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Quantitative Structure Activity Relationship Studies of Benzoxazinone Derivative Antithrombotic Drug Using New Three-dimensional Structure Descriptors
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作者 仝建波 李云飞 +1 位作者 刘淑玲 孟元亮 《Chinese Journal of Structural Chemistry》 SCIE CAS CSCD 2010年第12期1893-1899,共7页
A novel three-dimensional holographic vector of atomic interaction field(3D-HoVAIF) was used to describe the chemical structures of 23 benzoxazinone derivatives as antithrombotic drugs.Here a quantitative structure ... A novel three-dimensional holographic vector of atomic interaction field(3D-HoVAIF) was used to describe the chemical structures of 23 benzoxazinone derivatives as antithrombotic drugs.Here a quantitative structure activity relationship(QSAR) model was built by partial least-squares(PLS) regression.The estimation stability and prediction ability of the model were strictly analyzed by both internal and external validations.The correlation coefficients of established PLS model,leave-one-out(LOO) cross-validation,and predicted values versus experimental ones of external samples were R2=0.899,RCV2=0.854 and Qext2=0.868,respectively.These values indicated that the built PLS model had both favorable estimation stability and good prediction capabilities.Furthermore,the satisfactory results showed that 3D-HoVAIF could preferably express the information related to the biological activity of benzoxazinone derivatives. 展开更多
关键词 benzoxazinone derivatives antithrombotic drug three-dimensional holographic vector of atomic interaction field(3D-HoVAIF) quantitative structure-activity relationship(QSAR)
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Quantitative determination of PFC3D microscopic parameters 被引量:5
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作者 LI Zhuo RAO Qiu-hua 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS CSCD 2021年第3期911-925,共15页
It is important to calibrate micro-parameters for applying partied flow code(PFC)to study mechanical characteristics and failure mechanism of rock materials.Uniform design method is firstly adopted to determine the mi... It is important to calibrate micro-parameters for applying partied flow code(PFC)to study mechanical characteristics and failure mechanism of rock materials.Uniform design method is firstly adopted to determine the microscopic parameters of parallel-bonded particle model for three-dimensional discrete element particle flow code(PFC3D).Variation ranges of microscopic of the microscopic parameters are created by analyzing the effects of microscopic parameters on macroscopic parameters(elastic modulus E,Poisson ratio v,uniaxial compressive strengthσc,and ratio of crack initial stress to uniaxial compressive strengthσci/σc)in order to obtain the actual uniform design talbe.The calculation equations of the microscopic and macroscopic parameters of rock materials can be established by the actual uniform design table and the regression analysis and thus the PFC3D microscopic parameters can be quantitatively determined.The PFC3D simulated results of the intact and pre-cracked rock specimens under uniaxial and triaxial compressions(including the macroscopic mechanical parameters,stress−strain curves and failure process)are in good agreement with experimental results,which can prove the validity of the calculation equations of microscopic and macroscopic parameters. 展开更多
关键词 quantitative relationship of microscopic and macroscopic parameters uniform design method three-dimensional particle flow code(PFC3D) ROCK
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Prediction of Stability for Polychlorinated Biphenyls in Transformer Insulation Oil Through Three-dimensional Quantitative Structure-activity Relationship Pharmacophore Model and Full Factor Experimental Design
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作者 XU Zheng CHEN Ying +2 位作者 QIU Youli GU Wenwen LI Yu 《Chemical Research in Chinese Universities》 SCIE CAS CSCD 2016年第3期348-356,共9页
Based on the obtained data of half-lives(t1/2) for 31 polychlorinated biphenyl congeners(PCBs), 3D quantitative structure-activity relationship(QSAR) pharmacophore was used to establish a 3D QSAR model to predic... Based on the obtained data of half-lives(t1/2) for 31 polychlorinated biphenyl congeners(PCBs), 3D quantitative structure-activity relationship(QSAR) pharmacophore was used to establish a 3D QSAR model to predict the t1/2 values of the remaining 178 PCBs, using the structural parameters as independent variables and lgt1/2 values as the dependent variable. Among this process, the whole data set(31 compounds) was divided into a training set(24 compounds) for model generation and a test set(7 compounds) for model validation. Then, the full factor experimental design was used to research the potential second-order interactional effect between different substituent positions, obtaining the final regulation scheme for PCB. At last, a 3D QSAR pharmacophore model was established to validate the reasonable regulation targeting typical PCB with respect to half-lives and thermostability. As a result, the cross-validation correlation coefficient(q2) obtained by the 3D QSAR model was 0.845(〉0.5) and the coefficient of determination(r2) obtained was 0.936(〉0.9), indicating that the models were robust and predictive. CoMSIA analyses upon steric, electrostatic and hydrophobic fields were 0.7%, 85.9%, and 13.4%, respectively. The electrostatic field was determined to be a primary factor governing the tt/2. From CoMSIA contour maps, tl/2 increased when substi- tuents possessed electropositive groups at the 2'-, 3-, Y-, 5- and 5'- positions and electronegative groups at the 3-, 3'-, 5-, 6- and 6'- positions, which could increase the PCB stability in transformer insulation oil. Modification of two typical PCB congeners(PCB-77 and PCB-81) showed that the lgtl/2 for three selected modified compounds increased by 13%(average ratio) compared with that of each congener and the thermostability of them were higher, validating the reasonability of the regulatory scheme obtained from the 3D QSAR model. These results are expected to be beneficial in predicting tl/2 values of PCB homologues and derivatives and in providing a theoretical foundation for further elucidation of the stability of PCBs. 展开更多
关键词 Polychlorinated biphenyl Stability HALF-LIFE three-dimensional quantitative structure-activity relationship pharmacophore Insulation oil Full factor experimental design
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三维全息原子场作用矢量用于四氢-咪唑-苯二氮酮类抗艾滋病药物定量构效关系研究 被引量:4
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作者 仝建波 梁桂兆 +4 位作者 周鹏 张生万 曾晖 李美萍 李志良 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期654-658,共5页
目的对23个四氢-咪唑-苯二氮酮(TIBO)类抗艾滋病药物分子进行定量构效关系(QSAR)研究。方法采用本实验室新近提出的三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)表征TIBO类抗艾滋病药物分子结构。然后运用偏最小二乘回归(partial least square re... 目的对23个四氢-咪唑-苯二氮酮(TIBO)类抗艾滋病药物分子进行定量构效关系(QSAR)研究。方法采用本实验室新近提出的三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)表征TIBO类抗艾滋病药物分子结构。然后运用偏最小二乘回归(partial least square regression,PLS)建立3D-HoVAIF描述符与TIBO类抗艾滋病药物活性之间的QSAR模型。结果用此方法建模的复相关系数(R2cum)、交互校验复相关系数(Q2cum)和模型的标准偏差(SD)分别为R2cum=0.824,Q2cum=0.778与SD=0.56,均优于文献值。结论3D-HoVAIF能较好表征TIBO类抗艾滋病药物分子结构信息,因而能建立具有良好稳定性和预测能力的QSAR模型。 展开更多
关键词 三维全息原子场作用矢量 定量构效关系 四氢-咪唑-苯二氮(艹卓)酮 抗艾滋病药物
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人工神经网络和多元回归法预测有机物的生物富集因子 被引量:5
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作者 冯长君 杨伟华 沐来龙 《武汉大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期674-681,共8页
计算了122种非离子性有机物的电性拓扑状态指数En.基于取代基及共轭母体的特征,定义一种新的分子参数——共轭参数B,它们对有机物呈现出良好的结构选择性.将它们与122种非离子性有机物的生物富集因子(lgBCF)拟合,建立令人满意的数学模型... 计算了122种非离子性有机物的电性拓扑状态指数En.基于取代基及共轭母体的特征,定义一种新的分子参数——共轭参数B,它们对有机物呈现出良好的结构选择性.将它们与122种非离子性有机物的生物富集因子(lgBCF)拟合,建立令人满意的数学模型:lgBCF=-0.076+1.006B+0.077E38+0.274E9+0.111E39(n′=122,R=0.966,F=408.35,S=0.401).通过Jackknife法检验该模型具有总体稳健性,并能较准确估算与预测有机物的生物富集因子.依此4个结构参数作为神经网络输入层结点,采用4∶10∶1的网络结构,利用BP算法得到一个良好模型,其相关系数R和标准偏差S分别为0.990和0.216,证明该电性拓扑状态指数与共轭参数对于有机物的生物富集因子的预测有效. 展开更多
关键词 非离子性有机物 生物富集因子 电性拓扑状态指数 共轭参数 多元线性回归 人工神经网络 定量构效关系
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阳离子捕收剂及其分子结构设计理论研究进展 被引量:8
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作者 刘文宝 刘文刚 +1 位作者 段浩 彭祥玉 《金属矿山》 CAS 北大核心 2019年第9期15-21,共7页
阳离子捕收剂在硅酸盐、碳酸盐、钾盐、金属氧化矿等矿物的分选中表现出巨大的应用潜力,因此,新型阳离子捕收剂的研发一直是浮选药剂领域的研究热点。综述了国内外阳离子捕收剂的研究进展,与国外相比,我国阳离子浮选研究的起步较晚,尽... 阳离子捕收剂在硅酸盐、碳酸盐、钾盐、金属氧化矿等矿物的分选中表现出巨大的应用潜力,因此,新型阳离子捕收剂的研发一直是浮选药剂领域的研究热点。综述了国内外阳离子捕收剂的研究进展,与国外相比,我国阳离子浮选研究的起步较晚,尽管近年来国内已开发出多种新型的阳离子捕收剂,但阳离子捕收剂设计研发及工业化应用缓慢,仍制约着阳离子浮选工艺的推广。概述了计算机辅助浮选药剂分子结构设计的发展,详细介绍了浮选药剂研究过程中常用的3种计算机辅助技术方法:密度泛函数理论、定量构效关系和分子动力学模拟;综述了分子动力学模拟技术在浮选药剂研发中的应用。在此基础上,分析了目前浮选药剂分子结构设计方法的不足,结合密度泛函数理论和分子动力学模拟技术,介绍了一种基于能量判据的高效浮选药剂设计方法,探讨了该方法在阳离子捕收剂分子结构设计中的应用前景,提出并阐述了提高该方法适用性的建议,为新型高效阳离子捕收剂的针对性设计提供参考。 展开更多
关键词 阳离子捕收剂 分子结构设计 密度泛函数理论 三维定量构效关系 分子动力学模拟
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四氢原小檗碱同类物与多巴胺D_2受体作用的定量构效关系 被引量:2
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作者 傅旭春 胡永洲 +1 位作者 周启霆 白东鲁 《中国药物化学杂志》 CAS CSCD 1999年第2期111-113,共3页
四氢原小檗碱同类物是一类新型的脑内多巴胺受体阻滞剂.本文用FreWilson法研究了一组四氢原小檗碱同类物与多巴胺D2受体作用的定量构效关系.结果表明:C2位上的OH和C12位上的Cl使四氢原小檗碱同类物与多巴... 四氢原小檗碱同类物是一类新型的脑内多巴胺受体阻滞剂.本文用FreWilson法研究了一组四氢原小檗碱同类物与多巴胺D2受体作用的定量构效关系.结果表明:C2位上的OH和C12位上的Cl使四氢原小檗碱同类物与多巴胺D2受体的亲和力增强,C11位上的立体位阻可能使亲和力降低,C10位上的取代基可能对亲和力影响不大. 展开更多
关键词 四氢原小檗碱 同类物 多巴胺受体 定量构效关系
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磷脂酶A_2吲哚类抑制剂的结构和活性关系 被引量:1
8
作者 王任小 冯亚彬 +1 位作者 来鲁华 唐有祺 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1998年第10期893-897,共5页
应用一种新的预测酶-配体复合物亲和性的方法来研究磷脂酶A2蚓哚类抑制剂的结构-活性关系.磷脂酶A2-抑制剂复合物的三维结构是用分子模构的方法搭建的,复合物的亲和性由程序SCORE计算.共分析了12个抑制剂分子.计算所得的亲和性和实... 应用一种新的预测酶-配体复合物亲和性的方法来研究磷脂酶A2蚓哚类抑制剂的结构-活性关系.磷脂酶A2-抑制剂复合物的三维结构是用分子模构的方法搭建的,复合物的亲和性由程序SCORE计算.共分析了12个抑制剂分子.计算所得的亲和性和实验测定值吻合得很好,明显优于用CoMFA方法分析同一系列化合物所给出的结果.通过分析SCORE的输出结果,识别出了蚓哚类抑制剂和磷脂酶A2相互作用的关键位点,为设计新型的磷脂酶A2抑制剂提供了指导. 展开更多
关键词 凝脂酶A2 吲哚类 抑制剂 构效关系 消炎药
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基于不同建模方法的硝基苯急性毒性QSAR比较研究 被引量:3
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作者 金飙 柴欢 金俏 《沈阳化工大学学报》 CAS 2016年第2期124-129,共6页
采用量子化学密度泛函方法对36种硝基苯类化合物的电子结构参数进行计算,筛选出影响梨形四膜虫的急性毒性显著的5个变量,分别运用多元线性回归法(MLR模型)和人工神经网络(ANN)法建立其结构参数与毒性数据之间的QSAR模型,并进行对比.建立... 采用量子化学密度泛函方法对36种硝基苯类化合物的电子结构参数进行计算,筛选出影响梨形四膜虫的急性毒性显著的5个变量,分别运用多元线性回归法(MLR模型)和人工神经网络(ANN)法建立其结构参数与毒性数据之间的QSAR模型,并进行对比.建立的MLR模型中的相关系数R=0.849,标准误差σs=0.378;ANN模型中的相关系数R=0.989,标准误差σs=0.098.实验结果表明:硝基苯类化合物对梨形四膜虫急性毒性的ANN模型比M LR模型具有更好的拟合能力,预测效果更好.说明影响硝基苯类化合物梨形四膜虫急性毒性的因素是非线性的. 展开更多
关键词 密度泛函 硝基苯 多元线性回归 人工神经网络 定量构效关系(QSAR)
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[^(99)Tc^m(NO)Cl(PL)_2]^+类配合物的定量构效关系
10
作者 张华北 李波 戴梅 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期460-463,共4页
用半经验量子化学方法中的ZINDO/1对15种犤99Tcm(NO)Cl(PL)2犦+类配合物的结构进行了优化,得到各种物理化学参数和电性参数,并将这些参数对心肌初始摄取值进行多元线性回归分析,得到了4个方程.利用所得方程,提出了该类配合物的心肌摄取... 用半经验量子化学方法中的ZINDO/1对15种犤99Tcm(NO)Cl(PL)2犦+类配合物的结构进行了优化,得到各种物理化学参数和电性参数,并将这些参数对心肌初始摄取值进行多元线性回归分析,得到了4个方程.利用所得方程,提出了该类配合物的心肌摄取机理主要为氧化还原反应机理. 展开更多
关键词 锝标记心肌灌注显像剂 心肌放射性药物 配合物 心肌摄取 作用机理 氧化还原 定量构效关系 药物分子设计
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艾里莫芬烷倍半萜抗白血病定量构效关系的量子化学研究
11
作者 徐文媛 刘建群 +2 位作者 张锐 朱根华 熊浩仲 《华东交通大学学报》 2010年第5期72-76,共5页
采用Gaussian03程序用密度泛函理论计算了15种艾里莫芬烷倍半萜的量子化学参数,研究了这类化合物抗白血病生物活性与量子化学参数间的关系,发现化合物的生物活性与LUMO和LUMO+1轨道的能量以及偶极有较好的线性关系,LUMO和LUMO+1轨道的... 采用Gaussian03程序用密度泛函理论计算了15种艾里莫芬烷倍半萜的量子化学参数,研究了这类化合物抗白血病生物活性与量子化学参数间的关系,发现化合物的生物活性与LUMO和LUMO+1轨道的能量以及偶极有较好的线性关系,LUMO和LUMO+1轨道的能量越低,偶极越大,则生物活性越好。而这类化合物的LUMO轨道主要是由内酯环或呋喃环组成的π分子轨道,内酯环是化合物的生物活性区域。研究结果为此类化合物的结构修饰和开发研究提供了参考依据。 展开更多
关键词 艾里莫芬烷倍半萜 抗白血病 DFT 构效关系
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循环子空间回归为喹喏酮N_1位构效关系建模 被引量:5
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作者 孙卫国 陈德钊 +2 位作者 陈亚秋 叶宁 胡上序 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1999年第6期861-865,共5页
拟从线性泛函的角度分析循环子空间回归(CSR).CSR方法将从自变量参数矩阵和因变量向量中提取成分,循环地构造并扩张Krylov子空间,且以此作为源空间,运用最小二乘准则解得映射到因变量实空间的线性泛函.整个求解过程... 拟从线性泛函的角度分析循环子空间回归(CSR).CSR方法将从自变量参数矩阵和因变量向量中提取成分,循环地构造并扩张Krylov子空间,且以此作为源空间,运用最小二乘准则解得映射到因变量实空间的线性泛函.整个求解过程包容了最小二乘回归(LSR)、主成分回归(PCR)、偏最小二乘回归(PLS)以及其它中间的回归方法.然后由预报能力的强弱,从中确定最佳回归模型.本文应用CSR方法为喹喏酮N1位抗菌构效关系建模。 展开更多
关键词 循环子空间回归 抗菌药 喹喏酮 建模 N1位 药物定量构效关系
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3D-QSAR Study on the Inhibitory Activity of Flavonoids on PIM-1 Kinase 被引量:1
13
作者 邬旸 王甫洋 +2 位作者 于红霞 王遵尧 王连生 《Chinese Journal of Structural Chemistry》 SCIE CAS CSCD 2010年第8期1147-1154,共8页
20 Typical flavonoids were selected for study on the interaction between them and PIM-1 kinase with the comparative molecular field analysis method(CoMFA) as well as the comparative molecular similarity index analys... 20 Typical flavonoids were selected for study on the interaction between them and PIM-1 kinase with the comparative molecular field analysis method(CoMFA) as well as the comparative molecular similarity index analysis method(CoMSIA) based on molecule docking.3D-QSAR models between these flavonoids and receptor PIM-1 kinase were established.The obtained optimal cross-validation correlation coefficient Q2 for CoMFA model was 0.582,and the non-cross-validation correlation coefficient R2 was 0.955;the corresponding values for CoMSIA model were 0.790 and 0.974,respectively.These two models showed fairly fine stability and predictive ability.In addition,molecule docking results revealed the key residues in the receptor cavity and their specific action ways with flavonoids. 展开更多
关键词 FLAVONOIDS PIM-1 kinase receptor-ligand docking three-dimensional quantitative structure-activity relationship(3D-QSAR) COMFA COMSIA
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QSAR Studies on Influenza Neuraminidase Inhibitors——Acylthiourea Analogue
14
作者 景举华 梁桂兆 +3 位作者 梅虎 张巧霞 李志良 吕凤林 《Chinese Journal of Structural Chemistry》 SCIE CAS CSCD 2009年第2期200-204,共5页
The quantitative structure-activity relationship (QSAR) of 30 acylthiourea analogues was studied by using a three-dimensional holographic vector of atomic interaction field (3D-HoVAIF) to describe their chemical s... The quantitative structure-activity relationship (QSAR) of 30 acylthiourea analogues was studied by using a three-dimensional holographic vector of atomic interaction field (3D-HoVAIF) to describe their chemical structures. The descriptors obtained were screened by stepwise multiple regression (SMR) and a partial least-squares (PLS) regression model was built. The correlation coefficient r^2 of the established model and Leave-One-Out (LOO) Cross-Validation (CV) correlation coefficient q^2 are 0.624 and 0.409, respectively. The model has favorable stability and good prediction capability, and further QSAR analysis showed that hydrophobic interaction has the most important effect on the activity of acylthiourea analogue and 3D-HoVAIF was applicable to the molecular structural characterization and biologicalactivity prediction. 展开更多
关键词 ACYLTHIOUREA neuraminidase inhibitors three-dimensional holographic vector of atomic interaction field (3D-HoVAIF) quantitative structure-activity relationship (QSAR)
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QSAR模型应用域的表征方法 被引量:7
15
作者 王中钰 陈景文 +1 位作者 傅志强 李雪花 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第3期255-266,共12页
定量构效关系(QSAR)模型是填补化学品环境安全数据空缺的重要工具.QSAR模型需要明确定义的应用域,才能合理地用于化学品管理.本文回顾了应用域的3种概念:描述符域、结构域和机理域.基于案例,重点介绍了基于分子指纹与相似性度量指标而... 定量构效关系(QSAR)模型是填补化学品环境安全数据空缺的重要工具.QSAR模型需要明确定义的应用域,才能合理地用于化学品管理.本文回顾了应用域的3种概念:描述符域、结构域和机理域.基于案例,重点介绍了基于分子指纹与相似性度量指标而计算结构域的方法、结构域的特点和优势.讨论了结构-活性地貌(structure-activity landscape)中呈现的活性悬崖(activity cliffs)现象及其成因.为了更好地理解描述符的适用性,解释QSAR机制及合理选择应用域的表征方法,有必要认识预测终点(endpoint)本质上所描述的系统,该系统复杂性和空间异质性,以及预测终点是否考察了系统行为的涌现. 展开更多
关键词 定量构效关系(QSAR) 应用域 描述符 活性悬崖 结构-活性地貌
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基于QSAR和PCA方法的硝基芳烃综合毒性评价 被引量:6
16
作者 王斌 余刚 +2 位作者 张祖麟 胡洪营 王连生 《清华大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第3期369-372,376,共5页
化学品的风险评价与管理应该关注基于多种生物体效应的综合毒性。为了评价毒性数据稀缺化合物的综合毒性,以50种硝基芳烃为研究对象,收集了它们的多种生物毒性数据,建立了稳健的定量结构活性相关(quantitative structure-activity relat... 化学品的风险评价与管理应该关注基于多种生物体效应的综合毒性。为了评价毒性数据稀缺化合物的综合毒性,以50种硝基芳烃为研究对象,收集了它们的多种生物毒性数据,建立了稳健的定量结构活性相关(quantitative structure-activity relationship,QSAR)模型,预测缺失毒性数据,解释了硝基芳烃的致毒机理——硝基芳烃与生物受体分子的亲电反应活性是决定其毒性的主要因素。然后应用主成分分析(principle componentan alysis,PCA)方法对基于QSAR模型计算获得的50种硝基芳烃的各种生物毒性数据进行分析,计算综合毒性因子(integrated toxicity index,ITI),对综合毒性因子进行QSAR分析,得到可直接由硝基芳烃结构参数预测综合毒性因子的单参数QSAR模型。结果表明,QSAR与PCA方法的结合可以成功地评价和预测硝基芳烃的综合毒性。 展开更多
关键词 硝基芳烃 定量结构活性相关 主成分分析 综合毒性因子
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GPR40受体苯丙酸类激动剂三维定量构效关系研究 被引量:10
17
作者 宋昱 任聪 +4 位作者 杨彭真 黎玉梅 史丽颖 曹洪玉 于大永 《化学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期446-451,共6页
苯丙酸类化合物是G蛋白偶联受体40(GPR40)潜在的生物活性药物。本文基于比较分子力场分析法(Co MFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA),分别建立了40个已知活性的GPR40受体苯丙酸类激动剂的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,研究该类激... 苯丙酸类化合物是G蛋白偶联受体40(GPR40)潜在的生物活性药物。本文基于比较分子力场分析法(Co MFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA),分别建立了40个已知活性的GPR40受体苯丙酸类激动剂的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,研究该类激动剂与生物活性之间的关系。CoMFA和CoMSIA模型的交叉验证系数(q^2)分别为0. 527和0. 500,拟合验证系数(r^2)分别为0. 901和0. 860,两个3D-QSAR模型预测值与实验值基本一致,表明模型具有良好的可信度和预测能力。根据两个3D-QSAR模型提供的立体场、静电场、疏水场、氢键供体场和氢键受体场所提供的信息提出优化该类抑制剂结构的药物设计思路,为指导设计更高活性的GPR40激动剂以及GRR40新分子激动活性的预测提供理论依据。 展开更多
关键词 GPR40 苯丙酸类化合物 三维定量构效关系
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含偕二甲基环丙烷结构的1,3,4-噻二唑-脲化合物的合成、抑菌活性及分子对接研究 被引量:2
18
作者 崔玉成 陈美桦 +4 位作者 林桂汕 段文贵 李晴敏 邹壬萱 岑波 《有机化学》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第11期3784-3797,共14页
为了寻找以天然可再生资源为基础的杀菌剂,设计并合成了18个新型含偕二甲基环丙烷结构的1,3,4-噻二唑-脲化合物.在质量浓度为50 mg/L时,初步测定了目标化合物对6种植物病原菌的抑菌活性.结果表明,(+)-顺-1-(4-溴苯基)-3-{5-[(2,2-二甲基... 为了寻找以天然可再生资源为基础的杀菌剂,设计并合成了18个新型含偕二甲基环丙烷结构的1,3,4-噻二唑-脲化合物.在质量浓度为50 mg/L时,初步测定了目标化合物对6种植物病原菌的抑菌活性.结果表明,(+)-顺-1-(4-溴苯基)-3-{5-[(2,2-二甲基-3-丙基环丙基)甲基]-1,3,4-噻二唑-2-基}脲(7i)对西瓜炭疽病菌、玉米小斑病菌和番茄早疫病菌的抑制率分别为91.2%、85.0%和60.1%,均高于阳性对照百菌清.此外,采用比较分子力场分析法(Co MFA)建立了一个合理有效的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型(r^(2)=0.990,q^(2)=0.517);通过分子对接探究了目标化合物与琥珀酸脱氢酶之间的作用模式,并定量分析了其中关键的Arg残基与苯环之间的阳离子-π相互作用;前线分子轨道计算表明目标化合物中的偕二甲基环丙烷以及噻二唑-脲-苯结构可能对抑菌活性起主要贡献. 展开更多
关键词 3-蒈烯 偕二甲基环丙烷 1 3 4-噻二唑-脲 抑菌活性 三维定量构效关系(3D-QSAR) 分子对接
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Study on the Biological Activity of 3-Aroyl-5-substituted Thiophene Derivatives Based on the CoMFA Method 被引量:4
19
作者 FENG Hui FENG Chang-Jun CAO Jing-Pei 《Chinese Journal of Structural Chemistry》 SCIE CAS CSCD 2020年第11期1978-1984,共7页
A three-dimensional quantitative structure-activity relationship(3 D-QSAR) study was conducted to analyze the A1 AR density(Bmax) of 56 3-aroyl-5-substituted thiophene derivatives(ASTDs) in human A1 Chinese hamster ov... A three-dimensional quantitative structure-activity relationship(3 D-QSAR) study was conducted to analyze the A1 AR density(Bmax) of 56 3-aroyl-5-substituted thiophene derivatives(ASTDs) in human A1 Chinese hamster ovary(hA1 CHO) membranes by the comparative molecular field analysis(CoMFA) method. A training set of 45 compounds was used to establish the predictive model, which was verified by the test set of 17 compounds containing template molecule and 5 newly designed molecules. The cross-validation(R2 cv) and non-cross-validation(R2) coefficients of the training set were 0.655 and 0.959, respectively. The model was used to predict the activities of the compounds of the training and test sets, and the results indicated that the models had strong stability and good prediction ability. According to model analysis, the contribution of steric and electrostatic fields was 51.4% and 48.6%, respectively. Based on the 3 D contour maps, five excellent ASTDs agonists were designed, which need to be further verified by biomedical experiments. 展开更多
关键词 3-aroyl-5-substituted thiophene derivatives(ASTDs) A1AR density(Bmax) three-dimensional quantitative structure-activity relationship comparative molecular field analysis
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Topomer CoMFA, HQSAR Studies and Molecular Docking of 2,5-Diketopiperazine Derivatives as Oxytocin Inhibitors 被引量:2
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作者 TONG Jian-Bo FENG Yi +1 位作者 WANG Tian-Hao WU Lu-Yang 《Chinese Journal of Structural Chemistry》 SCIE CAS CSCD 2020年第8期1385-1394,1357,共11页
Topomer comparative molecular field analysis(Topomer Co MFA)and holographic quantitative structure-activity relationship(HQSAR)for 1302,5-diketopiperazine derivatives were used to build a three-dimensional quantitativ... Topomer comparative molecular field analysis(Topomer Co MFA)and holographic quantitative structure-activity relationship(HQSAR)for 1302,5-diketopiperazine derivatives were used to build a three-dimensional quantitative structure-activity relationship(3D-QSAR)model.The results show that the models have high predictive ability.For Topomer CoMFA,the cross-validated q^2 value is 0.710 and the non-cross-validated r^2 value is 0.834.The most effective HQSAR model shows that the cross-validation q^2 value is 0.700,the non-cross-validated r^2 value is 0.815,and the best hologram length value is 353 using connections and bonds as fragment distinctions.50 highly active 2,5-diketopiperazine derivatives were designed based on the three-dimensional equipotential map and HQSAR color code map.Finally,the molecular docking method was also used to study the interactions of these new molecules by docking the ligands into the diketopiperazine active site,which revealed the likely bioactive conformations.This study showed that there are extensive interactions between the new molecule and Arg156,Arg122 residues in the active site of diketopiperazine.These results provide useful insights for the design of potent of the new 2,5-diketopiperazine derivatives. 展开更多
关键词 three-dimensional quantitative structure-activity relationship Topomer CoMFA HQSAR 2 5-diketopiperazine derivatives
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