磷脂酰肌醇蛋白聚糖3和泛素D基因在肝细胞癌中的异常表达及其相互作用

目的利用基因组学和表观遗传组学分析工具,分析磷脂酰肌醇蛋白聚糖3(GPC3)和泛素D(UBD)在肝细胞癌(HCC)中的异常表达情况,以及两者对HCC患者预后的影响。方法利用ULCAN(http://ualan.path.uab.edu)和Gene Expression Profiling Interative Analysis(GEPIA)数据库,分析UBD和GPC3在正常肝组织和HCC组织的异常表达情况和甲基化水平,以及对HCC患者生存的影响。利用Gene Cards数据库分析UBD和GPC3的定位。利用STRING数据库对UBD和GPC3分别构建蛋白质互相作用(PPI)网络,并对UBD和GPC3进行基因注释。基于皮尔森相关系数,计算UBD和GPC3在HCC发生发展中的关联。结果UBD和GPC3在HCC组织中表达上调,启动子甲基化水平下降。UBD位于6p22.1,主要表达于细胞核;GPC3位于Xq26.2,主要表达于细胞膜、细胞外基质、内质网、溶酶体和高尔基体。富集分析显示,UBD主要与蛋白酶体活动相关:翻译后蛋白修饰、泛素化和去泛素化;GPC3主要参与黏多糖的生物合成和分解过程,介导的生物通路主要涉及癌症多聚糖、细胞外基质受体相互作用和细胞黏附分子。关联分析显示,UBD和GPC3成线性正相关,共同调控HCC的发生发展。预后分析显示,GPC3对HCC的预后有明显的影响。结论UBD和GPC3在HCC的表达均上调,甲基化水平均降低,GPC3对HCC的预后影响较大,或许可以作为预后评估的生物标志。