太湖猪遗传多样性和系统发生关系的RAPD分析

报道了对太湖猪7个类群、红灯笼猪、约克夏种猪及太湖地区野猪共57个个体随机扩增多态DNA（RAPD）分析的结果，重建了太湖猪的系统发生树。实验从40个引物中选用重复性较好的13个引物对所有个体进行了随机扩增，共获得198个RAPD标记，单个引物获得的标记数在3～16间。RAPD分析结果表明：（1）在太湖猪各类群内及类群间都具有较高的相似性指数，类群间平均遗传距离为0．05又反映太湖猪群体的遗传变异较小；（2）红灯笼猪也应是太湖猪的一个类群；（3）太湖猪与太湖地区的野猪亲缘关系较近；（4）太湖猪在品种形成的过程中可能较早的分裂为2支，一支形成现存的米猪、二花脸猪及嘉兴黑猪3个类群，红灯笼猪也属于这一支。另一支形成现存的沙乌头猪、梅山猪、枫径猪及横径猪4个类群。对太湖猪遗传多样性的保护策略作了探讨。

巴马小型猪与贵州小型香猪遗传多样性的RAPD分析

应用经过筛选的31条引物对巴马小型猪和贵州小型香猪的基因组DNA进行RAPD扩增,分析二品系实验用小型猪的遗传多样性。两品系实验用小型猪品系内及品系间多态性位点的百分数分别为30.9%和25.7%,品系间及品系内的平均遗传距离分别为0.120、0.072和0.067。结果表明,两品系实验用小型猪品系间及品系内遗传多样性贫乏,遗传变异较小。

太湖秀丽白虾遗传多样性的RAPD分析

用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对取自4个湖区（东太湖、南太湖、西太湖、北太湖）的各20尾太湖秀丽白虾进行了遗传多样性分析。筛选的17个随机引物共检测到85个位点（200-1500bp）。各群体的多态位点比例为32.94%-38.82%,遗传多态度为0.2134-0.2518,群体间最大遗传距离为0.0545,最小遗传距离为0.0094。用UPGMA对4个群体进行聚类分析,构建聚类分析图。结果表明,太湖秀丽白虾的遗传多样性较丰富,不同湖区的群体没有明显的遗传分化。

互助猪保种群遗传多样性的RAPD分析

利用随扩增多态DNA(RAPD)技术分析了互助猪两个保种核心群 18头个体的遗传变异 ,用Shannon指数计算了遗传变异在两个保种核心群群体内和群体间的分布。结果表明 :互助猪两个保种核心群遗传变异有一定差异 ,分别为49.0 0 %和 34.5 8%。这是由于两个保种群规模不同 ,导致世代近交增量也不同 ,同时长期的自群繁育阻碍了基因的相互交流。

2个群体秀丽白虾生物学特征及基于RAPD的遗传多样性研究

对太湖和巢湖2个群体秀丽白虾的生物学特征和基于RAPD的遗传多样性进行了研究。结果表明,6月份太湖秀丽白虾的体长优势组为40～50mm(占样本数的69.3%),体重优势组为0.5～2.0g(占样本数的83.4%),体长(L,mm)、体重(W,g)的关系式为:W=2.6×10-5L2.8777;6月份巢湖秀丽白虾的体长优势组为45～55mm(占样本数的73.8%),体重优势组为1.5～2.5g(占样本数的69.0%),体长(L,mm)、体重(W,g)的关系式为:W=2.8×10-5L2.8471。15个随机引物的RAPD研究结果表明,太湖群体多态位点比例为49.16%,巢湖群体多态位点比例为48.78%;太湖、巢湖2个群体内遗传相似系数分别为0.8817和0.8735,2个群体之间的遗传距离为0.0311,群体间没有发生明显的遗传分化。

太湖日本沼虾的遗传多样性分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对太湖湖区不同水域(无锡、宜兴、苏州及湖州水域)野生日本沼虾群体进行基因组DNA的遗传多样性分析。在事先优化的条件下,试验从选用的50个随机引物中筛选出16个有效引物,共检测到117个清晰稳定的位点,大小为200bp～2000bp,其中92个位点具有多态性。四个群体的多态位点比例分别为49.57%、60.68%、53.85%、57.26%,杂合度为0.2077～0.2163,Shannon信息指数为0.2967～0.3053,群体间遗传分化指数Gst值为0.1644～0..2002。AMOVA分析结果显示,群体的遗传变异有16.67%是由群体间遗传变异引起的,显著性检验表明群体间遗传变异对总遗传变异影响显著。遗传距离显示四个群体有一定遗传分化,其中苏州和宜兴群体间遗传距离最大(0.1481),无锡与宜兴群体间遗传距离最小(0.1141)。利用UPGMA进行聚类分析表明,无锡与宜兴群体首先聚在一起,湖州与苏州群体随后聚在一起,再与无锡、宜兴群体聚在一起。

13/17染色体易位纯合子猪群随机扩增多态性DNA指纹分析

利用 6 0条随机引物对 13/ 17罗伯逊易位纯合子猪、易位杂合子猪及正常核型猪的群体基因组 DNA进行了RAPD分析 ,筛选出 2 2个产生多态性的随机引物 ,计算出 3个群体间及群体内的共有带率 (F)及遗传距离指数 (D) ,并以此绘制出群体的亲缘关系树状图。对群体的遗传多样性进行了研究 ,计算出遗传多样性指数 (Ho) ,并在此基础上进行了 t检验 ,结果表明了该群体的变异情况。该群体的变异主要来源于群体间的变异 ,群体间的变异大于群体内的变异。利用 RAPD技术可快速有效地检测亲缘关系较近的猪群体的 DNA多态性 。

苏姜猪线粒体基因组全长测序及线粒体基因多样性分析

从分子水平上探究苏姜猪的遗传多样性,采用二代测序方法测定了苏姜猪线粒体基因组全序列,整合NCBI数据库中已公布的家猪类,以及本实验室测定的苏姜猪线粒体基因组全序列,使用蛋白编码基因和rRNA基因联合的数据集,基于贝叶斯法(BI法)和最大似然法(ML法)构建了家猪类的系统发生树,测序结果表明,该样本线粒体基因组全长15 436 bps,包含典型的家猪类线粒体基因组37条基因,结构紧凑,其线粒体基因组碱基组成(A+T)约占40%,(C+G)约占60%,t RNA总共有8处错配,结果表明苏姜猪具有丰富的遗传多样性,江海型线粒体核苷酸多态性高于全国6个类型猪的平均水平,体现了其独特的遗传多样性.在基于线粒体基因组完整编码区的系统发育分析中,苏姜猪在中国6个类型家猪中单独成为一支,支持其作为一个新猪种而存在.