Ion Torrent测序技术检测Ⅰ型神经纤维瘤病患者NF1基因突变

目的评价Ion Torrent测序技术检测Ⅰ型神经纤维瘤(NF1)基因及其突变类型的可行性。方法提取12例NF1患者的外周血DNA,用Ion Torrent个体化基因测序仪(PGM)对患者NF1基因进行测序,用Sanger测序法验证NF1基因相应的突变位点,Ion Torrent PGM检测后覆盖缺失的外显子样本用Sanger测序法重新检测。结果检测到10例患者存在NF1基因致病突变,其中2种无义突变,5种小缺失或插入突变,1种错义突变,2种剪接突变。2例患者未检测到致病突变。结论 Ion Torrent测序技术检测含有大量外显子的NF1基因快速、准确;NF1基因突变可导致氨基酸密码子提前终止。

Ion Torrent测序检测非小细胞肺癌外周血DNA的临床价值

目的:探讨Ion Torrent测序检测非小细胞肺癌外周血DNA的临床价值。方法:选择患者80例,分为两组,各40例,观察组利用三代测序技术Ion Torrent检测,对照组使用第1代测序技术Sanger末端终止法进行测序,比较手术前后通过Ion Torrent测序所得EGFR和K-ras结果,并统计两组测序EGFR阳性1年生存情况。结果:未手术者观察组EGFR阳性和K-ras突变阳性检出率均显著高于对照组(P<0.05),术后复发患者观察组EGFR阳性和K-ras突变阳性检出率均显著高于对照组(P<0.05),观察组1年生存率显著高于对照组(P<0.05)。结论:对非小细胞肺癌患者使用Ion Torrent测序技术测定外周血DNA,能更准确的确定患者基因类型,从而为分子靶向治疗提供依据。

基于Ion Torrent测序平台技术的肿瘤基因检测及临床应用

目的探讨Ion Torrent基因测序技术对肿瘤基因突变检测的准确性和临床适用性。方法提取110例癌症患者的石蜡包埋组织DNA,采用Ion Torrent基因测序技术检测患者的22个肿瘤基因,即EGFR、ERBB2、ERBB4、FGFR1、FGFR2、FGFR3、MET、ALK、KRAS、NRAS、BRAF、MAP2K1、STK11、PTEN、PIK3CA、AKT1、DDR2、NOTCH1、TP53、FBXW7、SMAD4、CTNNB1,用Sanger测序法对部分基因突变位点进行验证。结果 110例患者中,肺癌40例,结直肠癌40例,恶性黑色素瘤30例,基因突变检出率为100%,且所有病例均至少发生3个基因突变。EGFR、FGFR3突变率均为100%,FGFR2、MAP2K1、NOTCH1突变率均为0;TP53、EGFR、KRAS突变型别多达43、15、12种,而FGFR3、ERBB4、FGFR1突变型别均有且只有1种。除了EGFR、TP53,其他基因在同一样本单型别突变率均>90%。多基因突变个数在3种癌症组间的差异无统计学意义(P>0.05)。KRAS在结直肠癌的突变率较高(P<0.01),BRAF在恶性黑色素瘤的突变率较高(P<0.01)。结论 Ion Torrent测序技术准确性高、测序时间和成本低、操作简单,适合大规模地应用于恶性肿瘤的早期筛查和诊断、个体化治疗以及肿瘤基因的临床研究。

应用IonTorrent测序技术检测一个甲基丙二酸血症家系的致病突变暨产前诊断

目的对一个甲基丙二酸血症家系进行基因检测，以明确致病突变，为家系成员再生育提供遗传咨询和产前诊断。方法应用IonTorrent半导体测序技术，对甲基丙二酸血症患儿MUT、MMACHC、MMAA和MMAB基因同时进行检测，筛选致病突变位点，并用Sanger测序法进行验证，同时对患儿双亲进行基因检测。患儿母亲再次妊娠时进行产前基因检测，以明确胎儿受累情况。结果患儿MMACHC基因编码区存在c．609G〉A（p．Trp203X）杂合无义突变、c．658—660delAAG（p．Lys220del）杂合缺失突变。患儿母亲携带c．658—660delAAG突变，父亲携带C．609G〉A突变。产前基因检测结果显示胎儿未遗传父母携带的MMACHC致病突变。结论应用IonTorrent半导体测序技术快速筛查到一个甲基丙二酸血症家系的致病突变，可为临床诊断及遗传咨询提供准确的依据。

应用Ion Torrent半导体测序检测马凡综合征患者FBN1基因致病突变

目的:对3个马凡综合征(MFS)家系及1例MFS患者的原纤维蛋白1基因(FBN1)进行基因检测,以明确致病突变,为患者提供遗传咨询及产前诊断。方法:应用高通量Ion Torrent半导体测序技术对3个MFS家系的先证者及1例MFS患者的FBN1基因进行检测,筛选致病突变位点,并用Sanger测序法验证。对1例胎儿FBN1基因相应的位点进行检测,以明确其受累情况。结果:患者P1 FBN1基因检测到c.7125_7126 del TG杂合性缺失突变,为可疑致病位点;家系1患者FBN1基因检测到IVS 27-1G>C(c.3464-1G>C)杂合性突变,为致病突变;家系2患者FBN1基因检测到c.4981G>C(p.Gly1661Arg)杂合性错义突变,为致病突变,胎儿携带同样突变;家系3患者FBN1基因检测到c.1546C>T(p.Arg516Term)杂合性无义突变,为致病突变。结论:应用高通量Ion Torrent半导体测序技术检测到3个MFS家系及1个MFS患者的致病基因突变,为临床诊断及遗传咨询提供分子遗传学依据,并对1例胎儿进行了产前诊断。

Ion torrent半导体测序技术在胎儿非整倍体疾病筛查中的应用

选择行无创产前检测的孕妇共6 064例,利用Ion torrent半导体测序技术进行孕妇外周血胎儿游离DNA检测,并对阳性病例进行羊水染色体核型分析,对所有研究病例随访新生儿结局。检测结果异常者共49例,其中21-三体综合征27例、18-三体综合征18例、13-三体综合征4例。其灵敏度和特异度分别为:21-三体综合征96. 3%、95%,18-三体综合征100%、93. 3%,13-三体综合征100%、100%。具有较高的灵敏度及特异度,有较高的推广价值。同时,该技术仍存在一定的假阳性及假阴性,应进一步结合其他产前诊断方法做出更准确判断。

应用新一代半导体靶向测序技术检测枫糖尿症致病基因突变的研究

目的应用Ion Torrent半导体靶向测序技术检测1例枫糖尿症(MSUD)患儿的致病基因突变,明确其致病突变,并探讨该技术用于复杂单基因病检测的可行性。方法采集患儿外周血,提取基因组DNA,经多重PCR扩增富集目的基因片段,构建平均片段大小为300bp左右的文库,经乳液PCR及磁珠颗粒富集,最后采用318半导体测序芯片进行高通量测序,应用Ion Torrent Suite v3.0软件进行数据提取、序列比对及SNPs和Indels提取,再用dbSNP 137数据库过滤得到SNPs和Indels,可疑突变经Sanger法测序验证。结果检出患儿1个新发错义点突变并通过Sanger测序验证,突变是BCKDHB基因第6外显子的NM183050:c.586C>T(p.His196Tyr)。结论 Ion Torrent半导体靶向测序技术可对复杂单基因遗传病进行快速、准确地基因诊断。

新一代半导体测序技术检测甲基丙二酸血症MMAA基因突变

目的应用Ion Torrent半导体测序仪及IonAmpliSeq^TM InheritedDiseasePanel检测1例甲基丙二酸血症（methylmalonic acidemia，MMA）患儿的致病基因突变，探讨新一代IonTorrent测序平台用于复杂单基因病检测的可行性。方法采集患儿外周血，提取基因组DNA，经多重PCR扩增富集目的基因片段，对样品加上序列标签及测序接头，制备成平均片段大小为200bp左右的文库，然后应用Ion OneTouch系统进行模板制备、乳化PCR及磁珠颗粒富集，318半导体测序芯片进行高通量测序，最后采用IonTorrentSuitev3．0软件进行IonTorrent数据提取、序列比对及MMA致病基因MMAA、MMAB、MMACHC和MuT的SNVs和Indels提取，经dbSNP137数据库过滤后，可疑突变经Sanger法测序验证。结果检测到患儿MMAA基因编码区2个无义突变并通过Sanger测序验证，突变分别是第4外显子的c．586C〉T（P．R196X）和第6外显子的c．898C〉T（P．R300X），后者为未见报道的新突变。结论发现甲基丙二酸血症患儿MMAA基因双重杂合突变；半导体测序技术低成本、高通量、高灵敏度，适用于遗传性疾病的基因诊断。

应用下一代半导体靶向测序技术检测Marfan综合征致病突变

目的应用IonTorrentPGM半导体测序仪和IonAmpliSeqTMInheritedDiseasePanel对3例马凡综合征（Marfansyndrome，MFS）进行致病基因突变检测，明确其致病突变，并评价下一代半导体靶向测序诊断复杂单基因遗传病的效果。方法在知情同意的基础上采集3例MFS患者及1名正常志愿者外周血，提取基因组DNA，经多重PCR扩增富集目的基因片段。每个样本用特异性序列标签进行标记后，应用IonOneTouch系统进行模板制备、乳化PCR及磁珠颗粒富集；最后用318半导体测序芯片进行高通量测序。用IonTorrentSuite3．2软件进行序列比对及SNPs和Indels提取，再用dbSNP137数据库过滤得到SNPs和indels，剩余的可疑突变经Sanger法测序验证。结果用一张318芯片得到855．80Mb的总数据量，4个样本的平均测序深度均达到100×以上，对目的区域的覆盖度在98％以上。数据经软件分析及数据库过滤后，在3例MFS患者中分别得到3个FBNI基因可疑突变，并经Sanger法测序验证，一个为已报道FBN1基因错义突变（P．E1811K），另外两个为新发现的突变，包括一个无义突变（P．E2264X），1个插入突变（P．L871FfsX23）。结论在3例MFS患者中都成功检出FBN1基因致病突变，表明半导体靶向测序可对复杂单基因遗传病进行高效、准确的基因诊断。

采用高通量测序技术检测肺癌致病突变及靶向药物突变位点

Ion Torrent高通量测序平台可通过测序癌症病人的基因组,找出致病突变位点进而选择对应的靶向药物以更加有效地治疗并减少毒副作用.利用Ion Torrent平台共检测了55例非小细胞肺癌组织的甲醛固定石蜡包埋样本(FFPE样本),对测序结果进行分析并找出致病突变位点.其中,30(54.5%)例样本有抑癌基因TP53的突变,突变类型一共包括36种,是突变频率最高的一个基因.突变频率次高的基因是EGFR,检测到17(30.9%)例病人共8种突变类型.突变频率第三高的是ERBB4(HER4,与EGFR同属HER家族),检测到14(25.5%)例病人共两类突变.此外,还有其他突变频率较高的基因,如MLH1(8例,14.5%)、KRAS(6例,10.9%)、PIK3CA(5例,9.1%)等.本研究表明通过提取肺癌病人FFPE样本中的DNA并使用Ion Torrent平台测序可以找到致病突变,可用于指导医生进行更好的靶向药物治疗.

一例单纯性高甲硫氨酸血症患儿的MAT1A基因突变分析

目的对1例串联质谱技术新生儿筛查发现的可疑单纯性高甲硫氨酸血症患儿进行致病基因突变检测，为临床诊断和遗传咨询提供依据。方法归纳整理1例单纯性高甲硫氨酸血症患儿的临床资料，提取其基因组DNA，应用半导体测序技术进行高通量测序，对可疑突变用Sanger测序进行验证。结果患儿除血甲硫氨酸升高外无其他临床症状。IonTorrent半导体测序结果显示患儿携带MAT1A基因C．345delA和C．529C〉T突变，二者均为未报道过的新突变，患儿父亲为C．345delA突变携带者，母亲为C．529C〉T突变携带者。结论MAT1A基因C．345delA和C．529C〉T突变可能为这例单纯型高甲硫氨酸血症患儿的致病原因，新一代半导体测序技术是遗传代谢病诊断的重要手段。