Taq Man探针实时荧光定量聚合酶链式反应检测低温酸乳中常见的霉菌和酵母

为提高低温酸乳中霉菌和酵母菌检测效率,根据保守基因延伸因子1α(elongation factor 1α,EF-1α)序列分别针对霉菌与酵母菌设计引物与探针,利用实时荧光定量聚合酶链式反应,基于TaqMan探针分别建立霉菌和酵母菌检测方法。以低温酸乳中常见真菌与乳酸菌基因组DNA为扩增模板进行特异性检验,并对方法灵敏度与重复性进行检验,同时构建标准曲线。结果表明:根据EF-1α基因设计的引物与探针特异性良好;所构建的标准曲线相关系数均大于0.99;该方法检测酵母菌的灵敏度为101 CFU/mL,检测霉菌的灵敏度为102 CFU/mL;重复性检验中组内与组间的变异系数均小于2%,表明方法具有良好的可靠性与稳定性,适用于低温酸乳中霉菌与酵母菌的快速检测。

实时荧光定量聚合酶链反应突触后密度蛋白93基因TaqMan探针的制备

目的:制备实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)突触后密度蛋白93(PSD93)基因TaqM an探针以进一步研究PSD93表达情况。方法:采用RT-PCR法,从生后1天的SD大鼠大脑组织mRNA中扩增PSD93基因部分CDS区片段,克隆入T载体,筛选阳性克隆、酶切鉴定及序列测定,采用TaqM an探针,以重组质粒为模板绘制标准曲线。结果:RT-PCR法扩增出一特异产物与预期长度113bp相符,DNA序列测序的结果与GenBank提供的已知序列(RNU50717)比较,所克隆的PSD93基因片段与其中的113bp完全相同,与PSD93基因100%同源。以重组质粒为模板绘制标准曲线,相关系数r大于0.99,反应效率为0.95,各点变异系数小于20%。结论:采用RT-PCR和T载体技术成功获得FQ-PCR PSD93基因TaqM an探针。

TaqMan实时荧光定量逆转录聚合酶链反应在强直性脊柱炎IL-2RαmRNA检测的应用价值

目的:利用TaqMan实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(FQ-RT-PCR)检测强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞白细胞介素-2受体α(IL-2Rα)mRNA的表达水平,并进行疾病的活动性相关分析。方法:用 Primer Express v2.0软件,根据GenBank提供的序列,在人IL-2Rα mRNA的第2和第3外显子之间设计一对引物和一条TaqMan探针。提取总RNA,加入已优化的一步法FQ-RT-PCR反应体系,扩增产物经凝胶电泳后切胶回收,并与pUCm-T载体连接。制备好的重组质粒转化感受态细胞进行克隆。经测序分析确定为特异性片段后,用T7RNA聚合酶转录为cRNA,作为FQ-RT-PCR系列浓度标准品。评价FQ-RT-PCR检测 IL-2Rα mRNA的特异性、线性、精密度和探针稳定性等。定量测定HLA-B27阳性活动组与阴性非活动组强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞IL-2Rα mRNA基因的表达水平,结合血浆可溶性白细胞介素-2受体 (sIL-2R)浓度,探讨与炎症活动的相互关系。结果:成功构建了cRNA标准品。该方法的线性范围为7～107 cells/ml,其批内CV8.4%,批间CV9.6%;扩增产物克隆的双向测序结果经BLAST比较、分析,证实为IL- 2Rα mRNA特异性片段。对各30例HLA-B27阳性与阴性的强直性脊柱炎的测定表明:与正常人对照组结果比较,HLA-B27阳性组与HLA-B27阴性组IL-2Rα mRNA和sIL-2R都有明显增加(P<0.01)。IL-2Rα mRNA对炎症活动评价的灵敏度为96.7%。结论:FQ-RT-PCR具有灵敏、特异、结果重复性好等优点;IL- 2Rα mRNA与sIL-2R比较更能反映强直性脊柱炎患者的免疫状态,可能为免疫药物的疗效评价和药物筛选提供基因表达水平上的信息。

TaqMan MGB探针实时聚合酶链反应检测登革病毒

目的建立一种敏感、特异、重复性好的登革病毒(Dengue Virus, DV)鉴定方法.方法根据DV 3'端非编码区基因保守序列,设计一套特异性引物和TaqMan MGB探针.利用1998～2004年收集的26份登革热病人临床血清标本,15例乙脑病人血清,DV 4个血清型标准毒株及23株1978～1997年DV 地方流行株和相关西尼罗病毒、日本脑炎病毒、麻疹病毒、基孔肯亚病毒等毒株,同时用克隆了1型DV 基因组3'端非编码区序列片段的质粒DNA作为阳性对照,检测所建立方法的特异性、敏感性.结果所建立方法的最低检测限约为每反应5个基因拷贝.用该方法检测4个血清型DV 标准毒株、23株DV 地方流行株和26例分离到DV 的阳性血清标本,检出率为100 %;用该方法检测15例乙脑病人血清、10例麻疹病人血清和西尼罗病毒、日本脑炎病毒、麻疹病毒、基孔肯亚病毒,结果均为阴性.结论新建的TaqMan MGB探针检测DV 方法是实验室早期诊断登革热较理想的方法.

实时荧光定量聚合酶链反应在丙型肝炎诊断中的临床应用价值

目的探讨丙型肝炎病毒抗体(抗-HCV)和丙型肝炎病毒核酸(HCV RNA)荧光定量检测在丙型肝炎诊断中的临床应用价值。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)和酶联免疫吸附试验(ELISA)检测358例血清中HCV RNA载量及抗-HCV。结果 358例慢性丙型肝炎患者抗-HCV和HCV RNA检出率分别为78.8%和54.2%,经χ2检验差异有统计学意义(P<0.05),HCV RNA的平均载量为4.85×105 copies/mL。结论FQ-PCR检测血清中HCV RNA的载量,是判定HCV感染的直接证据,它反映HCV的活动性和复制程度,有利于抗病毒治疗的疗效观察。抗-HCV和HCV RNA联合检测对丙型肝炎病毒的早期诊断有重要临床应用价值。

实时荧光定量逆转录聚合酶链反应检测结肠癌中Syndecan-1 mRNA和HPA-1 mRNA的表达及临床意义

背景与目的:侵袭转移是导致结肠癌死亡率增加的主要原因,如何阻断肿瘤的侵袭转移成为目前研究的热点。本研究旨在检测Syndecan-1基因和HPA-1基因在结肠癌组织中的表达水平,探讨二者与结肠癌侵袭转移及预后的关系。方法:用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)分别检测49例结肠癌、49例配对的癌旁组织(距癌2cm)和49例配对远离结肠癌的手术切缘正常组织(距癌5cm以上)的Syndecan-1和HPA-1基因的表达水平,分析二者与结肠癌临床病理特征的关系。结果:结肠癌中HPA-1mRNA的表达水平(40.56±11.75)显著高于癌旁组织(18.28±11.33)和正常组织(10.80±10.20)(P均<0.001),癌旁组织明显高于正常组织(P<0.05);正常结肠组织中Syndecan-1mRNA表达水平(61.21±12.96)显著高于癌旁组织(14.35±11.06)和结肠癌组织(10.12±8.58)(P均<0.001),癌旁组织明显高于结肠癌组织(P<0.05)。Syndecan-1mRNA的表达减弱和HPA-1的表达增强与肿瘤的分化程度、浸润深度、淋巴结转移、远处转移及TNM分期显著相关(P均<0.05)。Spearman等级相关分析证明了Syndecan-1mRNA和HPA-1的表达呈明显负相关(r=-0.405,P<0.05)。结论:Syndecan-1mRNA在结肠癌组织中呈低表达,HPA-1mRNA在结肠癌组织中呈高表达,且Syndecan-1mRNA的表达减弱与HPA-1的表达增强可促进结肠癌的侵袭转移。联合检测Syndecan-1mRNA及HPA-1mRNA对于指导结肠癌临床治疗及判断预后有重要价值。

实时荧光定量聚合酶链反应检测支气管肺泡灌洗液中结核分枝杆菌-DNA对肺结核的诊断价值

目的探讨实时荧光定量聚合酶链反应法(FQ-PCR)检测支气管肺泡灌洗液(BALF)中结核分枝杆菌-DNA(TB-DNA)对肺结核的诊断价值。方法肺结核52例(菌阳20例,菌阴32例),肺炎35例,采用FQ-PCR法检测其支气管肺泡灌洗液中TB-DNA水平。结果52例肺结核组的阳性率为65.4%(菌阳19例,菌阴15例),35例非肺结核组的阳性率为5.7%,经统计学比较,FQ-PCR法检出结核杆菌阳性率显著高于痰涂片抗酸染色和培养法(P均<0.05),FQ-PCR法特异性高。结论FQ-PCR法检测BALF中TB-DNA为痰涂片阴性及无痰患者提供良好的诊断依据。

实时荧光定量聚合酶链反应技术对结核性脑膜炎的诊断价值

目的探讨实时荧光定量聚合酶链反应技术(RT-PCR)对结核性脑膜炎的诊断价值。方法分别采用涂片法、RT-PCR法对结核性脑膜炎、疑似结核性脑膜炎以及非结核性脑膜炎患者的脑脊液标本进行检测,并对检测结果进行比较分析。结果涂片法共检出10例阳性,其中结核性脑膜炎7例(70.00%),疑似结核性脑膜炎3例(30.00%);RT-PCR法共检出46例阳性,其中结核性脑膜炎31例(67.39%),疑似结核性脑膜炎15例(32.61%)。对结核性脑膜炎患者检测,涂片法阳性率(12.28%)低于RT-PCR法阳性率(54.39%),差异有统计学意义(P<0.05);对疑似结核性脑膜炎患者检测,涂片法阳性率(2.91%)低于RT-PCR法阳性率(14.56%),差异有统计学意义(P<0.05);脑脊液涂片法检测结核性脑膜炎的灵敏度为12.28%,漏诊率为87.72%,RT-PCR法检测的灵敏度为54.39%,漏诊率为45.61%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 RT-PCR法诊断结核性脑膜炎具有灵敏度好,准确度高等特点,临床有重要的指导意义。

实时荧光定量聚合酶链反应在HBV YMDD基因变异检测中的应用

目的以DNA测序法为标准,探讨实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测乙型肝炎(下称乙肝)病毒YMDD基因变异的敏感性和特异性。方法选取68例乙肝患者经拉米夫定治疗前及治疗9个月后其血清采用荧光定量PCR技术联合检测HBV DNA及YMDD变异,并随机选取10例(5例实时荧光定量PCR提示YMDD变异;5例提示未变异)慢性乙肝患者做DNA测序,分析二者的检测结果。结果拉米夫定治疗前HBVDNA的载量,两组相比差异无统计学意义(P>0.05),9个月后YMDD的变异率为14.7%(10/68);YMDD变异型组HBV DNA无l例阴转,YMDD野生型组HBV DNA阴转率为79.3%(46/58),差异有统计学意义(P<0.01);10例测序法所测结果与实时荧光定量PCR完全相符,总符合率为100.0%。结论实时荧光定量PCR技术联合检测HBV DNA及YMDD变异具有很好的临床应用前景。

白色念珠菌实时荧光定量聚合酶链反应检测体系的建立

目的建立白色念珠菌实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测体系,实现白色念珠菌的早期、快速检测,为临床医生对白色念珠菌感染的诊断提供指导。方法使用白色念珠菌及其他真菌标准株,利用Primer Premier 5.0和Beacon Designer 7.7设计引物探针。同时对镁离子(Mg2+)、三磷酸脱氧核糖核苷酸(dNTP)、引物及探针浓度等参数进行优化,选出最佳反应体系,并验证反应体系的特异性、重复性,分析反应体系的最低检测限,对临床分离出的45例白色念珠菌进行检测。结果设计的引物探针仅能对白色念珠菌进行特异性扩增,反应体系不同底物浓度与Ct值之间成良好的线性关系,反应体系的最低检测限为5CFU/mL,且反应体系稳定性、重复性好,对临床分离菌株的检测阳性率为100%。结论成功设计了白色念珠菌特异性的引物探针,并建立了实时荧光定量PCR检测体系,能快速、准确地检出白色念珠菌。

检测乙酰微小杆菌的双重实时荧光定量聚合酶链式反应方法的建立

以鲜切叶菜中的乙酰微小杆菌(Exiguobacterium acetylicum)为研究对象,建立定量检测E.acetylicum的双重实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)方法。以前期试验发掘到的微小杆菌(Exiguobacterium sp.)的特异性基因P401_RS0117025和E.acetylicum的特异性基因oxi_50582462为检测靶点,对其设计特异性探针,并对反应体系进行优化,以12株E.acetylicum为阳性对照,以4株微小杆菌属内其他种的菌株以及10株非微小杆菌的腐败菌/致病菌作为阴性对照,对建立的RT-PCR进行特异性检测;通过标准曲线的制备、灵敏度、可重复性来评价该方法的有效性。最后,应用该RT-PCR方法对不同贮藏日期鲜切叶菜中的E.acetylicum进行检测。结果表明:本研究设计的探针特异性良好;检测靶点P401_RS0117025与oxi_50582462的标准曲线的R2值分别为0.994和0.999,且重复性好;该方法的DNA检测限为1.629×10^(-7)ng/μL,纯菌菌落检测限为3.4 CFU/m L,并能对鲜切叶菜中的E.acetylicum进行灵敏检测。此外,还建立了"Ct(阈值)-Nt(菌体浓度)"的数量关系,能对供试样品中的E.acetylicum进行绝对定量。总之,本研究建立了准确、灵敏、高效检测食品中腐败菌E.acetylicum的RT-PCR定量方法,为食品货架期预测提供了理论依据。

实时荧光定量聚合酶链反应快速检测产毒铜绿微囊藻

以铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)产毒株微囊藻毒素合成酶基因(mcyA)为靶序列设计了一对特异性引物,运用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)方法,对铜绿微囊藻进行了定性定量检测。结果表明,仅含铜绿微囊藻脱氧核糖核酸(DNA)模板的样品有扩增,对照组小球藻(Chlorella)没有检测到扩增信号;扩增产物熔解曲线平稳,峰尖且窄,熔解温度为(83±1)℃,证明该聚合酶链反应扩增产物极为特异。以重组质粒pMD-18T-mcyA为标准品,所得标准曲线具有高度线性相关性,重复性好,符合制备实时定量聚合酶链反应标准曲线的要求。利用该方法建立的标准曲线对实验室培养获得的铜绿微囊藻DNA样品进行定量检测,与显微镜计数结果基本一致。

实时荧光定量聚合酶链反应检测复发性阿弗他溃疡患者中人类疱疹病毒5型和8型的潜伏

目的采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测轻型复发性阿弗他溃疡(RAU)患者4种样本中人类疱疹病毒5型(HHV-5)和8型(HHV-8)的潜伏情况。方法选择18例轻型RAU患者为试验组,同时选择健康者23名为对照组进行临床采样,样本包括唾液、病变区脱落细胞、病变区组织块及外周血。然后用实时荧光定量PCR检测4种样本中HHV-5和HHV-8的DNA。结果HHV-5仅在试验组患者病损区组织块样本中能检测到,而在对照组的组织块样本中没有检测到。试验组和对照组的血液和唾液样本中均有HHV-5阳性检出,但两组比较其差异无统计学意义(P>0.05);试验组和对照组的脱落细胞样本中均无HHV-5阳性检出。试验组和对照组的4种样本中HHV-8均检出阴性。结论HHV-5在RAU患者的溃疡区可能有潜伏。

实时荧光定量聚合酶链反应法检测肺结核患者痰标本价值的对照研究

目的探讨不同方法对肺结核的诊断价值。方法以实时荧光定量聚合酶链反应法、痰直接涂片找抗酸杆菌法、痰结核杆菌培养法对我院56例确诊肺结核患者痰标本检查比较。结果荧光定量PCR法检出结核杆菌阳性率显著高于痰涂片抗酸染色和培养法,其他非肺结核结果阳性率仅为2.7%,特异度较高。结论实时荧光定量聚合酶链反应法对肺结核诊断方面灵敏度及特异度较高,同时反映抗结核治疗过程中痰标本中的结核杆菌的数量变化,对抗结核药物疗效有良好的监控效果,应列入肺结核常规实验室检查项目。

实时荧光定量聚合酶链反应检测结核分枝杆菌在结核性脑膜炎诊断中的价值

目的探讨实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)法检测结核分枝杆菌在结核性脑膜炎诊断中的价值。方法对181例临床确诊的结核性脑膜炎患者、可疑结核性脑膜炎患者和非结核性脑膜炎患者的脑脊液标本采用涂片、实时荧光定量PCR 2种方法进行检测,对其结果进行对比分析。结果 181例脑脊液标本中,脑脊液涂片检测阳性率为2.21%(4/181),PCR检测阳性率为12.15%(22/181);脑脊液涂片、PCR法检测51例临床确诊的结核性脑膜炎患者脑脊液标本阳性率分别为5.88%(3/51)和25.49%(13/51);检测80例临床可疑结核性脑膜炎患者脑脊液标本阳性率分别为1.25%(1/80)和11.25%(9/80),2种方法的阳性检测率比较差异有统计学意义(χ2=10.654,P<0.05)。50例非结核性脑膜炎患者脑脊液标本涂片及PCR检测均为阴性。结论实时荧光定量PCR法检测结核分枝杆菌具有较高的临床价值,可作为临床结核病检测诊断的有效方法之一。

实时荧光定量聚合酶链反应检测沙门菌(A～F群)方法的建立和应用

目的建立实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测沙门菌,评价其优越性。方法根据沙门菌保守的H ilA基因序列合成引物和探针,建立快速检测沙门菌的实时荧光定量PCR。结果所建立的实时荧光定量PCR具有简便、快速、敏感性高、特异性强、抗干扰性好和可重复性强等特点,与实际应用检测结果相符。结论建立的实时荧光定量PCR可用于口岸食品和公共场所从业人员的沙门菌检测。

实时荧光定量聚合酶链反应检测核桃根际土壤生防菌Bacillus amyloliquefaciens和Trametes versicolor的定殖

以铁核桃根腐病为研究对象,运用实时荧光定量聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增技术,分别对铁核桃根际土壤中解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)和白腐菌(Trametes versicolor)2种生防菌及腐皮镰刀菌(Fusarium solani)病原菌的数量动态变化进行研究。结果表明:2种生防菌在接种后短期内都能够迅速生长繁殖,B.amyloliquefaciens相对含量在第20天达到峰值,20d后呈下降趋势,40d后趋于稳定,而T.versicolor在各时期的相对含量变化均较前者延迟10d;60d后,在施入B.amyloliquefaciens和T.versicolor的根际土壤中F.solani的相对含量极显著降低;在生防菌的相对含量达到峰值时,B.amyloliquefaciens与其对照组相比差异有统计学意义(P<0.05),T.versicolor则差异有高度统计学意义(P<0.01);定殖稳定后,B.amyloliquefaciens与其对照组相比差异无统计学意义(P>0.05),T.versicolor对照组与其相比差异有统计学意义(P<0.05),2种生防菌在铁核桃根际土壤中均有很强的生防效果和定殖能力,生防效果为B.amyloliquefaciens>T.versicolor,定殖能力为B.amyloliquefaciens>T.versicolor。该研究为由腐皮镰刀菌引起的病害实时监测提供了重要参考,同时为2种生防菌在土壤中的定殖检测提供了有力的技术支持。

实时荧光定量聚合酶链反应检测食管癌患者血清miR-100表达的意义

目的检测食管癌患者与健康人血清中miR-100的表达量差异,并探讨其作为食管癌分子诊断指标的可能性。方法采用实时荧光定量PCR方法,检测40例食管癌患者（研究组）和50例体检健康者（对照组）血清中miR-100的表达量,并进行统计学分析。结果研究组及对照组血清中miR-100的表达量分别为6.399±3.541、2.625±1.515,研究组明显高于对照组,差异有统计学意义（t=9.07,P〈0.05）。用于食管癌患者诊断的miR-100的ROC曲线下面积为0.832（95%置信区间为0.731-0.934）,当Cut off值为5.285时,miR-100诊断食管癌的灵敏度和特异度分别为65%和95%。结论食管癌患者血清中miR-100表达较健康人高,有望成为该疾病辅助诊断的新分子标志物。

TaqMan-MGB探针荧光定量聚合酶链式反应法检测酸奶制品中动物双歧杆菌BB-12

目的建立一种TaqMan-小沟结合物(minor groove binder,MGB)探针荧光定量聚合酶链式反应法检测酸奶制品中动物双歧杆菌BB-12的分析方法。方法设计动物双歧杆菌BB-12的16SrRNA序列的MGB探针,利用荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)技术,构建目标序列的过表达载体,提取质粒进行标准曲线的绘制,最后进行市售酸奶样品检测,定量酸奶中BB-12菌株的数量。结果所有载体标准品均产生显著的荧光增幅,循环阈值(cycle threshold, Ct)介于16~20之间;而以其他酸奶制品添加菌及大肠杆菌样品DNA为模板则无荧光扩增信号。在检测灵敏度方面,BB-12载体可被稳定检出的质量浓度低至0.0000584 ng/μL, Ct值平均数为28.73,即检测灵敏度低至为0.05 pg。绘制的标准曲线线性良好,扩增效率E为0.39,判定系数R^(2)=0.9999。市售酸奶样品检测特异性好、灵敏度高、定量结果准确。结论本研究建立的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR检测法可实现在酸奶中对BB-12菌种的检测及定量。