CT联合TaqMan探针法对不同临床特征支原体肺炎患儿心肺损害的诊断价值

目的:探讨计算机断层成像(CT)联合Taq Man探针法对不同临床特征支原体肺炎患儿心肺损害的诊断价值。方法:收集2020年3月至2023年3月石家庄市妇幼保健院收治的80例支原体肺炎患儿的病历资料,依据患儿年龄分为<1岁组(29例)、1~3岁组(23例)和>3岁组(28例);根据入院病程不同分为长病程组(43例,病程>7 d)和短病程组(37例,病程≤7 d)。对所有支原体肺炎患儿均进行CT联合TaqMan探针法检测心肺损伤情况,分析不同年龄组和病程组患儿的心肺损害发生率。采用CT和Taq Man探针检测胸腔积液、心肌厚度、心胸比、支原体核酸表达水平相关指标,采用受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)分析CT和探针检测支原体肺炎患者心肺损害的诊断价值。结果:CT成像显示,80例患儿中诊断准确率为93.75%(75/80),其中62.5%(50/80)的患儿存在典型的肺部异常。主要为肺部磨玻璃结节(GGO)、合并细菌性肺炎和网状。在小部分患儿中发现了支气管扩张。肺部异常患儿发现双侧肺部受累,其中下叶受累最明显。在临床上怀疑偶发性肺栓塞(PE)的38名患儿,进行了额外的造影剂CT,检测到24例患儿偶发性PE,诊断准确率为63.15%(24/38);采用TaqMan探针法检测支原体感染,建立了高灵敏度和宽动态范围的检测系统,在0.2~0.2×10^(-5)之间进行6次10倍稀释。在1 ng/μl微生物群落(MMC)-DNA标准品中制备,6次log10稀释度的高线性动态范围,回归系数为R^(2)=1。发现DNA检测下限为2×10-15g/μl;不同年龄支原体肺炎患儿随着年龄的增加,心肺损害发生率逐渐降低;<1岁组、1~3岁组和>3岁组支原体肺炎患儿心肺损害发生率分别为93.10%、73.91%和21.43%,3组比较差异有统计学意义(x^(2)=7.660、33.019,P<0.05)。长病程组心肺损害发生率(93.02%)明显高于短病程组(27.03%),差异有统计学意义(x^(2)=12.070、36.960,P<0.05)。心肺损害组患儿的胸腔积液量明显高于非心肺损害组,同时心肺损害组的心肌厚度显著增加,心胸比也显著高于非心肺损害组,以及支原体核酸表达水平比较差异具有统计学意义(t=9.52、3.33、4.22、10.00,P<0.05)。ROC曲线分析显示,CT联合TaqMan探针法诊断不同临床特征支原体肺炎患儿心肺损害的AUC均>0.5,且联合诊断的AUC最大。结论:CT联合TaqMan探针法对支原体肺炎患儿的心肺损害具有较高的诊断价值。对于支原体肺炎临床症状持续存在的患儿,应考虑进行心肺损害诊断。改编现有的TaqMan探针法,进一步扩展dPCR检测组合,将改进微生物诊断工具箱,并为支原体肺炎患儿心肺损伤的治疗决策提供可靠的定量数据。

TaqMan探针法实时荧光定量PCR检测西瓜潜隐病毒

【目的】西瓜潜隐病毒(Citrullus lanatus cryptic virus,CiLCV)是近年来新发生的一种重要种传病害,研究旨在建立基于TaqMan探针法的实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR with TaqMan probes,TaqMan-qPCR)检测技术,为开展种子、种苗带毒鉴定和病害防控提供技术支撑。【方法】通过基于小RNA高通量测序技术在北京西瓜产地发现了CiLCV,并克隆CiLCV的dsRNA1和dsRNA2全长序列,设计特异性引物建立RT-PCR和TaqMan-qPCR检测方法。以黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottled mosaic virus)、黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus)、甜瓜内源病毒(Cucumis melo endornavirus)、瓜类褪绿病毒(cucurbit chlorotic yellows virus)、南瓜花叶病毒(squash mosaic virus)、番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus)、西瓜花叶病毒(watermelon mosaic virus)、小西葫芦黄花叶病毒(zucchini yellow mosaic virus)8种常见病毒为对照进行检测方法特异性分析;利用建立的实时荧光定量标准曲线对方法灵敏度进行评价;进一步利用TaqMan-qPCR和RT-PCR技术监测我国葫芦科作物主产区的西瓜、黄瓜、甜瓜和南瓜(砧木)种苗带毒情况。【结果】通过分析获得的高质量小RNA数据,发现17条组装的contig与CiLCV基因组有较好同源性。进一步克隆获得CiLCV的dsRNA1和dsRNA2序列全长(分别为1603和1466 nt),发现其与河南省鉴定出的CiLCV同源性高达99.4%和99.8%(GenBank number KY081285、KY081284)。建立的RT-PCR检测技术对CiLCV有单一扩增条带;建立的TaqMan-qPCR检测技术具有较好特异性和灵敏度,且能够检测到最低拷贝数为2×10^(3)的病毒,灵敏度是RT-PCR的100倍。同时,发现有1份来自北京的西瓜种苗检出了CiLCV,而其余地区的西瓜、黄瓜、甜瓜和南瓜(砧木)种苗均未检出该病毒,表明我国葫芦科作物主产区种苗带毒情况总体不高。【结论】建立的TaqMan-qPCR检测CiLCV技术特异性强、灵敏度高,适用于口岸和实验室开展CiLCV快速检测和精准鉴定。鉴于CiLCV可以通过种子、种苗等传播方式快速扩散,我国应重视种子、种苗的带毒检测,防止带毒种子、种苗流入生产环节进而调运扩散至全国,给产业造成重大经济损失。

TaqMan探针法与尿素呼气试验法检测胃镜活检标本 幽门螺旋杆菌的比较

目的:通过比较幽门螺旋杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染的两种检测方法,探讨TaqMan探针法在诊断幽门螺旋杆菌感染中的价值。方法:抽取70例有完整病例资料的胃镜活检标本,进行Hp分型、鉴定检测,并将实验结果与临床的碳14尿素呼气试验和病理结果进行相关性分析。结果:Hp感染的两种检测方法 (TaqMan探针法和呼气实验法)一致性程度尚可(Kappa=0.550),两种方法检测的阳性率都随病理炎症程度的加重而增加,而呼气实验法检测Hp的阳性率更高(P<0.05)。但TaqMan探针法可以将Hp进行不同毒力类型的鉴定,且TaqMan探针法可区分Hp的阳性强度(1+,2+,3+),其与病理的炎症程度有较好的相关性(γ=0.564,P<0.05)。结论:TaqMan探针法可以定性地鉴定Hp,与呼气实验法有较好的一致性。TaqMan探针法可进一步定量Hp的阳性强度,更好地反映临床的病理炎症程度。

DNA提取方法优化及Taqman探针法检测牛肉及其制品中的猪源性成分

以牛肉及其制品为样品,采用SDS法、CTAB法、试剂盒法提取及纯化样品中的DNA,对比分析DNA模板的浓度和纯度。结果表明:试剂盒法提取的DNA在浓度和纯度方面均优于SDS法和CTAB法。采用Taqman探针法对牛肉及其制品中的猪源性成分进行检测,引物探针特异性强,灵敏度达到8.165×10^(-5)ng/μL。

柯萨奇病毒B组5型TaqMan一步法RT-qPCR检测方法的建立

目的建立柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirusB5,CV-B5)特异的TaqMan一步法实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测方法。方法根据CV-B5的VP1序列,设计特异性引物和TaqMan探针。将目的基因插入pMD18^(TM)载体,在DH5α感受态细胞中扩增,大肠杆菌体外转录后获得RNA标准品并建立标准曲线,最后对检测方法的重复性、敏感度和特异性进行评价。结果该方法在10^(3)~10^(11)拷贝/微升的模板范围内具有良好的线性关系(r^(2)>0.99),扩增效率E=100.9%,敏感度达1×10^(3)拷贝/微升,只对CV-B5有特异性扩增曲线,且重复性较好。结论本实验建立的TaqMan一步法RT-qPCR检测方法有较高的敏感度、特异性和重复性,有良好的抗干扰性,可用于CV-B5的临床样本检测和绝对定量分析。

TaqMan MGB双探针法和通用模板PCR法检测慢性乙型肝炎病毒YMDD变异的比较

目的对检测HBV YMDD变异的TaqManMGB双探针法和通用模板PCR法做方法学比较,探讨其临床实用性。方法分别以TaqManMGB双探针和通用模板PCR法,对拉米夫定治疗过程中血清出现HBV DNA由阴转阳的87例慢性乙型肝炎患者,进行HBV YMDD变异检测,并以测序结果为标准,比较它们的灵敏度和特异性。结果TaqMan探针法和通用模板PCR法检测灵敏度分别为100%和93.02%,特异性均为100%,与测序法的符合率为98.9%和96.6%。两种方法学敏感度分别为5.0×105copies.L-1和1.0×106copies.L-1。结论TaqMan探针法检测HBV YMDD变异灵敏度高、特异性好,是临床检测HBVYMDD的较好方法。

Q热贝纳柯克斯体TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

根据Q热贝纳柯克斯体(Coxiella burnetii)插入IS1111序列设计引物和探针,建立快速检测Q热的TaqMan实时荧光定量PCR方法。以梯度稀释含有目的扩增片段的重组质粒作为标准品,进行定量PCR反应。结果显示,该方法能够检测出10个拷贝数的阳性质粒;标准曲线相关系数为0.995,扩增效率为103%;结核分枝杆菌(M.tuberculosis)、衣原体(C.psittaci)、布鲁氏菌(Brucella.spp)及牛血液的核酸样本特异性检测结果均为阴性。本研究建立的TaqMan荧光定量PCR法灵敏度高、特异性好,对Q热的检测与鉴定中具有良好的应用前景。

树生黄单胞菌李致病变种两种PCR检测方法的建立

树生黄单胞菌李致病变种Xanthomonas arboricola pv.pruni(Xap)是桃、李生产中最具毁灭性的病原细菌之一。为了快速准确地检测Xap,本研究以其编码基因L1B 16_06350的5′端序列(611 bp)为检测靶标,开发了常规PCR和TaqMan实时PCR检测方法。这两种方法与树生黄单胞菌胡桃致病变种X.arboricola pv.juglandis等8个不同属的11种细菌均没有交叉反应,其中常规PCR检测极限为10^(-2)ng,TaqMan探针法为10^(-3)ng,表现高度的灵敏度和特异性。利用田间样品进行测试,结果证实两种检测方法均可应用于Xap的常规检测。

绵羊多羔主效基因FecB高通量检测方法的建立及应用

基于前期分型基础,为了更进一步提高分型的效率和准确性,本试验建立了Taqman探针和SNaPshot两种高通量FecB突变分型方法。结果显示,与传统的PCR-RFLP和PCR-SSCP分型方法相比,这两种高通量分型方法在节省检测成本的同时,大大缩短了检测周期,并在检测效率上也有了大幅度的提高,对利用FecB进行分子育种具有潜在的应用价值。自2003年至今,本实验室应用这两种方法对10个中国本地绵羊品种、3个培育品种以及一些杂交群体的23 264只绵羊的FecB频率进行了检测,结果显示,湖羊和小尾寒羊携带FecB基因的频率最高,小尾寒羊FecB基因的B等位基因频率为0.432~0.833。跟踪以小尾寒羊作为母本和杜泊羊级进杂交后代群体发现,随着杂交的进行FecB基因在培育的鲁西黑头肉羊中的B等位基因频率提升到了0.432,但在横交固定阶段有所下降。本研究所得结果可为今后在肉用绵羊品种多羔改良和多羔肉用新品种培育过程中通过引入FecB基因提高繁殖性能提供参考数据。

鼠痘病毒FQ-PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立鼠痘病毒(ECTV)的Taq Man探针法荧光定量PCR检测方法,并对实验室保存的裸鼹鼠组织样本、小鼠组织样本以及黄鼠组织样本进行检测。方法根据Gen Bank中鼠痘病毒的crm D基因序列设计引物探针,建立ECTV的FQ-PCR检测方法,对保存的样本进行筛查,并对部分阳性样本进行测序鉴定。结果建立的ECTV FQ-PCR检测方法灵敏度高、特异性强,最低能检测到ECTV核酸浓度为10 copies/μL的样本,方法的标准曲线相关参数符合标准。使用该方法检测实验室63份裸鼹鼠脾组织样本和22份小鼠脾组织样本,结果全为阴性,检测4只黄鼠组织样本,结果阳性率为50%。阳性样本进行PCR检测后测序比对为ECTV核酸序列。结论经验证,建立的ECTV FQ-PCR检测方法能够灵敏特异的对样本中的ECTV进行筛查,实验室小鼠的日常监测不应忽视ECTV污染的潜在风险。

SYBR Green荧光定量PCR法对BCL11B基因座位相互作用位点的验证分析

目的:研究在不同类型细胞核中,位于不同染色体上的BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用关系。方法:通过SYBR Green荧光实时定量PCR法,分别对MCF-7和Jurkat细胞的3C(染色体构象捕获)样品进行定量分析,分析分别位于不同染色体上的BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用频率。结果:与TaqMan探针法相比较,基于SYBR Green荧光实时定量PCR法对3C样品的分析同样具有良好的特异性。在MCF-7和Jurkat细胞中,BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用频率存在很大的差异。结论:SYBR Green荧光实时定量PCR法在染色体构象捕获技术中具有很好的特异性;BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用具有细胞类型特异性。

鹅副粘病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank所载鹅副粘病毒(GPMV)的F基因保守区序列设计一对特异性引物,应用RT-PCR方法扩增F基因片段,克隆、测序后,采取Taqman探针法建立了检测鹅副粘病毒的荧光RT-PCR方法。结果表明,该方法特异性强,敏感性高,可以用于鹅副粘病毒的检测。

小鹅瘟病毒荧光PCR检测方法的建立

依据GenBank小鹅瘟病毒(GPV)的NS基因保守区设计一对特异性引物,利用PCR扩增NS区片段,克隆、测序,采取Taqman探针法,构建小鹅瘟病毒的荧光PCR检测方法。结果表明,该方法检测GPV具有很高的特异性和敏感性,可以用于小鹅瘟病毒的检测。

产气荚膜梭菌TaqMan实时荧光定量PCR特异性引物设计和方法验证

目的建立针对水样中产气荚膜梭菌检测的TaqMan实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)方法,并测试该方法在自来水样中的检测效果。方法选择位于该菌拟核中高度保守的plc基因,设计特异性引物和TaqMan探针,经优化后建立了针对该菌的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,结合滤膜法处理含有plc基因的标准菌株的模拟污染水样,并对所建立的方法进行测试。结果所建立的产气荚膜梭菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法具有高度的特异性,13株食源性致病菌、3株艰难梭菌及1株腐败梭菌的Ct值大于40;该方法的最低检出限为1×10 copies/μL,具有较高的灵敏性;对模拟污染水样的最低检测限为1.0×10^(2)CFU/mL。应用该方法对4份人工模拟污染阳性水样与90份自来水样进行检测发现,2份1.0×10^(2)CFU/mL的模拟污染水样可检出产气荚膜梭菌,2份1.0×10 CFU/mL的模拟污染水样与90份自来水样均未检出产气荚膜梭菌。结论所建立的产气荚膜梭菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法具有特异性好、灵敏性高的优点,对水体中产气荚膜梭菌的检测具有较高的应用价值。

实时荧光定量PCR技术在转基因检测中的应用

实时荧光定量PCR技术是一种新型的核酸定性、定量检测、分析技术。随着转基因产品大规模商业化,转基因生物的环境安全和食用安全性问题引起了全球范围内广泛的争论和关注。实时监测、定量准确、灵敏度高、反应速度快、重复性好及PCR反应后不需电泳检测等优点,使RQ-PCR逐步成为转基因检测的重要工具。

实时荧光PCR对奶粉中坂崎肠杆菌的检测

目的:研究奶粉中坂崎肠杆菌实时荧光PCR检验方法。方法:针对坂崎肠杆菌16 s^23 s rDNA间区序列(ITS)设计一对SYBR G reenⅠ染料法引物、一对TaqM an探针法引物及探针,建立奶粉中坂崎肠杆菌实时荧光PCR检验方法,并对实时荧光PCR法、传统方法及PCR方法进行比较。结果:用10株坂崎肠杆菌,18株近源菌验证试验表明,本文所建立的两种实时荧光PCR方法特异性强;加菌试验表明,奶粉中坂崎肠杆菌有1.1 cfu/100 g时就可检出,灵敏度高;检验时间仅需2 d。结论:本文提出的奶粉中坂崎肠杆菌实时荧光PCR检验方法可在实际工作推广。

烟草花叶病毒实时荧光定量PCR检测体系的构建

[目的]防止隐症携带烟草花叶病毒(TMV)的烟苗移栽到大田造成产量损失。[方法]根据TMV的外壳蛋白(coat protein,CP)基因保守序列设计引物及探针,通过绘制标准曲线、重复性、特异性及灵敏性分析,建立了一种TMV的TaqMan-qPCR检测方法。[结果]该方法特异性好,与其他常见的烟草病毒无交叉反应;灵敏度高,检测下限可达到4.53×10^(1) copies/μL,比常规RT-PCR检测灵敏度提高了10倍;建立的标准曲线斜率为-3.299,决定系数(R^(2))为0.9933,扩增效率为100.97%,且循环阈值(Ct)与质粒标准品浓度之间线性关系良好,重复性试验结果可靠。[结论]利用建立的TaqMan-qPCR检测方法与常规RT-PCR检测方法同时检测烟苗样品,检测结果一致,进一步验证了荧光定量PCR方法的可靠性。

脊尾白虾不同发育期mtDNA拷贝数变化特征分析

为了解脊尾白虾(Exopalaemoncarinicauda)在不同发育期线粒体基因组(mtDNA)拷贝数的变化特征,本研究共采集其8个时期(受精卵期、溞状幼体Ⅰ期、溞状幼体Ⅱ期、溞状幼体Ⅲ期、溞状幼体Ⅳ期、溞状幼体Ⅴ期、仔虾期和成虾期)的DNA样品,利用TaqMan实时荧光定量PCR技术,对上述各发育期单个细胞中的mtDNA拷贝数进行了测定。检测结果显示,脊尾白虾受精卵期、溞状幼体Ⅰ期、溞状幼体Ⅱ期、溞状幼体Ⅲ期、溞状幼体Ⅳ期、溞状幼体Ⅴ期、仔虾期和成虾期的mtDNA拷贝数的均值分别为2366、2648、2644、2873、3559、9948、6452和8872。进一步统计分析结果显示,mtDNA拷贝数与发育时间存在正相关性,相关系数为0.83。研究表明,随着脊尾白虾不断生长,其单个细胞中mtDNA拷贝数总体呈上升趋势。

甜瓜内源病毒CmEV的TaqMan RT-qPCR检测方法研究

甜瓜内源病毒(cucumis melo endornavirus,Cm EV)是近年来发现的寄主广泛、发病率高、种传率高的重要病毒。利用Cm EV基因组的序列信息设计特异性引物和探针,建立基于探针法的实时荧光定量PCR(Real-Time Fluorescent Quantitative PCR with Taq Man probes,Taq Man RT-q PCR)的检测方法。该方法可以检测出1×10^(-2)ng·μL^(-1)的RNA和1.8×10^(3)copies·μL^(-1)的质粒,灵敏度是普通PCR的100倍。利用该方法检测了在北京、山东、辽宁、海南瓜类种苗主产区的甜瓜、西瓜、黄瓜与南瓜砧木11份种苗带毒情况,发现山东和海南各有1份甜瓜种苗携带Cm EV。本研究建立的CmEV TaqMan RT-q PCR方法特异性好、灵敏度高,可为开展病毒精准鉴定、科学防控以及从源头遏制病毒传播提供技术支撑。

绵羊主效基因FecB的检测与肉用多羔核心群的建立

基于前期本实验室建立的绵羊多羔性状主效基因FecB高通量检测技术(TaqMan探针法),对10个绵羊群体的16460只绵羊进行了多羔性状主效基因FecB的检测,结果发现小尾寒羊、湖羊以及滩羊的B等位基因频率与前人实验结果一致,有些群体经过长期选择已处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05);本课题组与多个企业经过长期努力已建立了多个肉用多羔绵羊核心群,通过比较发现BB型绵羊产羔数极显著高于B+型,B+型极显著高于++型,且高繁殖力核心群3种FecB基因型小尾寒羊产羔数高于普通小尾寒羊群体。绵羊多羔性状主效基因FecB的检测和肉用多羔绵羊核心群的建立为绵羊群体改良提供了支撑。