红粒小麦Tamyb10单倍型检测及其与穗发芽抗性的关系

穗发芽是影响小麦品质和产量的重要因素之一,通常红粒小麦比白粒小麦具有较高的穗发芽抗性。转录因子Tamyb10是R-1基因的强候选基因,其表达与否和表达水平决定小麦籽粒颜色。为阐明Tamyb10单倍型与红粒小麦穗发芽抗性的关系,利用已开发的Tamyb10基因分子标记,检测119份来自不同麦区的红粒小麦材料,发现Tamyb10基因(Tamyb10-A1、Tamyb10-B1和Tamyb10-D1位点)可分成7类单倍型,分别是baa、aba、bba、aab、bab、abb和bbb。Tamyb10-D1对穗发芽抗性影响最大,Tamyb10-B1次之,Tamyb10-A1作用最小。Tamyb10单倍型没有明显的地域分布特点,但在东北春麦区,Tamyb10单倍型bbb与红粒品种的高穗发芽抗性相关。

小麦品种(系)抗叶锈病基因Lr10位点基因型的多样性

小麦抗叶锈病基因Lr10的表达需与其紧密连锁的RGA2基因调控,按照这2个基因的连锁关系,Lr10基因位点分成H1和H2两个古单倍型。为揭示我国小麦品种中Lr10的遗传多样性,对189个来自12省的小麦育成品种和58个品系的该基因位点变异进行了鉴定分析。绝大多数供试品种(系)为H2古单倍型,其频率在育成品种和品系中分别为95.2%(180/189)和96.6%(56/58)。这2种古单倍型可进一步分为9种单倍型亚型,其中H1-2、H2-4、H2-5、H2-6和H2-7亚型为首次报道。育成品种包含所有单倍型亚型,以H2-1频率最高(69.3%),H2-3和H2-6频率最低(0.5%);而在选育品系中仅检测到5种单倍型亚型,其中H2-1频率最高(27.6%),H1-2频率最低(3.5%)。除H2-1与H2-2型外,其他亚型与育成地显著相关(P<0.05)。本研究结果支持Lr10基因位点的古单倍型和单倍型亚型在育种中保持相对稳定的推断,同时由于在育种过程中持续重组和变异而产生了新的单倍型亚型,而且重组可以发生在H2和H1两种古单倍型之间。在现代育成品种和品系中,H1古单倍型所占比例已降至5%以下,应加以保护。

小麦TaSnRK2.10的多态性及与农艺性状的关联

【目的】蔗糖非发酵蛋白激酶(SnRK)是一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在植物信号传递途径中发挥着重要作用。研究小麦TaSnRK2.10的多态性,开发其功能标记,并进行标记-表型性状关联分析,为利用分子标记进行遗传改良和种质创新提供依据。【方法】以30份多态性较高的六倍体普通小麦及其野生近缘种的二倍体和四倍体为材料,通过测序分析TaSnRK2.10-A的序列多态性;利用中国春缺-四体材料对该基因进行染色体定位;利用RIL群体(偃展1号×内乡188)对基因进行遗传定位;根据TaSnRK2.10-A序列多态性,开发分子标记,以262份普通小麦构成的自然群体为材料分析基因单倍型与表型性状的关联特性。【结果】克隆了小麦TaSnRK2.10的A、D基因组序列,在由30份多态性较高的小麦材料组成的自然群体中,没有检测到来自D基因组的TaSnRK2.10-D序列多态性;TaSnRK2.10-A全长4 688 bp,包括启动子1 934 bp、5′-UTR 343 bp、编码区2 319 bp及3′-UTR 92bp。在基因全长序列中共检测到15个SNP、2个InDel。其中,启动子区有8个SNP,5′-UTR有2个,编码区有5个。位于编码区的5个SNP中,2个存在于外显子,其中一个是非同义突变。2个InDel均位于编码区。根据序列多态性分别设计了启动子区的分子标记PM1和PM2,以及基因编码区的分子标记GM1和GM2。利用中国春缺-四体材料将TaSnRK2.10-A定位于小麦染色体4A,利用RIL群体将TaSnRK2.10-A定位在染色体4A的标记Xwpt7001和WMC48之间,与2个侧翼标记的遗传距离分别为5.1 cM和25.7 cM。利用开发的4个分子标记,将自然群体的262份材料分为4种单倍型,分别与千粒重、单株穗数和每穗小穗数显著相关或极显著相关,HapⅡ和HapⅢ是提高千粒重的优异单倍型。4 184 bp位点为C时,为高千粒重的优异等位变异。【结论】小麦TaSnRK2.10-A位于染色体4A。HapⅡ和HapⅢ是提高千粒重的优异单倍型,HapⅣ是提高单株穗数的优异单倍型,4 184 bp位点的胞嘧啶(C)是优异等位变异。

甘南牦牛GDF-10基因多态与生产性状的相关性分析

【目的】GDF-10基因又称作骨形成蛋白3b,最早通过骨形成蛋白寡聚核苷酸序列的PCR扩增所得,与骨骼的形成和发育有关。很多研究已经表明GDF-10基因在骨骼的形态变化过程中发挥着重要作用。本实验通过研究甘南牦牛GDF-10基因多态性与生产性状间的相关性,证明GDF-10基因与骨骼发育的相关性,发现与牦牛生产性状相关的分子标记,为加快牦牛选育进程,提高牦牛生产性能提供参考。【方法】以298头甘南牦牛血样为材料,随机选取其中的30个DNA样混合组成DNA池,设计9对引物对GDF-10基因外显子1,2和3进行扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶回收后测序。运用BLAST和Chromas软件通过测序峰图找出突变位点,然后采用高分辨率熔解曲线分析技术(high resolution melting curve,HRM)进行基因型分型和统计等位基因频率。采用SHEsis和PHASE软件对GDF-10基因多态位点进行配对连锁不平衡和单倍型分析,采用SPSS17.0进行基因多态位点与生产性状关联性分析。【结果】检测到甘南牦牛GDF-10基因外显子3的3个多态位点12116(G/A)、12152(C/T)、和13041(T/C)。群体遗传学分析显示,3个多态位点均表现为低度多态(PIC<0.25);2检验表明牦牛群体在13041(T/C)位点未达到Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),其它两个多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);多态位点配对连锁不平衡分析发现,三个突变位点之间存在弱连锁平衡;关联分析表明,甘南牦牛GDF-10基因不同突变位点的基因型与体斜长、体高、胸围、体重差异显著或极显著(P<0.05或P<0.001),与管围差异不显著(P>0.05);单倍型分析后在群体中发现了7种单倍型组合,其中ATC和ATT组合与牦牛的体尺性状和体重显著相关。【结论】甘南牦牛GDF-10基因3个多态位点和两个单倍型组合与牦牛的体高、体长、体重和胸围显著相关,可以尝试作为牦牛生产性状的候选分子标记,为牦牛遗传资源的保护、开发与新品种的选育提供科学依据。

南德温杂交肉牛生长分化因子10基因多态性与体尺性状的关联分析

以98头南德温杂交肉牛血样为材料,随机抽样构建混合DNA池,利用高分辨率熔解曲线分析技术和直接测序法检测生长分化因子10(growth differentiation factor 10,GDF10)基因的序列变异,研究分析GDF10基因的多态性。采用SHEsis和PHASE软件对GDF10基因多态位点进行配对连锁不平衡和单倍型分析,采用SPSS 17.0进行基因多态位点和单倍型组合与体尺性状关联性分析。结果显示,南德温杂交肉牛GDF10基因检测到3个多态位点1113(G/A)、9569(G/A)和9628(G/A);关联分析表明,南德温杂交肉牛GDF10基因不同突变位点的基因型与体斜长、体高、胸围和管围差异显著(P<0.05);单倍型分析后在群体中发现8种单倍型组合,其中AAA、GGA与南德温杂交肉牛的体高、体斜长、胸围和管围显著相关(P<0.05)。由此推断,南德温杂交肉牛GDF10基因3个多态位点和2个单倍型组合与体斜长、体高、胸围和管围显著相关,可以作为肉牛生产性状的候选分子标记,为肉牛遗传资源开发与利用提供科学依据。

浙江地区汉族人群caspase-8、-10基因四个单核苷酸多态性位点的单倍型研究

目的分析汉族人群caspase-8、-10基因的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisins，SNPs）位点及其构成的单倍型，为研究caspase-8、-10基因与多基因复杂疾病的关联分析奠定基础。方法采用PCR、变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-10基因的第2．5外显子，caspase-8基因的第8-10外显子及其部分侧翼序列的多态性位点；分析配对位点的连锁不平衡关系，最大期望值法估算它们构成的单倍型。结果（1）caspase-10基因的第2、5外显子分别检出一个SNP位点A2823G和A12799G，其中A12799G是新发现的低信息度的SNP；caspase-8基因中检测到3个SNP位点A43466G、G51484A、G52951A，分别位于第8、9外显子和第9内含子；它们均未改变所编码蛋白的一级结构；（2）caspase-10基因中A2823G位点与caspase-8基因中3个位点间已达到连锁平衡，caspase-8基因中A43466G与G52951A、G51484A与G52951A也达到连锁平衡，连锁不平衡系数分别接近于0；只有A43466G与G51484A存在强的连锁不平衡，连锁不平衡系数接近于1；（3）caspase-10基因的A2823G位点与caspase-8基因的3个位点预计产生11种单倍型，其中A-2823／A-43466／G-51484／G-52951是主要单倍型，频率为0．381l，其次是A．2823／A-43466／G-51484／A-52951，频率为0．2536；这4个SNP位点联用，多态信息含量可达到0．7106。结论浙江地区汉族人群caspase-10、-8基因中的SNP位点至少处于3个不同的单倍型块；联合多个相邻的位点构成单倍型，可以弥补单个SNP信息度较低的不足。

IL-10基因多态性与特应性皮炎发生的相关性

目的研究白细胞介素-10(IL-10)基因启动子区域的单核苷酸多态性与特应性皮炎发生的相关性。方法特应性皮炎患儿174名和健康儿童130名,利用Taqman方法分析IL-10基因启动子区域-1082(G/A)、-819(C/T)及-592(C/A)单核苷酸多态性和单核苷酸组合成的单倍型和基因型。分析特定基因型的血液中嗜酸性粒细胞总数或血浆中IgE浓度之间的关联性。结果健康组儿童ACC单倍型频率显著高于特应性皮炎儿童(P<0.05)。对于血液中嗜酸性粒细胞总数和血浆中IgE浓度,ATA/ATA基因型的儿童显著高于ATA/ACC基因型儿童(P<0.05)。结论 IL-10基因启动子区域的单核苷酸多态性与特应性皮炎发生有关。

妊娠糖尿病Calpain10基因表达与其单倍型组合的研究

目的:对广东汉族妊娠糖尿病(GDM)患者进行钙蛋白酶10(Calpain10)基因单核苷酸多态性(SNP-43、-19、-63),及其胎盘组织Calpain10基因产物的检测,探讨Calpain10基因易感单倍型组合GDM罹患率增高的可能相关机制。方法:选择60例正常孕妇(NGT)和60例GDM患者,PCR-RFLP法检测Calpain10基因SNP-43、-19、-63位点,统计并分析其易感单倍型组合。RT-PCR法检测研究对象剖宫产后胎盘组织中Calpain10mRNA的表达,分析其与Calpain10基因易感单倍型组合的相关性。结果:①Calpain10基因单倍型组合112/112(SNP-43、-19、-63)的广东汉族孕妇有较高的GDM罹患率(χ2=4.324,P=0.037)。②与其他单倍型组合个体相比较,112/112个体胎盘组织(t=2.135,P=0.035)中Calpain10 mRNA表达明显下降。③112/112个体孕期体重指数变化(t=2.153,P=0.033)及胰岛素抵抗水平(t=2.189,P=0.031)明显增加。结论:Calpain10基因单倍型组合为112/112的妇女有较高的GDM发患率,这可能与通过增加孕期体重以及胎盘组织Calpain10表达减少,进而增加胰岛素抵抗水平相关。

妊娠糖尿病患者calpain-10基因单核苷酸多态性及其单倍型的分析

妊娠糖尿病（GDM）是指妊娠期首次发现或发生的糖尿病和糖耐量异常（IGT）。与2型糖尿病（T2DM）类似，GDM的发生与胰岛素抵抗和胰岛素分泌受损有关。近年来研究发现，钙蛋白酶10（CAPN-10）基因与T2DM的发病密切相关，但关于CAPN-10基因与GDM之间的关系研究甚少。本研究以广东地区汉族GDM患者为研究对象，

Y染色体A10和C4基因座遗传多态性及其法医学意义

Y染色体(除拟常染区外)呈单倍型、父系遗传,在法医学中具有重要而独特的应用价值.目前,法医实际工作中常用的8个Y-STR构成的单倍型个人识别率为93.6%,不能满足法医学的要求[1、2],有必要寻找新的Y-STR.

韩国人calpain-10基因单核苷酸多态性及其组合型的分析

目的分析发现于墨西哥裔美国人群中的2型糖尿病易感基因calpain-10单核苷酸多态性(single nucletide polymorphism,SNP)及其组合型在韩国人群中的分布。方法采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性技术,分析312名健康韩国人calpain-10基因UCSNP-43、-19、-63位点的基因型及其组合型,计算基因型、等位基因和组合型频率。结果UCSNP-43位点基因型频率为1/1型的是86.2%、1/2型的是13.5%、2/2型的是0.3%,等位基因频率为G的是0.930、A0.070。UCSNP-19位点基因型频率为1/1型的是9.9%、1/2型的是44.6%、2/2型的是45.5%,等位基因频率为D的是0.322、I的是0.678。UC-SNP-63位点基因型频率为1/1型的是57.4%、1/2型的是35.9%、2/2型的是6.7%,等位基因频率为C的是0.754、T的是0.246。各基因型分布匀符合Hardy-Weinberg平衡定律。韩国人中上述3个单核苷酸多态性基因型组合类型共见12种,75.6%由3种基因型组合构成。按UCSNP-43,-19,-63排列,分别为GG-DI-CC(单倍型组合111/121)、GG-DI-CT(112/121)、GG-II-CC(121/121),其频率分别为10.6%、28.8%、36.2%。结论韩国人calpain-10基因SNP分布与白人、美籍墨西哥人及美籍Pima印第安人等种族间存在较大差异,与中国和日本人群较为相近,其112/121单倍型组合频率显著高于美籍墨西哥人。

Calpain-10基因的SNP组合变异与2型糖尿病及其临床代谢性状的关系

目的 观察 NIDDM1位点 calpain- 10基因 (CAPN- 10 )的单核苷酸多态性 (SNP)组合与中国人 2型糖尿病 (type 2 diabetes,T2 DM)及有关临床代谢性状的关系。方法 2 6 8名上海地区中国人 ,其中144人为正常糖耐量 (NGT)者 ,12 4例为 T2 DM患者。予口服 75 g葡萄糖后 0、30、6 0、12 0及 180分钟测血浆葡萄糖 (PG)、胰岛素 (INS)、C-肽 (CP)及游离脂肪酸 (FFA) ,并估测胰岛β细胞胰岛素分泌及组织胰岛素敏感性。检测 CAPN- 10 UCSNP44、- 43、- 19及 - 6 3基因型。结果 (1)中国人 NGT者 4个 SNP的优势等位基因在 UCSNP44为 T(频率 91%)、UCSNP43为 G(89%)、UCSNP19为 I(3次 32 bp序列重复 ) (6 7%)及 UCSNP6 3为 C(79%)。这些频率与文献报道的其他种群频率间差异有显著性。 (2 )中国人 NGT者中上述 4个 SNP基因型组合类型共见 14种。群体中 6 9%由 4种基因型组合构成。按 UCSNP44 - 43- 19- 6 3排列 ,这 4种主要组合分别为组合 A∶ TT- GG- DI- CC(单倍型组合 112 1/1111) (频率为 10 %)、组合 B∶ TT- GA-II- CC(112 1/12 2 1) (10 %)、组合 C∶ TT- GG- II- CC(112 1/112 1) (2 6 %)及组合 D∶ TT- GG- DI- CT(112 1/1112 ) (2 2 %)。 (3) CAPN- 10上述单个 SNP或 4个 SNP组合频率在 NGT及 T2 DM者间?

白细胞介素10基因多态性与儿童过敏性紫癜易感性的关系

目的探讨白细胞介素10（IL-10）基因多态性与儿童过敏性紫癜（HSP）易感性的关系及HSP的发病机制，为诊断、治疗及判断HSP预后提供科学依据。方法采用Massarray基因分型技术检测郑州市儿童医院2012年12月至2013年4月住院的112例HSP患儿（HSP组），其中包括39例紫癜性肾炎患儿（HSPN组）和184例健康体检儿童（健康对照组）的IL-加基因rsl800872、rs3024490、rs3790622、rs1518111、rs1554286、rs3024498等6个单核苷酸多态性（SNPs）的基因分布，并进行单倍型分析及连锁不平衡检验。同时检测HSP组与健康对照组儿童血清IL—10水平。结果HSP组患儿IL-10水平高于健康对照组（P〈0．01）。IL-10基因的6个SNPs位点在HSP组与健康对照组之间等位基因频率、基因型频率比较差异无统计学意义（P〉0．05）。6个SNP位点所构建的单倍型中，ATCATA、AGCGCA单倍型最常见，其次为ATTATA、CGCGCA和CTCATA单倍型。HSP组AGCGCA、ATCGCA、CTCATA单倍型频率显著高于健康对照组，差异有统计学意义（P=8．41e-012、0．003536、1．30e-011）。HSP组ATCATA、CGCGCA单倍型频率显著低于健康对照组，差异也有统计学意义（P=0．003519、4．94e-005）。在rs3790622位点，HSPN组与健康对照组比较，等位基因频率及基因型频率分布差异有统计学意义（P均=0．01）。结论HSP与血清IL-10水平有着密切关联。未发现IL-10基因多态性与HSP的发病存在相关关系。单倍型ATCATA、CGCGCA可能对儿童HSP的发生具有保护性作用。在rs3790622位点，T等位基因及cT基因型的存在可能是HSPN发病的保护因素。

KCNJ10、MEF2D基因多态性与牡丹江地区精神分裂症相关性研究

目的探讨KCNJ10、MEF2D基因2个SNP位点(rs1186679和rs1171558)与牡丹江地区精神分裂症的相关性。方法采用PCR-RFLP技术对中国牡丹江地区158例精神分裂症患者和136例健康无关个体KCNJ10、MEF2D基因2个SNP位点进行检测,对基因型频率、基因频率、单倍型频率进行统计学分析。结果 KCNJ10、MEF2D基因2个SNP位点组成4种单倍型,TC单倍型频率在精神分裂症组与对照组间比较有统计学意义(P<0.05),基因型频率、基因频率在精神分裂症组与对照组之间比较无显著性差异。结论以上结果显示,KCNJ10、MEF2D基因多态性与牡丹江地区精神分裂症相关,可能是精神分裂症发病的相关危险因素。