Toppgene筛选肺腺癌候选疾病基因

背景与目的肺腺癌是危害人类健康最主要的肺癌类型之一,其发生机制仍不清楚。本研究利用生物信息学方法,筛选新的肺腺癌候选基因,为揭示肺腺癌发病机制提供依据。方法从GEO数据库中获得GSE10072和GSE7670两个数据集,然后利用dchip软件进行差异表达基因分析,将其获得的差异基因定义为"检测基因集"(testgeneset);采用genecard和Fable文献挖掘已知肺腺癌疾病基因,并将其定义为"训练基因集"(traingeneset);最后,利用Toppgene筛选肺腺癌候选基因,并通过荧光定量PCR对其获得的部分基因进行验证。结果获得一个含344个基因的"检测基因集"和含277个基因的"训练基因集"。采用Toppgene共获得36个候选疾病基因,其中21个基因则在肿瘤方面的研究几无报道。荧光定量PCR实验研究发现,CD36、PMAIP1及FABP4三个基因在A549细胞中均为下调表达,与芯片数据一致。结论Toppgene可发现新的肺腺癌候选疾病基因,为下一步发现特异性肺腺癌致病基因提供理论依据。

弓形虫ROP16_Ⅱ效应分子对宿主A549细胞基因表达谱的影响

目的 ROPl6在弓形虫入侵宿主细胞的过程中发挥着关键作用。为了提高ROP16对宿主细胞的分子功能的认识,本研究分析了ROP16_Ⅱ基因转染的A549细胞株的表达谱,筛选了新的候选基因,为揭示Ⅱ型弓形虫病的发病机制提供了依据。方法通过表达谱芯片技术对过表达ROP16_Ⅱ的A549细胞株的表达谱进行研究,并从中筛选差异表达基因。利用ToppGene从差异表达基因中筛选候选基因,并通过RT-qPCR对获得的基因进行验证。结果共获得了9 994个差异表达基因,其中上调的基因有4 293个,下调的基因有5 701个。将这些差异表达基因进行GO功能富集分类,主要涉及多种生物学过程,包括发育过程、生物调控、免疫应答和信号传导等过程。采用ToppGene筛选得到4个疾病候选基因,其中上调表达的有IL4R和STAT1;下调表达的有IL12RB1和IL2RG。RT-qPCR结果与表达谱芯片数据一致。结论 ROP16_Ⅱ入侵宿主细胞后影响宿主细胞基因表达谱,了解ROP16_Ⅱ的作用机制,对于更加全面地揭示Ⅱ型弓形虫病的发病机制具有重要意义。