鼠伤寒沙门菌sRNA SdsR靶基因的预测及验证分析

【目的】筛选鼠伤寒沙门菌sRNA SdsR的靶基因,为明确s RNA与靶基因的互作以及沙门菌的致病机制奠定基础。【方法】利用TargetRNA2软件预测sRNA SdsR的靶标,基于前期的s RNA SdsR敲除后转录组测序结果,将预测到的基因注释到GO、KEGG以及eggNOG数据库中进行分析,通过RT-qPCR对预测到的杂交能量较高的部分靶基因进行验证。【结果】TargetRNA2软件预测到29个靶标,其中hemA、STM0951、mreC、STM1252、dcoC的杂交能量较高,且能与sRNA SdsR有连续的碱基匹配,分别与鼠伤寒沙门菌血红素合成、氧化还原过程、草酰乙酸脱羧酶的合成、膜的组成部分、细胞质蛋白的合成有关。RT-qPCR结果显示,相对于野生菌株3409,敲除s RNA SdsR后hemA、mreC的表达分别下调0.70和0.39倍;STM0951、STM1252、dcoC的表达分别上调0.51、0.35和1.86倍。【结论】hemA、STM0951、mreC、STM1252、dcoC基因很可能受s RNA SdsR的直接调控且对某些靶基因的表达有促进作用。