基于分子条形码标记的超深度二代测序技术在儿童急性白血病微小残留病检测中的应用

目的建立分子条形码(UMI)标记的超深度二代测序(NGS)技术检测儿童急性白血病微小残留病(MRD)的方法,并分析该方法的灵敏度和特异度。方法采集35例急性白血病患儿初诊及诱导治疗后骨髓标本,初诊时采用NGS技术行全外显子组检测并寻找肿瘤基因突变作为MRD检测标记,诱导治疗后采用UMI标记的超深度NGS技术检测肿瘤基因突变率作为NGS-MRD指标。流式细胞术(FCM)及RT-PCR技术分别寻找MRD检测标记,诱导治疗后采用FCM及PCR技术检测患儿MRD水平并进行对比验证。结果 NGS技术筛选检测标记的阳性率高于FCM及RT-PCR技术(P<0.05),NGS技术检测MRD的灵敏度也高于FCM及RT-PCR技术(P<0.05)。FCM及NGS技术检测MRD的平均值无显著差异(P>0.05)。结论UMI标记的超深度NGS技术可能成为儿童急性白血病MRD检测的新方法。

基于分子标签二代测序技术的非小细胞肺癌驱动基因变异分析

目的 通过对非小细胞肺癌(NSCLC)患者的血浆 ctDNA标本采用基于分子标签(UMI) 的二代测序(NGS)技术进行相关驱动基因突变分析,评估血浆 ctDNA二代测序技术指导靶向用药的价 值及注意事项。 方法 纳入了163例2017年7月至2019年7月期间在中山大学附属肿瘤医院就诊的 NSCLC患者血液标本,采用基于分子标签的二代测序方法,检测患者血浆ctDNA中与NSCLC相关的 11个驱动基因的突变情况。 结果 98例初诊初治的NSCLC患者中,37.8%(37例)患者未检出肺癌驱 动基因突变。其余患者中 TP53、EGFR、ERBB2、RET、KRAS、ALK、PIK3CA、BRAF、MET、ROS1、NRAS的突 变频率分别为33%、24%、10%、8%、7%、6%、4%、3%、3%、3%和1%。57例EGFR TKI靶向治疗后进展的 NSCLC患者中,21例(36.8%)检出T790M突变,3例(27.3%)接受三代EGFR TKI治疗后进展的患者出 现T790M与T797S顺式耐药突变。其他耐药突变包括KRAS基因突变(2例)、MET基因扩增(1例)以 及PIK3CA基因突变(8例)。29例组织样本ARMS PCR检测结果阳性的患者,组织EGFR突变阳性患者 与ctDNA检测EGFR阳性患者之间的一致性为13.8%。 结论 该方法不仅能够检出初诊初治NSCLC 患者中靶向治疗的敏感突变,还可以对靶向治疗进展后的耐药突变情况进行监测。因此,可选择基于分 子标签的二代测序检测技术来指导 NSCLC患者的个性化用药。

利用分子特异的条形码评估二代测序中STR的复制滑脱

目的利用分子特异的条形码(Unique Molecular Identifiers,UMIs)研究二代测序平台中STR的复制滑脱现象。方法采用探针捕获与高通量测序技术对12个中国汉族无关个体进行STR靶标基因座的富集与测序,并利用自己开发的软件进行STR分型及复制滑脱的评估。结果对12个中国汉族无关个体的高通量测序数据的STR分型及复制滑脱情况的分析发现:单个UMI家族随着成员数目的增多,其STR的复制滑脱产物占所有成员的百分比(Stutter Percentage,SP)逐渐降低,当家族成员数目增至40个时,其SP趋于稳定;STR基因座的各等位基因易向比它自身少一个重复单位的等位基因滑脱,形成stutters。结论UMI可准确识别STR基因座在PCR扩增过程中DNA链滑脱所产生的stutters并将其去除,达到了降低二代测序平台中STR复制滑脱产物的效果,为法医鉴定中混合检材的精细鉴别提供了技术支撑。