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SecReT6 update:a comprehensive resource of bacterial TypeⅥSecretion Systems 被引量:3
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作者 Jianfeng Zhang Jiahao Guan +7 位作者 Meng Wang Gang Li Marko Djordjevic Cui Tai Hui Wang Zixin Deng Zhaoyan Chen Hong-Yu Ou 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS CSCD 2023年第3期626-634,共9页
TypeⅥSecretion System(T6SS)plays significant roles in microbial activities via injecting effectors into adjacent cells or environments.T6SS increasingly gained attention due to its important influence on pathogenesis... TypeⅥSecretion System(T6SS)plays significant roles in microbial activities via injecting effectors into adjacent cells or environments.T6SS increasingly gained attention due to its important influence on pathogenesis,microbial competition,etc.T6SS-associated research is explosively expanding on numerous grounds that call for an efficient resource.The SecReT6 version3 provides comprehensive information on T6SS and the interactions between T6SS and T6SS-related proteins such as T6SS regulators and T6SS effectors.To assist T6SS researches like microbial competition and regulatory mechanisms,SecReT6 v3developed online tools for detection and analysis of T6SS and T6SS-related proteins and estimation of T6SS-dependent killing risk.We have identified a novel T6SS regulator and T6SS-dependent killing capacity in Acinetobacter baumannii clinical isolates with the aid of SecReT6 v3.17,212 T6SSs and plentiful T6SS-related proteins in 26,573 bacterial complete genomes were also detected,analyzed and incorporated into the database.The database is freely available at https://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/SecReT6/. 展开更多
关键词 typeⅵSecretion System T6SS-related protein DATABASE prediction Acinetobacter baumannii
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3D打印技术辅助内外侧锁定钢板内固定治疗胫骨平台SchatzkerⅥ型骨折的疗效分析 被引量:5
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作者 胡浩 曹开学 +4 位作者 黄攀 黄传文 万玲玲 易利艳 浦飞飞 《生物骨科材料与临床研究》 CAS 2022年第3期38-41,共4页
目的分析3D打印技术辅助内外侧锁定钢板内固定治疗胫骨平台SchatzkerⅥ型骨折的临床效果。方法随机性选取武汉市江夏区第一人民医院骨科2018年6月至2020年6月40例胫骨平台SchatzkerⅥ型骨折患者,随机分成2组,每组各20例。其中,对照组患... 目的分析3D打印技术辅助内外侧锁定钢板内固定治疗胫骨平台SchatzkerⅥ型骨折的临床效果。方法随机性选取武汉市江夏区第一人民医院骨科2018年6月至2020年6月40例胫骨平台SchatzkerⅥ型骨折患者,随机分成2组,每组各20例。其中,对照组患者进行内外侧锁定钢板内固定治疗,实验组患者采用3D打印技术辅助内外侧锁定钢板内固定治疗。观测两组患者的手术时间、术中出血量、透视次数、术后伤口感染、Rasmussen解剖部位评分及功能评分。结果与对照组比较,实验组患者的手术时间显著缩短,术中出血量和透视次数明显减少。但是两组患者术后6个月解剖部位评分和功能评分的优良率均无显著差异。结论3D打印技术辅助内外侧锁定钢板内固定治疗胫骨平台SchatzkerⅥ型骨折可缩短手术时间,减少术中出血量和透视次数,值得临床推荐。 展开更多
关键词 3D打印 胫骨平台骨折 锁定加压钢板 Schatzker
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双钢板固定结合植骨治疗Schatzker Ⅴ、Ⅵ型胫骨平台骨折的临床效果分析 被引量:6
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作者 杨洪佳 魏刚 +1 位作者 郭飞 于洪涧 《当代医学》 2019年第4期118-120,共3页
目的探索双钢板固定结合植骨治疗SchatzkerⅤ、Ⅵ型胫骨平台骨折的临床效果。方法选取2015年5月至2017年5月期间本院SchatzkerⅤ、Ⅵ型胫骨平台骨折40例患者(实施信封随机分组模式),对照组的20例患者进行单侧解剖钢板固定治疗,观察组的2... 目的探索双钢板固定结合植骨治疗SchatzkerⅤ、Ⅵ型胫骨平台骨折的临床效果。方法选取2015年5月至2017年5月期间本院SchatzkerⅤ、Ⅵ型胫骨平台骨折40例患者(实施信封随机分组模式),对照组的20例患者进行单侧解剖钢板固定治疗,观察组的20例患者进行双钢板固定结合植骨治疗。结果观察组患者的心理功能(97.16±1.22)分、躯体功能(98.38±1.62)分、物质生活(97.63±1.15)分、社会功能(96.85±1.22)分、并发症发生率(5.00%)、优良率(95.00%)、肛门排气时间(1.33±0.52)d、下床活动时间(16.85±1.42)d、骨折愈合时间(42.69±2.33)d、治疗后15天HSS评分(84.15±2.33)分、治疗后30天HSS评分(97.41±1.24)分、治疗后2天VAS评分(2.12±0.52)分、治疗后4天VAS评分(0.42±0.35)分均优于对照组(P<0.05)。结论对SchatzkerⅤ、Ⅵ型胫骨平台骨折患者实施双钢板固定结合植骨治疗效果显著。 展开更多
关键词 双钢板固定 植骨 SchatzkerⅤ 胫骨平台骨折
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掌骨嫁接结合软组织重建术在Wassel Ⅵ型复拇畸形整复中的应用 被引量:2
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作者 黄垂名 《中国美容医学》 CAS 2020年第8期75-77,共3页
目的:探讨掌骨嫁接结合软组织重建术在WasselⅥ型复拇畸形整复中的应用效果。方法:以2014年1月-2018年12月笔者医院收治的20例(20拇)WasselⅥ型复拇畸形患儿为研究对象,均施掌骨嫁接结合软组织重建术,术后至少随访12个月。采用体格检查... 目的:探讨掌骨嫁接结合软组织重建术在WasselⅥ型复拇畸形整复中的应用效果。方法:以2014年1月-2018年12月笔者医院收治的20例(20拇)WasselⅥ型复拇畸形患儿为研究对象,均施掌骨嫁接结合软组织重建术,术后至少随访12个月。采用体格检查、X线及日本手外科协会(Japanese Society for Surgery of the Hand,JSSH)评分表对患儿重建拇指的外观、功能及稳定性进行评估。结果:20例患儿术后均获得完整随访,随访时间15~42(32.16±8.33)个月,截骨端均在术后6周得到理想愈合;掌骨长度占健侧的比例为(90.54±2.13)%,2例患儿出现10°的指间关节主动伸直功能受限,2例患儿出现17°的掌指关节桡偏;末次随访时的JSSH评分为(20.08±0.40)分,优15例,良5例,优良率为100%。结论:掌骨嫁接结合软组织重建术在WasselⅥ型复拇畸形整复中具有理想的手术效果,可以作为该类复拇畸形的术式选择。 展开更多
关键词 复拇畸形 Wassel 掌骨嫁接 软组织重建 畸形修复 整形外科
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A Fur-regulated type Ⅵ secretion system contributes to oxidative stress resistance and virulence in Yersinia pseudotuberculosis
5
作者 Yuxin Zuo Changfu Li +7 位作者 Danyang Yu Kenan Wang Yuqi Liu Zhiyan Wei Yantao Yang Yao Wang Xihui Shen Lingfang Zhu 《Stress Biology》 2023年第1期20-34,共15页
The type Ⅵ secretion system(T6SS)is a widespread protein secretion apparatus deployed by many Gram-negative bacterial species to interact with competitor bacteria,host organisms,and the environment.Yersinia pseudotub... The type Ⅵ secretion system(T6SS)is a widespread protein secretion apparatus deployed by many Gram-negative bacterial species to interact with competitor bacteria,host organisms,and the environment.Yersinia pseudotuber-culosis T6SS4 was recently reported to be involved in manganese acquisition;however,the underlying regulatory mechanism still remains unclear.In this study,we discovered that T6SS4 is regulated by ferric uptake regulator(Fur)in response to manganese ions(Mn^(2+)),and this negative regulation of Fur was proceeded by specifically recogniz-ing the promoter region of T6SS4 in Y.pseudotuberculosis.Furthermore,T6SS4 is induced by low Mn^(2+)and oxidative stress conditions via Fur,acting as a Mn^(2+)-responsive transcriptional regulator to maintain intracellular manganese homeostasis,which plays important role in the transport of Mn^(2+)for survival under oxidative stress.Our results pro-vide evidence that T6SS4 can enhance the oxidative stress resistance and virulence for Y.pseudotuberculosis.This study provides new insights into the regulation of T6SS4 via the Mn^(2+)-dependent transcriptional regulator Fur,and expands our knowledge of the regulatory mechanisms and functions of T6SS from Y.pseudotuberculosis. 展开更多
关键词 typeⅵsecretion system FUR MANGANESE Oxidative stress VIRULENCE
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肉瘤组织中COL6A 1基因的表达水平及其意义
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作者 胡伟全 赵琴飞 +2 位作者 朱龙玉 胡素萍 陈芳芳 《精准医学杂志》 2023年第6期525-529,共5页
目的基于生物信息学方法分析和探讨肉瘤组织中COL6A 1基因的表达水平及其意义。方法首先使用GEO数据库下载GSE16088、GSE21122和GSE49972数据集并分析COL6A 1~3基因的表达水平。通过Kaplan-Meier生存曲线分析COL6A 1~3基因的表达水平对... 目的基于生物信息学方法分析和探讨肉瘤组织中COL6A 1基因的表达水平及其意义。方法首先使用GEO数据库下载GSE16088、GSE21122和GSE49972数据集并分析COL6A 1~3基因的表达水平。通过Kaplan-Meier生存曲线分析COL6A 1~3基因的表达水平对肉瘤患者预后的影响。采用GSVA包对肉瘤组织当中COL6A 1基因的表达水平与免疫细胞浸润的相关性进行Spearman分析。采用LinkedOmics数据库分析与COL6A 1共表达的基因,R软件的ggstatsplot包分析COL6A 1和COL6A 2基因的相关性。使用R软件的ClusterProfiler包对COL6A 1共表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。采用GSEA分析肉瘤组织中COL6A 1共表达基因的激酶、miRNA及转录因子靶标。结果与正常组织相比,COL6A 1基因在骨肉瘤、软组织肉瘤和肾透明细胞肉瘤等组织中的表达水平均显著升高。生存分析显示COL6A 1基因的高表达与较差的总体生存率和疾病特异生存率有关(χ^(2)=6.37、4.57,P<0.05)。免疫细胞浸润分析显示COL6A 1基因与中性粒细胞浸润水平之间存在显著正相关(r=0.280,P<0.05)。共表达分析结果显示与COL6A 1表达水平显著正相关的基因有2444个,与COL6A 1表达水平显著负相关的基因3711个(FDR<0.05)。相关性分析显示COL6A 1和COL6A 2基因之间存在显著正相关(r=0.830,P<0.05)。GO功能富集分析结果显示肉瘤组织中COL6A 1共表达基因主要参与免疫细胞浸润等生物学过程。GSEA分析结果显示与COL6A 1共表达基因相互作用的5个最重要的激酶靶标是PRKCA、SRC、LYN、PRKAA1和PAK1;重要的miRNA靶标是miR-506、miR-200B、miR-200C、miR-429和miR-330;重要转录因子靶标是V$ETS2_B、V$AP1_C、V$PU1_Q6、V$RORA1_01和V$AP1_Q2。结论COL6A 1基因在肉瘤组织中显著高表达,其高表达与肉瘤患者的不良预后密切相关。COL6A 1基因有可能作为肉瘤的一个有价值的预后指标和潜在的治疗靶点。 展开更多
关键词 肉瘤 胶原 基因表达 生物标记 数据库 遗传学 计算生物学 预后 肿瘤浸润
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m^(6)A修饰调控的COL6A5对肺腺癌细胞侵袭能力的影响
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作者 王馨 黄嘉星 +3 位作者 潘辉林 冯正富 汤锐明 邱惠思 《天津医药》 CAS 北大核心 2021年第12期1255-1260,共6页
目的明确6型胶原蛋白α5(COL6A5)在肺腺癌中的表达及意义。方法通过在线数据库及实时荧光定量PCR(qPCR)法检测COL6A5在肺腺癌细胞和组织中的表达。采用GEPIA数据库分析COL6A5的表达量与肺腺癌患者预后的相关性。生物信息学预测结合RNA... 目的明确6型胶原蛋白α5(COL6A5)在肺腺癌中的表达及意义。方法通过在线数据库及实时荧光定量PCR(qPCR)法检测COL6A5在肺腺癌细胞和组织中的表达。采用GEPIA数据库分析COL6A5的表达量与肺腺癌患者预后的相关性。生物信息学预测结合RNA甲基化免疫沉淀-实时荧光定量PCR(MeRIP-qPCR)实验检测COL6A5转录本上的m^(6)A位点。qPCR法检测RNA去甲基酶ALKBH5在肺腺癌组织中的表达量,并分析ALKBH5与COL6A5在27例肺腺癌组织中表达的相关性。qPCR和Western blot检测ALKBH5对COL6A5的抑制作用。生物信息学预测结合Transwell实验和Western blot验证COL6A5在肺腺癌中的作用。结果在线数据库Oncomine分析显示,COL6A5在肺癌中低表达,GEPIA数据库分析显示肺腺癌组织中COL6A5 m RNA表达水平显著低于正常组织(P<0.05)。qPCR结果显示,COL6A5 mRNA在27例肺腺癌组织中的表达量低于癌旁组织;与正常肺上皮细胞相比,COL6A5 mRNA在肺腺癌细胞中的表达量明显受到抑制(P<0.05)。生物信息学预测结合MeRIP-qPCR实验证实,COL6A5 mRNA上存在m^(6)A位点。肺腺癌组织中ALKBH5 mRNA的表达水平高于癌旁正常组织,且与COL6A5 m RNA表达呈负相关(r=-0.599,P<0.01)。在H1299细胞中敲低ALKBH5,可显著上调COL6A5的表达。分析与COL6A5共表达的基因,结果显示COL6A5可能参与调控肺腺癌细胞上皮间质转换、止血和细胞表面相互作用等生命活动。Transwell和Western blot证实,过表达COL6A5可显著抑制H1299细胞的侵袭转移能力。结论 ALKBH5在肺腺癌中下调COL6A5,过表达COL6A5可明显抑制肺腺癌细胞的侵袭转移能力。 展开更多
关键词 肺肿瘤 腺癌 肿瘤侵润 胶原 AlkB同源蛋白5 RNA脱甲基酶 计算生物学 6型胶原蛋白α5 m^(6)A
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Bethlem肌病一家系临床表型及基因突变分析
8
作者 张琼哲 吴世陶 +3 位作者 崔明 张敏 石伟伟 刘恒方 《中国实用神经疾病杂志》 2021年第5期402-407,共6页
目的分析Bethlem肌病临床表型和基因突变特点。方法报道一家系3例女性患者临床表型、肌电图、肌肉活检、肌肉病理学和基因检测结果,并结合相关文献进行分析。结果先证者于13岁发病,以进行性四肢近端无力为主要临床表现。血清学肌酸激酶... 目的分析Bethlem肌病临床表型和基因突变特点。方法报道一家系3例女性患者临床表型、肌电图、肌肉活检、肌肉病理学和基因检测结果,并结合相关文献进行分析。结果先证者于13岁发病,以进行性四肢近端无力为主要临床表现。血清学肌酸激酶水平显著升高,肌电图呈肌源性损害,肌肉病理学显示骨骼肌局灶坏死等非特异性肌源性损害。基因检测显示,先证者及其母、其妹存在相同基因突变,即COL6A3基因错义突变c.4270C>T。结论该家系Bethlem肌病患者为COL6A3基因突变致病,临床通过基因测序手段可提高诊断率,有助于产前诊断,减少遗传病发生率。 展开更多
关键词 遗传性疾病 Bethlem肌病 临床表现 Ⅳ型胶原蛋白 COL6A3基因
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软骨细胞周基质及其参与力学信号转导的研究进展 被引量:1
9
作者 杨峥 何乐人 《医学综述》 CAS 2021年第6期1090-1095,共6页
软骨细胞周基质(PCM)是软骨细胞外围环形的基质条带,与软骨细胞共同形成软骨单位,其组成和功能与邻近的细胞外基质有明显差别。Ⅵ型胶原和以基底膜蛋白多糖为代表的蛋白聚糖参与构成PCM,这些主要成分在空间上的差异性分布是PCM稳定结构... 软骨细胞周基质(PCM)是软骨细胞外围环形的基质条带,与软骨细胞共同形成软骨单位,其组成和功能与邻近的细胞外基质有明显差别。Ⅵ型胶原和以基底膜蛋白多糖为代表的蛋白聚糖参与构成PCM,这些主要成分在空间上的差异性分布是PCM稳定结构和力学特性的基础,为软骨标记、评价和检测提供了更多选择。作为细胞和基质之间结构和功能的桥梁,PCM是生物信号的过滤器和传感器,其结构的特异性在细胞-基质生物力学信号转导中的作用逐渐被认识,这对于软骨相关疾病的研究和软骨再生领域的发展有着积极的推动作用。 展开更多
关键词 软骨细胞 细胞周基质 型胶原 基底膜蛋白多糖 信号转导
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一例糖原累积病Ⅵ型患儿的PYGL基因变异分析
10
作者 郑玉灿 孔桂萍 +2 位作者 胡国瑞 郑必霞 李玫 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2022年第2期209-212,共4页
目的分析1例糖原累积病Ⅵ型(glycogen storage disease typeⅥ,GSD-Ⅵ)患儿的临床特征和基因变异情况,明确其致病原因。方法收集1例GSD-Ⅵ患儿的临床资料,采集患儿及其父母外周血提取基因组DNA,应用全外显子测序对患者进行基因检测,对... 目的分析1例糖原累积病Ⅵ型(glycogen storage disease typeⅥ,GSD-Ⅵ)患儿的临床特征和基因变异情况,明确其致病原因。方法收集1例GSD-Ⅵ患儿的临床资料,采集患儿及其父母外周血提取基因组DNA,应用全外显子测序对患者进行基因检测,对疑似变异进行Sanger测序验证并行生物信息学分析。结果患儿表现为空腹低血糖、肝大、生长迟缓、转氨酶增高、代谢性酸中毒、高乳酸,肝穿刺病理提示糖原累积病。基因测序提示患儿PYGL基因存在c.2089A>G(p・Asn697Asp)和c.158_160delACT(p.Tyr53del)复合杂合变异。Sanger测序验证提示患儿母亲存在c.2089A>G杂合变异,患儿父亲存在c.158_160delACT杂合变异。这两种变异均为罕见的变异,既往未见报道,其位点高度保守且Provean、MutationTaster预测为有害。结论PYGL基因复合杂合变异(c.2089A>G/c.158_160delACT)为患儿的致病原因。新变异位点的检出丰富了PYGL基因的变异谱,为该家系的遗传咨询提供了依据。 展开更多
关键词 糖原累积病 PYGL基因 全外显子测序
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一种新的指端移植皮瓣设计方法在Wassel Ⅵ型复拇指畸形治疗中的应用 被引量:3
11
作者 陈敏建 宋湧 +1 位作者 汪怡 陈白烨 《中国美容整形外科杂志》 CAS 2021年第11期678-681,共4页
目的介绍一种可以应用于WasselⅥ型多指畸形指端移植手术的皮瓣设计方法。方法自2015年1月至2019年10月,福建医科大学附属福建省妇幼保健院整形外科共实施手术3例。术中在桡侧拇指桡侧面设计舌型皮瓣并在尺侧指设计对应的切口,以尺侧指... 目的介绍一种可以应用于WasselⅥ型多指畸形指端移植手术的皮瓣设计方法。方法自2015年1月至2019年10月,福建医科大学附属福建省妇幼保健院整形外科共实施手术3例。术中在桡侧拇指桡侧面设计舌型皮瓣并在尺侧指设计对应的切口,以尺侧指动脉供应指远端指节及近节指骨远端的血运,通过骨断端对合,克氏针固定,并辅以肌腱转移,从而重建新的拇指。术后4~6周拔出克氏针后患儿进行主被动功能锻炼。结果 3例患儿均获12~24个月(平均16.67个月)的随访,取得良好的效果,拇指的稳定性、活动度均接近健侧。患儿父母对术后的功能及外观均表示满意。结论新的设计方法可以为Wassel Ⅵ型多指畸形在指端移植手术提供一种新的思路,但仍需更长时间的随访来验证最后的结果。 展开更多
关键词 多指畸形 指端移植 Wassel 皮瓣设计
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