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18srDNA为内参照的Real-Time-PCR方法检测半夏病毒 被引量:2
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作者 何煜波 陈集双 +2 位作者 陈海敏 冯俊丽 高必达 《湖南师范大学自然科学学报》 EI CAS 北大核心 2006年第3期103-106,共4页
利用实时荧光PCR方法,以18srRNA为内参照,对半夏植株及相应组培苗携带的黄瓜花叶病毒(Cu-cumber Mosaic Virus,CMV)含量进行了相对定量检测.并以DAS-ELISA和RT-PCR方法检测结果相比较.结果表明,相比原始植株,组培苗的病毒含量大大降低.... 利用实时荧光PCR方法,以18srRNA为内参照,对半夏植株及相应组培苗携带的黄瓜花叶病毒(Cu-cumber Mosaic Virus,CMV)含量进行了相对定量检测.并以DAS-ELISA和RT-PCR方法检测结果相比较.结果表明,相比原始植株,组培苗的病毒含量大大降低.以带病毒半夏母株为外植体培养的组培苗,其病毒含量以叶片中的相对较高,在块茎和愈伤组织中病毒相对较低.而ELISA方法在检测病毒含量低的样品时有假阴性结果;RT-PCR方法灵敏度可靠但不适宜精确量化. 展开更多
关键词 实时荧光PCR 黄瓜花叶病毒 反转录-PCR 双夹心酶联免疫反应 半夏
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单分子实时测序在α珠蛋白基因三联体及其复合变异等位基因鉴定中的临床应用
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作者 张宇 方艳平 +3 位作者 朱碧青 梁丽仪 周万军 江凌晓 《国际检验医学杂志》 2025年第1期32-37,43,共7页
目的探究单分子实时测序(SMRT)技术在α珠蛋白基因三联体(简称α三联体)及其复合变异等位基因鉴定中的临床应用效果。方法收集α三联体阳性样本36例,其中经PCR-导流杂交技术确认28例、经高通量测序(NGS)技术确认8例。36例样本包含α三... 目的探究单分子实时测序(SMRT)技术在α珠蛋白基因三联体(简称α三联体)及其复合变异等位基因鉴定中的临床应用效果。方法收集α三联体阳性样本36例,其中经PCR-导流杂交技术确认28例、经高通量测序(NGS)技术确认8例。36例样本包含α三联体复合变异顺式或反式排列未明样本ααα^(anti4.2)复合α^(CS)α2例,ααα^(anti4.2)复合-α^(3.7)10例,HKαα/--SEA型待确证2例,均采用SMRT技术进行地中海贫血(简称地贫)基因检测。另招募一个基因型为ααα^(anti4.2)复合-α^(3.7)变异病例的家系,包含先证者(Ⅱ-1)和其父亲(Ⅰ-1)、母亲(Ⅰ-2),采用PCR-导流杂交和SMRT技术进行地贫基因检测。结果SMRT技术检测结果显示,36例样本中共检出35例α三联体,1例αααα^(anti4.2)型α珠蛋白基因四联体(简称α四联体)。2例ααα^(anti4.2)复合α^(CS)α变异样本中ααα^(anti4.2)与α^(CS)α均为反式排列,基因型为ααα^(anti4.2)/α^(CS)α,10例ααα^(anti4.2)复合-α^(3.7)变异样本中ααα^(anti4.2)与-α^(3.7)为顺式排列样本9例,基因型为HKαα/αα,ααα^(anti4.2)与-α^(3.7)为反式排列样本1例,基因型为ααα^(anti4.2)/-α^(3.7)。相较PCR-导流杂交技术,SMRT技术多检出1例大片段缺失型β珠蛋白基因变异和2例未知变异,阳性检出率提高10.71%(3/28)。家系分析表明,先证者(Ⅱ-1)ααα^(anti4.2)和-α^(3.7)变异均遗传自母亲(Ⅰ-2),其基因型为HKαα/αα,与SMRT技术检测结果一致。结论SMRT技术不仅能够准确检测α三联体、α四联体及其复合变异等位基因,而且具有高准确性、一步到位识别2种变异顺式或反式排列、地贫基因变异覆盖全等优势,具有良好的临床应用价值。 展开更多
关键词 α珠蛋白基因三联体 HKαα 单分子实时测序 PCR-导流杂交技术 高通量测序
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患者胃窦黏膜组织幽门螺杆菌real time-PCR检测与分离培养结果的一致性分析 被引量:1
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作者 杨雅名 何利华 +6 位作者 杨宁敏 宫雅楠 韩秀瑞 范如岳 薛志静 魏永越 张建中 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期641-645,共5页
目的针对胃黏膜组织标本的幽门螺杆菌(HP)感染诊断的real time-PCR检测和分离培养2种最常用方法进行结果一致性分析,为HP感染诊断方法的选择提供科学依据。方法在浙江省4个地区(萧山、温岭、苍南和湖州)各选取1所医院,采集2020年11月16... 目的针对胃黏膜组织标本的幽门螺杆菌(HP)感染诊断的real time-PCR检测和分离培养2种最常用方法进行结果一致性分析,为HP感染诊断方法的选择提供科学依据。方法在浙江省4个地区(萧山、温岭、苍南和湖州)各选取1所医院,采集2020年11月16日至12月7日送至杭州致远检验医学研究所进行HP分离培养和耐药性分析的全部患者胃窦部黏膜活检标本,共1312份。每份样本经研磨匀浆处理后分为2份,分别用于常规HP分离培养和real time-PCR检测(以cagH为检测靶点),2种方法平行双盲进行。检测结果的一致性及不同医院来源样本间的差异用χ^(2)检验、Fisher精确检验以及独立样本t检验等统计学方法进行分析。结果1312份样本中,分离培养法和real time-PCR法的阳性率分别为29.34%(385/1312)、28.51%(374/1312),差异无统计学意义(P=0.636)。来自4所医院的标本,2种方法的检出率差异均无统计学意义(P=0.075),二者在萧山某院、温岭某院、苍南某院、湖州某院样本以及总体样本中的Kappa值分别为0.84、0.89、0.75、0.91、0.85。real time-PCR法的灵敏度和特异度分别为89.26%、100.00%。在real time-PCR法检测阳性而培养阴性的样本中,检测Ct值为25.47~34.97,均值为30.90,90%的Ct值均≤34.46,频数最高组为29.00~30.00组。结论分离培养法和real time-PCR法在临床胃黏膜标本HP诊断中均可达到较高的检测效能,且2种方法检出结果一致性良好,可应用于HP个体化治疗,以便在做出HP感染诊断的同时提供受检者的药敏检测结果。标本中HP菌量及标本的保存运输条件可能对结果产生重要影响。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 胃窦 分离培养 Real time-pcr
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鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 刘存 刘砚涵 +6 位作者 祝夕超 李法凯 张栋 邵新宇 田野 孙圣福 陈静 《动物医学进展》 北大核心 2025年第1期68-73,共6页
为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标... 为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标准品间具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9866;该方法具有良好的敏感性,其检测病毒系列含量下限为14.4拷贝/μL;该方法特异性良好,与鸽新城疫病毒、鸽疱疹病毒、鸽腺病毒等病毒及鸽组织DNA不存在交叉反应;该方法重复性较好,批内重复试验变异系数均介于0.454%~0.473%,批间重复试验变异系数均介于0.367%~0.869%。与传统普通PCR方法相比,所建立的PiCV荧光定量PCR方法敏感性更高,临床样品PiCV检出率更高,两者检测符合率为93.75%。结果表明,所建立的PiCV荧光定量PCR方法为临床检测鸽圆环病毒提供了一种快速、灵敏的检测方法,为PiCV的流行病学调查和主动监测提供了技术支撑。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 荧光定量PCR Rep基因 检测
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兔源支气管败血波氏杆菌荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 苏进博 王锦祥 殷光文 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2025年第1期110-116,共7页
【目的】建立兔源支气管败血波氏杆菌(Bb)的快速检测方法,用于兔波氏杆菌病的诊断。【方法】以Bb的fimX基因为靶基因,设计特异性引物并构建质粒标准品。在此基础上建立检测兔源Bb的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对该方法的特异性、敏感... 【目的】建立兔源支气管败血波氏杆菌(Bb)的快速检测方法,用于兔波氏杆菌病的诊断。【方法】以Bb的fimX基因为靶基因,设计特异性引物并构建质粒标准品。在此基础上建立检测兔源Bb的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对该方法的特异性、敏感性和重复性进行评价,并将该方法初步应用于临床样品的检测。【结果】荧光定量PCR方法仅对兔源Bb的检测结果呈阳性,对其他常见兔源病原菌的检测结果均呈阴性;对质粒标准品的最低检测限为13.8拷贝·μL^(-1),敏感性是普通PCR方法的10倍;批内重复性试验的变异系数小于2%,批间重复性试验的变异系数小于3%;对68份临床样品进行检测,阳性检出率为39.71%,比普通PCR方法的高2.95%。【结论】建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法特异性强、敏感性高、重复性好,且对临床样品的阳性检出率比普通PCR方法高,为兔源Bb的快速检测和防控提供了技术支持。 展开更多
关键词 兔波氏杆菌病 支气管败血波氏杆菌 荧光定量PCR方法 检出率
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犬冠状病毒和犬细小病毒双重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 宫英杰 扈富哥 +4 位作者 王蕾 毕振威 钱晶 王建发 谭业平 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2025年第1期74-78,共5页
旨在建立犬冠状病毒(CCoV)和犬细小病毒(CPV)双重TaqMan荧光定量PCR检测方法。针对CCoV的3′UTR与CPV的VP2设计引物与探针,通过对反应体系与条件进行优化,建立了CCoV与CPV的双重荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性、重... 旨在建立犬冠状病毒(CCoV)和犬细小病毒(CPV)双重TaqMan荧光定量PCR检测方法。针对CCoV的3′UTR与CPV的VP2设计引物与探针,通过对反应体系与条件进行优化,建立了CCoV与CPV的双重荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性、重复性验证与临床样品检验。结果:CCoV与CPV阳性参考质粒浓度在10^(2)~10^(7) copies/μL,CCoV与CPV的标准曲线R^(2)分别为0.999与0.996,线性关系良好,CCoV与CPV的最低检测限均为5 copies/μL,与其他病原无交叉反应,组内与组间的变异系数均小于1.38%,说明该方法灵敏度高、特异性强、重复性良好;对113份临床样本进行检测,与普通PCR比较,该方法对CCoV和CPV的检出率较高,分别为37.2%和40.7%。研究表明,本试验建立的CCoV和CPV双重荧光定量PCR方法检测效果良好,为相关疾病的临床诊断、流行病调查等提供了有力工具。 展开更多
关键词 犬冠状病毒 犬细小病毒 双重实时荧光定量PCR TAQMAN探针
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牦牛源牛肠道病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 林伟山 韩元 +5 位作者 马豆豆 李春花 童生林 李秀萍 雷萌桐 王光华 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2025年第1期123-128,共6页
为了快速、准确地检测牦牛源牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV),试验根据GenBank中牦牛源BEV-NH2株3D基因序列(登录号为PP746571)设计可用于检测青海牦牛源BEV的实时荧光定量PCR特异性引物,通过构建标准质粒和绘制标准曲线建立牦牛源... 为了快速、准确地检测牦牛源牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV),试验根据GenBank中牦牛源BEV-NH2株3D基因序列(登录号为PP746571)设计可用于检测青海牦牛源BEV的实时荧光定量PCR特异性引物,通过构建标准质粒和绘制标准曲线建立牦牛源BEV实时荧光定量PCR检测方法,对该方法进行特异性、敏感性和重复性试验,并分别应用该方法及普通RT-PCR方法对青海省海北地区6个牦牛繁育基地的286份腹泻牦牛粪便样品进行检测,计算两种方法的符合率。结果表明:建立的牦牛源BEV实时荧光定量PCR检测方法扩增产物的熔解曲线单一,Tm值在85.6~85.8℃之间,无引物二聚体和非特异性扩增;质粒浓度在3×10^(2)~3×10^(8)copies/μL范围内时标准曲线的线性关系良好,Ct值在10.88~29.63之间,回归方程为y=-3.16x+38.01,R^(2)=0.9964;仅可检测到牦牛源BEV-NH2株,检测不到牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)MY01株、牛轮状病毒(Bovine rotavirus,BRV)MY20株和牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BcoV)QL21株;对牦牛源BEV的最低检测限为3×10^(2)copies/μL;当模板浓度为3×10^(2)copies/μL、3×10^(3)copies/μL和3×10^(7)copies/μL时,Ct值的变异系数分别为1.28%、1.74%和0.15%,均在1.80%以下。286份牦牛粪便样品中,采用建立的实时荧光定量PCR检测方法检出BEV阳性样品182份,阳性率为63.64%;采用普通RT-PCR方法检出BEV阳性样品114份,阳性率为39.86%;两种方法的符合率为76.22%。说明本研究建立的牦牛源BEV实时荧光定量PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于牦牛腹泻临床样本的BEV检测。 展开更多
关键词 牦牛 牛肠道病毒 3D基因 腹泻 检测方法 实时荧光定量PCR
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三疣梭子蟹附肢再生过程中qRT-PCR内参基因的筛选与Wnt7b表达研究应用
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作者 王思翔 付媛媛 +3 位作者 翟伟 郑霞 刘磊 王春琳 《核农学报》 CAS 北大核心 2025年第1期29-37,共9页
为筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)附肢再生过程中的最适内参基因,以附肢再生不同阶段的三疣梭子蟹为研究对象,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对细胞骨架蛋白基因(β-actin)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)、18S rRNA(18S)... 为筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)附肢再生过程中的最适内参基因,以附肢再生不同阶段的三疣梭子蟹为研究对象,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对细胞骨架蛋白基因(β-actin)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)、18S rRNA(18S)、转录延伸因子基因(EF1α)、核糖体蛋白L18基因(RPL18)、细胞色素C氧化酶基因(COX)和组蛋白基因(HIS)共7个候选内参基因在肌肉、眼柄、血淋巴、肝胰腺、鳃、心脏和再生附肢共7种组织中的表达水平进行检测,并利用△Ct、geNorm、NormFinder和BestKeeper程序对候选内参基因的稳定性进行评价,筛选出合适的内参,最后以最适内参基因作为参考,分析再生相关基因Wnt7b的表达水平。结果显示,在不同组织中综合稳定性最好的是RPL18,而在不同再生阶段的再生附肢中β-actin和RPL18基因做双内参基因更适合。以RPL18和β-actin作双内参基因研究Wnt7b的表达水平时发现,Wnt7b基因在三疣梭子蟹附肢再生过程中的表达呈先上升后下降再上升的趋势;Wnt7b基因在三疣梭子蟹各组织中均有表达,除再生附肢和血淋巴外其他组织中的表达量都较低。本研究结果为甲壳类再生发育相关研究内参基因的选择及分子调控机制研究提供了参考。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 内参基因 附肢再生 实时荧光定量PCR
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鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 王星月 杨志远 +5 位作者 林健 张紫萱 周雨婷 程慧敏 刘月焕 胡格 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第1期335-342,共8页
为实现对鸽圆环病毒(pigeon circovirus, PiCV)的快速检测,建立了针对Cap基因的PiCV荧光定量PCR检测方法,并应用该方法进行PiCV分子流行病学调查。本研究针对PiCV核衣壳蛋白Cap基因的保守序列设计一对特异性引物,并通过优化反应条件,成... 为实现对鸽圆环病毒(pigeon circovirus, PiCV)的快速检测,建立了针对Cap基因的PiCV荧光定量PCR检测方法,并应用该方法进行PiCV分子流行病学调查。本研究针对PiCV核衣壳蛋白Cap基因的保守序列设计一对特异性引物,并通过优化反应条件,成功建立了荧光定量PCR检测方法。此外,还对该方法的灵敏度、特异性、重复性进行了全面评估。利用建立的荧光定量PCR方法对华北和西北部分地区147份临床样本进行检测,并对阳性代表样本的Cap全长序列进行遗传演化分析。结果表明,所建立的荧光定量PCR方法在1×10^(4)至1×10^(8)拷贝·μL^(-1)范围内显示出良好的线性关系,最低检测限达到1×10^(1)拷贝·μL^(-1),显著高于传统PCR方法。此方法具有良好的重复性,且不与其他常见鸽病病原产生交叉反应。采用本试验方法检测的147份华北和西北部分地区肉鸽和信鸽临床样本PiCV阳性率为85.0%,阳性样本的Cap全长序列分析及遗传演化分析结果显示,6株分离株相似性在89.8%~97.5%之间,与PiCV HeBeiTS2021株在同一个分支,亲缘关系较近。建立的PiCV荧光定量PCR方法具备灵敏、特异和稳定等优点,可用于PiCV的快速检测,同时流行病学调查结果表明,2022—2023年华北和西北部分地区PiCV感染率较高,为我国PiCV的防控研究提供数据支撑。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 Cap基因 荧光定量PCR 分子流行病学 遗传演化分析
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鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立及遗传进化分析
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作者 安乐乐 刘倩芸 +2 位作者 蓝秋菊 罗迅 赵永清 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第1期167-177,共11页
【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病... 【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病学调查提供技术平台。【方法】依据GenBank公布鸽腺病毒Ⅰ型Hexon基因保守区设计引物探针并构建重组质粒pCE2-TA-PiAdV-Ⅰ;优化反应体系和程序,绘制标准曲线、特异性、敏感性和重复性评价,建立鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法;扩增测序阳性临床样品的Hexon基因,使用MEGA5.0进行进化树构建及同源性分析。【结果】该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法标准曲线y=-3.1081x+37.374,线性相关系数R2为0.9977,线性关系良好;与鸽疱疹病毒、鸽圆环病毒等鸽子其他常见病毒无交叉反应,具有良好的特异性;最低检测拷贝数为14.6 copies/μL,敏感性是常规PCR方法的10倍,具有高敏感性;组内和组间变异系数均低于1.1%,重复性好。通过检测112份鸽子病料样品,该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法检测阳性率为69.64%(78/112),并且高于常规PCR方法阳性检出率65.18%(73/112)。此外,建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR方法与常规PCR方法的阳性符合率为100%,总体符合率为95.54%。3条测序毒株与Ⅰ型鸽腺病毒参考毒株同源性为99.47%~99.71%,遗传关系高度接近,表明可能由同一个原始毒株进化而来。【结论】研究建立的鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法线性关系良好、特异性强、敏感性高及重复性好,可快速高效检测出临床样品中的PiAdV-Ⅰ。此外,所扩增序列能够用于分析临床毒株遗传进化特征,有助于快速准确诊断鸽腺病毒感染及疫苗研发提供参考依据。 展开更多
关键词 鸽腺病毒Ⅰ型 Hexon基因 TaqMan探针实时荧光定量PCR 遗传进化分析 临床检测 流行病学调查
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基于实时荧光PCR的鱼肉制品中帝王鲑、银鲑、粉鲑源成分的快速检测及定量研究
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作者 李杰 赵玉强 +3 位作者 刘艳飞 沙玉彪 刘应炜 钱云开 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第4期319-326,共8页
建立一种利用实时荧光PCR技术快速检测帝王鲑、银鲑和粉鲑源性成分的方法。根据帝王鲑和银鲑的线粒体cytb基因序列以及粉鲑的COI基因序列设计Taq Man引物和探针组合,通过优化扩增反应体系进行实时荧光PCR扩增,达到快速检测帝王鲑、银鲑... 建立一种利用实时荧光PCR技术快速检测帝王鲑、银鲑和粉鲑源性成分的方法。根据帝王鲑和银鲑的线粒体cytb基因序列以及粉鲑的COI基因序列设计Taq Man引物和探针组合,通过优化扩增反应体系进行实时荧光PCR扩增,达到快速检测帝王鲑、银鲑和粉鲑源性成分的目的。该方法特异性良好,耗时短,反应只需1 h;帝王鲑的基因组DNA灵敏度可达到10-1 ng;在与罗非鱼粉混合的鱼肉制品中可检测,质量分数灵敏度达到0.1%,质量分数误差≤±5.0%;银鲑的基因组DNA灵敏度可达到1 ng;在与罗非鱼粉混合的鱼肉制品中可检测,质量分数灵敏度达到1%,质量分数误差≤±7.7%;粉鲑的基因组DNA灵敏度可达到1 ng;在与罗非鱼粉混合的鱼肉制品中可检测,质量分数灵敏度达到1%,质量分数误差≤±2.8%。该方法检测特异性强、所需时间短、灵敏度高、质量分数误差小,可满足帝王鲑、银鲑和粉鲑真伪鉴别和定量分析的要求。 展开更多
关键词 三文鱼 帝王鲑 银鲑 粉鲑 实时荧光PCR 检测 真伪鉴别
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基于Taqman-MGB多重实时荧光PCR快速鉴定抗除草剂转基因大豆品系
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作者 王凤军 王美蓉 +1 位作者 郑如福 陈锦辉 《中国粮油学报》 北大核心 2025年第1期211-219,共9页
通过NCBI比对DAS-68416-4、DAS-44406-6、DAS-81419-2、SOYA 305423转基因大豆的序列同源性,在种属特异性区域设计多重引物和特异性荧光探针,同时提取基因组DNA,对退火温度和引物探针浓度进行优化,确定最佳反应程序,建立同时检测4种转... 通过NCBI比对DAS-68416-4、DAS-44406-6、DAS-81419-2、SOYA 305423转基因大豆的序列同源性,在种属特异性区域设计多重引物和特异性荧光探针,同时提取基因组DNA,对退火温度和引物探针浓度进行优化,确定最佳反应程序,建立同时检测4种转基因大豆的多重实时荧光PCR方法。并对建立的实时荧光PCR反应进行特异性,重复性、灵敏性和适用性等方法学进行验证。结果表明DAS-68416-4、DAS-44406-6、DAS-81419-2、DP305423靶标序列的线性回归方程分别为y=-3.1524x+36.958,y=-3.1689x+38.828,y=-3.469x+37.933和y=-3.4839x+39.644;相关系数R 2分别为0.994、0.997、0.995和0.992;扩增效率分别为107%、106%、94.2%和93.7%,检出限可达9个拷贝,方法特异性强,重现性好,灵敏度高,是一种快速、经济、实用的检测方法,可对转基因大豆品系及其转化体成分进行大批量快速鉴定。 展开更多
关键词 转基因大豆 品系鉴定 多重 实时荧光PCR
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荧光定量PCR(qPCR)检测“漂浮型”浒苔微观繁殖体
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作者 张宝堂 肖洁 +6 位作者 马晓君 缪晓翔 李梅 范士亮 臧宇 张学雷 王宗灵 《海洋科学进展》 北大核心 2025年第1期188-199,共12页
浒苔绿潮是我国南黄海海域最严重的生态灾害。浒苔微观繁殖体的时空分布、种群动态,是黄海浒苔绿潮业务化监测工作的重要内容,但传统的培养法实验周期长、检测效率低,无法满足快速监测预警的要求。本文利用297 bp的漂浮浒苔特异性DNA片... 浒苔绿潮是我国南黄海海域最严重的生态灾害。浒苔微观繁殖体的时空分布、种群动态,是黄海浒苔绿潮业务化监测工作的重要内容,但传统的培养法实验周期长、检测效率低,无法满足快速监测预警的要求。本文利用297 bp的漂浮浒苔特异性DNA片段,研发了浒苔微观繁殖体的荧光定量PCR(qPCR)检测技术,并以人工释放的浒苔配子为研究对象,研究了浒苔配子细胞中目标基因片段的拷贝数(240 copies/cell)。利用qPCR法对2023年4月苏北浅滩海域水样进行检测,并与传统培养法进行比较。结果显示,黄海大规模浒苔绿潮暴发前期,苏北浅滩水体中浒苔微观繁殖体丰度为2.1×10^(7) copies/L(约87602 cells/L,qPCR)和6.5株/L(传统培养法),且呈现近岸(靠近筏架区)高、离岸低的趋势。两种方法对浒苔微观繁殖体的检出效率和揭示的分布规律基本一致。qPCR法灵敏、高效,可用于黄海浒苔绿潮业务化监测工作。 展开更多
关键词 微观繁殖体 荧光定量PCR 绿潮 浒苔 黄海
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小麦叶疫病菌实时荧光PCR检测方法的建立
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作者 许然 牟桂萍 +4 位作者 龚静如 胡加谊 段维军 曾杨森 易建平 《植物检疫》 2025年第1期26-30,共5页
为了快速准确地鉴定小麦叶疫病菌(Alternaria triticina),根据小麦叶疫病菌基因组序列中保守区域设计特异引物AT-F6/AT-R5和探针AT-P5,建立小麦叶疫病菌实时荧光PCR检测方法。引物AT-F6/AT-R5和探针AT-P5能特异性地扩增阳性小麦叶疫病菌... 为了快速准确地鉴定小麦叶疫病菌(Alternaria triticina),根据小麦叶疫病菌基因组序列中保守区域设计特异引物AT-F6/AT-R5和探针AT-P5,建立小麦叶疫病菌实时荧光PCR检测方法。引物AT-F6/AT-R5和探针AT-P5能特异性地扩增阳性小麦叶疫病菌DNA,其他供试菌株均不能扩增。建立的实时荧光PCR检测方法检测灵敏度可达600 fg菌体DNA。该方法可以有效快速地对小麦叶疫病菌进行检测,为口岸进境麦类产品中病菌检测和疫情监测提供技术支撑。 展开更多
关键词 小麦叶疫病菌 检测 实时荧光PCR
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不同产羔数藏羊卵巢组织中GDF9基因mRNA表达分析
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作者 金雲鑫 孙武 +4 位作者 马世科 金夏阳 马玉红 周玉青 王维英 《中国畜禽种业》 2025年第1期32-39,共8页
该研究旨在通过比较高产羔与低产羔藏羊卵巢组织中GDF9 mRNA表达水平,揭示GDF9基因在羊繁殖能力中的潜在作用,从而为提高藏羊的繁殖效率提供基因层面的理论依据。研究选取单胎和多胎藏羊各10只,利用定量PCR技术进行GDF9 mRNA表达水平的... 该研究旨在通过比较高产羔与低产羔藏羊卵巢组织中GDF9 mRNA表达水平,揭示GDF9基因在羊繁殖能力中的潜在作用,从而为提高藏羊的繁殖效率提供基因层面的理论依据。研究选取单胎和多胎藏羊各10只,利用定量PCR技术进行GDF9 mRNA表达水平的检测。结果显示,产双羔组藏羊卵巢组织中的GDF9基因表达量显著高于产单羔组羊卵巢组织(P<0.05)。可见,GDF9基因在藏羊的繁殖过程中可能发挥重要作用,与其产羔能力密切相关。 展开更多
关键词 藏羊 GDF9基因 卵巢组织 定量实时PCR
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进境大豆中苜蓿花叶病毒的检测鉴定
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作者 刘鹏 张莹 +5 位作者 王伟 王仲敏 康芬芬 魏亚东 廖芳 胡佳续 《植物检疫》 2025年第1期31-34,共4页
随机选取无明显症状的进境大豆样品,提取植物总RNA,根据NCBI已发布的苜蓿花叶病毒(alfalfa mosaic virus,AMV)全基因组序列,设计特异性引物和探针,应用RT-PCR、实时荧光RT-PCR、序列分析等方法对该批次大豆进行检测。结果表明,RT-PCR能... 随机选取无明显症状的进境大豆样品,提取植物总RNA,根据NCBI已发布的苜蓿花叶病毒(alfalfa mosaic virus,AMV)全基因组序列,设计特异性引物和探针,应用RT-PCR、实时荧光RT-PCR、序列分析等方法对该批次大豆进行检测。结果表明,RT-PCR能够扩增出特异条带,实时荧光PCR反应出现明显扩增曲线,PCR产物序列与AMV阿根廷株系(GenBank登录号:MW835977.1)相似度达到99.71%。根据上述检测结果,得出该批大豆样品中含有苜蓿花叶病毒。这是我国口岸首次在埃塞俄比亚进境大豆中截获苜蓿花叶病毒。 展开更多
关键词 苜蓿花叶病毒 大豆 RT-PCR 实时荧光RT-PCR 序列分析
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百合GARP家族鉴定和鳞片发育的基因克隆与表达
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作者 刘佳鑫 武琼 +2 位作者 韩美玲 李超 杜方 《山西农业科学》 2025年第1期111-118,共8页
GARP是植物特异性转录因子家族,在植物生长发育和非生物胁迫响应中发挥关键作用。为全面了解百合GARP转录因子提供基础资料,为探索百合鳞片的生长发育机制奠定一定基础,基于二代、三代百合转录组数据,对其GARP家族成员进行鉴定和表达分... GARP是植物特异性转录因子家族,在植物生长发育和非生物胁迫响应中发挥关键作用。为全面了解百合GARP转录因子提供基础资料,为探索百合鳞片的生长发育机制奠定一定基础,基于二代、三代百合转录组数据,对其GARP家族成员进行鉴定和表达分析。结果表明,在转录组数据中共鉴定出34个GARP蛋白,均为亲水性蛋白,68%为酸性蛋白,94%为不稳定蛋白。系统进化树将百合GARPs分为5个亚家族:ARR-B、GLK、NIGT1/HRS1/HHO、PHR1/PHL1和KAN,进化分析发现,百合GARPs可能参与生长发育、生物钟调节、开花转化、激素运输、非生物胁迫等过程。对鳞片发育具有重要作用的ARR-B亚家族成员进行qRT-PCR分析,结果发现,LhGARP33、LhGARP30和LhGARP3可能对鳞茎发育起重要作用。LhGARP3和LhGARP30被成功克隆,氨基酸序列具有典型的ARR-Bs磷酸受体结构域(REC)及金属和磷酸化结合位点。空间表达分析了ARR-B I亚组在花、叶和鳞片中的表达模式,结果表明,LhGARP5在叶中的表达量最高,而LhGARP31在花中的表达量最高,LhGARP33、LhGARP30和LhGARP3的表达特征基本一致,均在鳞片中高表达,其可能作为关键基因在鳞片发育过程中发挥主要作用。 展开更多
关键词 百合 GARP家族 鳞片发育 实时荧光定量PCR 基因克隆
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TaqMan多重实时定量PCR快速检测3种常见食源性病原菌 被引量:2
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作者 艾鹏飞 王珊 +3 位作者 高辉明 王雁伟 庞艳荣 张萌 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第5期373-380,共8页
建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌的多重实时定量PCR(qPCR)方法。依据大肠杆菌O157:H7 tir基因、单增李斯特菌mpl基因和蜡样芽孢杆菌entFM基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPC... 建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌的多重实时定量PCR(qPCR)方法。依据大肠杆菌O157:H7 tir基因、单增李斯特菌mpl基因和蜡样芽孢杆菌entFM基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPCR反应体系,进行灵敏度、特异性和稳定性试验,同步检测人工染菌牛奶样品中的病原菌并与国家标准方法作对比。结果表明,建立的多重qPCR方法灵敏度高,最低检出限为12 CFU/mL;特异性强,只对3种目标菌进行PCR扩增;稳定性好,各重复性试验中Ct值的变异系数<1%;所有受污染样品阳性检出率均为100%,与国家标准方法检测结果一致,且检测周期缩短至6 h。本研究建立的TaqMan多重qPCR方法能同时快速、准确地检测乳品中的大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌,为食品安全提供技术支撑。 展开更多
关键词 TAQMAN探针 多重实时定量PCR 大肠杆菌O157:H7 单增李斯特菌 蜡样芽孢杆菌
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实时定量PCR应用于研讨式分组实验教学实践 被引量:1
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作者 李欣 张伟英 +2 位作者 陈容容 赵玉红 石建党 《实验室科学》 2024年第2期160-165,共6页
实时定量PCR作为一项生命科学及其相关领域的重要技术,已成为高校生物实验教学中不可或缺的知识内容。以分子生物学实验基础教学内容为依托,围绕实时定量PCR技术面向本科生开设了综合性实验。在充分考虑学生的理论和操作水平以及本科实... 实时定量PCR作为一项生命科学及其相关领域的重要技术,已成为高校生物实验教学中不可或缺的知识内容。以分子生物学实验基础教学内容为依托,围绕实时定量PCR技术面向本科生开设了综合性实验。在充分考虑学生的理论和操作水平以及本科实验教学特点的基础上,对实验设计和实验方法进行了优化,并采取研讨式分组教学模式,提高教学效率与教学质量的同时,更突出了学生在实验教学中的主体地位,有助于培养学生的科学思维、科学素养以及综合实践能力。 展开更多
关键词 实时定量PCR 分子生物学 研讨式分组 实验教学
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两个家蚕CPFL表皮蛋白基因的鉴定与表达分析
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作者 刘惠芬 华丽峰 +4 位作者 刘文光 娄齐年 衣葵花 李云芝 郭光 《山东农业科学》 北大核心 2024年第3期139-144,共6页
昆虫CPFL表皮蛋白是一类重要的结构蛋白。本研究通过生物信息学分析从家蚕基因组中鉴定出2个CPFL基因,命名为BmHCP1和BmHCP2。氨基酸序列分析发现,2个蛋白在羧基末端均具有CPFL表皮蛋白典型的保守结构序列YGW以及重复序列AAH、AAPA、AAP... 昆虫CPFL表皮蛋白是一类重要的结构蛋白。本研究通过生物信息学分析从家蚕基因组中鉴定出2个CPFL基因,命名为BmHCP1和BmHCP2。氨基酸序列分析发现,2个蛋白在羧基末端均具有CPFL表皮蛋白典型的保守结构序列YGW以及重复序列AAH、AAPA、AAPV。进化树分析显示,2个蛋白与鳞翅目昆虫艺神袖蝶(Heliconius erato)和柑橘凤蝶(Papilio xuthus)具有较高同源性。荧光定量PCR分析显示,BmHCP1和BmHCP2存在组织、时相特异性表达,幼虫期在头部、中肠、表皮等组织中表达量较高;蛹期除翅原基、血淋巴、触角和足等组织外均有较高表达量;成虫期在足、触角、翅原基、表皮等组织中表达量较高;蛹期在大多数组织的表达量明显高于幼虫期和成虫期。研究结果为进一步探明家蚕表皮蛋白基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 家蚕 CPFL表皮蛋白 序列分析 表达分析 荧光定量PCR
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