山羊TSPAN6基因克隆及序列分析

TSPAN6是四跨膜蛋白超家族成员之一,与病毒毒力、致病性及肿瘤发生相关。本研究旨在克隆山羊TSPAN6基因序列并进行生物信息学分析。以简州大耳羊为实验对象,无菌采集其肝脏,Trizol法提取组织总RNA,并反转录为cDNA,RT-PCR技术克隆山羊TSPAN6基因序列,利用在线软件进行生物信息学分析。结果显示,成功克隆得到TSPAN6基因,共1 400 bp(GenBank登录号:ON337134),包括5’UTR 149 bp,CDS区长738bp,3’UTR23bp,编码245个氨基酸残基。山羊TSPAN6基因序列与绵羊、牛、猪、斑马、海豹和狐狸的相似性分别达到99.32%、98.24%、93.63%、93.90%、92.41%和92.68%。TSPAN6蛋白分子式为C1259H1952N310O346S18,分子质量为27 544.30 Da,是1种偏碱性、稳定的疏水性蛋白。TSPAN6蛋白无信号肽,存在4个跨膜结构域,二级结构显示以α螺旋为主,无β折叠结构,含有1个N糖基化位点与41个磷酸化位点。亚细胞定位预测TSPAN6蛋白主要定位于细胞膜,可能与MAVS、ZFHX4、SEZ6L2等10个蛋白存在相互作用。本实验成功克隆了山羊TSPAN6基因,为后续山羊TSPAN6基因功能的研究提供了参考依据。

基于TCGA数据库探究TSPAN6在胶质瘤中的表达及临床意义

TSPAN6(Transmembrane 4 Superfamily Member 6)编码的蛋白质是跨膜超家族(Transmembrane 4 Superfamily)的成员,该家族也被称为四氨蛋白家族。这些成员大多数是细胞表面蛋白,其特征是存在四个疏水结构域。蛋白质介导信号转导事件,在细胞发育、激活、生长和运动的调节中发挥作用。但TSPAN6的表达与胶质瘤的生长及进展的关系尚不明确。本研究旨在通过基于癌症基因组图谱(TCGA)数据集的分析,从胶质瘤组织特异性表达、预后价值和信号通路富集等方面探讨其可能的价值。方法:使用GEPIA2、UALCAN与Oncolnc分析脑胶质瘤中TSPAN6的表达谱及生存预后情况。GEPIA2分析得到TSPAN6基因的相似基因集,通过R studio进行KEGG和GO功能富集分析。GEPIA2与R studio进行TSPAN6基因的表达与促癌、增殖,迁移相关基因表达的相关性分析。结果:与非肿瘤脑组织相比,TSPAN6的mRNA表达量在低级别胶质瘤(LGG)和胶质母细胞(GBM)中升高(p<0.05);TSPAN6的mRNA表达量与脑胶质瘤患者的总体生存率相关性相关(p<0.05)。功能富集分析结果显示,TSPAN6在纤毛、囊泡的形成、运动等功能相关,可能对肿瘤的迁移、侵袭具有影响。脑胶质瘤中TSPAN6基因与PCNA基因的表达具有正相关性(P=0.039.R=0.16),与PTEN基因的表达水平具有负相关性(P=0.023、R=-0.18),与上皮间充质转化(EMT)过程中间质样细胞标志物vimentin、α-SMA的表达量呈正相关性(均p<0.05,R=0.531、0.228)。结论:TSPAN6的mRNA表达量在人脑胶质瘤比人脑非肿瘤组织中显著升高,与患者的总生存率具有相关性,且在肿瘤增殖、侵袭迁移的过程中可能发挥作用,其表达可能对预测脑胶质瘤的发生、进展及预后具有一定价值。