单纯疱疹病毒Ⅰ型的Th细胞和B细胞表位重组核酸疫苗的构建及真核表达

目的构建单纯疱疹病毒Ⅰ型(HSV-1)糖蛋白B(g B)和糖蛋白D(g D)的Th细胞和B细胞表位重组串联核酸疫苗,并鉴定其真核表达。方法利用生物信息学分析软件预测HSV-1 g B和g D的Th细胞表位和B细胞表位,结合已发表文献,设计合成HSV-1的Th细胞和B细胞表位重组串联抗原基因(Th/B基因)。将Th/B基因定向克隆入真核表达载体p VAX1,构建真核表达质粒p VAX1-Th/B。用制备的质粒转染COS-7细胞,裂解细胞后经Western blot鉴定其蛋白表达。结果预测得到了HSV-1 g B和g D的Th细胞和B细胞表位,成功构建真核表达质粒p VAX1-Th/B,经测序确认序列正确。SDS-PAGE分离出相应大小的蛋白表达片段,经Western blot鉴定并证实该重组核酸疫苗能够在体外真核细胞中表达。结论成功构建HSV-1 Th细胞和B细胞表位重组串联核酸疫苗,并能够在体外真核细胞中表达,为HSV-1核酸疫苗的进一步研究打下基础。

CD36蛋白B细胞抗原表位的生信预测及其多抗原肽的制备

目的分析CD36蛋白的结构,寻找可能的B细胞抗原表位,制备含有B细胞表位的多抗原肽(multiple antigenic peptide,MAP),为基于B细胞表位的MAP用于CD36抗体的制备提供前期实验基础。方法通过生物信息学方法分析CD36蛋白的理化性质、二级结构、潜在磷酸化及糖基化位点等,预测可能的B细胞表位。以多聚赖氨酸为核心基质,采用Fmoc方法合成含有CD36 B细胞表位的八分枝MAP,并利用反向高效液相色谱(RP-HPLC)分析MAP的纯度、质谱分析法测定MAP的分子量,对合成的CD36-MAP进行鉴定。结果CD36是1种稳定的、亲水性的碱性蛋白,二级结构以无规则卷曲为主,具有多个磷酸化、糖基化位点,抗原性较强。综合分析获得可能的优势B细胞表位4个,制备了4个含有优势B细胞表位的MAP,RP-HPLC分析表明合成的MAP的纯度均在85%以上,其中3个MAP的分子量与理论预期值相符。结论CD36具有较强的抗原性,利用预测得到的4个可能的B细胞表位合成MAP,为CD36抗体的制备和相关研究提供实验基础。

新型冠状病毒E蛋白B细胞表位的预测及鉴定

目的利用生物信息学方法预测SARS-CoV-2 E蛋白B细胞表位,并利用小鼠多抗血清、人新型冠状病毒阳性血清等进行验证,以明确SARS-CoV-2 E蛋白的优势B细胞表位。方法使用SOPMA、Expasy、SWISS-MODEL及IEDB数据库和BepiPred-2.0等软件预测SARS-CoV-2 E蛋白的结构及B细胞表位;通过大肠杆菌系统表达并纯化GST标签重组表位蛋白片段,以Western blotting和间接ELISA方法检测表位蛋白与小鼠和人SARS-CoV-2 E蛋白阳性多抗血清的反应性,以初步鉴定SARS-CoV-2 E蛋白的B细胞表位。结果表位预测结果显示,E蛋白含有线性B细胞表位Ser6-Val14和Tyr57-Pro71,构象表位涉及的氨基酸序列为Glu8-Val14、Leu39-Tyr59、Ser60-Leu65;表达并纯化含有预测表位的E蛋白片段E1(Ser6-Val14表位)、E3(Tyr57-Pro71)以及阴性对照片段E2(不含表位序列),Western blotting和间接ELISA结果均显示抗E蛋白小鼠多抗和人新型冠状病毒阳性血清只与E1、E3蛋白片段呈阳性反应而与E2蛋白片段均为阴性反应,显示E蛋白线性B细胞表位预测正确。结论本研究成功预测并初步鉴定出SARS-CoV-2 E蛋白2个线性B细胞表位,为新型冠状病毒疫苗制备和免疫应答特性分析等提供参考。

N端B细胞表位缺失的兔出血症病毒VP60蛋白的表达及其免疫原性

本研究将A3C单抗识别的VP60蛋白NTA区域作为识别标记,设计一系列编码VP60 NTA区域重叠多肽的基因序列并连接于pGEX-4T-1载体,确定A3C单抗识别的精确表位。然后构建重组质粒Bacmid-VP60△A3C,将Bacmid-VP60△A3C转染Sf9昆虫细胞,得到重组杆状病毒rBac-VP60△A3C。RT-PCR、HA、IFA和Western Blot鉴定结果表明,重组蛋白VP60△A3C在Sf9细胞中高效表达,电镜观察显示其形态和结构与兔出血症病毒VP60蛋白类似。将重组蛋白VP60△A3C以每只200μg免疫2月龄RHDV血清阴性的新西兰兔,免疫后14 d,以兔出血症病毒WF株攻毒新西兰兔。结果表明,免疫组无死亡,而对照组全部死亡。本研究结果为制备表位缺失的兔出血症亚单位疫苗奠定了基础。

非洲猪瘟病毒T、B细胞表位的免疫信息学预测与分析

旨在通过免疫信息学方法预测非洲猪瘟病毒(ASFV)结构蛋白的T、B细胞表位,为非洲猪瘟(ASF)表位疫苗的设计研制提供参考。从NCBI和RCSB数据库获取ASFV蛋白质序列和三维结构,利用IEDB、DTU Health Tech等数据库的生物信息学工具对ASFV的5种结构蛋白p72、p17、p49、M1249L和H240R的细胞毒性T细胞表位、线性B细胞和构象B细胞表位进行鉴定。结果显示:5种蛋白质均为亲水性,二级结构以无规则卷曲为主,仅M1249L例外;预测到抗原性良好、无毒、无致敏的细胞毒性T细胞优势表位27个,线性B细胞优势表位35个;预测到仅针对p72的构象B细胞优势表位2个。结论:ASFV的5种蛋白质可能具有多个潜在T、B细胞表位,其中B细胞表位相对占优,5种蛋白质中p72和M1249L最具疫苗研发前景,可结合蛋白质相关参数信息为构建ASF表位疫苗提供参考。

HPV53进化关系分析及B细胞与T细胞抗原表位预测

目的基于全长序列分析人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)53不同分离株的进化关系,并对代表性分离株病毒蛋白(E1、E2、E4、E6、E7、L1和L2)的理化性质、二级结构及B细胞与T细胞抗原表位进行预测。方法检索美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库,获取HPV53全长序列并构建进化树。采用ProtParam软件分析蛋白的理化性质,PSIPRED和SOPMA软件预测其二级结构。采用ABCpred和IEDB软件预测B、T细胞抗原表位,并结合肽段柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性及Vaxijen评分等参数进一步筛选潜在的优势抗原表位;最后对潜在优势抗原表位与13个高危型HPV进行同源性分析。结果检索NCBI数据库共下载54条HPV53全长序列,经去重后保留48条,来自不同国家/地区的HPV53分离株可划分为A、B、C三个主要进化分支。三个分支代表株病毒的蛋白理化性质相似,E1、E6和E7蛋白的二级结构以α螺旋为主,E2、E4、L1和L2以无规则卷曲为主。经预测和筛选后,共得到6个B细胞潜在优势抗原表位和9个T细胞潜在优势抗原表位,同源性分析发现,E4和E6区域的B细胞抗原表位TTPIRPPPPPRPWAPT和CYRCQHPLTPEEKQLH,及L2区域的T细胞抗原表位SGVHSYEEIPMQ与HPV56具有较高同源性(均>90%)。结论通过生物信息学方法分析和预测发现HPV53分离株可分为A、B、C三个主要进化分支,其理化性质相似,二级结构存在部分小差异,且病毒蛋白中含有B、T细胞抗原表位,为HPV53相关多肽形式的疫苗和抗体药物开发提供了更多理论依据。

B细胞抗原表位鉴定方法的研究进展

抗原表位是抗原决定其抗原性的基础,是诱导机体产生免疫应答的最小功能单位。B细胞抗原表位研究对于新型疫苗和治疗性药物的研发以及诊断试剂的开发具有重要意义。本文总结了近几年应用B细胞抗原表位研究的技术,并分析了各种技术的优缺点。

基于黏附素HpaA B细胞表位的多抗原肽疫苗的免疫原性鉴定

目的制备以幽门螺杆菌(Hp)黏附素HpaA B细胞表位为基础的多抗原肽(MAP)疫苗,并分析其免疫原性。方法在GenBank数据库检索Hp黏附素HpaA的氨基酸及核苷酸序列。采用表位分析软件预测HpaA的B细胞表位,以此合成8分支MAP并免疫白毛黑眼兔,体外试验测定MAP与兔抗Hp多克隆抗体的亲和力,体内试验检测免疫血清抗体效价和抗体的特异性。结果HpaA的优势B细胞表位可能位于其氨基酸序列的第130~142和第212~219区段,并分别以上述B细胞表位合成8分支MAP1和MAP2。MAP1和MAP2均能在体外与兔抗Hp多克隆抗体结合,且MAP1具有较高的亲和力。仅MAP1能在体内诱导免疫应答,产生高滴度特异性抗体。结论HpaA氨基酸序列的第130~142区段为其优势B细胞表位,基于此合成的MAP具有较强的免疫原性。

不同谱系D型流感病毒HEF蛋白N-糖基化位点和B细胞表位预测分析

D型流感病毒(IDV)是一种近年来新发现的正粘病毒科D型流感病毒属成员,可引起牛、猪、豚鼠等多种动物的呼吸道疾病,具有潜在的人兽共患性。基于HEF基因遗传多样性,IDV可分为5个不同的谱系,分别是D/OK、D/660、D/Yama2016、D/Yama2019和D/CA2019谱系。不同于甲型、乙型流感病毒,IDV的潜在N-糖基化位点主要集中分布在HEF基因上。为系统了解不同谱系毒株HEF蛋白的N-糖基化位点和B细胞表位,从Gen Bank数据库获得151条全长HEF基因序列,通过使用MEGA-X生物信息学软件构建遗传进化树,并用在线工具进行各毒株N-糖基化位点和线性B细胞表位预测分析。结果表明IDV的HEF蛋白具有6~8个潜在的N-糖基化位点,其中有2个N-糖基化位点(N146和N613)在不同谱系间相同,有6个N-糖基化位点(N28、N54、N249、N346、N390和N513)在不同谱系间存在差异。B细胞表位在不同谱系间有3个保守的表位和8~9个各谱系独特的表位。线性B细胞表位的预测将有助于设计激活体液反应的多表位疫苗,预测结果还需要体外和体内实验证实来证明该应用的可行性。

肠道病毒C组96型VP1蛋白线性B细胞表位筛选与鉴定

目的鉴定肠道病毒C组96型(enterovirus C96,EV-C96)VP1蛋白的线性B细胞表位。方法采用IEDB网站提供的在线分析工具分析、预测EV-C96 VP1蛋白的线性B细胞表位,结合其二级结构、β-转角、抗原性、亲水性等多项参数,筛选出优势候选表位;应用间接ELISA法检测候选表位与EV-C96免疫血清的反应性以及与21种其他常见手足口病病原血清的交叉反应性;应用微量中和试验测定表位抗体的中和效价;采用序列比对分析表位的序列保守性;应用结构对齐分析表位的结构特异性。结果通过生物信息学筛选出EVC96 VP1蛋白7个候选表位(P1~P7);ELISA法检测发现P7(氨基酸序列位置为282~304)与EV-C96多克隆抗体有强反应性,与其他常见EV多克隆抗体不发生明显反应;微量中和试验显示,P7抗体的中和效价低于1∶2;序列及结构分析结果显示,P7的氨基酸序列在EV-C96型内具有较高保守性,与其他EV相应位点氨基酸序列的结构有明显差异。结论P7表位为EV-C96特异的非中和性B细胞表位,可作为开发EV-C96检测试剂盒的候选抗原表位。

鸡MHC分子限制性禽流感病毒CD8^(+)T细胞表位研究进展

禽流感是威胁家禽养殖业和人类公共卫生安全的重要动物呼吸道疾病。疫苗接种是防控禽流感的有效手段,传统灭活疫苗主要通过诱导体液免疫产生针对病毒表面蛋白的中和抗体来抑制病毒复制。然而,由于病毒抗原表位频繁变异,使得疫苗株与流行株不匹配,且部分禽流感病毒单纯依靠体液免疫无法达到清除性免疫。细胞免疫是抵抗病毒感染的重要免疫反应,MHCⅠ分子递呈病毒T细胞表位是激活CD8^(+)T细胞免疫应答的关键环节,了解鸡MHCⅠ分子递呈的具有免疫活性的CTL表位有助于新型疫苗的设计及其细胞免疫效果评价。目前已鉴定的鸡MHCⅠ递呈禽流感病毒CTL表位数据较少,难以确定关键的免疫显性表位。并且,鸡MHCⅠ分子具有高度多态性,不同类型鸡MHCⅠ分子结构存在细微差异,导致其对病毒抗原有不同的结合偏好,进一步加大了鸡CTL表位的鉴定难度。文章综述了鸡MHC分子特征、MHCⅠ分子对禽流感病毒的重要性、现有T细胞表位研究方法及应用,为鸡MHCⅠ分子限制性T细胞表位的鉴定方法及禽流感表位疫苗的研发设计提供理论依据。

BTG2、ARL2在非小细胞肺癌中的表达及其病理分型的相关性

目的探讨ADP核糖基化样因子2(ARL2)、B细胞异位基因2(BTG2)蛋白在非小细胞肺癌组织中表达水平及其病理分型相关性分析。方法选择2021年5月—2022年5月本院收治的60例非小细胞肺癌患者作为研究对象,共收集非小细胞肺癌的癌组织和癌旁正常组织标本60对,其中非小细胞肺癌的癌组织作为实验组,癌旁正常组织作为对照组。应用免疫组化方法分别检测非小细胞肺癌患者的癌组织和癌旁组织中ARL2蛋白和BTG2蛋白的表达水平。分析ARL2蛋白和BTG2蛋白的表达水平与非小细胞肺癌的临床病理分型相关性。结果实验组中ARL2蛋白表达阳性率为66.7%,,明显高于对照组的25.4%(P<0.05);实验组中BTG2蛋白表达阳性率为20.6%,明显低于对照组的71.4%(P<0.05)。ARL2、BTG2蛋白表达与患者年龄、性别无相关性,差异无统计学意义(P>0.05);而与肿瘤TNM分期、淋巴结转移、肿瘤最大直径、复发率、病理学分级、复发相关性密切,差异具有统计学意义(P<0.05)。统计患者的1年生存率为47.6%(29/60),其中ARL2阳性生存率为31.0%(6/20),ARL2阴性生存率为81.0%(30/40);BTG2阳性生存率为96.1%(25/26),BTG2阴性生存率为35.0%(11/34);ARL2阴性、BTG2阳性非小细胞肺癌患者生存率显著增高(P<0.001)。结论非小细胞肺癌患者的ARL2蛋白表达明显升高,BTG2蛋白表达水平明显降低,证实了ARL2水平的高表达和BTG2的低表达,对非小细胞肺癌患者的ARL2阳性蛋白、BTG2阴性表达与病理分型有着十分密切的相关性,值得未来在预后方面进一步研究探讨。

猪源病毒细胞毒性T淋巴细胞表位研究进展

主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)Ⅰ类分子,也称为猪白细胞抗原(swine leukocyte antigen,SLA)Ⅰ类分子,在机体抗原递呈、器官移植、细胞免疫应答和调控等方面起重要作用。细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位是抗原经抗原递呈细胞加工后,与SLA-Ⅰ类分子结合并递呈的线性肽段,具有高度特异性,在机体抗原识别递呈和细胞免疫抵抗病毒感染方面发挥着关键作用。CTL表位能够刺激CTLs发挥细胞杀伤作用,主要表现为杀伤病毒。作者将对口蹄疫病毒、非洲猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒等几种重要的猪源病毒的CTL表位研究现状进行综述,并利用生物信息学手段分析SLA-Ⅰ与CTL表位结合基序特征,以期为今后相关猪源病毒CTL表位的研究和多表位疫苗的设计提供参考。

HLA-DRB1^(*)11:01与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系探讨

目的我们前期研究显示,无论在汉族人群还是黎族人群中,HLA-DRB1^(*)11∶01均是与机体自发清除HCV相关联的HLA-Ⅱ类基因,因此,本研究的目的是探讨HLA-DRB1^(*)11∶01基因与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系。方法对广东地区常见的HCV 6a慢性感染者HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组和阴性组的E1E2和NS3基因进行病毒选择压力以及病毒群体扩张的分析。采用覆盖我国常见HCV基因型保守区的CD4+T细胞表位的重叠肽段刺激HCV自发清除组和慢性感染组,通过ELISPT实验,根据每孔的斑点形成细胞数以及在不同组出现的频次评估HLA-DRB1^(*)11∶01基因与CD4+T细胞表位的关系。结果广东地区常见的HCV 6a感染者HLA-DRB1^(*)11∶01阴性组E1E2和NS3的阳性选择位点以及位于CD4+T细胞表位的位点数均大于HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组;两组HCV 6a感染者在广东地区均具有群体扩张趋势,且HLA-DRB1^(*)11∶01阴性组的扩张趋势明显高于HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组。HCV自发清除组对其中5条肽段(C-52 E2691-707、C-119 NS31545-1560、C-134 NS4A1669-1684、C-154 NS4B1912-1927和C-159 NS4B1929-1944)刺激的应答率较高,HCV慢性感染组对其中的2条肽段(C-111 NS31497-1512和C-130 NS31650-1665)刺激的应答率较高。当考虑HLA-DRB1^(*)11∶01分型时,在慢性感染组和自发清除组HLA-DRB1^(*)11∶01阳性和HLA-DRB1^(*)11∶01阴性PBMCs产生的HCV特异性免疫应答均无统计学差异。结论研究揭示了HLA-Ⅱ类基因HLA-DRB1^(*)11∶01与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系,同时,获得HCV泛基因型CD4+T细胞抗原候选表位,为研发适合HCV泛基因型的T细胞疫苗提供基础数据。

H5Nx禽流感病毒交叉反应性CD4^(+) T细胞表位预测

【目的】评估预先存在的H5Nx交叉反应性免疫记忆,为人类H5禽流感病毒的防治和广谱疫苗的研发提供理论数据。【方法】利用生物信息学方法筛选人源H5Nx禽流感病毒与季节性流感病毒的共同保守的交叉反应性CD4^(+) T细胞表位,进一步分析保守表位嵌套CD8^(+) T细胞表位和B细胞表位情况以及在中国人群中的覆盖率。【结果】92.3%(513/555)的H5Nx CD4^(+) T细胞表位在季节性甲型流感病毒中具有交叉反应性,其中172个表位嵌套CD8^(+) T细胞表位和5个表位嵌套B细胞表位。这些表位与相应HLA-DRB1等位基因在全世界人群中的覆盖率为88.65%。【结论】由于反复接触季节性甲型流感病毒,人群中存在一定水平的的H5Nx交叉反应性免疫记忆,能够为H5Nx感染提供部分保护。

基于NF-κB信号通路探讨枸杞多糖对过敏性鼻炎小鼠Th1/Th2细胞因子的影响

目的探讨枸杞多糖调控核因子-κB(NF-κB)信号通路对过敏性鼻炎小鼠Th1/Th2细胞因子的影响。方法将72只SPF级BALB/c小鼠随机分为为正常组、模型组、丙酸氟替卡松组及枸杞多糖低、中、高剂量组,每组12只。除正常组外,其余各组小鼠均采用卵清蛋白致敏法构建过敏性鼻炎模型。建模成功后,丙酸氟替卡松组每天予以丙酸氟替卡松滴鼻,枸杞多糖低、中、高剂量组每天予以25 mg/kg、50 mg/kg、100 mg/kg的枸杞多糖灌胃,正常组与模型组予以等量生理盐水灌胃,均持续干预21 d。比较各组小鼠鼻部症状评分,HE染色观察鼻黏膜组织病理学形态,ELISA法检测血清干扰素-γ(IFN-γ)、白细胞介素-4(IL-4)、免疫球蛋白E(IgE)水平,Western blot法检测鼻黏膜组织中Toll样受体4(TLR4)、NF-κB p65和磷酸化NF-κB p65(p-NF-κB p65)蛋白表达情况。结果与正常组比较,模型组小鼠鼻部症状评分明显升高(P<0.05);鼻黏膜组织中有较多嗜酸性粒细胞浸润,腺体增生;血清IL-4、IgE水平及鼻黏膜组织中TLR4、p-NF-κB p65蛋白相对表达量均明显升高(P均<0.05),血清IFN-γ水平明显降低(P<0.05)。与模型组比较,各给药组小鼠鼻部症状评分明显降低(P均<0.05);鼻黏膜组织炎性反应和腺体增生均明显减轻;血清IL-4、IgE水平及鼻黏膜组织中TLR4、p-NF-κB p65蛋白相对表达量均明显降低(P均<0.05),血清IFN-γ水平均明显升高(P均<0.05)。且随枸杞多糖剂量的增加,各指标改善越明显(P均<0.05)。结论枸杞多糖可以通过抑制TLR4/NF-κB信号通路相关蛋白的表达,纠正Th1/Th2细胞因子失衡,减少IgE的生成,进而有效减轻过敏性鼻炎小鼠的鼻黏膜炎症反应。

积雪草酸调控白细胞介素-6/信号转导子和转录激活子3/核转录因子-κB通路对哮喘小鼠Treg/Th17免疫平衡的影响

目的:探讨积雪草酸调控白细胞介素(IL)-6/信号转导子和转录激活子3(STAT3)/核转录因子-κB(NF-κB)通路对哮喘小鼠Treg/Th17免疫平衡的影响。方法:采用卵清蛋白(OVA)致敏和激发来制备哮喘小鼠模型,随机分为模型组、积雪草酸低剂量组(54 mg/kg)、积雪草酸高剂量组(108 mg/kg)、积雪草酸高剂量(108 mg/kg)+Colivelin(IL-6/STAT3/NF-κB激活剂,2 mg/kg)组,每组各10只。另选10只小鼠在致敏和激发阶段给予等剂量生理盐水设为对照组,用积雪草酸和Colivelin分组处理各组小鼠后检测其肺组织病理形态,肺泡灌洗液(BALF)中炎性细胞计数,外周血Treg/Th17,BALF和血清中Treg、Th17细胞分泌因子水平,肺组织IL-6/STAT3/NF-κB通路相关蛋白表达。结果:与对照组比较,模型组小鼠肺组织发生明显病理损伤,外周血Treg细胞占比和Treg/Th17,BALF和血清IL-10、IL-35水平降低(P<0.05)。肺部炎症评分,BALF中白细胞计数与嗜酸粒细胞计数,外周血Th17细胞占比,BALF和血清IL-17、IL-6水平,肺组织IL-6蛋白表达与p-STAT3/STAT3、p-NF-κB p65/NF-κB p65升高(P<0.05)。低、高剂量积雪草酸可逆转哮喘模型小鼠上述病理变化,且高剂量积雪草酸作用更强。Colivelin可减弱积雪草酸对哮喘模型小鼠上述病理变化的作用。结论:积雪草酸可通过减弱IL-6表达与STAT3、NF-κB的磷酸化,抑制哮喘小鼠炎症细胞及炎症因子产生,从而减轻气道炎症及肺组织损伤,改善肺功能。

1型登革病毒感染病人血清中非结构蛋白1B细胞线性表位鉴定

目的鉴定1型登革病毒感染病人血清中1型登革病毒非结构蛋白1(nonstructural Protein 1 of Dengue virus type 1,DENV-1 NS1)B细胞线性表位。方法以重组DENV-1 NS1为抗原,免疫印迹法筛选NS1阳性病人血清。一组重叠DENV-1 NS1的重叠多肽同这些NS1阳性血清反应鉴定NS1蛋白线性B细胞表位。采用梯度稀释的1-4型重组DENVNS1竞争抑制阳性多肽同病人血清反应鉴定其反应特异性和交叉反应性。结果12份DENV-1核酸阳性病人中筛选得到5份抗DENV-1 NS1阳性病人血清。重叠多肽法、竞争抑制法和生物信息学方法筛选出3条阳性NS1多肽(氨基酸残基序列第1-15,131-145,271-285),其中aa1-15在已报道的DENV-1分离株高度保守,提示这个区域可能存在DENV-1血清型特异性表位。aa131-145和aa271-285对应的蛋白序列比对分析表明以上区域中的133-FI/LIDGP-138和271-GKLEL/M/IDF-277在已报道的4种血清型DENV分离株中高度保守,提示这2个区域存在4种血清型DENV共同表位。结论发现3个NS1上B细胞线性表位,其中aa131-145和aa271-285为首次报道,结果有助于疫苗和诊断试剂的研发。

重组牛乳源金黄色葡萄球菌GapC蛋白优势B细胞抗原表位的预测和筛选

旨在表达牛乳源金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)GapC蛋白并对其B细胞抗原表位进行预测与鉴定,本研究利用实验室分离鉴定的S.aureus分离株15119扩增GapC基因并构建重组表达质粒pET-28a-GapC,诱导纯化得到分子量为44 kD重组蛋白GapC,以此免疫新西兰大白兔,获得特异多克隆抗体。利用生物信息学方法,对GapC蛋白的二级及三级结构进行分析,预测其B细胞抗原表位,并利用特异性抗体对筛选的表位进行鉴定。结果表明,GapC蛋白具有良好的免疫原性,筛选出7个线性B细胞抗原表位,利用兔抗重组GapC蛋白多克隆抗体鉴定得到了PL 5(^(221)IPEIDGKLDGGAQRVP^(236))多肽和PL 7(^(264)KNASNESFGYTEDEIVSSDVVGM^(286))2个优势B细胞表位。本研究成功制备了GapC蛋白,预测并鉴定了2个优势抗原表位,为其嵌合表位疫苗的开发提供了技术支持。

免疫信息学方法预测针对中东呼吸综合征冠状病毒的T/B细胞抗原表位

目的通过免疫信息学方法预测针对中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)的T/B细胞抗原表位。方法从NCBI获取S蛋白序列后,运用MEGA11进行多序列比对及系统发育树构建,Expasy Protparam分析其理化性质,SOPMA预测其二级结构。随后对S蛋白建模并进行模型验证。再通过NetCTL-1.2、NetMHC pan EL 4.1和IEDB预测杀伤性T细胞(CTL)表位,NetMHCⅡpan-4.0、IFNepitope和IL-4pred预测辅助性T细胞表位(HTL),ABCpred和BepiPred-2.0预测线性B细胞表位(LBL),ElliPro工具预测构象B细胞表位(CBL)。最后对上述预测得到的线性表位进行抗原性、致敏性和毒性预测。结果S蛋白序列保守性较高,且来自不同国家的100个MERS-CoV S蛋白可以装进同一系统进化枝。理化性质分析结果显示,S蛋白亲水性总平均值为-0.078,在哺乳动物网织红细胞中半衰期约为30 h。模型验证结果显示构建的S蛋白模型是合理的。从S蛋白中预测得到具有抗原性、无致敏性和无毒性的CTL表位2个、HTL表位2个,LBL表位15个。ElliPro工具预测得到的CBL表位5个。结论MERS-CoV的S蛋白是亲水性的稳定蛋白;综合多种生物信息学方法可以预测得到T/B细胞抗原表位,对开发针对MERS-CoV的多肽疫苗具有重要借鉴意义。