胆汁螺杆菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立快速、敏感、特异的胆汁螺杆菌（Helicobacter bilis,H.bilis）Taq Man探针实时荧光定量PCR检测方法,对胆汁螺杆菌进行定量检测。方法 PCR扩增H.bilis保守基因P17序列全长ORF435 bp,进行TA克隆,构建质粒标准品p MD-HBP17。通过对p MD-HBP17标准品的定量分析,优化反应体系,检测Taq Man探针实时荧光定量PCR方法的灵敏度、特异性及重复性;用所建立的q PCR方法检测77份临床样品,并与普通PCR的检测结果作比对。结果所建立的q PCR检测方法,质粒DNA浓度在10^8-10^1拷贝之间表现出较好的线性和相关性,所得标准曲线的斜率为-3.46,相关系数为0.999,检测灵敏度达到20个拷贝,对77份临床样品的检出率为14.3%,较普通PCR（7.8%）的检出率高。结论建立的H.bilis q PCR检测方法特异性好、敏感性高、稳定性强,可用于胆汁螺杆菌的定量及定性检测。

猪链球菌2型主要毒力因子三重荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank中猪链球菌2型三种毒力因子CP2SJ、MRP、EF基因序列,利用Primer Express 3.0软件分别设计3对特异性的引物及相应的Taqman探针。CP2SJ、MRP、EF探针5′端分别标记FAM、HEX、CY5荧光发射基团,3′端标记BHQ1淬灭荧光基团。通过优化反应体系和程序,建立了一种基于Taqman探针法的三重荧光定量PCR,可同时检测上述三种毒力基因。该方法灵敏度高,CP2SJ、MRP、EF的最低检测限分别为90、40、60拷贝数/μL的质粒;特异性强,与其他病原菌无交叉反应;重复性好,变异系数均小于3%。整个检测扩增在60 min内完成。以上结果表明本试验所建立的三重荧光定量PCR方法的敏感性、重复性及特异性均较好,可用于同时快速检测猪链球菌2型三种毒力因子。

猪瘟病毒在猪体组织中的分布

建立一种猪瘟病毒TaqMan qPCR检测方法,为研究急性死亡期猪瘟病毒在组织中的分布提供一种可靠的方法。采用病理变化和实验室诊断方法对河南新乡某种猪场送检的病死猪进行诊断。根据猪瘟病毒特异性靶基因E0,设计并合成1对引物和水解探针,建立了TaqMan qPCR方法。以不同浓度的重组质粒pMD19-T-E0为模板,生成标准曲线,并对其重复性和特异性进行了验证,并用建立的方法对该病死猪的内脏组织进行检测,分析猪瘟病毒在体内组织中的差异性。利用建立的猪瘟病毒TaqMan qPCR检测方法,从PPV、PCV和PEDV等基因组的cDNA/DNA中不能扩增出目的条带;对3个不同的浓度梯度的重组质粒进行检测,其批间、批内的变异系数均小于2%,表明该方法的特异性和重复性较好。对猪瘟内脏组织病料进行检测发现,其猪瘟病毒主要集中在淋巴结、脾脏、肠道组织、血液及心脏等组织中,不同组织器官中的病毒载量也存在着一定的差异。该研究对疑似感染猪瘟病毒急性死亡的病猪进行了鉴别诊断,同时用建立的TaqMan qPCR方法检测了猪瘟病毒在组织中分布的差异性,为猪瘟的科学防控及发病机制的研究奠定了基础。

Csu-miR260转基因水稻插入序列的表达检测

本文以具有抗二化螟性状的Csu-miR260转基因水稻为试验材料,采用Taq Man探针实时荧光定量PCR(Taq Man RT-qPCR)和茎环实时荧光定量PCR(stem-loop RT-qPCR)分别对Csu-miR260转基因抗虫水稻中Csu-miR260插入序列和剪切形成的amiR260s的表达情况进行了定量检测。发现Csu-miR260插入序列和剪切形成的20 nt和21 nt两种长度amiR260s在转基因抗虫水稻苗期的根、茎、叶中表达,且无组织表达特异性。该试验解决了人工miRNA作物中amiRNA及前体检测引物的特异性问题,为人工miRNA植物干扰序列的表达分析提供技术参考,并为miRNA转基因作物遗传表达相关安全评价提供了数据参考。