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牛病毒性腹泻/黏膜病病毒荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:4
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作者 张康 郭志廷 +7 位作者 仇正英 张景艳 王磊 张凯 王贵波 梁芬芬 马倩 李建喜 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期1042-1047,共6页
【目的】设计一种能够快速检测出牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus, BVDV)的方法。【方法】依据GenBank公布的BVDV 5′UTR基因属于特异性保守区域的前提,构建具有特异性的探针和引物,以体外转录病毒RNA作为绝对定量标准品... 【目的】设计一种能够快速检测出牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus, BVDV)的方法。【方法】依据GenBank公布的BVDV 5′UTR基因属于特异性保守区域的前提,构建具有特异性的探针和引物,以体外转录病毒RNA作为绝对定量标准品。对荧光定量RT-PCR方法的各反应条件进行优化,创建BVDV荧光定量PCR检测方法。【结果】5.026 7 copies·μL^(-1)是此检测方法的最低下限值,该方法拥有良好的重复性,变异系数在组内、组间均<1%。特异性较高,对其他病毒核酸的扩增均为阴性,如猪瘟病毒、口蹄疫病毒等。【结论】建立的BVDV荧光定量PCR方法敏感性高、特异性强、重复性好,为牛病毒性腹泻的早期诊断提供了重要的技术支撑。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 5′utr 实时荧光定量pcr RNA标准品
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两种荧光定量PCR方法检测猪瘟病毒的比较及应用 被引量:7
2
作者 袁雪梅 陈宁 +6 位作者 陈宇 王萍 童超 李得江 万婧 李肖梁 方维焕 《中国动物传染病学报》 CAS 2010年第3期66-72,共7页
根据猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)5端非编码区保守区域,设计猪瘟病毒特异性的引物和探针,建立了基于SYBR Green和TaqMan探针的两种荧光定量PCR检测方法。灵敏性和特异性试验结果表明,两种方法能够特异性地检测出不同型... 根据猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)5端非编码区保守区域,设计猪瘟病毒特异性的引物和探针,建立了基于SYBR Green和TaqMan探针的两种荧光定量PCR检测方法。灵敏性和特异性试验结果表明,两种方法能够特异性地检测出不同型的猪瘟病毒,而对同属的牛病毒性腹泻病病毒以及其它一些主要猪病病原检测结果均为阴性。两种方法对猪瘟病毒C株的检测下限均为101TCID50,均高于常规的套式PCR。用携带该基因片段的重组质粒为模板进行检测,SYBR Green方法的检测下限为3×100copies,比TaqMan探针方法更加灵敏(3×101copies)。应用建立的SYBR Green方法对2009年采集于浙江地区不同猪场的20份病猪样品进行CSFV检测,有8份样品为阳性,与套式PCR方法检测结果一致。进一步应用SYBR Green方法对不同感染阶段细胞内病毒RNA复制水平进行检测,与病毒滴度的结果基本一致。因此,本研究建立的SYBRGreen荧光定量PCR检测方法能够应用于组织和培养细胞中猪瘟病毒的检测。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 5非编码区 荧光定量pcr
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牛病毒性腹泻病毒通用型RT-PCR检测方法的建立 被引量:7
3
作者 郭春娟 吴星星 +5 位作者 王璐 季新成 冉多良 买买提.黑牙斯丁 王克栋 熊浩 《新疆农业大学学报》 CAS 2012年第3期217-221,共5页
为建立一种快速、特异、简便的检测牛病毒粘膜腹泻病病毒Ⅰ、Ⅱ型抗原的通用RT-PCR方法,根据GenBank上已发表的牛病毒性粘膜腹泻病毒(BVDV)Ⅰ、Ⅱ型5’端非编码区保守序列设计合成了两条引物,其中上游引物为兼并引物。应用一步法RT-PCR... 为建立一种快速、特异、简便的检测牛病毒粘膜腹泻病病毒Ⅰ、Ⅱ型抗原的通用RT-PCR方法,根据GenBank上已发表的牛病毒性粘膜腹泻病毒(BVDV)Ⅰ、Ⅱ型5’端非编码区保守序列设计合成了两条引物,其中上游引物为兼并引物。应用一步法RT-PCR技术分别对Ⅰ(Oregon C24V)、Ⅱ型(279)标准株进行扩增,将PCR产物胶回收后连与pMD18-T载体,经PCR、酶切鉴定条带均正确(288bp),测序结果与预期一致。同时设牛疱疹病毒Ⅰ型、牛传染性鼻气管炎、猪瘟病毒、蓝舌病病毒、口蹄疫病毒、MDBK细胞作对照,结果均为阴性;并对新疆各地州的样品进行检测。优化反应条件后,检测其灵敏度为10-1 TCID50/mL。经对400份临床样品检测,阳性检出率为10.75%,明显高于ELISA检测。试验表明,该方法具有特异、灵敏、高效、快速、重复性好等特点,可用于牛病毒粘膜腹泻病的临床检测及流行病学检测。 展开更多
关键词 牛黏膜腹泻病毒 5’-utr 一步法RT-pcr 检测
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缩短5′-UTR序列可以提高hGH基因在昆虫细胞中的表达 被引量:1
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作者 耿朝晖 刘莹 +4 位作者 郜鹏 赵东明 李澍 俞新大 张宝珠 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期505-508,共4页
The regulation of foreign gene expression in Insect-Baculovirus Expression System is very complex. In this report, the effect of 5′-UTR in the expression of hGH gene in cultured Sf9 cells was examined. A 18 bp length... The regulation of foreign gene expression in Insect-Baculovirus Expression System is very complex. In this report, the effect of 5′-UTR in the expression of hGH gene in cultured Sf9 cells was examined. A 18 bp length in the end of 5′-UTR of hGH (human Growth Hormone, hGH) cDNA including a stem-loop structure was deleted by PCR. The truncated hGH cDNA, Δ1hGH was cloned in pFastBac1, named pFast-Bac-Δ1hGH. After transforming into E.coli. DH10Bac, which have a shuttle vetor-Bacmid, the Δ1hGH was integrated into Bacmid by site-specific transposition, and an expression vector, rBacmid-Δ1hGH DNA was acquired. By transfecting the cultured Sf9 cells with the recombinant expression vector DNA, pure recombinant virus, rAcV-Bac-Δ1hGH was obtained, and hGH gene was expressed. Immuno-blot and Chemiluminescent assay revealed that the expressed hGH had normal immunological activity, the ammount of hGH expression level in Sf9 cell supernatant infected with rAcV-Bac-Δ1hGH containing the truncated 5′UTR was four to five times higher than that infected with rAcV-Bac-hGH. 展开更多
关键词 缩短5′-utr序列 hGH基因 昆虫细胞 表达
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转录靶向猪瘟病毒3′-UTRshRNA细胞株干扰猪瘟病毒增殖的检测 被引量:2
5
作者 郭抗抗 徐浩 +5 位作者 张彦明 张为民 冶贵生 熊奎州 谢林红 党如意 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期746-751,共6页
对筛选的转录猪瘟病毒石门株3-′UTR shRNA的PK-15细胞株P-1(114-132位)、P-2(136-154位)和P-3(209-227位)分别接种猪瘟病毒(CSFV),在接毒后第72和96小时用半定量反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测CSFVNS3基因及-βactin基因... 对筛选的转录猪瘟病毒石门株3-′UTR shRNA的PK-15细胞株P-1(114-132位)、P-2(136-154位)和P-3(209-227位)分别接种猪瘟病毒(CSFV),在接毒后第72和96小时用半定量反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测CSFVNS3基因及-βactin基因,以研究构建细胞株在转录水平上对CSFV增殖干扰的效果;接毒后第72、96和148小时以酶联免疫吸附试验(ELISA)方法检测细胞NS3蛋白表达量,通过OD490值分析构建细胞株在病毒蛋白表达水平上对CSFV增殖的影响。检测结果表明:(1)接毒后第72和96小时P-1、P-2和P-3细胞株中NS3基因的量明显减少,与接毒的空白PK-15细胞比较差异显著(P〈0.05),说明P-1、P-2和P-3细胞株转录的shRNA能干扰CSFV RNA的转录;(2)接毒后第72和96小时P-1、P-2、P-3细胞株中NS3蛋白的表达量明显少于接毒的PK-15细胞(P〈0.05),说明转录的shRNA在病毒蛋白水平上能干扰CSFVNS3基因的表达,但接毒后第148小时干扰效果有所降低。 展开更多
关键词 半定量RT-pcr ELISA 猪瘟病毒 3′-utr
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牛病毒性腹泻病毒RT-PCR方法的建立 被引量:3
6
作者 张康 王丹阳 +4 位作者 王旭荣 张凯 张景艳 王磊 李建喜 《中国奶牛》 2018年第10期32-35,共4页
根据GenBank中登录的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′UTR基因序列,设计合成了1对特异性引物,建立了BVDV的RT-PCR检测方法。该方法从BVDV标准毒株NADL中扩增出了279bp的特异性片段,而对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、牛传染性鼻气管炎病... 根据GenBank中登录的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′UTR基因序列,设计合成了1对特异性引物,建立了BVDV的RT-PCR检测方法。该方法从BVDV标准毒株NADL中扩增出了279bp的特异性片段,而对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛轮状病毒、MDBK细胞等的扩增结果均为阴性。经对标准毒株的细胞毒进行检测,其敏感度达10-1×TCID50。提取9份细胞毒总RNA后,进行一步法RT-PCR扩增可获得一致的检测结果,说明该方法重复性很好。应用该方法对45份临床疑似患牛的样品进行检测,结果检出4份阳性,表明该方法具有较好的临床应用性,且检测结果与参考实验室检测结果完全相符,可用于BVDV的快速诊断。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 5′utr基因 一步法RT-pcr 诊断
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健康人外周血中A20基因3'UTR突变与多态性分析 被引量:1
7
作者 周玲玲 朱丽花 +4 位作者 陆帅 陈少华 杨力建 罗更新 李扬秋 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期7-11,共5页
目的:建立检测NF-κB负调控因子A20基因3'非编码区(3'UTR)单核苷酸多态性(SNP)和突变的方法和rs77191406的检测方法.方法:利用PCR扩增99名健康人外周血单个核细胞(PBMCs)DNA的A20基因3'UTR全长片段,并对PCR产物进行核苷酸... 目的:建立检测NF-κB负调控因子A20基因3'非编码区(3'UTR)单核苷酸多态性(SNP)和突变的方法和rs77191406的检测方法.方法:利用PCR扩增99名健康人外周血单个核细胞(PBMCs)DNA的A20基因3'UTR全长片段,并对PCR产物进行核苷酸序列分析.将所测A20 3'UTR序列与Gen Bank中的序列(NM_006290.3)通过BLAST程序对比,检出可能存在的基因突变.利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)检测A20基因SNP rs77191406位点多态性.结果:在A20 3'UTR mRNA 3080位点检测出C>T突变,该突变在基因库中已有作为SNP登记(rs77191406),该SNP在7例(7.07%)健康人样本中检测到,但并未发现其他突变和多态性.成功建立PCR-RFLP检测A20基因SNP(rs77191406)的方法.结论:首次报道中国健康人群中A20基因3'UTR存在rs77191406,其意义有待进一步明确. 展开更多
关键词 A20 3′非编码区 限制性片段长度多态性聚合酶链反应 单核苷酸多态性
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牛病毒性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR方法的建立及应用 被引量:6
8
作者 王荣 李文文 +3 位作者 王研 刘亚刚 余琼 任永刚 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第2期35-39,共5页
持续性感染和免疫耐受是牛病毒性腹泻病的重要特征,这一特征给该病的诊断、检疫及防控造成很大困难,为此,建立快速实用、高效敏感的牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)检测方法具有重要意义。据GenBank中登录的BVDV 5... 持续性感染和免疫耐受是牛病毒性腹泻病的重要特征,这一特征给该病的诊断、检疫及防控造成很大困难,为此,建立快速实用、高效敏感的牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)检测方法具有重要意义。据GenBank中登录的BVDV 5′UTR保守区域设计并合成1对特异性引物,以SYBR GreenⅠ染料为扩增指示剂,建立了BVDV实时荧光定量RT-PCR检测方法。结果表明,该方法具有快速、敏感、特异、重复性好等优点。该方法的建立为牛病毒性腹泻病的早期快速诊断和有效检出持续性感染动物提供了手段,是该病检疫和诊断方法的补充和完善。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 实时荧光定量RT—pcr 5′utr 检测方法
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人和动物SON基因3’非编码区的PCR测序分析 被引量:2
9
作者 邵武 姜先华 +1 位作者 于蛟 赵贺群 《中国法医学杂志》 CSCD 2003年第2期87-89,共3页
目的 研究人和猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠等14种哺乳类动物SON基因3’非编码区(3’UTR)的种属特异性碱基序列差异。方法 对人和上述14种哺乳类的SON基因3’非编码区中的部分种属特异... 目的 研究人和猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠等14种哺乳类动物SON基因3’非编码区(3’UTR)的种属特异性碱基序列差异。方法 对人和上述14种哺乳类的SON基因3’非编码区中的部分种属特异性区域进行PCR测序分析。结果 人有2条扩增片段和14种哺乳类动物各有1条扩增片段的碱基序列;人无关个体和同一种属不同个体动物DNA扩增片段的碱基序列相同,人、猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠DNA的SON基因3’UTR扩增片段之间存在碱基序列差异。结论 SON基因3’UTR是一个具有良好种属特异性的遗传标记,采用SON基因3’UTR扩增测序技术可以对人和上述14种哺乳类动物进行准确的种属鉴定。 展开更多
关键词 法医学 SON基因 3’非编码区 pcr测序法 哺乳类动物 种属鉴定
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野猪·家猪及其杂种猪ACSL4基因3′UTR区多态性分析 被引量:2
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作者 刘晓宁 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第13期5327-5328,共2页
[目的]为猪的分子育种研究提供理论依据。[方法]采用酚-氯仿法从野猪、民猪、大白猪、长白猪、杜洛克和杂种猪的耳组织中提取基因组DNA,根据GenBank上猪ACSL4基因cDNA全序列设计3对引物,进行PCR-SSCP和测序,分析ACSL4基因3UTR区的多态性... [目的]为猪的分子育种研究提供理论依据。[方法]采用酚-氯仿法从野猪、民猪、大白猪、长白猪、杜洛克和杂种猪的耳组织中提取基因组DNA,根据GenBank上猪ACSL4基因cDNA全序列设计3对引物,进行PCR-SSCP和测序,分析ACSL4基因3UTR区的多态性。[结果]3对引物中,仅K3引物的PCR-SSCP产物有多态性,检测到3种基因型(AA、BB和AB)。在ACSL4基因3′UTR区3862 bp处发生T→C碱基突变。仅在大白猪、长白猪,杜洛克和杂种猪中发现多态性位点,而在民猪和野猪中未发现。杜洛克、大白猪和杂种猪间不同基因型的分布都有极显著差异(P<0.01),长白猪和大白猪各基因型的分布无显著差异(P>0.05)。[结论]该研究为丰富猪种的种质特性资料库和充分利用种质资源提供了依据。 展开更多
关键词 ACSL4基因 3'utr pcr-SSCP
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常规PCR法扩增口蹄疫病毒基因组5’端序列的探索
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作者 朱研 苗书魁 +6 位作者 马文戈 李金娜 魏玉荣 汪萍 魏婕 米晓云 黄炯 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期572-580,共9页
【目的】扩增口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)基因组5’端序列,为获得基因组全长准备基础。【方法】将FMDV O/Akesu/58 CE39A株液氮冻存基因组RNA反转录三次,对c DNA的5’端序列进行扩增、克隆、测序。【结果】以c DNA1... 【目的】扩增口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)基因组5’端序列,为获得基因组全长准备基础。【方法】将FMDV O/Akesu/58 CE39A株液氮冻存基因组RNA反转录三次,对c DNA的5’端序列进行扩增、克隆、测序。【结果】以c DNA1与c DNA3为模板,用LA Taq DNA polymerase、EX Taq DNA polymerase、Prime STARHS DNA polymerase及3对引物Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ均未扩增出5’端目的片段;以c DNA2为模板,用LA Taq DNA polymerase为扩增酶,两对引物Ⅰ、Ⅱ均能扩增出5’端目的片段,且所测得的序列长度787 bp、797 bp与参考序列核苷酸同源性分别为86.2%和86.3%。【结论】常规PCR法扩增5’端序列较其它技术具有价格便宜、操作简便等优点,但扩增成功率偏低。试验共进行了72次PCR,成功率为6/72,说明FMDV 5’端序列的扩增难度大,应合理设计反转录引物和扩增引物。为许多RNA病毒反向遗传学研究提供了更多的选择。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 常规pcr 5’端序列 基因扩增
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PCR扩增SON基因3’非编码区进行种属鉴定 被引量:3
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作者 邵武 姜先华 《中国法医学杂志》 CSCD 2000年第2期69-71,共3页
根据人 DNA的 SON基因碱基序列选择性设计一对特异性引物 ,并对人和猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠等 14种哺乳类动物染色体 DNA的 SON基因 3’非编码区中的种属特异性区域进行 PCR扩增 ... 根据人 DNA的 SON基因碱基序列选择性设计一对特异性引物 ,并对人和猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠等 14种哺乳类动物染色体 DNA的 SON基因 3’非编码区中的种属特异性区域进行 PCR扩增 ,扩增产物经 SSCP分离银染色技术检测 ,观察到人和 14种哺乳类动物的 SSCP图谱有明显不同。本方法可以对人和上述 14种哺乳类动物进行种属鉴定 。 展开更多
关键词 种属鉴定 SON基因3'非编码 pcr扩增 法医鉴定
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11个绵羊品种MSTN基因非翻译区的变异 被引量:14
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作者 孟详人 郭军 +6 位作者 赵倩君 马月辉 关伟军 刘娣 狄冉 乔海云 那日苏 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1585-1590,共6页
利用PCR-RFLP技术对特克塞尔羊、夏洛莱羊、小尾寒羊、蒙古羊、乌珠穆沁羊、阿勒泰羊、呼伦贝尔羊、塔什库尔干羊、多浪羊、湖羊和岗巴羊11个品种的345个个体的肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因非翻译区(UTR)的变异进行了多态性分析... 利用PCR-RFLP技术对特克塞尔羊、夏洛莱羊、小尾寒羊、蒙古羊、乌珠穆沁羊、阿勒泰羊、呼伦贝尔羊、塔什库尔干羊、多浪羊、湖羊和岗巴羊11个品种的345个个体的肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因非翻译区(UTR)的变异进行了多态性分析。结果表明大小为271bp和1003bp的扩增片段经限制性内切酶MboⅡ和BsaⅠ酶切后表现多态,经卡方检验所有品种在该基因座位均处于平衡状态(P>0.05),3种基因型在11个绵羊品种中的分布差异极显著(P<0.01)。通过限制性内切酶HpyCH4Ⅳ酶切实验,证明我国9个地方绵羊品种不存在特克塞尔绵羊中发现的导致肌肉发达的SNP位点,并在3′UTR区发现了个别碱基突变位点能够形成miRNA作用的靶基序,测序表明3′UTR区的突变频率较高。 展开更多
关键词 MSTN utr pcr—RFLP MicroRNA 多态性
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猪瘟弱毒C81株全基因组测序及分子结构预测
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作者 徐卓菲 钱平 +3 位作者 李祥敏 郭东春 姚清侠 陈焕春 《中国病毒学》 CSCD 2005年第4期413-419,共7页
参照已发表的猪瘟病毒弱毒株的序列,设计7对覆盖全长基因组的引物,通过RT-PCR从感染猪瘟病毒弱毒株的PK-15细胞中扩增得到7个cDNA片段,分别克隆到pMD18-T载体并测序,利用DNASIS软件获得猪瘟病毒C81株全基因组序列(GenBank:AY663656).C8... 参照已发表的猪瘟病毒弱毒株的序列,设计7对覆盖全长基因组的引物,通过RT-PCR从感染猪瘟病毒弱毒株的PK-15细胞中扩增得到7个cDNA片段,分别克隆到pMD18-T载体并测序,利用DNASIS软件获得猪瘟病毒C81株全基因组序列(GenBank:AY663656).C81株基因组全长12310nt,只有一个大的开放阅读框,编码3898个氨基酸的聚蛋白.序列分析表明,C81株开放阅读框与其它各毒株核苷酸和氨基酸序列的同源性变化较大,分别为84.4%~99.6%和91.6%~99.4%.同时,我们绘制了26株CSFV ORF的进化树,比较了CSFV 5'非翻译区核苷酸序列并推测其二级结构,发现不同毒株之间存在较大的差异,另外对C81株聚蛋白的功能域和三维结构进行了预测. 展开更多
关键词 猪瘟病毒 RT—pcr 序列比对 5’非翻译区 同源建模
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攀西地区牛肠道病毒遗传变异分析 被引量:2
15
作者 杨佳欣 张涛 +5 位作者 淦雨洁 许佳 王思芦 郝桂英 徐睿 邓宇 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2022年第4期130-134,共5页
为了解攀西地区牛肠道病毒(BEV)遗传进化关系,本研究采集新鲜牛粪便,应用RT-PCR方法对样品进行检测,对BEV分离株5'UTR进行克隆、测序,应用生物信息软件进行遗传进化关系分析。结果显示:攀西地区牛场BEV感染率达13.98%,其中E种BEV感... 为了解攀西地区牛肠道病毒(BEV)遗传进化关系,本研究采集新鲜牛粪便,应用RT-PCR方法对样品进行检测,对BEV分离株5'UTR进行克隆、测序,应用生物信息软件进行遗传进化关系分析。结果显示:攀西地区牛场BEV感染率达13.98%,其中E种BEV感染率为4.30%(4/93),F种BEV感染率为9.68%(9/93);同一奶牛场内存在E种和F种BEV感染;攀西地区BEV分离株与国内其他地区BEV毒株具有较高的同源性(73.1%~96.5%);攀西地区BEV分离株间同源性达75.5%~99.8%。本研究为攀西地区BEV流行情况与防控提供理论参考依据。 展开更多
关键词 E种肠道病毒 F种肠道病毒 RT-pcr 5'utr
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HCLV在PK-15细胞中的滴度和12nt的变化 被引量:2
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作者 亢文华 郝俊峰 +1 位作者 潘春刚 宁宜宝 《中国畜牧兽医》 CAS 2007年第12期59-61,共3页
在PK-15细胞上连续传代获得的HCLV,从第1~25代病毒的测序结果一致,同源性为100%。从第26代开始在12-nt(ttttttctttttt)插入处出现变化,第26、27代在69位碱基C的左右各多插入了一个T;第28、29代在碱基C的右侧多插入了2个T;第30、31代在... 在PK-15细胞上连续传代获得的HCLV,从第1~25代病毒的测序结果一致,同源性为100%。从第26代开始在12-nt(ttttttctttttt)插入处出现变化,第26、27代在69位碱基C的左右各多插入了一个T;第28、29代在碱基C的右侧多插入了2个T;第30、31代在C的左侧多插入了6个T,碱基C也变成了T;第32、33代在C的右侧缺失了2个T,碱基C也缺失;第34代在C的左侧缺失了5个T,在C的右侧缺失了5个T,碱基C也缺失,并且在第86位由原来的A变成G,第92位由原来的T变成C。将HCLV1~34代病毒接种24孔板中长满单层的PK-15细胞,于接种后72h进行荧光抗体检查,比较不同代次HCLV在PK-15细胞上增殖的差异。结果发现,从28代开始病毒滴度有所下降。 展开更多
关键词 猪瘟兔化弱毒株 3’端非编码区 RT-pcr 序列测定
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邢台市健康献血员TT病毒感染状况初探
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作者 张荣梅 陈联群 +9 位作者 赵学森 周国芹 刘翠青 王锦 黄素贞 马晓晔 田新利 李广学 杨福江 彭宜红 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2003年第6期347-348,共2页
目的 :探讨当地健康人群 TT病毒 (TTV)感染状况及其在人体内长期存在的意义。方法 :选择邢台市志愿献血员 (12 0名 )进行 TTV感染情况检测 ,利用 N2 2 PCR和 U TR PCR两种方法。结果 :N2 2PCR方法血清中 TTV阳性率为 3 0 .0 0 % ,UTR PC... 目的 :探讨当地健康人群 TT病毒 (TTV)感染状况及其在人体内长期存在的意义。方法 :选择邢台市志愿献血员 (12 0名 )进行 TTV感染情况检测 ,利用 N2 2 PCR和 U TR PCR两种方法。结果 :N2 2PCR方法血清中 TTV阳性率为 3 0 .0 0 % ,UTR PCR方法血清中 TTV阳性率为 10 0 %。结论 :说明邢台市区健康人群中存在有 TTV感染 ,并与贵州 (6.45% )、深圳 (7.80 % )等地区报告的 TTV 展开更多
关键词 健康献血员 TT病毒 感染状况 转氨酶
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牛病毒性腹泻病病毒荧光定量PCR检测体系的建立与评价 被引量:8
18
作者 史利军 孙宇 +3 位作者 尹惠琼 孙卫华 吕茂民 章金刚 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期1544-1546,共3页
基于实时荧光定量PCR技术建立了一种有效地检测牛病毒性腹泻病病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)核酸的方法。对BVDV基因组进行同源比对,选取5′UTR区作为扩增目的区,经软件分析后设计特异扩增引物,扩增片段长度为203 bp。选用SYB... 基于实时荧光定量PCR技术建立了一种有效地检测牛病毒性腹泻病病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)核酸的方法。对BVDV基因组进行同源比对,选取5′UTR区作为扩增目的区,经软件分析后设计特异扩增引物,扩增片段长度为203 bp。选用SYBR染料作为扩增时信号指示剂,经扩增曲线分析表明,建立的方法可有效地检测BVDV。检测体系可检测到102copies/μL的样品拷贝数。故本研究建立的BVDV实时定量检测体系可用于易感动物、牛源血液生物制品及其他可能感染或污染BVDV样品的检测。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 实时荧光定量pcr 5′-utr区基因
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黑蜂王台病毒中国BQCV-JL1株5'UTR的序列分析
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作者 杨倩 张健 +5 位作者 宋战昀 郑言 王向辉 隋佳辰 王振国 牟峻 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期308-314,共7页
蜜蜂黑蜂王台病毒(Black queen cell virus,BQCV)是引起蜜蜂蜜蜂黑蜂王台病的病原体,主要侵染蜜蜂蜂王幼虫。BQCV基因组为单正链RNA,包括5'端的ORF 1和3'端的ORF 2两个开放阅读框。分别编码非结构蛋白和结构蛋白。本实验室首次成功... 蜜蜂黑蜂王台病毒(Black queen cell virus,BQCV)是引起蜜蜂蜜蜂黑蜂王台病的病原体,主要侵染蜜蜂蜂王幼虫。BQCV基因组为单正链RNA,包括5'端的ORF 1和3'端的ORF 2两个开放阅读框。分别编码非结构蛋白和结构蛋白。本实验室首次成功分离鉴定得到中国首株BQCV毒株,命名为中国BQCV-JL1株。该株全长为8 358 nt。【目的】本文主要研究该株核苷酸序列位置为1~1 124 nt的片段,该段序列的1~545 nt为该毒株的5'UTR区域。【方法】通过Blast及DNAStar等软件对核苷酸及氨基酸序列进行分析。【结果】5'UTR区域的同源性为94%~99%,为高度保守序列。【结论】经Mega5软件作多重序列对比分析得知,该中国BQCV-JL1株的5'UTR区域与其他毒株差异性很大,经分析推断原因为碱基的缺失与碱基置换。 展开更多
关键词 BQCV 5'utr RT-pcr 序列分析 进化树分析
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牛病毒性腹泻病毒RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:8
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作者 孟雨 吴发兴 +5 位作者 朱紫祥 张志 张燕霞 刘爽 李晓成 王晶钰 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期51-54,共4页
根据GenBank中登录的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′UTR基因序列,设计合成了1对特异性引物,建立了检测BVDV218bp片段的RT-PCR方法。通过对该方法的特异性、敏感性和重复性进行试验,结果显示,该方法从BVDV标准毒株OregonC24V中扩增出了218bp... 根据GenBank中登录的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′UTR基因序列,设计合成了1对特异性引物,建立了检测BVDV218bp片段的RT-PCR方法。通过对该方法的特异性、敏感性和重复性进行试验,结果显示,该方法从BVDV标准毒株OregonC24V中扩增出了218bp的特异性片段,而对猪瘟病毒、蓝舌病病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、MDBK正常细胞的扩增结果均为阴性。经对标准毒株的细胞毒进行检测,其敏感度达10-1TCID50。不同人员用该方法进行检测,结果均一致,表明其重复性好。应用该方法对70份临床疑似发病猪样品进行检测,结果检出11份阳性,阳性检出率约为15.7%。在对5份细胞培养用犊牛血清的检测中,亦检出2份阳性。表明,建立的RT-PCR方法具有特异、灵敏、高效、快速的特点,可用于BVDV的临床检测及流行病学监测。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 5'utr基因 反转录聚合酶链反应 检测
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