人巨细胞病毒UL140基因在临床低传代分离株中的多态性研究

目的 研究人巨细胞病毒HCMV UL14 0基因在临床低传代分离株中的多态性及其与致病性的关系。方法 对 4 0株HCMV临床低传代分离株进行UL14 0基因全序列的PCR扩增 ,对 12株进行了测序及结果分析。结果 4 0株HCMV UL14 0基因PCR扩增均阳性。测序的 12株HCMV UL14 0开放阅读框架 (ORF)均在Toledo株UL14 0 ORF的第 174位核苷酸处 ,插入一个胞嘧啶核苷酸C ,造成移码突变。与Toledo株相比 ,临床分离株新增了ScAMP磷酸化SPS和酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化CKP两种重要功能位点 ,且其所位于的氨基酸位点可能是UL14 0蛋白的蛋白质作用位点。结论 临床分离株UL14 0基因的ORF较Toledo株多出 2 31个核苷酸 ,故两者的核苷酸及其编码产物氨基酸序列明显不同。临床分离株存在SPS及CKP两种新的重要功能位点 ,可能在HCMV UL14 0编码蛋白的生物学功能方面起重要作用。

人巨细胞病毒临床低传代病毒株D2的UL140基因B细胞表位生物信息学特征

目的探讨广东省妇幼保健院分离鉴定的人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代病毒株D2(以下简称为HCMV D2)的UL140基因B细胞表位的生物信息学特征。方法采用2016年3月至2017年3月,于广东省妇幼保健院新生儿科确诊感染HCMV的10例新生儿新鲜尿液标本中,分离鉴定的HCMV D2为研究材料。采用生物信息学方法,包括隐马尔可夫模型(TMHMM)预测HCMV D2 UL140基因跨膜结构,ExPASy在线序列分析平台预测基因的亲水性、表面可及性、极性、柔韧性及抗原性参数,以及GOR(Garnier-Osguthorpe-Robson)、人工神经网络预测法(HNN)、改进型自我优化预测结构(SOPMA)预测UL140基因二级结构。综合分析上述预测结果,并计算UL140基因的氨基酸残基抗原指数(AI),总结UL140基因B细胞表位的生物信息学特征。结果来自广东省妇幼保健院感染HCMV新生儿的HCMV D2 UL140基因的氨基酸包含191个氨基酸残基,相对分子质量为21.5×103,等电点为5.12。UL140基因B细胞表位的生物信息学特征包括:(1)TMHMM预测UL140基因存在1个跨膜区域,为26-48aa,细胞外区域为1-25aa。(2)ExPASy在线序列分析平台预测UL140基因的亲水性位于14-22、66-72、76-95、113-125、136-148、55-160、167-176aa;表面可及性位于5-22、50-60、64-96、132-160、167-187aa;极性位于5-22、45-98、103-128、132-187aa;柔韧性位于16-26、75-100、104-113、136-160aa;抗原性位于9-18、53-58、82-88、115-124、136-146、164-187aa。(3)UL140基因二级结构预测结果为,无规则卷及β-转角主要位于1-8、13-25、79-95、103-113、153-159aa。(4)计算UL140基因氨基酸残基的AI较高区域的结果显示,5-10、14-22aa区域的AI较高。结论 HCMV D2 UL140基因B细胞表位,可能位于的区域为5-10、14-22aa或其附近。