猪传染性胃肠炎病毒与猪流行性腹泻病毒TaqMan二重荧光RT-PCR检测方法的建立

根据猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的S基因序列和猪流行性腹泻病毒(PEDV)的N基因序列,设计特异性的引物和探针。通过对引物和探针浓度等反应液用量以及反应条件等因素进行优化试验,建立了能同时鉴别检测TGEV和PEDV的二重荧光RT-PCR方法。用该方法同时检测其他病原如Po RV、PCV和CSFV时不发生交叉反应,特异性好;较普通PCR均高出3个数量级的敏感性,能够检测10 TGEV和10 PEDV拷贝数,敏感性高;组内重复和组间重复试验结果变异系数小,稳定性好;同时检测2个模板的不同浓度组合试验,干扰性小。本试验建立的二重荧光RT-PCR方法可用于TGEV和PEDV的鉴别检测,且具有特异、敏感、稳定、快速等优点,为进一步应用于TGEV和PEDV的临床鉴别诊断和流行病学调查研究奠定了基础。

禽流感和新城疫病毒二重荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的:建立二重荧光定量RT-PCR方法,用于禽流感病毒(AIV)和新城疫病毒(NDV)的检测。方法:根据AIV和NDV的基因保守序列,设计了AIV和NDV的2对特异性引物和2条用不同荧光基团标记的TaqMan探针;对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能够同时检测AIV和NDV的二重荧光定量RT-PCR方法。结果:所建方法特异性好,对AIV和NDV的检测敏感性均达到2000个模板拷贝数,比常规RT-PCR敏感性高100倍;抗干扰能力强,对AIV和NDV不同模板浓度进行组合,仍可有效地同时检测2种病毒。对保存的AIV或NDV鸡胚尿囊液及临床病料进行二重荧光定量RT-PCR检测,结果尿囊液检测的拷贝数均达到1010/μL以上,临床病料的拷贝数为2.13×108～6.52×104/μL。结论:建立了用于检测AIV和NDV的二重荧光定量RT-PCR法,该方法特异、敏感、快速、可定量,对AIV和NDV的防制有重要意义。

犬瘟热病毒、犬细小病毒二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立一种特异、高通量检测犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)和犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,本研究选取高度保守且具有型特异性的CDV H基因和CPVVP2基因序列,设计CDV和CPV特异性引物对及TaqMan MGB探针;经反应条件优化,建立了检测CDV和CPV的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,并进行了敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,该方法检测CDV、CPV的标准曲线线性相关系数(R^2)分别为0.997和0.993,最低检出限均为10拷贝/μL,具有较高的灵敏性;对犬副流感病毒等4种病原对照和阴性对照均未出现扩增,特异性良好;CDV、CPV标准品批间试验结果显示,该方法具有很好的重复性;对48份临床疑似CDV或CPV感染样品检测结果显示,14份为CDV阳性,19份为CPV阳性,4份为CDV/CPV双阳性,与CDV H基因、CPVVP2基因测序结果符合率为100%。本研究建立的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法具有灵敏、特异、高通量和可准确定量等优点,可用于临床CDV/CPV病毒感染各个时期的快速鉴别检测。

通用型和O型口蹄疫病毒二重荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立通用型和O型口蹄疫病毒(FMDV)二重荧光定量RT-PCR检测方法,本试验根据GenBank已登录的不同亚型FMDV通用序列和O型FMDV序列设计了2对特异性引物和2条TaqMan MGB探针,经过反应条件和体系优化,建立了通用型(T型)和O型FMDV的二重荧光定量RT-PCR(FQ-PCR)检测方法,并进行了特异性、敏感性和重复性试验;对15份临床疑似样品进行了应用检测。结果表明,成功建立通用型和O型FMDV二重FQ-PCR检测方法,该方法可特异性地扩增经灭活的O型、A型与AsiaⅠ型口蹄疫病毒标准株细胞培养物混合物,但对BHK-21细胞和PEDV、TGEV、SVV等病原对照不出现特异性扩增曲线,特异性好;检测模板最低极限为1.0×101拷贝/μL,敏感性高,重复性好;自15份临床疑似FMDV感染样品中检出9份FMDV-T阳性,7份FMDV-O阳性,检测结果与测序结果完全一致,且与国家口蹄疫参考实验室复核结果一致。本试验成功建立了通用型和O型FMDV二重FQ-PCR检测方法,为FMDV的快速检测及O型FMDV的分型诊断提供了特异、敏感、快速的方法。

口蹄疫病毒通用型和A型二重实时荧光RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速、敏感、特异的口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)分型鉴别诊断实时荧光RT-PCR(Fluorescence quantitative,FQ-PCR)检测方法,根据O、A、AsiaⅠ三种血清型FMDV保守基因序列,设计能够检测到FMDV的特异性通用检测引物和A型检测引物,以及不同荧光素标记的MGB探针。通过对PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立了FMDV通用型和A型二重实时荧光RT-PCR检测方法,并对该方法进行了特异性、敏感性、重复性试验;利用所建立的方法,对123份疑似FMDV感染的临床样品进行了检测。结果显示,建立的FMDV通用型、A型二重实时荧光RT-PCR检测方法在10~1～10~7拷贝/μL模板范围内有很好的线性关系;对pGEM-T/FMDV-T和pGEM-T/FMDV-A重组质粒出现阳性扩增信号,但对正常细胞培养物对照和其他7种病原对照未扩增出特异性曲线;自123份疑似FMDV感染样品中,检出10份FMDV-T阳性,6份FMDV-T/FMDV-A双阳性并且与基因测序结果一致。结果表明,本研究建立的FMDV通用型、A型二重实时荧光RT-PCR检测方法重复性好、敏感性高、特异性强,最低检测模板浓度为10拷贝/μL,可用于FMDV的快速分型检测,为FMDV的早期检测及临床诊断提供了新方法。

一种鉴别尼帕病毒和高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒二重荧光RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速、敏感和特异地鉴别尼帕病毒（NiV）和高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒（HP-PRRSV）的检测方法,本试验以NiV M基因和HP-PRRSVnsp2基因为靶序列,通过优化反应条件建立了一种二重荧光RT-PCR检测方法,并对该方法的特异性、定量线性范围、敏感性和重复性进行了评价及初步应用。结果显示,用该方法检测NiV M基因和HP-PRRSVnsp2基因的RNA标准对照（NiV-M-RNA和HP-PRRSV-nsp2-RNA）,线性范围分别为4.6×101-4.6×107和4.1×101-4.1×108拷贝/μL;最低检出限分别为46和4.1拷贝;该方法组内试验和组间试验的变异系数均小于2.0%,显示出良好的可重复性;该方法仅对NiV和HP-PRRSV呈现特异性扩增曲线,不与猪瘟病毒（CSFV）、猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪流感病毒（SIV）、猪细小病毒（PPV）、猪伪狂犬病病毒（PRV）和猪圆环病毒2型（PCV2）发生交叉反应。用该方法对236份猪实际样品进行NiV和HP-PRRSV核酸检测,所有样本的NiV检测结果均为阴性,8份样本的HP-PRRSV检测结果为阳性。本研究建立的方法为猪实际样本中NiV和HP-PRRSV的鉴别检测提供了一种快速、敏感和特异的技术手段。

鉴别高、低致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒二重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

据GenBank登录的高、低致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(highly and lowly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus,HP/LP-PRRSV)的非结构蛋白2(Nsp2)基因序列设计特异性引物和TaqMan MGB荧光探针,经优化反应条件,建立鉴别HP/LP-PRRSV二重TaqMan MGB实时荧光定量RT-PCR(Real-time fluorescent quantitative RTPCR)检测方法;对该二重实时荧光定量RT-PCR方法进行了敏感性、特异性和重复性试验;对疑似PRRSV感染临床样品进行了应用检测,同时与建立的HP/LP-PRRSV二重RT-PCR方法进行了对比试验。结果显示,成功建立了鉴别HP/LPPRRSV的二重实时荧光定量RT-PCR检测方法,HP/LP-PRRSV标准曲线的循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,相关系数分别为0.998和0.997;该方法灵敏度可达101拷贝/μL;特异性高,对HP/LP-PRRSV阳性对照扩增呈阳性反应,而对5个对照病原均呈阴性反应;不同浓度的HP/LP-PRRSV重组质粒分别重复扩增3次,重复结果良好;对25份临床疑似PRRSV感染样品进行了应用检测,阳性检出率为92%,较普通二重RT-PCR方法阳性检出率高。

鸭坦布苏病毒和鸭瘟病毒二重荧光定量RT-PCR方法的建立

本试验旨在建立同时检测鸭坦布苏病毒(DTMUV)和鸭瘟病毒(DPV)的二重荧光定量RT-PCR方法。针对GenBank中DTMUVE基因和DPVUL6基因的保守序列,设计合成了2对引物和2条TaqMan探针。通过优化反应体系、条件及评价其特异性、敏感性,建立了检测DTMUV和DPV的二重荧光定量RT-PCR方法。该方法对DTMUV和DPV的检测灵敏度均达100个模板拷贝数,同时该方法对鸭源新城疫病毒、鸭肝炎病毒、番鸭细小病毒、H9亚型禽流感病毒和减蛋综合征病毒的检测结果均为阴性。本研究建立的DTMUV和DPV二重荧光定量RT-PCR具有敏感、快速、特异、定量、重复性好等优点,可用于DTMUV和DPV感染的快速鉴别诊断。

H6N1亚型禽流感病毒二重荧光RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中H6、N1亚型禽流感病毒(AIV)的HA、NA基因序列,设计2对特异性引物和2条用不同荧光基团标记的TaqMan探针。经反应条件优化,本试验建立了检测H6N1亚型AIV的二重荧光RT-PCR方法。该法特异性强,只对H6亚型和N1亚型AIV进行特异性扩增,对其他H亚型AIV、N亚型AIV及新城疫病毒、传染性支气管炎病毒等病原体的检测均为阴性;该法敏感性好,对H6N1亚型AIV的检测限为100拷贝/μL。本试验建立的H6N1亚型AIV的二重荧光RT-PCR方法,具有快速、敏感、特异的优点,为H6N1亚型AIV的防控提供技术支撑。

三重实时荧光RT-PCR检测三种鱼类弹状病毒的研究

鱼传染性造血器官坏死病病毒(Infectious hematopoietic necrosis virus IHNV)、鱼病毒性出血性败血症病毒(Viral hemorrhagic septicemia virus VHSV)和鲤春病毒血症病毒(Spring viraemia of carp virus SVCV)是同属弹状病毒科(Rhabdoviridae)的3种鱼类病毒,也是影响水产养殖业的3种重要病毒。通过对这3种病毒基因序列的分析,在病毒基因的高保守区域,设计了3条分别针对这3种病毒的Taqman MGB探针,并选择3种无相互干扰的荧光基团进行标记。以此为基础建立针对该3种病毒的三重实时荧光RT-PCR的检测方法。通过反应条件的优化,该三重实时荧光RT-PCR最低可检测至102拷贝/反应的病毒量。同时,该方法还对病毒混合感染EPC细胞(Epithelioma papulosum cyprini)和攻毒斑马鱼进行了检测。实验结果表明,该方法是一种特异、灵敏、高效的病毒检测方法。

检测PRRSV及鉴别HP-PRRSV毒株的二重PCR与二重TaqMan荧光定量PCR方法

为了实现猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)早期检测及快速鉴别高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)变异株,利用HP-PRRSV Nsp2蛋白第481位和532~560位氨基酸缺失的特性设计2对引物,优化反应条件建立二重PCR检测方法,同时针对PRRSV M基因和HP-PRRSV Nsp2基因设计特异性引物和探针,优化反应条件建立二重TaqMan荧光定量PCR方法,并评估这2种方法的敏感性、特异性、重复性。敏感性试验结果显示:二重PCR方法的检测下限分别为0.058 ng/μL(PRRSV)和4.7 ng/μL(HP-PRRSV);二重TaqMan荧光PCR方法的检测下限分别为10 copies/μL(PRRSV)和100 copies/μL(HP-PRRSV)。这2种方法与其他猪病病原均不发生非特异性反应,重复性试验结果良好。经131份临床样品检测,可得到PRRSV的阳性率约12.2%(16/131)、HP-PRRSV的阳性率约17.6%(23/131)、二者的混合感染率约8.4%(11/131)。证实,本研究成功建立了二重PCR和二重TaqMan荧光定量PCR检测方法,可为临床上猪繁殖与呼吸综合征的防控提供技术支持。

小反刍兽疫疫苗毒株与强毒株的鉴别性荧光RT-PCR检测方法的建立

对GenBank已公布的小反刍兽疫病毒N基因序列进行分析,设计引物与探针,建立PPRV通用型与Ⅱ系疫苗毒特异型二重实时荧光RT-PCR方法,同时建立针对PPRVⅣ系强毒株的特异型荧光PCR方法。特异性试验和灵敏度试验表明:建立的二重荧光RT-PCR方法可特异性检测PPRV病毒,其HEX信号通道(通用型)和TAMRA信号通道(Ⅱ系疫苗毒特异型)的检测灵敏度分别可达101TCID50/mL和102TCID50/mL,完全满足PPRV的检测要求。用二重荧光RT-PCR方法对西藏采集的14份羊血清样品进行检测,并用建立的Ⅳ系强毒株特异型荧光PCR方法对二重荧光RT-PCR的检测效果进行评估,结果显示,该方法可有效甄别PPRV强毒株和疫苗毒株,避免假阳性结果的出现。

牛病毒性腹泻病毒和牛轮状病毒TaqMan二重实时荧光RT-PCR检测方法的建立

根据牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′端非编码区和牛轮状病毒(BRV)VP6基因序列,设计特异性引物和探针。通过对引物和探针浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度和Taq酶用量以及反应条件等因素的优化筛选,建立了能同时鉴别BVDV和BRV的二重荧光RT-PCR方法。该方法特异性好,与其他病原如CSFV、MB和IBRV不发生交叉反应;敏感性高,能够检测100个BVDV RNA和100个BRV RNA;稳定性好,批内重复和批间重复变异系数小;干扰性试验表明该方法能同时检测2个模板的不同浓度组合。本研究建立的二重荧光RT-PCR方法可用于BVDV和BRV检测,具有特异、敏感、快速、稳定等优点,是BVDV和BRV基础研究、流行病学调查和临床检测的良好工具。

一种鉴别非洲猪瘟病毒和高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒二重荧光RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速、敏感和特异的鉴别检测非洲猪瘟病毒（ASFV）和高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒（HP-PRRSV）的方法,以ASFV CP530R基因和HP-PRRSV NSP2基因为靶序列分别设计特异性引物和TaqMan-MGB探针,通过优化反应条件建立了一种二重荧光RT-PCR检测方法,对该方法的特异性、定量线性范围、敏感性和重复性进行了评价及初步应用。结果显示,该方法对ASFV和HP-PRRSV呈现特异性扩增,不与伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒和猪流感病毒发生交叉反应。该方法对含有ASFV CP530R靶序列的质粒标准对照（pCR2.1-ASFV-CP530R）定量检测的线性范围为6.1×101~6.1×108 copies/μL,对含有HP-PRRSV NSP2基因靶序列的RNA标准对照（HPPRRSV-NSP2-RNA）的定量线性范围为4.1×101~4.1×108 copies/μL,最低检出限分别为61copies/μL和41copies/μL。对3个浓度的pCR2.1-ASFV-CP530R和PRRSV-NSP2-RNA进行组内和组间重复性试验,Ct值的变异系数均小于1.60%,表明该方法具有良好的重现性。用该方法对276份实际样品进行ASFV和HP-PRRSV同时检测,全部样本的ASFV检测结果为阴性,有8份样本的HP-PRRSV检测结果为阳性,其余样本HP-PRRSV检测结果为阴性。上述结果表明,本研究建立的方法可为实际样本中ASFV和HP-PRRSV的同时鉴别检测提供了一种快速、敏感和特异的技术手段。

塞内卡病毒和口蹄疫病毒二重实时荧光RT-PCR鉴别检测方法的建立

为了建立一种快速、敏感、特异的能够鉴别诊断口蹄疫病毒(FMDV)和塞内卡病毒(SVV)二重实时荧光RTPCR方法,根据FMDV及SVV的保守基因序列,设计了2套特异性引物和不同荧光素标记的MGB探针。通过对PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立了FMDV和SVV二重实时荧光RT-PCR检测方法,并对二重实时荧光RT-PCR检测方法进行了特异性、敏感性、重复性试验;利用所建立的方法对98份疑似FMDV和SVV感染的临床样品进行了检测。结果显示,成功建立的FMDV及SVV二重实时荧光RT-PCR检测方法,模板在101~107拷贝/μL有很好的线性关系;对pGEM-T/FMDV和pGEM-T/SVV重组质粒出现阳性扩增信号,但对正常细胞培养物对照和其他7种病原对照未扩增出特异性曲线,方法特异性较好;最低检测模板浓度为10拷贝/μL;自98份疑似FMDV和SVV感染样品中检出9份FMDV阳性,10份SVV阳性,2份FMDV和SVV双阳性,并且和克隆测序结果一致。本研究建立的FMDV及SVV二重实时荧光RT-PCR检测方法,可用于FMDV和SVV的快速鉴别检测,为FMDV和SVV的鉴别诊断提供特异、敏感和高通量的方法。