犬冠状病毒和犬细小病毒双重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

旨在建立犬冠状病毒(CCoV)和犬细小病毒(CPV)双重TaqMan荧光定量PCR检测方法。针对CCoV的3′UTR与CPV的VP2设计引物与探针,通过对反应体系与条件进行优化,建立了CCoV与CPV的双重荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性、重复性验证与临床样品检验。结果:CCoV与CPV阳性参考质粒浓度在10^(2)~10^(7) copies/μL,CCoV与CPV的标准曲线R^(2)分别为0.999与0.996,线性关系良好,CCoV与CPV的最低检测限均为5 copies/μL,与其他病原无交叉反应,组内与组间的变异系数均小于1.38%,说明该方法灵敏度高、特异性强、重复性良好;对113份临床样本进行检测,与普通PCR比较,该方法对CCoV和CPV的检出率较高,分别为37.2%和40.7%。研究表明,本试验建立的CCoV和CPV双重荧光定量PCR方法检测效果良好,为相关疾病的临床诊断、流行病调查等提供了有力工具。

TaqMan多重实时定量PCR快速检测3种常见食源性病原菌

建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌的多重实时定量PCR(qPCR)方法。依据大肠杆菌O157:H7 tir基因、单增李斯特菌mpl基因和蜡样芽孢杆菌entFM基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPCR反应体系,进行灵敏度、特异性和稳定性试验,同步检测人工染菌牛奶样品中的病原菌并与国家标准方法作对比。结果表明,建立的多重qPCR方法灵敏度高,最低检出限为12 CFU/mL;特异性强,只对3种目标菌进行PCR扩增;稳定性好,各重复性试验中Ct值的变异系数<1%;所有受污染样品阳性检出率均为100%,与国家标准方法检测结果一致,且检测周期缩短至6 h。本研究建立的TaqMan多重qPCR方法能同时快速、准确地检测乳品中的大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌,为食品安全提供技术支撑。

尼帕病毒TaqMan探针荧光定量PCR检测方法建立

尼帕病毒病是一种人畜共患烈性传染病,为能够快速特异检测该病毒,本研究根据尼帕病毒(NiV)N基因序列保守区设计特异性引物和探针,建立一种针对NiV的TaqMan探针荧光定量PCR(qPCR)检测方法,该方法特异性好、敏感性高、稳定性强,可鉴别NiV与其他猪病病毒,扩增效率为102%,最低检测限14.8 copies/μL,敏感性高于常规PCR 10倍,该检测方法的建立可为NiV的快速检测提供技术手段,对促进猪类养殖业的健康发展具有重要意义。

鸭坦布苏病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立一种有效、快速、准确的鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本试验针对NCBI发布的DTMUV E基因保守序列设计特异性引物和探针,建立qPCR反应体系。通过制备的标准质粒建立标准曲线,评估该方法的特异性、敏感性和重复性,并使用该方法对临床样本进行检测。结果显示,所建立的标准曲线相关系数为0.999 5,有良好的线性关系;该方法可特异检测DTMUV;对标准质粒的最低检测限为2.72×10^(2) copies/μL,是普通PCR的100倍;CT值组内变异系数为0.97%~1.32%,组间变异系数为1.24%~1.79%;人工感染DTMUV的20份鸭胚成纤维细胞样本以及12份人工攻毒2 d的雏鸭脾脏组织样本和12份泄殖腔棉拭子样本阳性率为100%(44/44);疑似感染的12份活鸭泄殖腔棉拭子阳性率为25.00%(3/12),14份病死鸭脾脏组织样本阳性率为28.57%(4/14)。结果表明,本试验建立的TaqMan探针qPCR方法有良好的敏感性、准确性和重复性,能特异检测DTMUV,适用于临床快速检测,为DTMUV的分子流行病学调查和临床疾病诊断提供了技术支撑。

塔城病毒Ⅰ型TaqMan探针法荧光定量PCR检测方法的建立

建立快速特异的蜱传塔城病毒Ⅰ型(TcTV-Ⅰ)荧光定量PCR检测方法,用于TcTV-Ⅰ的初步筛查。选用TcTV-Ⅰ糖蛋白G基因设计特异性引物以及TaqMan探针,建立实时荧光定量PCR检测方法。建立的实时荧光定量PCR检测方法具有良好的特异性,与TcTV-Ⅱ、新布尼来病毒(Severe fever with thrombocytopenia virus,SFTSV)、森林脑炎病毒(Tick-borne encephalitis virus,TBEV)、大别山病毒(Dabieshan orthohanta virus,DBSV)、阿龙山病毒(Alongshan virus,ALSV)等常见蜱传病毒均无交叉反应;标准曲线的循环阈值(Ct值)与模板拷贝数之间呈良好的线性关系,线性相关系数R^(2)=0.9999;具有良好的敏感性,最低检测限为1.10×10^(1)copies/μL,灵敏度是常规PCR的10^(3)倍;具有较好的稳定性,组内和组间的变异系数均低于2%。采用本方法对辽宁、内蒙古及新疆地区的425份蜱样本就行检测,只有新疆地区的19份蜱样本呈阳性。结果表明本研究建立的实时荧光定量PCR方法具有较高的特异性、敏感性和稳定性,可用于TcTV-Ⅰ的快速检测、流行病学调查和疫情监测等。

贵州蓝莓蜜TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立与应用

该研究利用TaqMan特异性探针实时荧光PCR检测手段,建立了高效、精准鉴别贵州特色(中蜂)蓝莓蜜的方法。对贵州白竹林、麻卡和乌卡坪三个地域的蓝莓种植区蓝莓蜜进行采集(包括意蜂蓝莓蜜),同时购买市售蜂蜜及加拿大蓝莓蜜,该方法通过采集贵州麻江县白竹林地区蓝莓种植园及蜂场周围蓝莓同花期26种植物样本,基于植物基因组中trnL基因序列的多序列比对,设计蓝莓trnL基因特异性引物,并进行TaqMan探针验证。结果表明,本研究设计的TaqMan探针特异性强,建立的TaqMan探针实时荧光PCR检测方法能检测到蓝莓花粉DNA最低浓度为0.3 ng/μL;利用建立的方法对11种市售蜂蜜和贵州蓝莓蜜样本进行检测,发现贵州蓝莓蜜的Ct值为24~26,蓝莓花粉数在800~1700颗,其余蜂蜜Ct值在30以上,表明该方法能够有效实现贵州蓝莓蜜和其他蜂蜜的区分,具有良好的应用前景。

柯萨奇病毒B组5型TaqMan一步法RT-qPCR检测方法的建立

目的建立柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirusB5,CV-B5)特异的TaqMan一步法实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测方法。方法根据CV-B5的VP1序列,设计特异性引物和TaqMan探针。将目的基因插入pMD18^(TM)载体,在DH5α感受态细胞中扩增,大肠杆菌体外转录后获得RNA标准品并建立标准曲线,最后对检测方法的重复性、敏感度和特异性进行评价。结果该方法在10^(3)~10^(11)拷贝/微升的模板范围内具有良好的线性关系(r^(2)>0.99),扩增效率E=100.9%,敏感度达1×10^(3)拷贝/微升,只对CV-B5有特异性扩增曲线,且重复性较好。结论本实验建立的TaqMan一步法RT-qPCR检测方法有较高的敏感度、特异性和重复性,有良好的抗干扰性,可用于CV-B5的临床样本检测和绝对定量分析。

基于LNA-TaqMan探针实时荧光定量PCR检测技术的药用黄精掺伪研究

目的:建立一种快速、灵敏、有效的实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)方法,用于检测湖北黄精掺伪药用黄精。方法:基于锁核酸(LNA)-TaqMan探针实时荧光定量PCR技术,利用不同基原药用黄精样品的叶绿体DNA中trnC-petN基因序列差异,根据常见混伪品湖北黄精特异性差异位点设计筛选探针引物,并对引物及LNA-TaqMan探针的特异性进行验证。根据扩增曲线临界循环数(Ct)值的差值计算湖北黄精掺伪比例。结果:基于LNA-TaqMan探针能够特异性地检测出湖北黄精并确定掺伪比例,在湖北黄精掺伪1%时,仍可稳定检出。结论:该方法简便准确、稳定可靠,可以用于药用黄精掺伪湖北黄精定量检测。

新型鹅细小病毒TaqMan探针荧光定量PCR检测方法的建立

为快速高效地检测新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,NGPV),试验根据NGPV VP3基因序列设计特异性引物及探针,以NGPV KC3S3株提取的DNA为模板,在构建质粒标准品的基础上,建立TaqMan探针荧光定量PCR检测方法。结果显示:该方法的标准曲线为y=-3.0816x+35.389,相关系数(R^(2))为0.9981,质粒标准品浓度为1.0×10^(2)~1.0×10^(8) copies/µL时具有良好的线性关系;该方法对禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)、星状病毒(Astrovirus,AstV)、小鹅瘟病毒(Goose parvovirus,GPV)、番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)、新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV)、禽腺病毒(Fowl adenovirus,FAV)等鸭常见病毒性病原均无特异性扩增;所设计引物及探针的基因序列与GPV及MDPV的相同区域有4~11个碱基发生突变,可以避免GPV及MDPV对检测结果的影响;该方法批内和批间检测变异系数(CV)均小于1.5%,对66份疑似感染NGPV鸭的肝脏样品检测阳性率为59.1%,高于常规PCR检测结果(31.8%)。结果表明,研究所建立的TaqMan探针荧光定量PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,可以有效区分GPV与MDPV,在NGPV感染的临床诊断和早期防控方面具有良好的应用前景。

B型禽偏肺病毒TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立及应用

试验旨在开发一种特异性检测B亚型禽偏肺病毒(aMPV-B)的方法。研究参照GenBank中的aMPV-G基因序列设计一对特异性引物,建立aMPV-B TaqMan荧光定量PCR方法,优化该方法的反应条件,建立标准曲线,进行特异性、重复性和敏感性试验,并将该方法用于临床样品的检测。结果显示:建立的TaqMan荧光定量PCR方法只能检测出B亚型aMPV,其敏感性能达到1.34×10^(1) copies/µL,斜率为-3.346,截距为40.01,相关系数(R2)为1.00,循环阈值(Ct)与模板拷贝数之间呈现良好的相关性;临床样品检测结果显示,该方法检测出18份样品阳性,而普通PCR仅检测出10份阳性。综上所述,建立的aMPV-B TaqMan荧光定量PCR方法在样品检测中表现出良好的特异性和较高的敏感性,适用于临床样品的aMPV-B检测。

CT联合TaqMan探针法对不同临床特征支原体肺炎患儿心肺损害的诊断价值

目的:探讨计算机断层成像(CT)联合Taq Man探针法对不同临床特征支原体肺炎患儿心肺损害的诊断价值。方法:收集2020年3月至2023年3月石家庄市妇幼保健院收治的80例支原体肺炎患儿的病历资料,依据患儿年龄分为<1岁组(29例)、1~3岁组(23例)和>3岁组(28例);根据入院病程不同分为长病程组(43例,病程>7 d)和短病程组(37例,病程≤7 d)。对所有支原体肺炎患儿均进行CT联合TaqMan探针法检测心肺损伤情况,分析不同年龄组和病程组患儿的心肺损害发生率。采用CT和Taq Man探针检测胸腔积液、心肌厚度、心胸比、支原体核酸表达水平相关指标,采用受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)分析CT和探针检测支原体肺炎患者心肺损害的诊断价值。结果:CT成像显示,80例患儿中诊断准确率为93.75%(75/80),其中62.5%(50/80)的患儿存在典型的肺部异常。主要为肺部磨玻璃结节(GGO)、合并细菌性肺炎和网状。在小部分患儿中发现了支气管扩张。肺部异常患儿发现双侧肺部受累,其中下叶受累最明显。在临床上怀疑偶发性肺栓塞(PE)的38名患儿,进行了额外的造影剂CT,检测到24例患儿偶发性PE,诊断准确率为63.15%(24/38);采用TaqMan探针法检测支原体感染,建立了高灵敏度和宽动态范围的检测系统,在0.2~0.2×10^(-5)之间进行6次10倍稀释。在1 ng/μl微生物群落(MMC)-DNA标准品中制备,6次log10稀释度的高线性动态范围,回归系数为R^(2)=1。发现DNA检测下限为2×10-15g/μl;不同年龄支原体肺炎患儿随着年龄的增加,心肺损害发生率逐渐降低;<1岁组、1~3岁组和>3岁组支原体肺炎患儿心肺损害发生率分别为93.10%、73.91%和21.43%,3组比较差异有统计学意义(x^(2)=7.660、33.019,P<0.05)。长病程组心肺损害发生率(93.02%)明显高于短病程组(27.03%),差异有统计学意义(x^(2)=12.070、36.960,P<0.05)。心肺损害组患儿的胸腔积液量明显高于非心肺损害组,同时心肺损害组的心肌厚度显著增加,心胸比也显著高于非心肺损害组,以及支原体核酸表达水平比较差异具有统计学意义(t=9.52、3.33、4.22、10.00,P<0.05)。ROC曲线分析显示,CT联合TaqMan探针法诊断不同临床特征支原体肺炎患儿心肺损害的AUC均>0.5,且联合诊断的AUC最大。结论:CT联合TaqMan探针法对支原体肺炎患儿的心肺损害具有较高的诊断价值。对于支原体肺炎临床症状持续存在的患儿,应考虑进行心肺损害诊断。改编现有的TaqMan探针法,进一步扩展dPCR检测组合,将改进微生物诊断工具箱,并为支原体肺炎患儿心肺损伤的治疗决策提供可靠的定量数据。

植原体TaqMan探针实时荧光PCR检测鉴定方法的建立

本研究成功建立了植原体分类鉴定和检测的 Taq Man探针实时荧光 PCR方法 ,该方法根据植原体 16S r DNA保守区设计了 1个 Taq Man广谱探针和 3个植原体组间点突变特异性探针 ,并对 9种植原体和 5种细菌以及 3个植物样本进行实时荧光 PCR。结果表明 ,用广谱探针可检测到所有植原体产生荧光信号 ,而细菌不产生荧光信号。当用植原体组间特异性探针检测时 ,仅能检测到该组植原体产生荧光信号 ,检测的敏感性比常规的 PCR-电泳检测高约 10 0倍、检测速度有较大提高。由于PCR产物是荧光探针检测 ,本方法特异性强 ,并可以用组特异探针直接确定植原体种类。实验采用完全闭管检测 ,降低了污染机会。本研究为其它原核生物、特别是不能培养菌。

肠道病毒TaqMan荧光定量RT-PCR法快速检测

目的建立一种特异、灵敏、快速的荧光定量RT-PCR方法检测肠道病毒核酸,应用于暴发疫情的实验室应急检测。方法根据GenBank登录的肠道病毒基因序列,应用生物学软件进行序列比对,在肠道病毒基因的保守区设计特异性引物和TaqMan探针;对荧光RT-PCR反应条件进行优化,验证方法的特异性和灵敏度。同时对疑似肠道病毒感染者的临床样本进行检测。结果该方法对肠道病毒的检测有高度的特异性,可检出脊髓灰质炎、柯萨奇和埃可等肠道病毒,与腮腺炎、麻疹、风疹、乙型脑炎等病毒均无交叉反应。检测的灵敏度达0.1病毒效价滴定(TCID50);可直接从疑似肠道病毒感染者的脑脊液、疱疹液和粪便等标本中检测肠道病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3 h左右。结论所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR是一种快速检测肠道病毒特异、敏感的方法,适用于由肠道病毒感染引起的应急疫情的实验室早期诊断。

基于TaqMan探针的蜜蜂囊状幼虫病病毒荧光PCR检测方法的建立和应用

为建立快速有效的蜜蜂囊状幼虫病检疫方法,依据TaqMan荧光标记探针技术原理,针对蜜蜂囊状幼虫病病毒保守序列,设计出一对特异性引物和一条探针,建立了一种快速检测蜜蜂囊状幼虫病病毒的荧光PCR方法。该方法对蜜蜂囊状幼虫病的检测具有较好的特异性,与蜜蜂急性麻痹病病毒、蜜蜂慢性麻痹病病毒、蜜蜂残翼病病毒和黑蜂王台病病毒之间均无交叉反应。检测灵敏度可达1.0×102拷贝/μL阳性质粒,可对低病毒含量的样品进行准确检测。重复性和稳定性试验结果显示,变异系数为1.6%,说明该方法具有较好的重复性和稳定性。应用该方法对蜜蜂及蜂制品进行检测,结果显示所建立的荧光PCR检测方法4h内即可报告检测结果,该方法具有快速、灵敏、特异及重复性好等优点,适用于蜜蜂及其制品中蜜蜂囊状幼虫病病毒的快速检疫。

塞尼卡谷病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速、灵敏的塞尼卡谷病毒(SVV)检测方法,本研究针对病毒基因保守区域设计了一对引物和探针,并优化反应条件,建立了检测SVV的TaqMan荧光定量PCR方法。结果表明,以重组质粒为标准品建立的标准曲线在2.8×107拷贝/μL^2.8×10~1拷贝/μL范围内具有良好的线性关系;该方法与口蹄疫、猪繁殖与呼吸综合征、猪瘟、猪流行性腹泻和猪传染性胃肠炎病毒均无交叉反应;检测灵敏度可达2.8拷贝/μL,灵敏度高于普通PCR;批内和批间的变异系数为1.73%~4.00%,具有良好的稳定性。本研究建立的TaqMan荧光定量PCR方法可以用于SVV的检测,还可以作为诊断技术储备,应对我国未来可能出现流行的猪原发性疱疹病。

基于TaqMan探针的Real-timePCR定量检测空肠弯曲杆菌

空肠弯曲杆菌 (Campylobacterjejuni ,C .jijuni)被认为是人类主要食源性病原菌之一。由于空肠弯曲杆菌特殊的生长条件和容易进入不可培养但存活的状态 (Viablebutnonculturable ,VNC) ,所以传统的生化鉴定结果并不一定可靠 ,并且是一项费时而繁琐的工作。核酸检测方法的出现为空肠弯曲杆菌的检测带来了方便。在本文基于LightCycler为平台 ,建立一种基于TaqMan探针的Real_timePCR方法来定量检测空肠弯曲杆菌。用该方法检测时 ,发现所有空肠弯曲杆菌 (11株 )都呈阳性 ,所有其它弯曲菌 (3株 )和其它菌株 (5株 )都是阴性。整个检测过程 6 0min内可以完成 ,检测限度为5CFU ,标准曲线的相关系数为 0 .988。结果表明荧光定量PCR方法既为空肠弯曲杆菌提供了一种特异、敏感、快速和简洁的定量检测方法 ,又为研究空肠弯曲杆菌致病机理提供了一种重要方法。

TaqMan探针技术用于X-SNP位点的分型

目的建立一种基于TaqMan探针技术的快速、准确且经济的实时荧光PCR方法,用于检测X染色体上的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)。方法选择X染色体上的13个SNP位点(X-SNP),针对每个位点分别设计1对PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增,对X-SNP位点进行分型。结果13个位点均符合Hardy-Weinberg平衡;多态信息含量分布为0.3497～0.3750,杂合度为0.4537～0.5021。建立的方法能够用于X-SNP位点的基因分型,检测结果与DNA测序结果完全一致。结论基于TaqMan探针技术的等位基因特异的实时荧光PCR方法灵敏、简单、快速,可实现对X-SNP位点的分型检测;所选择的13个X-SNP位点具有高信息量,在法医遗传学中具有潜在的应用价值。

猪IFN-γ mRNA TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种检测猪γ-干扰素（IFN-γ）的荧光定量RT—PCR方法，针对猪IFN-γ基因和管家基因cyclophilin A（CyPA）的核苷酸序列分别设计了特异性引物和TaqMan荧光探针，以重组质粒pMD18-T-IFN-γ和pMD18T-CyPA为标准品，进行实时荧光定量RT-PCR检测，并构建猪IFN-γ mRNA和CyPA的荧光定量RT—PCR标准曲线。结果表明，建立的方法在1×10^1～1×10^7copies／μL模板范围内具有良好的线性关系，相关系数产均高达0．999，扩增效率均高于99．0％；可检测至少为100 copies的阳性标准品。该方法具有快速、敏感性高、特异性强和重复性好等特点，可应用于临床样品的检测。

Taqman探针实时荧光定量PCR检测肝脏疾病患者血清中miR-122的表达水平及其临床意义

目的:运用Taqman探针实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)检测肝脏疾病患者血清中miR-122的表达水平并探讨其临床意义。方法:设计miR-122及U6 snRNA的茎环引物和Taqman探针,运用Taqman探针实时荧光定量PCR检测27例肝癌术前(HCC)患者、15例乙型肝炎(hepatitis B)患者、15例丙型肝炎(hepatitis C)患者、15例正常对照者(HC)、11例肝癌术后(PHCC)患者及10例肝癌术后复发(recurrence)患者血清中miR-122的表达水平,并分析miR-122与肝脏疾病相关标志物的关系。结果:Taqman探针实时荧光定量PCR方法能检测血清中miR-122的表达。HCC、hepatitis B、hepatitis C及recurrence患者血清中miR-122的表达水平均高于HC和PH-CC患者(P<0.05),hepatitis C患者血清miR-122表达水平高于HCC、hepatitis B和recurrence患者(P<0.05),但HCC、hepatitis B和recurrence患者血清miR-122的表达水平无明显差异(P>0.05),PHCC患者血清miR-122的表达水平比HCC和recurrence患者低(P<0.05)。血清乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)阳性和(或)乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)阳性患者血清miR-122的表达水平高于阴性者(P<0.05)。血清丙型肝炎病毒抗体(HCV-Ab)阳性患者血清miR-122的表达水平高于阴性者(P<0.05)。血清丙氨酸氨基转移酶(ALT)与miR-122的表达水平有正相关性(r=0.34,P<0.05)。血清甲胎蛋白(AFP)≥400μg/L组血清miR-122的表达高于AFP<400μg/L组(P<0.05)。结论:Taqman探针实时荧光定量PCR适用于检测血清miR-122的表达水平。在HCC、hepatitis B、hepatitisC及recurrence患者血清中miR-22均有不同程度的增高,尤其是hepatitis C患者,且PHCC患者血清miR-122表达下降,复发后升高。血清miR-122的表达与肝脏疾病的某些指标有关,提示血清miR-122可作为肝脏疾病,特别是肝癌早期诊断、手术疗效及预后判断的新指标。

ETA基因作为荧光定量PCR靶基因设计TaqMan探针快速检测铜绿假单胞菌的研究

铜绿假单胞菌是临床上常见致病菌,传统的检测方法有各种弊端。本研究对该细菌的ETA基因用生物信息学方法加以分析,选取相对保守且高度特异的DNA序列,设计一对特异性引物和一个TaqMan探针,建立FQ-PCR (fluorescence quantitative PCR)检测PA的方法。通过对梯度浓度的铜绿假单胞菌基因组DNA样品进行FQ-PCR检测和对多种细菌的DNA进行扩增,来检测其灵敏度和验证引物和探针的特异性。试验结果表明,对比现有的检测方法,以ETA基因为靶基因,基于TaqMan探针的快速FQ-PCR检测技术有更高的灵敏度和更好的特异性等优点,具有很好的研究价值和应用前景。