toxR基因作为荧光定量PCR靶基因设计TaqMan探针快速检测副溶血弧菌

以toxR基因为靶基因,通过优化反应条件建立了快速检测副溶血弧菌的TaqMan实时荧光PCR方法。特异性试验表明,该方法能选择性检测副溶血弧菌,而与金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、单增李斯特杆菌等多种常见的食源性病原菌没有交叉反应;灵敏度试验表明,该方法最少可检测到25个拷贝的toxR基因重组质粒,对纯培养物和模拟食品样品直接检测的灵敏度分别为21 cfu/mL和210 cfu/g;重复性试验表明,同一样品于试验内及试验间的变异系数分别为0.9%和1.3%;所制作的标准曲线在2.5×101～2.5×106拷贝数之间有较好的线性关系,能对副溶血弧菌进行准确的定量分析。结果表明,本研究所建立的副溶血弧菌实时荧光PCR检测方法具有特异性好、灵敏度高、重复性好的特点,能进行定量检测,而且检测时间从核酸抽提到出实验结果仅需要3 h,是快速检测副溶血弧菌的有效手段。

基于toxR基因病原哈氏弧菌PCR检测方法的建立

基于toxR基因序列设计检测哈氏弧菌的1对特异性引物,通过PCR反应条件优化、PCR反应特异性及敏感性检测,建立一种哈氏弧菌的特异性分子检测方法。试验结果表明,该引物可使哈氏弧菌扩增出大小为390 bp的toxR基因片段,3种水产动物病原弧菌未扩增出任何条带,敏感性检测结果为该PCR反应最低能检测出0.375 ng/μl的哈氏弧菌基因组DNA。该试验建立的基于toxR基因的哈氏弧菌的PCR检测方法可用于哈氏弧菌引起的水产动物疾病的快速诊断及海产品安全检测。

基于toxR基因的河流弧菌PCR快速检测方法的建立

基于河流弧菌的toxR基因设计了6对引物,分别为F1、F2、F3、F4、F5、F6。以标准河流弧菌HL01、HL02、HL03、HL04做梯度PCR检测。试验结果表明,仅F2和F4能获得分子量分别为332 bp和358 bp的目的条带。利用其他27株非河流弧菌进行PCR特异性检测,结果表明,引物F2和F4的特异性较强,但F2和F4这两对引物的灵敏度也有一定的差异,F2的灵敏为9.3×103cfu/ml,F4的灵敏度为9.3×102cfu/ml。

基于lolB和toxR基因的水产品中霍乱弧菌双重PCR检测方法

选择lolB和toxR两种基因序列设计2对特异性引物,建立一种针对霍乱弧菌所有生物型菌株的双重PCR检测方法,扩增目的片段大小分别为519bp和779bp。结果表明:在同步扩增中,仅霍乱弧菌模板可同时扩增出2种基因片段,4株对照菌模板无任何扩增条带;敏感性检测结果显示,该双重PCR最低能检测3.42×103CFU/mL菌落数的霍乱弧菌。所建立的基于lolB和toxR两种基因的双重PCR检测方法特异性强、敏感性高、方法简单、用时短,可用于霍乱弧菌检测。

拟态弧菌全长toxR基因的克隆和序列分析

对克隆的拟态弧菌Vibrio mi micus的全长toxR基因及进行相关的序列分析。根据已发表的其他几种弧菌toxR基因两翼核苷酸序列,设计和合成上下游简并引物,以拟态弧菌1.1969标准株的基因组DNA为模板进行PCR扩增,将获得的1.3kb扩增片断进行克隆、鉴定和测序,并将该序列提交至GenBank(登录号为EF693743)。首次获得拟态弧菌840bptoxR基因全长核苷酸序列。与其它弧菌的相应序列分析比对显示,该序列与霍乱弧菌Vibrio cholerae的toxR基因有87%—88%的相似性,与鳗弧菌Vibrio anguillarum的toxR基因有75%的相似性,与副溶血弧菌Vibrio parahaemolyticus的toxR基因有45%的相似性。该基因编码1个含有279个氨基酸残基的蛋白质,其分子量为31.13kDa,等电点为5.35,并含有一个典型的转录激活区和一个跨膜区。系统发育树分析表明,几种常见致病性弧菌的toxR基因序列存在较大分歧,拟态弧菌能较容易与进化相近的霍乱弧菌鉴别区分开来。toxR基因全长核苷酸序列的获得将为拟态弧菌的菌种鉴定增添新的分子靶标,有助于其结构和功能的研究及通过突变分析鉴定出新的受toxR基因调控的致病基因。

基于tlh和toxR基因的副溶血弧菌双重PCR检测方法

为了研究副溶血弧菌双重PCR检测方法,试验采用tlh和toxR基因序列设计2对特异性引物进行双重PCR检测,扩增出450 bp和368 bp目的片段。结果表明:在同一PCR反应体系中仅副溶血弧菌可同时扩增出2种基因片段,4株对照菌无任何扩增条带;该双重PCR检测方法最低能检测1.660 7×103cfu/mL菌体浓度的副溶血弧菌。说明试验所建立的双重PCR检测方法特异性强、敏感性高、方法简单、用时短,可用于副溶血弧菌引起的水产动物疾病的诊断与分子流行病学调查。

基于blaCARB-17和toxR基因的副溶血弧菌双重PCR检测方法的建立

建立一种针对副溶血弧菌bla_(CARB-17)和toxR基因的双重PCR检测方法。按照副溶血弧菌的bla_(CARB-17)和toxR基因序列设计并合成引物,于同一反应体系中进行PCR扩增,优化退火温度、退火时间和引物比例,确定双重PCR的特异性和灵敏性,最后用实验室分离鉴定的副溶血弧菌分离株验证。结果表明:建立的双重PCR最佳退火条件是52℃30 s,引物比例1∶1,在同一体系中特异地扩增出副溶血弧菌的bla_(CARB-17)和toxR基因的303、350 bp片段,其它对照菌株均无扩增,表明该方法特异性良好。双重PCR的最低检测限达1×10~2 CFU/mL,对实验室鉴定的56个副溶血弧菌分离株验证均为阳性。建立的双重PCR方法操作简单、高效快速、特异性强,适用于副溶血弧菌的检测。

基于toxR基因的SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测病原副溶血弧菌方法的建立

基于副溶血弧菌toxR基因保守序列设计1对特异性引物,建立了SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测副溶血弧菌的方法。常规PCR检测,副溶血弧菌扩增出大小为368bp的目的片段,其他4种病原细菌均为阴性;SYBRGreenⅠ实时定量PCR扩增曲线反映了PCR的指数增长阶段和平台阶段;在Tm为85℃,扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体;所制作的标准曲线在2.7×108～2.7×102拷贝数之间有较好的线性关系,相关系数为0.998,能对副溶血弧菌进行准确的定量分析;该方法检测时间从核酸抽提到结果分析仅需4～5h,较传统方法敏感、操作简单,耗时短,是副溶血弧菌引起的水产动物疾病的快速诊断及食品中针对副溶血弧菌安全检测的有效手段。

食品中副溶血性弧菌toxR和tdh基因双色荧光PCR检测方法的建立

目的建立对副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)特异性检测toxR(跨膜转录激活蛋白)基因和tdh(热稳定性直接溶血素)毒力基因的Taqman探针双色荧光PCR检测方法。方法根据副溶血性弧菌toxR基因和tdh基因,分别设计引物和探针,建立Taqman探针双色荧光PCR扩增体系,进行特异性、灵敏度试验;对副溶血性弧菌分离菌株实施检测,了解其tdh基因和tdh基因分布情况。结果结果表明,副溶血性弧菌标准菌株和3株从食物中毒患者中分离获得的分离株均出现toxR基因和tdh扩增曲线,而溶藻弧菌、单增李斯特菌等31株弧菌属其他菌株和肠杆菌科的菌株未见扩增曲线。从食品中分离的37株副溶血性弧菌分离株均未携带tdh毒力基因。副溶血性弧菌检测灵敏度可达到3.6×102cfu/mL。结论该方法可用于同时检测食品中副溶血性弧菌的特异性和毒力基因。

霍乱弧菌毒力表达调控基因toxR的PCR扩增及克隆

为了构建霍乱弧菌和杜氏利什曼原虫双价口服活疫苗候选株 ,作者采用 PCR对霍乱弧菌毒力表达调控基因 tox R进行扩增及克隆 ,并对霍乱弧菌 tox R基因进行限制性酶切分析。结果显示 :7株霍乱弧菌均扩增出 1 .3kb的 tox R基因片段 ,tox R基因中部含有 Eco R 酶切位点 ,再将 tox R基因克隆在质粒 p AT1 5 3上 ,对所获的重组质粒 pt R4进行限制性酶切分析 ,证实质粒 pt R4插入的 1 .3kb的 DNA片段为 tox

基于toxR基因的PCR检测副溶血性弧菌的方法建立

目的建立基于toxR基因的PCR检测副溶血弧菌的方法,并通过实验条件摸索,优化反应体系条件,验证PCR方法检测副溶血弧菌的优势。方法应用基于toxR基因的环引物PCR法和已报道的PCR法对副溶血性弧菌和食品样品进行检测,并优化反应条件。对两种检测方法的灵敏度、特异度和检测时间进行比较。结果环引物PCR法可以使副溶血性弧菌扩增出大小180 bp的toxR基因片段,两种方法检测副溶血性弧菌的特异度均为100%,检出限分别为4×103CFU/mL和5×104CFU/mL,检测所需时间分别为2 h 50 min和3 h10 min。结论基于toxR基因的环引物PCR法检测副溶血性弧菌的特异性更强,检出限更低,检测所需时间更短,能够较好地满足卫生防疫机构快速检测副溶血性弧菌的需要。

牡蛎中副溶血弧菌荧光定量PCR检测方法的建立及其应用

以副溶血弧菌毒素调控基因(toxin regulations,toxR)作为靶标基因,设计特异性引物及TaqMan探针,以含toxR基因的质粒为模板,建立质粒拷贝数与CT值的标准曲线,分别采用含toxR基因质粒、纯培养的副溶血弧菌和添加副溶血弧菌的牡蛎(Ostrea)模拟样品进行灵敏度试验,结果表明,其灵敏度分别为15拷贝、18 CFU/mL和180 CFU/mL。同一个样品的30次重复性试验表明,试验内及试验间的变异系数分别为0.95%和1.5%。结果显示,本研究建立的副溶血弧菌荧光定量PCR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于牡蛎等水产品中副溶血弧菌的定量检测。

溶藻弧菌的PCR快速检测方法

为建立溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)的PCR快速检测方法,本研究根据弧菌toxR基因的高变区序列设计1对扩增片段为161 bp的引物,进行了特异性和敏感性试验。结果表明该方法能特异地检测溶藻弧菌,每个PCR反应检测的敏感度为0.01 pg的DNA和3.7CFU的细菌。用溶藻弧菌人工感染大菱鲆,以建立的PCR方法检测感染鱼的肝、脾、肾阳性检出率为100%。该方法可用于对感染溶藻弧菌的水生动物疾病进行诊断。

TaqMan探针双重荧光PCR法检测副溶血性弧菌

目的:建立同时检测副溶血性弧菌(VP)和其毒力基因的方法。方法:根据VP的toxR基因和tdh基因,分别设计引物和探针,建立基于TaqMan探针双重荧光聚合酶链式反应扩增体系,进行特异性、敏感性实验,并用建立的方法检测从广东地区和辽宁地区进出口食品中分离的VP菌株的毒力基因分布情况。结果:VP标准菌株和3株从食物中毒病人中分离株均出现toxR基因和tdh基因扩增曲线,而31株包括溶藻弧菌、单增李斯特菌等弧菌属和肠杆菌科的菌株扩增结果呈阴性;敏感性实验结果表明,VP浓度与Ct值有很好的反向的线性关系,toxR和tdh线性方程的R2分别为0.999、0.997,最低检测浓度达到3.6×102CFU/mL;检测食品中分离的37株VP只出现toxR基因扩增曲线,未见tdh基因扩增曲线,表明37株VP分离株均未带tdh毒力基因。结论:建立的方法特异性好、灵敏度高,可用于食品中VP的特异性及毒力基因检测。

水产动物致病性副溶血弧菌双重PCR检测方法的研究

副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)是多种水产养殖动物的主要病原菌,尤其是可引起凡纳滨对虾幼虾呈毁灭性死亡。本研究基于gyrB和toxR两种基因序列设计2对特异性引物,建立一种副溶血弧菌快速、准确的双重PCR检测方法,扩增目的片段大小分别为285 bp和368 bp。结果表明在同一PCR反应体系中副溶血弧菌可同时扩增大小分别为285 bp和368 bp的2种基因片段,两种引物对4种其他水产动物病原菌无交叉反应;敏感性检测结果显示,该双重PCR最低能检测8.867 2×103 CFU/mL菌体浓度的副溶血弧菌,对副溶血弧菌模板DNA的检出极限为0.029 3 mg/L;对发病中国对虾糠虾幼体、水产品及虾池养殖用水进行双重PCR检测,呈阳性反应的样品可分离出优势生长的副溶血弧菌。该实验所建立的基于gyrB和toxR两种基因的双重PCR检测方法可用于副溶血弧菌引起的水产动物疾病的快速诊断及分子流行病学的调查研究。

养殖大黄鱼病原弧菌多重PCR检测技术的建立和应用

溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)和哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是浙江省养殖大黄鱼(Pseudnosciaena crocea)弧菌病的主要致病菌。本研究选择针对溶藻弧菌和副溶血弧菌的胶原酶基因,哈维氏弧菌的部分ToxR基因的特异性,优化设计了3对特异性引物,通过进行多重PCR反应体系优化,多重PCR产物的测序鉴定与特异性和敏感性实验,建立了一种检测致病性弧菌的多重PCR检测方法。经过琼脂糖凝胶电泳后的条带分析判断,可以在一个PCR管中同时成功地检测这3种病原细菌,含溶藻弧菌、哈维氏弧菌和副溶血弧菌3种致病弧菌核酸的阳性对照样品分别扩增出大小为737bp、382bp和271bp的预期产物,其灵敏度是102～103CFU/mL。将该方法应用于检测人工感染后的养殖大黄鱼病鱼肝脏和肾脏,结果在6份组织样本中,5份检出原始感染菌株,与API20E鉴定结果相符;对弧菌病流行季节采集的未发病的16份养殖大黄鱼组织样本和16份水体样本进行抽检,结果在1份大黄鱼组织样本中检出哈维氏弧菌,7份水体样本中检出这3种弧菌中的1种或2种,鉴定结果与API20E鉴定结果符合率为93.75%。说明该方法不仅可以检测发病鱼,还可以检测无病症带菌大黄鱼以及带菌水样,且说明海洋水体中存在着大黄鱼弧菌病的致病菌。结果说明,多重PCR检测方法具有较高的敏感性与特异性,可以缩短检测时间,降低检测成本,该方法的建立对养殖大黄鱼弧菌病的快速诊断和分子流行病学的调查具有重要意义。

副溶血性弧菌快速检测方法研究

目的以检测toxR基因作为副溶血性弧菌种水平上的特异性基因鉴定,建立一种快速、准确、简便的副溶血性弧菌(VP)筛选方法。方法根据toxR基因序列设计合成引物,扩增被检VP所含的相应基因。分别用标准株及地方株做对照,同时与常规鉴定方法比较。结果对浙江省2005年收集的286株来自临床病人和海产品的可疑VP鉴定,用常规方法鉴定出VP占总数的62.24%;用toxR基因检测,鉴定率占所有菌株的61.54%;两者差异无统计学意义(χ2=0.03,P>0.05),对40份海产品增菌液直接检测toxR基因与常规增菌分离鉴定法,均有37份标本检出VP,检出率为92.5%。结论该检测方法快捷、特异性好、敏感性高,可以作为VP快速筛选方法。

水生动物副溶血弧菌、霍乱弧菌的PCR同步检测方法

副溶血弧菌和霍乱弧菌((non-O1/non-O139型),不仅对水产动物具有广泛和强的致病作用,而且危害人类的健康,是人和水产动物共患病的病原菌。以副溶血弧菌的toxR基因及霍乱弧菌的lolB基因设计2对引物,建立了副溶血弧菌和霍乱弧菌的PCR同步检测方法,相应的扩增目的片段分别为368bp和519bp。在PCR反应体系中副溶血弧菌和霍乱弧菌可扩增出目的基因片段,5株对照菌无任何扩增条带,表明所建立的双重PCR检测方法特异性较强,且所设计的2对引物间无交叉干扰现象;灵敏性试验结果表明,副溶血弧菌的检测最低限1.75×102 cfu/mL,霍乱弧菌的检测最低限1.25×102 cfu/mL,具有较好的灵敏性;人工染菌水产品检测结果显示,人工染菌的8种水产品均为阳性检测结果,而未染菌组均为阴性。本试验建立的双重PCR法特异性强、灵敏性高,可用于副溶血弧菌和霍乱弧菌引起的水产动物疾病的诊断及水产品的安全检测。

霍乱弧菌毒力表达调控基因toxR缺失株的构建及其功能的研究

目的 通过构建霍乱弧菌toxR基因缺失株来研究toxR基因对霍乱弧菌减毒菌株IEM10 1和高产毒株 5 6 9B毒力表达的调控作用。方法 采用自杀性质粒和接合转移技术 ,将 2个中间含有四环素基因的toxR基因分别与霍乱弧菌减毒株IEM10 1和高产毒株 5 6 9B染色体toxR基因重组 ,从而获得toxR基因缺失株IEM10 1 4和 5 6 9B 43 ,并对 2个toxR基因缺失株和其原出发菌株的霍乱肠毒素的产率和主要外膜蛋白图谱进行比较。结果 采用GM1 ELISA检测受测菌CT基因表达 ,toxR基因缺失株 5 6 9B 43的P/N值为 1 82 ,而其原出发菌株 5 6 9B的P/N为 4 5 2 ,而IEM10 1和其toxR基因缺失株的P/N值均低于 2。采用SDS PAGE对受试菌外膜蛋白进行分析 ,toxR基因缺失株 5 6 9B和IEM10 1的外膜蛋白图谱相比 ,均多出 2条相对分子质量 (Mr)为 40× 10 3 和 43× 10 3 外膜蛋白区带。结论 toxR蛋白是霍乱肠毒素基因ctx表达的正调控因子 ,是霍乱弧菌主要外膜蛋白 (Mr 为 40× 10 3 和43× 10 3)编码基因的负调控因子。

PCR结合变性高效液相色谱快速检测水产品中河流弧菌

目的:应用PCR结合变性高效液相色谱技术实现水产品中河流弧菌的快速鉴定。方法:利用河流弧菌的toxR基因序列设计引物,并对该方法进行特异性、精密度和实际应用等方面的考察。结果:用该方法未检测到河流弧菌的近源种及其他细菌的阳性吸收峰,表现出了很好的特异性。结论:用PCR结合变性高效液相色谱检测河流弧菌,不仅特异性好、灵敏度高,且方法简便、快速。