牛带绦虫亚洲亚种苹果酸脱氢酶基因的生物信息学分析

利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY)中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析工具,结合其他生物信息学分析软件包进行分析。牛带绦虫亚洲亚种苹果酸脱氢酶(MDH)基因是全长基因,长度为1212bp,编码区为30～1028bp,编码332个氨基酸,无跨膜区,具有多个磷酸化位点,蛋白理化性质稳定;预测3个主要的抗原表位(aa95～aa100、aa322～aa327和aa117～aa122)在MDH空间结构上相距较远的分子表面,aa117～aa122属于带绦虫共有的线性抗原表位。预测胞桨型苹果酸脱氢酶是一个潜在的诊断抗原。

亚洲带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶基因的克隆及生物信息学分析

目的分析亚洲带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶(GST,glutathione S-transferase)基因结构并预测其编码蛋白的结构和功能。方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nl m.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)中生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,从获得亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库的表达序列标签(EST,expression sequence tag)中识别GST基因,分析该基因的结构并预测其编码的蛋白质的结构和功能特征。结果该基因与猪带绦虫GST的一致性为94%,相似性为97%;全长810bp,编码区为28~687bp,编码219个氨基酸,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定;预测三个主要的抗原表位89aa^94aa,27aa^32aa,119aa^124aa位于空间结构上相距较远的分子表面,前面两个表位属于绦虫共有的线性抗原表位。结论从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出GST基因,预测为胞浆型蛋白,可能具有较好的免疫诊断抗原应用前景。

亚洲带绦虫肌动相关蛋白2/3复合体结构与功能的生物信息学分析

目的分析和预测亚洲带绦虫肌动相关蛋白2/3复合体亚单位4(Actin related protein2/3complexsubunit4,Arp2/3)基因及其编码蛋白的结构和特性。方法利用美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,如Pcgene和Vector NTIsuite,从亚洲带绦虫全长cDNA质粒文库中识别Arp2/3基因及其编码区,分析、预测该基因编码蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果该基因全长718bp,编码区为30-530,编码167个氨基酸,为全长基因。GenBank中与日本血吸虫Arp2/3氨基酸序列一致性达78%,相似性达90%。理论分子量为19533.9。没有跨膜区和各种亚细胞序列。预测3个主要的抗原表位为53～58,74～82,138～143均在Arp2/3空间结构的分子表面。结论应用生物信息方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出Arp2/3基因。

亚洲牛带绦虫Spef1-Like基因及其蛋白结构特征的生物信息学分析

目的分析和预测亚洲牛带绦虫的Spef1-Like基因及其编码的蛋白质的结构和功能。方法利用生物信息学网站如美国国家生物技术中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(Ex-PASY,http://ca.expasy.org/)所提供的有关基因和蛋白序列和结构功能分析工具,以及专业的生物信息学软件包如pc-gene,VectorNTIsuite,从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库当中识别该基因及编码区,分析和预测该基因编码的蛋白质的理化性质,一级结构中的修饰位点及模序,亚细胞定位特征,二级结构特征以及蛋白三维空间构象,蛋白亲水性及潜在抗原表位。结果该基因全长1099bp,编码区为117-929bp,编码271个氨基酸,与GenBank当中的其他序列比对,预测该基因为全长基因。编码的蛋白质理化性质比较稳定,含有多个能被其他酶修饰的位点,无跨膜区,预测其主要含有三个亲水性较强的抗原表位,空间结构上相距较近。结论生物信息方法可从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出Spef1-like基因并进行分析。

亚洲带绦虫膜联蛋白B3基因生物信息学分析

目的识别亚洲带绦虫新基因,分析和预测该基因及其编码蛋白的结构和特性,为其生物学功能研究提供依据。方法利用在线生物信息学网站及工具进行序列分析、预测其编码的膜联蛋白B3的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象、进化树等。结果该基因全长1176 bp,编码区为70~588 bp,编码173个氨基酸,为全长基因;无跨膜区;具有多个磷酸化位点和B细胞线性表位;蛋白的理化性质稳定,理论分子量为19339.7;没有质体、线粒体定位序列;氨基酸序列高度保守。结论运用生物信息学方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中识别出了亚洲牛带绦虫成虫膜联蛋白B3基因,并对其所编码的蛋白质的结构与功能进行预测。