哈茨木霉UBc基因的克隆及表达

筛选哈茨木霉的cDNA文库,克隆到泛素结合酶基因的cDNA全长序列,并对其进行生物信息学分析,该序列的长度为951 bp,包含一个455 bp的完整开放阅读框,编码157个氨基酸,其理论分子量为17.64ku.在氨基酸水平上,具有较高的保守性.以克隆载体pBK5313为模板,设计含有XhoI和BamH I酶切位点的引物,成功地获得包含完整阅读框的目的基因;将目的基因连接到表达载体pET28上,构建出含有泛素结合酶基因的重组子pET28-UBc,转化到大肠杆菌BL21(DE3)菌株中,成功地获得了大量的大肠杆菌转化子.通过对大肠杆菌转化子菌落PCR检验、质粒双酶切鉴定及测序分析,证实了成功转化.通过IPTG诱导,优化了泛素结合酶原核表达的条件,最佳诱导时间为4 h,诱导剂浓度对蛋白表达量影响不大.本研究为进一步研究哈茨木霉的生物防治作用机制,诠释蛋白质代谢途径提供基本技术支持.

蒺藜苜蓿UBC基因家族鉴定与分析

本研究以蒺藜苜蓿(Medicago truncatula L.)基因组数据为基础,鉴定了蒺藜苜蓿UBC基因家族成员,并对鉴定的成员做了相应的生物信息学分析。用hmmsearch对蒺藜苜蓿蛋白质序列搜索,剔除重复序列,并经SMART、CDD及Pfam数据库确认,最终得到 45个含有UBC结构域的基因家族成员。利用Bioperl计算了蛋白质等电点及分子量等参数,结果显示分子量最大的是KEH44371,121575.1;等电点最大的是KEH21093,9.71;基因家族成员蛋白长度在79aa~1104aa之间。用MEGA进行系统进化分析,该家族被分为4个亚家族。利用MEME搜索了蛋白质基序(motif),结果表明每个蛋白都包含UBC结构域的保守基序。GSDS网站绘制了基因结构图,标示了每个基因的外显子及内含子等位置。根据表达分析,冷处理下该家族大多数成员基因表达对冷胁迫有应答。文章的研究结果将为进一步通过功能分析,为研究该家族成员在冷胁迫应激中的作用及实际应用奠定基础。

大黄鱼ubc9基因的克隆和组织表达

类泛素化(sumoylation)是一种重要的转录后修饰过程。激活的SUMO(small ubiquitin-related modifer)和E2结合酶结合稳定后共价结合到底物上,从而完成对底物的类泛素化。UBC9(ubiquitin-conjugating enzyme)作为惟一的E2结合酶,在完成类泛素化中起着重要作用。从已构建的大黄鱼性腺线性化cDNA文库中筛选出ubc9同源片段,用SMART-RACE方法克隆得到了846bp的全长cDNA序列。该序列编码一个由158个氨基酸组成的蛋白。该蛋白序列与已知的UBC9高度同源,含UBC保守结构域和UBC9激活位点区域。实时定量PCR分析ubc9基因在各组织器官的表达,结果发现,ubc9基因在大黄鱼的性腺中大量表达。推测UBC9在大黄鱼性腺发育中起重要的生物学作用。

白念珠菌SUMO结合酶UBC9基因缺失株的构建及其在形态调控中的作用研究

目的构建白念珠菌UBC9基因缺失株,探索UBC9基因缺失对细胞形态转换和生物被膜形成的影响。方法采用瞬时CRISPR/Cas9基因敲除系统,分别于体外扩增Cas9基因、sgRNA以及修复DNA,通过醋酸锂法转化白念珠菌野生型菌株SN148,于SD-His选择培养基筛选转化子,通过菌落PCR验证基因型,构建UBC9双等位基因缺失株。分别检测UBC9缺失株在液体培养基中的细胞形态、固体YPD平板上的菌落形态和浸入生长情况以及生物被膜形成能力。结果PCR检测发现UBC9双等位基因缺失株中能扩出约2.8 kb的单一条带,UBC9基因缺失导致液体培养基中细胞伸长主要以菌丝态形式存在,固体培养基上菌落表面粗糙且深入到培养基内呈典型的浸入生长,并且生物被膜形成能力显著增高(A值为10.31,约为野生型的10.3倍)。结论利用CRISPR/Cas9系统快速构建了白念珠菌UBC9纯合子缺失株,且证明UBC9参与细胞的形态调控和生物被膜形成。

Pmscv-Ubc9逆转录病毒表达载体的构建及产毒细胞系的建立(英文)

目的:构建含Ubc9的逆转录病毒表达载体,筛选建立携带该基因的高滴度产毒细胞系,深入研究SUMO化修饰的作用。方法:聚合酶链反应(PCR)扩增获取目的基因Ubc9,定向插入逆转录病毒表达载体pMSCVneo,形成重组质粒pMSCV-Ubc9;脂质体法将pMSCV-Ubc9转染逆转录病毒包装细胞PT67;G418筛选产毒细胞克隆,扩大培养产毒细胞克隆,收获病毒感染NIH3T3细胞。结果:限制性酶切和测序鉴定证实Ubc9正确插入逆转录病毒表达载体。G418筛选获得稳定产毒的抗性细胞克隆,收获病毒能有效感染NIH3T3细胞。结论:携带Ubc9基因的重组逆转录病毒表达载体pMSCV-Ubc9构建成功,转染PT67细胞后包装出重组逆转录病毒,进而筛选获得了能转录表达Ubc9的产毒细胞系PT67-Ubc9。