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TUB2基因作为葡萄白粉病菌DNA条形码的生物信息学分析
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作者 何瑞玒 付海滨 +4 位作者 尹祺 李鑫 宋晓昕 金璐 李辉 《中国果树》 2024年第7期81-88,共8页
葡萄白粉病是葡萄栽培中最重要的真菌病害之一,其病原物为专性寄生活体营养型葡萄白粉菌(Erysiphe necator)。分析了TUB2基因是否可以作为葡萄白粉菌及其近缘种菌株的DNA条形码,结果显示,TUB2基因在白粉菌属上具有明显的种间和种内遗传... 葡萄白粉病是葡萄栽培中最重要的真菌病害之一,其病原物为专性寄生活体营养型葡萄白粉菌(Erysiphe necator)。分析了TUB2基因是否可以作为葡萄白粉菌及其近缘种菌株的DNA条形码,结果显示,TUB2基因在白粉菌属上具有明显的种间和种内遗传变异间距(Barcoding Gap),系统树分析显示TUB2基因对葡萄白粉菌及其近缘种具有有效的区分能力,因此认为TUB2基因可作为葡萄白粉病菌诊断的理想DNA条形码候选片段。 展开更多
关键词 TUB2 葡萄白粉菌 DNA条形码 生物信息学
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利用环介导等温扩增技术检测黑白轮枝菌 被引量:5
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作者 田擎 曾丹丹 +3 位作者 李彬 张海峰 王源超 郑小波 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期582-588,共7页
[目的]黑白轮枝菌(Verticillium albo-atrum)能够危害苜蓿等多种作物,是我国重要的检疫性病原真菌。我们基于环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),建立基于颜色判定的简单、快速和灵敏的黑白轮枝菌检测方... [目的]黑白轮枝菌(Verticillium albo-atrum)能够危害苜蓿等多种作物,是我国重要的检疫性病原真菌。我们基于环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),建立基于颜色判定的简单、快速和灵敏的黑白轮枝菌检测方法。[方法]基于LAMP技术,通过比对分析黑白轮枝菌与其相似种不同靶标序列间的差异,选取Tub(β-tublin,编码β-微管蛋白)基因作为靶标基因,设计并筛选了4条特异性强、灵敏度高的LAMP引物和1条环引物,在此基础上建立了检测黑白轮枝菌的LAMP体系,并进行特异性、灵敏度试验及田间发病组织的检测。该方法在62℃等温条件下进行核酸扩增反应70 min,扩增前加入染料HNB(羟基萘酚蓝),反应后根据染料颜色变化判定扩增结果。[结果]特异性试验中,仅黑白轮枝菌菌株DNA扩增后呈天蓝色的阳性反应,而在其他真菌的供试菌株中均呈紫色的阴性反应。该方法的最低检测限为1 pg·μL^(-1)。Tub-LAMP技术能够检测出发病苜蓿植物组织中的目标菌,在采自新疆的7份疑似样本中检测到3份阳性。在土壤中人工添加孢子的试验中,Tub-LAMP技术能够从每0.25 g土壤含有10个孢子和每10 g苜蓿种子含有50个孢子中检测出该病菌。[结论]该方法的建立为黑白轮枝菌的检疫及其所致病害的诊断提供了新的技术。 展开更多
关键词 黑白轮枝菌 环介导等温扩增 Tub基因 羟基萘酚蓝(HNB)
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TUB2基因鉴定及其在毛壳菌中的转化 被引量:3
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作者 迟玉杰 杨谦 杜金哲 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期30-34,共5页
TUB2基因为植物病原菌抗苯并咪唑类杀菌剂基因 .以pRB12 9质粒为模板对该基因进行PCR扩增 ,得到一条长约 1 4kb的DNA片段 ,经酶切鉴定证明该DNA片段是TUB2基因 .利用PEG方法 ,将含有TUB2基因的pRB12 9质粒转化于毛壳菌原生质体中 ,并在... TUB2基因为植物病原菌抗苯并咪唑类杀菌剂基因 .以pRB12 9质粒为模板对该基因进行PCR扩增 ,得到一条长约 1 4kb的DNA片段 ,经酶切鉴定证明该DNA片段是TUB2基因 .利用PEG方法 ,将含有TUB2基因的pRB12 9质粒转化于毛壳菌原生质体中 ,并在高于毛壳菌敏感的多菌灵浓度 (10 μg mL)下筛选转化子 ,此质粒转化率为 3 (2× 10 5) .使得对多菌灵非常敏感的毛壳菌能够在 30 0 μg mL多菌灵的培养基上正常生长 ,其抗药性提高了30 0倍以上 ,而且转化子稳定性试验表明 ,其抗药性在非选择性培养基上连续培养 10代保持不变 . 展开更多
关键词 TUB2基因 鉴定 毛壳菌 转化
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萼脊兰TUB基因片段的克隆及序列分析 被引量:1
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作者 蒋素华 梁芳 +3 位作者 王洁琼 李艳辉 王默霏 崔波 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2015年第4期31-34,共4页
为了给筛选萼脊兰内参基因和研究 TUB 基因的生理功能提供研究基础,对萼脊兰 TUB 基因片段进行克隆与序列分析。采用 CTAB 法提取萼脊兰盛花期花瓣总 RNA,并运用 RT-PCR 方法克隆萼脊兰 TUB 基因序列,长度为1055 bp,编码351个氨基... 为了给筛选萼脊兰内参基因和研究 TUB 基因的生理功能提供研究基础,对萼脊兰 TUB 基因片段进行克隆与序列分析。采用 CTAB 法提取萼脊兰盛花期花瓣总 RNA,并运用 RT-PCR 方法克隆萼脊兰 TUB 基因序列,长度为1055 bp,编码351个氨基酸残基,氨基酸序列中存在微管蛋白的保守区域 GGGTGSG。序列分析结果表明:与其他已登录物种的 TUB 基因相比,其核苷酸序列的同源性达75%~96%,与朵丽蝶兰(JN185665.1)同源性高达96%,氨基酸序列的同源性也在96%以上,且与单子叶植物的同源序列表现出较高的相似性。在 GenBank 注册,登录号为KP686397。 展开更多
关键词 萼脊兰 TUB 基因 克隆 序列分析
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云南小叶黄杨叶斑病病原鉴定及生物学特性分析 被引量:1
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作者 杨海艳 罗中泽 +3 位作者 谢美华 徐成东 安红 闫俊梅 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第3期1135-1139,共5页
文章对小叶黄杨叶斑病病原进行形态鉴定及ITS和TUB2序列分析,并在不同温度、p H值、光照周期、碳源、氮源等条件下的生长及孢子萌发状况进行了较为系统的研究,测定了不同杀菌剂对病菌的抑菌效果,为该病害防治提供理论依据。实验结果表明... 文章对小叶黄杨叶斑病病原进行形态鉴定及ITS和TUB2序列分析,并在不同温度、p H值、光照周期、碳源、氮源等条件下的生长及孢子萌发状况进行了较为系统的研究,测定了不同杀菌剂对病菌的抑菌效果,为该病害防治提供理论依据。实验结果表明,该菌为拟盘多毛孢属Pestalotiopsis sp.,其适宜的生长温度范围为25~30℃。不同光照条件处理下的菌落生长无明显差异,光照有利于孢子萌发,NO-3态氮的利用最有利于菌落生长,而在不同碳源条件下,其菌落生长无明显差异。分生孢子萌发的最适p H值为8,抑菌效果最好的是百菌清。 展开更多
关键词 ITS TUB2 系统分析 拟盘多毛孢
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TUB2基因重组质粒的构建、鉴定及其在毛壳菌中的转化 被引量:1
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作者 迟玉杰 杨谦 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2003年第2期34-40,共7页
根据苯并咪唑类杀菌剂抗性基因的核酸序列 ,在其阅读框架外的上、下游设计一对特异性引物 ,并在其 5′ 端分别加上PstI位点。以pRB12 9质粒为模板 ,PCR扩增得到一条长约 1 4kb的片段 ,经酶切鉴定证明是TUB2基因。将此PCR产物经消化后与... 根据苯并咪唑类杀菌剂抗性基因的核酸序列 ,在其阅读框架外的上、下游设计一对特异性引物 ,并在其 5′ 端分别加上PstI位点。以pRB12 9质粒为模板 ,PCR扩增得到一条长约 1 4kb的片段 ,经酶切鉴定证明是TUB2基因。将此PCR产物经消化后与同样酶切的pTA质粒连接 ,构建出 pTA TUB2质粒并转化大肠杆菌。再以pTA TUB2质粒为模板 ,PCR扩增该目的基因 ,通过对其核苷酸序列分析证明构建的质粒是含TUB2基因的 pTA TUB2质粒。利用PEG方法 ,将该质粒转化毛壳菌 ,使得对多菌灵非常敏感的毛壳菌能够在 30 0 μg/ml多菌灵的培养基上正常生长 ,其抗药性提高 30 0倍以上 ,且转化稳定性试验表明 ,其抗药性在非选择性培养基上连续培养 10代保持不变。结果表明质粒pTA TUB2对毛壳菌的转化率为 2 7/ (2× 10 5)。 展开更多
关键词 TUB2基因 鉴定 毛壳菌 转化 杀菌剂 基因工程 基因重组质粒 生物防治 抗苯并咪唑类基因
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柳叶蜡梅真菌病害分离鉴定及生物学特性 被引量:1
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作者 魏日凤 彭成彬 +3 位作者 陈美霞 张政雄 阮俊峰 刘伟 《中国农学通报》 2022年第3期127-133,共7页
为明确柳叶蜡梅(Chimonanthus salicifolius)的叶部病害的病原种类,进行病叶病原分离鉴定。本研究对福建省寿宁县福瑞泰生物技术有限责任公司种植基地的柳叶腊梅叶斑病病叶采用离体组织分离法进行分离,对分离的病原菌采用形态学结合分... 为明确柳叶蜡梅(Chimonanthus salicifolius)的叶部病害的病原种类,进行病叶病原分离鉴定。本研究对福建省寿宁县福瑞泰生物技术有限责任公司种植基地的柳叶腊梅叶斑病病叶采用离体组织分离法进行分离,对分离的病原菌采用形态学结合分子方法(rDNA-ITS和TUB序列)进行鉴定,并对该致病菌菌丝体在不同温度、pH、光照、碳源、氮源及致死温度等条件下的生物学特性进行了研究。病原菌分离株经形态特征观测及rDNA-ITS和TUB序列分析比对,将寿宁县柳叶腊梅叶斑病病原菌分离株鉴定为半知菌门、丝孢纲、弯孢属、间型弯孢霉(Curvularia.intermedia)。生物学特性结果显示:此菌菌丝体生长最适生长温度为30℃、最适pH 8、最适碳源为葡萄糖、蔗糖及麦芽糖、最适氮源为硝酸钾、酵母粉及硝酸钠;光暗交替不影响菌丝生长;菌丝体致死温度为52℃。分离鉴定了福建省寿宁县柳叶腊梅叶斑病病害的主要病原菌是弯孢霉,其生物特性测定结果显示对环境适应性强。 展开更多
关键词 柳叶蜡梅 病原分离鉴定 ITS TUB 生物学特性
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肥胖基因及其产物 被引量:2
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作者 訾晓渊 刘艺萍 《国外医学(遗传学分册)》 1998年第3期130-134,共5页
肥胖基因(obesegene,obgene)及其产物Leptin在肥胖的发生中起重要作用,人们已定位克隆了ob基因并对ob基因及其调控序列、ob基因的产物及其功能,各种因素对ob基因及其产物表达的影响等方面作了深入研... 肥胖基因(obesegene,obgene)及其产物Leptin在肥胖的发生中起重要作用,人们已定位克隆了ob基因并对ob基因及其调控序列、ob基因的产物及其功能,各种因素对ob基因及其产物表达的影响等方面作了深入研究,并提出了机体调节体重的可能途径。本文就以上几个方面作一综述。 展开更多
关键词 肥胖 肥胖基因 OB基因 fa基因 tub基因 产物
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蕙兰TUB基因片段的克隆与序列分析
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作者 田云芳 蒋素华 +1 位作者 苏金乐 崔波 《中国农学通报》 2015年第19期117-121,共5页
对蕙兰TUB基因片段进行克隆与序列分析,为蕙兰内参基因的筛选和研究其生理功能提供研究基础。根据NCBI已经公布的TUB基因的同源核苷酸保守序列,进行简并引物设计,利用RT-PCR的方法,以蕙兰花蕾期的花葶为材料,克隆了5条TUB基因片段。序... 对蕙兰TUB基因片段进行克隆与序列分析,为蕙兰内参基因的筛选和研究其生理功能提供研究基础。根据NCBI已经公布的TUB基因的同源核苷酸保守序列,进行简并引物设计,利用RT-PCR的方法,以蕙兰花蕾期的花葶为材料,克隆了5条TUB基因片段。序列分析结果表明,5条TUB基因片段长度均为1055 bp,编码351个氨基酸,具有2个TUB基因标记位点:Tubulin-beta m RNA autoregulation signal:MREI和Tubulin subunits alpha,beta,and gamma signature(GGGTGSG)特征信号序列。各片段之间同源性高达91.72%,经BLAST分析,与小麦的TUB1同源性可达85%。利用DNAMAN等生物软件推断的氨基酸,与毛果杨、蓖麻、葡萄同源性达97%。研究中得到的5个基因序列是TUB基因的同源片段,分别命名为Cf TUB1、Cf TUB2、Cf TUB3、Cf TUB4和Cf TUB5,并在Gen Bank注册,登录号分为JN177713、JN177714、JN177715、JN177716和JN177717。 展开更多
关键词 蕙兰 TUB 克隆 序列分析
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独山子石化公司开发出PE100级管件专用树脂TUB121N3000M
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作者 陈莉薇 《合成树脂及塑料》 CAS 北大核心 2015年第6期68-,共1页
2015年10月14日,由中国石油天然气股份有限公司独山子石化分公司(简称独山子石化公司)开发生产的PE100级管件专用树脂TUB121N3000M在西北地区某聚乙烯管件生产企业完成现场加工实验和制品性能评价,外观及各项性能指标满足需求。
关键词 独山子石化公司 PE100 TUB121N3000M 专用树脂 聚乙烯管 性能评价 性能指标 西北地区 配件市场 压力管道
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湖南永州奈李果实一种新病害的病原鉴定 被引量:2
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作者 朱欣 谭新球 +1 位作者 张德咏 刘勇 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1318-1325,共8页
【目的】明确危害湖南永州奈李果实新发生病害的病原物种类,为更好地识别并防控该病害提供理论依据。【方法】用常规分离方法对湖南永州奈李果园发病样品进行病原菌分离,通过形态学特征观察,ITS、TUB、CAL和ACT序列和系统发育进化树... 【目的】明确危害湖南永州奈李果实新发生病害的病原物种类,为更好地识别并防控该病害提供理论依据。【方法】用常规分离方法对湖南永州奈李果园发病样品进行病原菌分离,通过形态学特征观察,ITS、TUB、CAL和ACT序列和系统发育进化树分析及致病性测定,对分离获得的病原菌进行鉴定。【结果】分离获得的病原菌形态学特征与大豆拟茎点霉(Phomopsislongicolla)一致;其ITS、TUB、CAL、ACT序列与P.10ngicolla同源性分别为98%、99%、99%和98%。室内人工接种病原菌3~5d后果实形成椭圆形至不规则形褐色病斑、后转腐烂等症状,与田间果实危害症状一致。【结论】初步确定危害湖南永州奈李果实的病原菌为PlongicollaYZ。 展开更多
关键词 大豆拟茎点霉 奈李 ITS序列 TUB序列 CAL序列 ACT序列
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Optimization of cavitation venturi tube design for pico and nano bubbles generation 被引量:15
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作者 Xiong Yu Peng Felicia 《International Journal of Mining Science and Technology》 SCIE EI CSCD 2015年第4期523-529,共7页
Hydrodynamic cavitaion venturi tube technique is used for pico and nano bubble generations in coal column flotation. In order to determine the optimal design of hydrodynamic cavitation venture tube for pico and nano b... Hydrodynamic cavitaion venturi tube technique is used for pico and nano bubble generations in coal column flotation. In order to determine the optimal design of hydrodynamic cavitation venture tube for pico and nano bubble generation, a four-factor three-level Central Composite Design of Experimental was conducted for investigating four important design parameters of cavitation venturi tube governing the median size and the volume of pico and nano bubbles. The test results showed that maximum volume of pico and nano bubbles, 65–75%, and minimum mean pico and nano bubble size,150–240 nm, were achieved at the medium ratio of the diameter of outlet of the venturi-tube and diameter of throat(3–4), medium outlet angle(11–13°), high inlet angle(26–27°) and high ratio of the length of the throat and the diameter of throat(2.3–3). Study the effects of the producing pico and nano bubbles on fine coal flotation was performed in a 5 cm diameter 260 cm height flotation column. The optimal percentage of pico and nano bubbles was about 70%, which produced maximum combustible material recovery of 86% with clean coal ash content of 11.7%. 展开更多
关键词 Hydrodynamic cavitation venture tub edesign Pico and nano bubbles Bubble volume and mean size distributions Coal Column Froth flotation
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STUDY ON RECTANGULAR WAVEGUIDE GRATING SLOW-WAVE STRUCTURE WITH COSINE-SHAPED GROOVES
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作者 Lu Zhigang Wei Yanyu Gong Yubin Wu Zhoumiao Wang Wenxiang 《Journal of Electronics(China)》 2007年第3期384-389,共6页
This paper focuses on a new rectangular waveguide grating Slow-Wave Structure (SWS) with cosine-shaped grooves and studies the propagation characteristics of the wave in the SWS. By using the approximate field-matchin... This paper focuses on a new rectangular waveguide grating Slow-Wave Structure (SWS) with cosine-shaped grooves and studies the propagation characteristics of the wave in the SWS. By using the approximate field-matching conditions,the dispersion equation and the coupling impedance of this circuit are obtained. The dispersion curves and coupling impedances of the fundamental wave are calculated and the influences of the various geometrical dimensions are discussed. The results show that the bandwidth of the cosine-shaped groove SWS is much wider than that of rectangular-shaped groove one. And reducing the groove width can broaden the frequency-band and decrease the phase-velocity,while increment of the groove-depth can also decrease phase-velocity. For above cases,the coupling impedance is more than 16Ω. The present analysis will be helpful on further study and design of the RF systems used in millimeter wave Traveling Wave Tube (TWT). 展开更多
关键词 Traveling Wave Tub (TWT) Rectangular waveguide grating Cosine-shaped groove Dispersion equation Coupling impedance
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Disinfection byproducts in chlorinated or brominated swimming pools and spas: Role of brominated DBPs and association with mutagenicity
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作者 Hannah K.Liberatore Eric J.Daiber +3 位作者 Sridevi A.Ravuri Judith E.Schmid Susan D.Richardson David M.DeMarini 《Journal of Environmental Sciences》 SCIE EI CAS CSCD 2022年第7期253-263,共11页
Although the health benefits of swimming are well-documented, health effects such as asthma and bladder cancer are linked to disinfection by-products(DBPs) in pool water. DBPs are formed from the reaction of disinfect... Although the health benefits of swimming are well-documented, health effects such as asthma and bladder cancer are linked to disinfection by-products(DBPs) in pool water. DBPs are formed from the reaction of disinfectants such as chlorine(Cl) or bromine(Br) with organics in the water. Our previous study(Daiber et al., Environ. Sci. Technol. 50, 6652;2016) found correlations between the concentrations of classes of DBPs and the mutagenic potencies of waters from chlorinated or brominated swimming pools and spas. We extended this study by identifying significantly different concentrations of 21 individual DBPs in brominated or chlorinated pool and spa waters as well as identifying which DBPs and additional DBP classes were most associated with the mutagenicity of these waters. Using data from our previous study, we found that among 21 DBPs analyzed in 21 pool and spa waters, the concentration of bromoacetic acid was significantly higher in Brwaters versus Cl-waters, whereas the concentration of trichloroacetic acid was significantly higher in Cl-waters. Five Br-DBPs(tribromomethane, dibromochloroacetic acid, dibromoacetonitrile, bromoacetic acid, and tribromoacetic acid) had significantly higher concentrations in Br-spa versus Cl-spa waters. Cl-pools had significantly higher concentrations of ClDBPs(trichloroacetaldehyde, trichloromethane, dichloroacetic acid, and chloroacetic acid), whereas Br-pools had significantly higher concentrations of Br-DBPs(tribromomethane, dibromoacetic acid, dibromoacetonitrile, and tribromoacetic acid). The concentrations of the sum of all 4 trihalomethanes, all 11 Br-DBPs, and all 5 nitrogen-containing DBPs were each significantly higher in brominated than in chlorinated pools and spas. The 8 Br-DBPs were the only DBPs whose individual concentrations were significantly correlated with the mutagenic potencies of the pool and spa waters. These results, along with those from our earlier study, highlight the importance of Br-DBPs in the mutagenicity of these recreational waters. 展开更多
关键词 Swimming pools Hot tubs MUTAGENICITY Disinfection byproducts Spas
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On the Mean Exit Time for Compact Symmetric Spaces
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作者 X. GUAL-ARNAU R. MASó 《Acta Mathematica Sinica,English Series》 SCIE CSCD 2005年第3期555-562,共8页
Given a compact symmetric space, M, we obtain the mean exit time function from a principal orbit, for a Brownian particle starting and moving in a generalized ball whose boundary is the principal orbit. We also obtain... Given a compact symmetric space, M, we obtain the mean exit time function from a principal orbit, for a Brownian particle starting and moving in a generalized ball whose boundary is the principal orbit. We also obtain the mean exit time flmction of a tube of radius r around special totally geodesic submanifolds P of M. Finally we give a comparison result for the mean exit time function of tubes around submanifolds in Riemannian manifolds, using these totally geodesic submanifolds in compact symmetric spaces as a model. 展开更多
关键词 Compact symmetric space Mean exit time Generalized sphere tubs Comparison theorem
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