人巨细胞病毒UL147基因在婴儿巨细胞病毒肝炎临床株中的多态性

目的:探讨人巨细胞病毒(human cytomegalov-irus,HCMV)UL147基因在婴儿巨细胞病毒肝炎临床株中的多态性及其与致病性之间的关系.方法:对25株经荧光定量PCR方法检测HCMVDNA为阳性的临床株的尿液上清液进行HCMVUL147全序列PCR扩增,并对PCR扩增产物进行序列测定及分析.结果:25株临床株扩增阳性产物进行HCMVUL147全序列PCR扩增,结果有19株PCR扩增阳性;与HCMVToled株进行序列比较分析,所有UL147开放读码框架(open-reading-fraem,ORF)长度在477-480bp,序列呈现较高多态性,UL147基因变异率为2.7%-10.9%;氨基酸变异集中在30-40氨基酸位点,变异率为4.3%-8.75%;所有研究标本中没有序列与Toledo完全一致.序列差异多位于序列的5'端,巨细胞病毒肝炎患儿和无症状患儿之间的UL147基因DNA序列是一致的.NCBIPROS数据库预测UL147编码蛋白功能区显示几乎所有的UL147序列中都存在1个CKP和1个PKC位点.结论:巨细胞病毒肝炎患儿临床株中的HCMVUL147基因序列呈现高度多态性.UL147基因多态性与其对肝脏损害的程度无关.

人类巨细胞病毒UL147基因在临床低传代分离株中的多态性

目的:探讨人类巨细胞病毒(HCMV)UL147序列在临床患儿低传代分离株中的多态性及其与临床疾病的关系.方法:对23株HCMV临床低传代分离株及2例同年龄组健康儿尿液HCMV-DNA采用PCR方法检测,阳性健康儿尿液进行HCMV-UL147基因全序列测定及分析.结果:25株分离株147ORF长度为464-480bp,序列呈现较高的多态性,所有研究的标本中没有序列与Toledo完全一致.序列差异多位于序列的5'端,二级结构预测表现为2种类型,在重要的蛋白质功能区氨基酸序列高度保守.未发现黄疸、小头畸形、先天性巨结肠等不同疾病类型的序列之间的差异.结论:UL147基因可能在HCMV致病中起一定的作用.

广州地区人巨细胞病毒临床低传代病毒株D3的UL147基因B细胞抗原表位的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法分析广州地区人巨细胞病毒(human cytomegalovirus,HCMV)临床低传代病毒株D3的UL147基因B细胞抗原表位。方法应用生物信息学方法:用TMHMM预测跨膜区域,用改进型自我优化预测结构(SOPMA)、Garnier-Osguthorpe-Robson(GOR)法、人工神经网络预测法(HNN)预测二级结构,用Hopp&Woods亲水性方案、Janin可及性方案、Welling抗原性方案等参数预测UL147基因抗原表位。结果临床低传代HCMV病毒株D3的UL147基因包含159个氨基酸残基,等电点为9.56;UL147存在一个跨膜区域,为20~42aa区域,胞外区域为1~19aa区域;无规则卷及β-转角区域主要位于12~17、22~28、31~48、99~109、130~145aa区域;亲水性位于15~39、101~111、135~143aa区域;可及性位于14~45、103~124、131~143aa区域;抗原性位于9~14、63~70、108~116aa区域。结论临床低传代HCMV病毒株UL147基因抗原表位可能位于7~12aa区域或其附近。