与。【结论】本研究结果揭示了鸡胚免疫NDV TS09-C株后法氏囊内调控B细胞活化、分化的潜在靶向基因及通路,为进一步研究该毒株鸡胚免疫后B淋巴细胞调控的分子机制提供新的信息。

温度敏感突变株在病毒学研究中的应用

本文根据病毒温度敏感突变(ts)株的特征,介绍了该突变林在病毒学研究中的应用情况;并简要介绍应用于预防病毒性疾病中的状况。

TGEV的sM、M和N基因克隆及特征分析

参照GenBank中收录的TGEVsM、M和N基因序列各设计1对特异引物,经RTPCR扩增获得了TS株的相应基因片段,分别约为346、932和1217bp,其大小与预计的目的片段相符。与其他毒株的相应基因相比较,并经剪接后,TS株的sM、M和N基因全长分别为248、789和1149bp,各编码82个、262个和382个氨基酸;TS株与Purdue株、TFI株和961933株的sM基因核苷酸序列同源性分别为95.2%、92.7%和90.2%;推导氨基酸的同源性分别为95.9%、97.2%、98.8%;与Purdue株、TFI株、TGEVH株和961933株的M基因核苷酸序列同源性分别为95.2%、98.0%、99.6%和95.0%;推导氨基酸的同源性分别为97.0%、97.3%、98.5%、93.5%;与Purdue株、TFI株、FS722/70株、Korea株、TO14株、TGEVH株和961933株的N基因核苷酸序列同源性分别为98.1%、97.7%、99.0%、98.3%、99.2%、99.0%和95.9%,推导氨基酸的同源性分别为97.9%、98.4%、99.0%、97.7%、99.5%、96.2%、96.6%。并对TS株基因间的保守序列和sM、M和N基因及其编码的相应氨基酸的结构特征进行了分析,发现sM和N基因在TGEV中保守;并提示在我国不仅存在有2个不同亚基因型的TGEV,而且我国的TGEV可能是输入性的。

猪传染性胃肠炎病毒S基因的克隆及其结构特征

参照GenBank中登录的TGEVS基因序列设计了 3对特异引物 ,经RT PCR扩增获得了TS株S基因的SⅠ、SⅡ和SⅢ 3个片段 ,其大小分别约为 12 6 2、2 36 8和 12 6 6bp。SⅠ、SⅡ和SⅢ片段经剪接后 ,可知TS株的S基因全长为 4 347nt ,共编码 14 4 9个氨基酸。对TS株与其他毒株的S基因序列进行比较发现 ,TS株与Miller株、FS72 2 / 70株、TGEVH株、96 1933株、TFI株均在 112 4～112 9位有 5′ ATGATA 3′六个碱基 ,而在Purdue株、TH 98株、NEB72 RT株和PRCV HOL87株中缺失 ;TS株与Miller株、FS72 2 / 70株、TFI株、Purdue株、96 1933株、TGEVH株、TH 98株、NEB72 RT株和PRCV HOL87株的核苷酸序列同源性分别为 99.6 %、98.9%、98.0 %、98.3%、95 .7%、99.3%、97.7%、98.3%和 97.5 % ,推导氨基酸序列的同源性分别为 99.2 %、98.4 %、97.7%、97.8%、94 .8%、98.6 %、97.2 %、97.7%和 97.0 % ;TS株S蛋白的推导氨基酸序列较Purdue株、TH 98株和NEB72 RT株多出 2个潜在的糖基化位点 ,共 34个。与不同毒株比较后 ,推测在TGEV的S蛋白中第 71位的Asp(D)与呼吸道嗜性有关 ,第 2 19位的Ala(A)