三联体密码子在mRNA二级结构中的分布(英文)

对编码成熟肽的ｍＲＮＡ二级结构的分析显示，每个密码子在ｍＲＮＡ二级结构中的位置有一定的倾向性，这种倾向性似乎与相应氨基酸的构象性质相一致。大多数编码疏水氨基酸的密码子位于ｍＲＮＡ二级结构中较稳定的茎区；反之，大多数编码亲水氨基酸的密码子位于柔性的环区。这个结果支持了最近得到的关于ｍＲＮＡ与蛋白质之间存在着三维结构信息传递的结论。

不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析

在传统的Chou Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息 ,计算了 2 0 0个蛋白 ( 4 9种全α结构蛋白 ,69种全β结构蛋白 ,38种α + β结构蛋白 ,44种α/β结构蛋白 )中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构 (α :螺旋 ,β :折叠 ,C :卷曲 )的偏向性参数 .通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析 ,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息 .

蛋白质二级结构由氨基酸和 m RNA序列编码(英文)

据氨基酸序列 ,密码子序列和蛋白质二级结构序列的比较 ,指出约 1 8%的两肽的密码子具有反常的蛋白质结构偏好性 ,并且这种反常不能用随机涨落解释 。

同义密码子用语与蛋白质二级结构信息

对人体 1 1 7个蛋白质和大肠杆菌的 1 85个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的同义密码子与氨基酸上下文关联熵、蛋白质序列中氨基酸与氨基酸上下文关联熵作了统计分析 ,发现密码子关联确实比氨基酸关联对蛋白质二级结构提供的信息量大 ,而且人蛋白质中同义密码子提供的二级结构信息比大肠杆菌中多 .同时 ,证明了在相对信息剩余大于等于 3 0 %的情况下 ,Adzhubei给出的九种氨基酸中的八种其同义密码子在某些二级结构中明显的携带结构信息 ;此外A ,N ,D ,R ,H ,C ,Y这几种氨基酸的同义密码子在某些二级结构中也明显地携带结构信息 .

蛋白质二级结构中对应的密码子关联的进一步讨论

从概率论的角度出发,以人和大肠杆菌蛋白质为模式,研究了蛋白质二级结构中有显著统计意义的mRNA序列上的密码子上下文关联,以及蛋白质序列上的氨基酸上下文关联.从而给出了99%置信水平上的各二级结构中的反常密码子上下文关联偏好型.为了进一步检查反常密码子关联对二级结构的影响是否有位点保守性,研究了密码子上下文关联以及氨基酸上下文关联与二级结构位点的关系,结果显示反常密码子关联与二级结构位点没有强关联.所得结果可以给出哪些密码子的上下文关联对蛋白质二级结构有影响,且对改进蛋白质二级结构的预测有一定的参考价值.

蛋白质二级结构中同义密码子与氨基酸上下文关联的偏好型

通过对人(Homosapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(E.coli)的87个蛋白质的统计分析,发现mRNA序列中的同义密码子与氨基酸的上下文关联是和蛋白质二级结构有关的,并给出了各二级结构中有意义的上下文关联型.讨论了该结果对蛋白质结构预测的改进意义及其在基因工程领域可能的应用.

蛋白质结构与密码子上下文关联的信息论研究

从信息学的角度,对人(Homosapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的185个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联、蛋白质序列中氨基酸上下文关联作了统计分析,计算了各二级结构中密码子(氨基酸)上下文关联的信息剩余.结果显示,同义密码子关联有着不同于氨基酸关联偏好的反常现象,人和大肠杆菌蛋白质中反常的密码子分别占19%、16%左右;并对大肠杆菌中的稀有密码子的关联进行了讨论,发现稀有密码子的关联偏好Sheet和Coil二级结构.