应用通用引物PCR法检测葡萄球菌A、D和E型肠毒素基因

本实验采用20bp通用引物P3和P4的PCR方法对产A、D和E肠毒素的葡萄球菌进行了检测。结果表明,产SEE菌株能产生666bp的特异扩增片段,产SEA菌株产生666bp和约400bp两条扩增带,产SED菌株产生400bp片段;SEE菌株的扩增产物经EcoRV酶切能产生251和415bp两个片段。扩增敏感性实验表明,该方法可检出10~6个细菌。

基于线粒体COⅢ基因变异鉴定黄渤海地区海鱼种类

本研究根据GenBanK发布的核苷酸数据库信息,设计扩增鱼类线粒体COⅢ基因的通用引物,扩增黄渤海地区7种重要商品海鱼(光鱼、梭鱼、鲫鱼、舌鳎、扒皮鱼、六线鱼、白姑鱼)的COⅢ全长基因序列.对扩增产物进行测序、比对,利用分子生物学软件进行序列酶切分析,最终选用Nla Ⅲ限制性内切酶进行酶切,并获得了所研究的各鱼种的特异酶切片段图谱.结果表明,利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术能有效地区分以上7种海鱼,PCR-RFLP技术应用在鱼种鉴定上具有快速、准确的优势.

应用通用引物PCR法对葡萄球菌B、C1、C2、C3型肠毒素基因的鉴定与分型研究

本实验采用通用引物P1、P2聚合酶链反应(PCR)法对产肠毒素葡萄球菌的entB、entC1、entC2、entC3基因进行了扩增,结果表明,含有这四种肠毒素基因的葡萄球菌都可以产生595bp的特异性扩增片段,其余菌扩增均为阴性;扩增产物分别用在产物内部只有单一识别位点的限制酶HinfⅠ、BclⅠ、MboⅡ和MboⅡ酶切后产生大小不同的片段,因而可以达到酶切分型的目的。经敏感性试验表明,该方法可以检出10~0个细菌。

通用引物双重PCR在节肢动物物种鉴定中的应用

【目的】本研究旨在使用基于线粒体基因通用引物的双重PCR技术同时扩增单一样本中两条标记基因,从而达到简化节肢动物物种鉴定流程的目的。【方法】在一次PCR实验中同时加入可扩增线粒体COI基因和16S rDNA两个不同分子标记的引物,对3纲8目14科的14种节肢动物物种标本的基因组DNA进行扩增;扩增产物经电泳和胶回收后测序,并BLAST在线搜索相似序列,验证基于通用引物的双重PCR在不同的动物类群中用于物种鉴定的有效性。【结果】应用基于COI和16S rDNA的引物从分属于3纲8目14科的14种节肢动物基因组DNA中均可成功扩增目的基因;扩增产物测序结果进一步证实了扩增的准确性。【结论】通过本方法进行物种的分子鉴定,不仅可以保证物种鉴定的高准确率,还可以明显减少时间与DNA样本量的消耗,这对需要快速准确鉴定物种或珍稀的材料样本十分重要。

8种猪呼吸道和繁殖障碍病病原体GeXP检测方法的建立

【目的】建立了一种同时鉴别H1、H3亚型猪流感、猪繁殖与呼吸障碍综合征、猪瘟、猪日本乙型脑炎、猪圆环病毒病、猪细小病毒病和猪伪狂犬病8种病毒性呼吸道和繁殖障碍病病原体的GeXP高通量检测方法。【方法】根据这8种病原体的基因保守序列,设计并合成了9对特异性引物,在每对特异性引物的5＇端均加上一段通用引物,形成特异性嵌合引物。运用GeXP单重PCR方法,以单一病毒cDNA/DNA为模板验证引物的可行性;建立GeXP多重PCR方法,以单一病毒cDNA/DNA模板、阳性cDNA/DNA混合模板验证GeXP多重检测体系的特异性和准确性;将含猪圆环病毒、猪细小病毒和猪伪狂犬病病毒靶基因的克隆质粒及体外转录的RNA（H1、H3亚型猪流感、猪繁殖与呼吸障碍综合征、猪瘟、猪日本乙型脑炎）分别梯度稀释为10^3,10^2,10^1拷贝/μl,运用GeXP多重PCR方法进行单一病原体灵敏度分析;根据单一病原体的灵敏度分析结果,优化各对特异性嵌合引物的工作浓度,将含有体外转录好的6种RNA模板和3种克隆质粒等量混合,将混合物梯度稀释为10^4,10^3,10^2,10^1拷贝/μl,运用GeXP多重PCR方法分析同时检测8种病原体的灵敏度。运用建立好的GeXP多重检测体系对23份临床样品进行检测,并与常规单重PCR进行比较,对该GeXP多重检测体系的临床应用进行评价。【结果】基于GeXP系统的单重PCR检测体系和GeXP多重PCR检测体系均能扩增出特异性片段,验证了引物的可行性、GeXP多重检测体系的特异性和准确性;GeXP多重检测体系的单一病原模板灵敏度分析结果显示,多重检测体系对单一病原体检测的下限均为10-1拷贝/μl;GeXP多重检测体系在8种病原体同时检测的灵敏度分析结果显示,多重检测体系可在10^3拷贝/μl水平可同时检测到8种病原体;比较GeXP多重PCR检测方法和常规PCR方法对临床样品的检测结果,两种检测方法的检测结果相符。【结论】成功建立了基于GeXP系统的多重PCR检测体系,可以同时检测8种猪呼吸道和繁殖障碍性疾病病原体;本研究建立的同时鉴别8种猪呼吸道和繁殖障碍性疾病病原体的GeXP检测方法具有高通量、特异性强和灵敏度高的特点,为猪病毒性呼吸道和繁殖障碍性疾病的分子诊断提供了新型的检测方法。

肠道细菌乳糖酶基因多样性分析通用引物

为深入研究肠道细菌乳糖酶基因多样性,根据NCBI公布的细菌乳糖酶基因[Beta-galactosidase(lac Z)]序列,利用软件Primer Premier 5.0前后设计合成7对通用引物,经过PCR扩增、宏基因组测序和生物信息学分析进行引物筛选.PCR扩增电泳中,436R、375R、217R和406R四对引物没有扩增出目的片段,436、324和194三对引物均有目的条带扩出.内容物样品扩增,436引物条带最清晰,灵敏性高,324和194引物条带质量相差不大;粘膜样品扩增,324引物均扩增出目的条带,条带清晰明亮.436引物只扩增出一个样品的目的条带,灵敏度较差;194引物扩增杂带多,特异性差.样品序列统计方面,删除宿主序列信息后,内容物样品中,194、324和436三对引物最终序列比例均达98%以上;粘膜样品中,194引物特异性最差,436引物最好,324引物居中.OTU聚类和注释方面,内容物样品中,324引物扩增物种也较436引物多;粘膜样品中,324引物能聚类最多的物种.Alpha多样性方面,内容物样品中,324引物的Chao1、ACE、Simpson、Shannon指数较436引物大,436引物的Simpson、Shannon指数较194引物大;粘膜样品中,324引物的Chao1、ACE、Simpson、Shannon指数均较436引物大.综合分析,对肠道内容物和肠道粘膜细菌乳糖酶基因多样性研究选用324通用引物最佳.