冠心病进展相关基因筛选及冠心Ⅱ号方干预靶点的预测

目的:探索冠心病疾病进展相关基因,并预测冠心Ⅱ号方防治冠心病的作用靶点。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载急性心肌梗死(AMI)与稳定型冠心病(SCAD)病人转录组表达谱,通过差异表达分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA),筛选冠心病疾病进展相关基因,并针对冠心病进展相关基因进行基因本体(GO)功能分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库下载冠心Ⅱ号方的有效成分及药效靶点,与冠心病疾病进展相关基因进行交集分析,获得冠心Ⅱ号方防治冠心病的潜在靶点。结果:通过差异表达分析比较AMI和SCAD转录组表达谱,共获得166个差异表达基因(DEGs)。通过WGCNA获得与AMI相关的基因模块Black。取DEGs与Black模块的交集,获得64个冠心病疾病进展相关基因。从TCMSP数据库共获得224个冠心Ⅱ号方的药效靶点,将药效靶点与冠心病疾病进展相关基因取交集,得到冠心Ⅱ号方防治冠心病的潜在作用靶点,即过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)、单核细胞分化抗原CD14(CD14)和细胞色素P4501b1(CYP1B1)。结论:细胞因子信号转导抑制因子3(SOCS3)、嗜酸性粒细胞阳离子相关蛋白(ECRP)、肿瘤坏死因子受体超家族成员10D(TNFRSF10D)、S100钙结蛋白A9(S100A9)等64个基因可能与冠心病疾病进展相关,其中,PPARG、CD14、CYP1B1是冠心Ⅱ号方防治冠心病的潜在作用靶点。

黏多糖贮积症Ⅱ型的基因诊疗

酶替代治疗(ERT)和造血干细胞移植(HSCT)是黏多糖贮积症Ⅱ型(MPSⅡ)现阶段的主要治疗方法。这两种疗法能够有效控制躯体症状恶化,但对中枢神经系统功能改善有限,其主要局限在于血脑屏障(BBB)会阻止包括酶在内的大分子物质进入脑内,从而影响治疗效果。基因治疗是一种新兴MPSⅡ治疗方法。本文将阐述MPSⅡ基因治疗临床前研究现状和正在进行的临床试验,以展示该领域的最新进展。

转录因子NF-κB对鲤疱疹病毒Ⅱ型基因启动子的表达调控研究

为深入探究NF-κB信号通路对CyHV-2感染过程的影响,在CyHV-2感染的GiCF细胞中加入NF-κB激动剂,通过RT-qPCR和Western Blot分析在感染24、72、96 h后CyHV-2编码基因在转录和翻译水平的表达情况。结果显示,在加入NF-κB激动剂后的72、96 h,CyHV-2编码基因转录和翻译水平均明显高于对照组,提示NF-κB促进CyHV-2编码基因的转录及翻译。为进一步阐明NF-κB如何影响CyHV-2的转录和翻译,利用生物信息学软件预测CyHV-2部分编码基因的启动子序列中和NF-κB的结合位点,采用双荧光素酶报告基因实验分析NF-κB对启动子活性的影响。结果表明,NF-κB过表达提高了病毒基因启动子活性,提示NF-κB可以通过促进CyHV-2基因的启动子活性来增强病毒复制水平。研究结果有助深入探究CyHV-2基因的表达翻译机制,也为开发基于NF-κB信号通路靶点的新的抗病毒抑制剂提供理论支撑。

滋阴补阳方对PCOS大鼠GDF-9、BMPRⅡ基因表达的影响

探讨滋阴补阳方对多囊卵巢综合征(PCOS)大鼠卵泡生长因子的影响。方法 建立PCOS大鼠模型,分为模型对照组(B)、补阳方低剂量(BL)、补阳方中剂量(BM)、补阳方高剂量(BH)组、滋阴方低剂量(ZL)、滋阴方中剂量(ZM)、滋阴高方剂量(ZH)组、克罗米芬组(C)及空白对照组(A)共9组,检测卵巢组织内GDF-9和BMPRⅡ基因的表达。结果 卵巢组织中均有GDF-9、BMPRⅡ的表达,其中B组与A组之间GDF-9 、BMPRⅡ的表达量有明显的差异,在对PCOS模型大鼠给药后,ZH组和BH组效果最为明显。结论 GDF-9 、BMPRⅡ在促进卵泡生长发育过程中具有重要作用,滋阴补阳方对PCOS模型大鼠有明显的剂量依赖关系。

基于Cre-loxP重组酶系统构建肺泡Ⅱ型上皮细胞特异性敲除SENP1基因小鼠

背景:前期在体外成功构建了SENP1基因沉默的人肺泡上皮细胞系,在细胞水平上研究了SENP1在高氧性肺损伤中的作用。目的:基于Cre-loxP重组酶系统构建肺泡Ⅱ型上皮细胞特异性敲除SENP1基因小鼠模型。方法:将SENP1^(flox/-)小鼠自交得到SENP1^(flox/flox)和SENP1^(flox/-)小鼠;将Sftpc-Cre^(+/+)小鼠与野生型小鼠交配获得更多的Sftpc-Cre^(+/-)小鼠。将Sftpc-Cre^(+/+)或子代Sftpc-Cre^(+/-)小鼠与SENP1^(flox/-)或子代SENP1^(flox/flox)小鼠进行杂交,获得SENP1^(flox/-)Sftpc-Cre^(+/-)双杂合小鼠。将SENP1^(flox/-)Sftpc-Cre^(+/-)小鼠与SENP1^(flox/flox)小鼠杂交,获得SENP1^(flox/flox)Sftpc-Cre^(+/-)小鼠。剪鼠尾提取基因组DNA,行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳确定小鼠基因型。取SENP1^(flox/flox)和SENP1^(flox/flox)Sftpc-Cre^(+/-)小鼠肺组织行免疫荧光双标实验及Western blot以验证SENP1敲除效果;取SENP1^(flox/flox)和SENP1^(flox/flox)Sftpc-Cre^(+/-)小鼠心、肝、肺、肾组织行苏木精-伊红染色以观察两组小鼠各脏器的组织形态。结果与结论:琼脂糖凝胶电泳正确筛选出SENP1^(flox/flox)Sftpc-Cre^(+/-)小鼠。免疫荧光双标实验显示,与SENP1^(flox/flox)小鼠相比,SENP1^(flox/flox)Sftpc-Cre^(+/-)小鼠肺组织中SENP1的平均荧光强度降低(P<0.01),且SENP1和Sftpc未见明显共定位(P<0.01)。Western blot结果显示,与SENP1^(flox/flox)小鼠相比,SENP1^(flox/flox)Sftpc-Cre^(+/-)小鼠肺组织中SENP1蛋白表达降低(P<0.001)。苏木精-伊红染色结果显示SENP1^(flox/flox)和SENP1^(flox/flox)Sftpc-Cre^(+/-)小鼠的心、肝、肺和肾脏组织形态无明显改变。该研究利用Cre-loxP重组酶系统成功构建了肺泡Ⅱ型上皮细胞特异性敲除SENP1基因小鼠,为后续研究SENP1基因在以肺泡Ⅱ型上皮细胞为主要损伤细胞的肺疾病如支气管肺发育不良、特发性肺纤维化中的作用提供了良好的工具。

肥胖合并进行性肌无力确诊GAA基因变异导致的糖原贮积病Ⅱ型1例

由溶酶体内酸性α-葡萄糖苷酶(GAA)基因变异导致的糖原贮积病Ⅱ型属于遗传代谢病,该基因变异表现多样,临床可呈现众多不同特征。本文回顾性分析2023年1月起在上海市徐汇区中心医院儿科门诊的1例GAA基因突变致糖原贮积病Ⅱ型晚发型肥胖女童的临床资料,并进行文献复习。患儿存在肥胖、慢性进行性左下肢乏力、步态异常,乳酸脱氢酶及肌酸激酶升高,GAA酶活性降低,进一步根据基因检测结果,确诊为糖原贮积病Ⅱ型晚发型。临床遇到所有不明原因的进行性肌无力的患儿无论伴或不伴肌酶异常,需高度怀疑存在糖原贮积病,尤其对于肥胖儿童仍要警惕,并尽早对疑似患儿行GAA酶活性测定及基因检测以实现早期诊断和精准治疗。

Usher综合征Ⅱ型患儿临床表型及USH2A基因突变分析

目的探讨Usher综合征Ⅱ型患儿USH2A基因的变异类型和临床表型,明确其致病原因,为临床诊断提供参考依据。方法回顾性分析2022年6月至2023年6月在宁波大学附属妇女儿童医院确诊的3例Usher综合征Ⅱ型患儿的临床资料,采集患儿及其父母的外周血样,应用全外显子组测序技术对患儿进行检测,并用Sanger测序技术对疑似致病变异及患儿父母进行位点验证。结果3例患儿均存在双耳轻度到中度听力损失,视力正常,未出现前庭反应。例1检出USH2A基因:c.8559-2A>G/c.1964G>C(p.C655S)复合杂合变异。例2检出USH2A基因:c.1644+4A>G/c.187C>T(p.R63*)复合杂合变异。例3检出USH2A基因:c.13877_13880del(p.Q4626Pfs*7)/c.7232A>C(p.Q2411P)复合杂合变异。例1和例2遗传自亲代,例3未接受亲代验证。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南,USH2A基因c.8559-2A>G、c.187C>T(p.R63*)和c.13877_13880del(p.Q4626Pfs*7)变异评为致病性变异;USH2A基因c.1644+4A>G评为可能致病性变异;USH2A基因c.1964G>C(p.C655S)和c.7232A>C(p.Q2411P)评为临床意义未明变异。c.1964G>C(p.C655S)变异查询文献和数据库均未见报道和收录。结论USH2A基因复合杂合变异可能是3例患儿的致病原因;本研究结果不仅丰富了USH2A基因的变异谱,也为临床诊断提供参考依据。

福建泉州地区新生儿戊二酸血症Ⅱ型患者的实验室筛查和基因诊断分析

目的了解福建省泉州地区戊二酸血症Ⅱ型(glutaric acidemia typeⅡ,GA-Ⅱ)新生儿发病率、生化表现与基因突变特征。方法2014年1月~2022年12月,采用串联质谱技术对泉州地区643606例新生儿进行遗传代谢病筛查。对于多种酰基肉碱升高的可疑阳性样本采用MassARRAY技术和高通量测序技术诊断。结果研究期间共有247例新生儿表现为多种酰基肉碱升高,经过基因诊断确诊19例GA-Ⅱ患儿。此外,1例新生儿表现为异戊酰基肉碱(isovalerylcarnitine,C5)升高,疑似为异戊酸血症,经过基因诊断证实为GA-Ⅱ。该研究最终确诊20例GA-Ⅱ患儿,GA-Ⅱ在研究人群中的发病率为1∶32180。新生儿筛查结果表明辛酰基肉碱(C8),癸酰基肉碱(C10)和十二烷酰基肉碱(C12)的浓度明显高于参考范围上限,是筛查GA-Ⅱ的关键指标。在GA-Ⅱ患儿中发现了10种不同的电子转移黄素蛋白脱氢酶(electrontransfer flavoprotein dehydrogenase,ETFDH)基因突变,大部分为错义突变。最常见的ETFDH基因突变是c.250G>A(p.A84T),等位基因突变频率达47.5%,其次是c.524G>A(R175H),c.998A>G(p.Y333C)和c.1657T>C(p.Y553H)。结论新生儿筛查是早期检出GA-Ⅱ患儿的重要途径,但GA-Ⅱ患儿可能出现非典型性的生化改变,所有新生儿筛查结果异常的样本应采用高通量测序进行基因诊断。

miR-146a通过调节IPr1基因对结核分枝杆菌感染的AEC Ⅱ型细胞活性作用机制

目的 探讨miR-146a通过调节IPr1基因观察对结核分枝杆菌(Mtb)感染的肺泡II型上皮细胞(AEC II)活性的作用机制。方法 采用Mtb感染AECⅡ细胞。将AECⅡ细胞分为结核组(感染Mtb)、 NC组(模型+转染miR-146a NC)、转染组(模型+转染miR-146a mimics)。RT-PCR检测AECⅡ细胞miR-146a、Ipr1基因表达;CCK8检测AECⅡ细胞增殖;流式细胞仪检测AECⅡ细胞凋亡;双荧光素酶报告测定Ipr1与miR-146a靶向关系。结果 DIO荧光染色的Mtb在感染人AECⅡ细胞12 h内会进入细胞质基质中,并围绕细胞核分布,表明建立的结核分枝杆菌感染模型成功;结核组与NC组AECⅡ细胞中miR-146a、Ipr1基因表达比较无差异(P>0.05),与NC组相比,转染组AECⅡ细胞中miR-146a、Ipr1基因表达水平升高(P<0.05);结核组与NC组AECⅡ细胞在不同时间点的OD值比较均无差异(P>0.05),与NC组相比,转染组AECⅡ细胞在不同时间点的OD值均升高(P<0.05);结核组AECⅡ细胞凋亡率与NC组相比无差异(P>0.05),与NC组相比,转染组AECⅡ细胞凋亡率显著降低(P<0.001)。双荧光素酶报告结果显示,转染miR-146a后野生型Mtb感染的AECⅡ细胞中Ipr1活性升高(P<0.05),突变型Mtb感染的AECⅡ细胞中Ipr1活性无明显变化(P>0.05),表明Ipr1是miR-146a的靶基因。结论 过表达的miR-146a可增加Mtb感染的AECⅡ细胞活性,降低凋亡,研究机制认为可能与通过激活Ipr1水平相关。Ipr1是miR-146a靶基因,可通过激活表达而发挥减少Mtb对AECⅡ细胞活性的损伤。

血管紧张素Ⅱ通过抑制原癌基因c-SKI表达促进小鼠高血压性心肌纤维化

目的:探讨原癌基因c-SKI (cellular Sloan-Kettering Institute)表达变化对血管紧张素Ⅱ(angiotensin Ⅱ, Ang Ⅱ)诱导的小鼠高血压性心肌纤维化的影响。方法:将12只雄性C57BL/6小鼠随机分成PBS组(n=6)和Ang Ⅱ组(n=6),利用渗透压微泵皮下植入小鼠慢性持续给予等体积的PBS和Ang Ⅱ,给药4周,测定小鼠血压。取小鼠心脏组织进行HE和Masson染色检测病理学变化;免疫组织化学染色和Western blot检测c-SKI、CD31、平滑肌蛋白22(smooth muscle protein 22, SM22)、Ⅰ型胶原(collagen type Ⅰ, Col Ⅰ)和α-平滑肌肌动蛋白(α-smooth muscle actin,α-SMA)水平。用不同浓度的AngⅡ处理人冠状动脉内皮细胞(humancoronaryarteryendothelialcells,HCAECs),显微镜观察细胞形态,CCK-8法检测细胞活力;用最低有效剂量的Ang Ⅱ处理HCAECs,免疫荧光染色和Western blot检测c-SKI、CD31、α-SMA、Col Ⅰ和上皮-间充质转化(epithelial-mesenchymal transition, EMT)通路蛋白水平。过表达c-SKI和Ang Ⅱ联合处理HCAEC,CCK-8法和流式细胞术分别检测细胞活力和凋亡情况,免疫荧光染色和Western blot检测α-SMA、c-SKI、CD31、Col Ⅰ、EMT通路蛋白和EMT标志因子的表达。结果:Ang Ⅱ处理后小鼠尾动脉收缩压升高,心室壁增厚,Col Ⅰ和α-SMA表达显著上调(P<0.01),c-SKI、CD31和SM22表达显著下调(P<0.01)。10μmol/L Ang Ⅱ处理HCAECs后,细胞连接松散,细胞形态改变,且48 h细胞活力显著降低(P<0.01);免疫荧光染色和Western blot结果显示,Ang Ⅱ组Col Ⅰ、α-SMA、Twist、Snail和p-Smad2/3蛋白水平显著升高(P<0.01),cSKI和CD31表达显著下调(P<0.01)。与Ang Ⅱ+vector组相比,过表达c-SKI联合Ang Ⅱ处理显著促进HCAECs活力(P<0.01),显著抑制细胞凋亡(P<0.01),显著上调c-SKI、CD31和E-cadherin表达(P<0.05),显著下调α-SMA、Col Ⅰ、Twist、Snail、p-Smad2/3、N-cadherin和vimentin表达(P<0.01)。结论:Ang Ⅱ可能通过调控c-SKI表达,促进小鼠高血压性心肌纤维化。

稀有鮈鲫MHCⅡβ基因克隆及鲁氏耶尔森菌感染后的表达分析

为探究稀有鮈鲫MHCⅡβ基因的分子特征及其表达特点,采用PCR扩增技术获得了稀有鮈鲫MHCⅡβcDNA序列810 bp,包括开放阅读框(ORF)759 bp,编码252个氨基酸。生物信息分析表明,MHCⅡβ氨基酸序列存在4个保守的半胱氨酸残基和GXXGXXXGXXXXXXG结构,与其他亲缘鱼类的一致性为51.78%~80.56%,其编码的蛋白质分子包括1个信号肽、1个MHCⅡβ(β-1)结构域、1个IGc1(β-2)结构域和1个跨膜螺旋区域。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果显示,MHCⅡβ在脾脏表达量最高,头肾、鳃、皮肤表达量较高。人工感染鲁氏耶尔森菌后,6 h时在头肾表达呈显著上调,肝脏中在12 h开始出现极显著上调,皮肤中在24 h和48 h表达极显著,鳃中在6~24 h表达极显著,脾脏中则是在6 h出现极显著下调,于96 h接近对照组表达水平。初步研究表明,MHCⅡβ在鱼类抵御细菌感染的免疫反应中发挥着重要作用,为进一步揭示稀有鮈鲫MHC家族的功能提供了参考依据。

细胞色素氧化酶P4502C19基因多态检测联合血清肝素辅助因子Ⅱ对下肢动脉硬化闭塞症介入术后再狭窄的预测价值

目的探讨细胞色素氧化酶P4502C19(CYP2C19)基因多态检测联合血清肝素辅助因子Ⅱ(HCⅡ)对下肢动脉硬化闭塞症(ASO)介入术后再狭窄的预测价值。方法收集2017年1月至2021年5月于绵阳市第三人民医院行介入治疗的146例ASO患者的临床资料,根据随访期间再狭窄发生情况将其分为再狭窄组(n=27)和无再狭窄组(n=119)。收集患者性别、年龄、体重指数(BMI)、吸烟史、心脑血管病史、高同型半胱氨酸病史、病变血管支数、术前狭窄情况、支架植入情况、纤维蛋白原水平、总胆固醇水平、红细胞计数、CYP2C19基因多态性、HCⅡ活性,分析ASO介入术后再狭窄的影响因素。结果有吸烟史、支架植入、CYP2C19慢代谢型及HCⅡ活性均为ASO支架植入术后发生再狭窄的独立危险因素(P﹤0.05)。受试者工作特征(ROC)曲线结果显示,HCⅡ活性预测ASO支架植入术后再狭窄的截断值为95.80%,曲线下面积(AUC)为0.809(95%CI:0.719~0.900),灵敏度为74.80%,特异度为88.24%,Kappa=0.566。CYP2C19基因多态检测对ASO支架植入术后再狭窄的预测灵敏度为66.67%,特异度为89.07%,Kappa=0.537。联合检测对ASO支架植入术后再狭窄的预测灵敏度为96.30%,特异度为86.55%,Kappa=0.682。结论ASO介入术后再狭窄与吸烟史、支架植入情况、CYP2C19基因多态性及HCⅡ活性有关,CYP2C19基因多态性及HCⅡ活性检测均可用于预测ASO介入术后再狭窄,但联合检测可提高其诊断效能。

低密度脂蛋白受体基因AvaⅡ和NcoⅠ位点多态性与缺血性脑卒中的相关性研究

目的探讨低密度脂蛋白受体(LDLR)基因AvaⅡ、NcoⅠ位点多态性与缺血性脑卒中(IS)发生的相关性,并分析AvaⅡ、NcoⅠ位点不同基因型血脂水平的变化。方法选取2019年6—11月就诊于泉州市第一医院的140例IS患者作为IS组,另选取同期于本院体检的130名健康体检者作为对照组,两组均进行LDLR基因AvaⅡ、NcoⅠ位点多态性及三酰甘油(TG)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDLC)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、载脂蛋白A1(ApoA1)、载脂蛋白B(ApoB)水平检测。比较两组临床资料和LDLR基因AvaⅡ、NcoⅠ位点基因型分布和等位基因频率及不同基因型各血脂水平。结果IS组吸烟、高血压史、糖尿病史占比及收缩压、舒张压、TG、水平均高于对照组,HDL-C、ApoA1水平低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);两组年龄、性别、饮酒史占比、TC、LDL-C、ApoB水平比较差异无统计学意义。两组AvaⅡ位点基因型分布和等位基因频率比较差异有统计学意义(P<0.05),NcoⅠ位点基因型分布和等位基因频率比较差异均无统计学意义。两组组内AvaⅡ、NcoⅠ位点不同基因型TC、HDL-C、LDL-C、ApoA1、ApoB水平及AvaⅡ位点不同基因型TG水平和IS组NcoⅠ位点不同基因型TG水平比较差异均无统计学意义,对照组组内NcoⅠ位点不同基因型TG水平比较差异有统计学意义(P<0.05)。AvaⅡ位点:IS组TT、TC基因型TG水平均高于对照组,HDL-C、ApoA1水平均低于对照组,CC基因型ApoA1水平低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05);两组CC基因型TG、HDL-C水平及同一基因型间TC、LDL-C、ApoB水平比较差异均无统计学意义。NcoⅠ位点:IS组AA基因型TG水平高于对照组,AA、AG基因型HDL-C、ApoA1水平均低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);两组AG、GG基因型TG水平和GG基因型HDL-C、ApoA1水平及同一基因型间TC、LDL-C、ApoB水平比较差异均无统计学意义。结论LDLR基因AvaⅡ位点多态性与IS相关,而NcoⅠ位点多态性与IS无关。泉州地区IS患者AvaⅡ、NcoⅠ位点的多态性与TG、TC、HDL-C、LDL-C、ApoA1、ApoB等血脂水平无关。

血清Ⅱ型鸡马立克氏病毒的分离鉴定及SW14分离株pp24基因的序列分析

为了解鸡马立克氏病毒(MDV)在我国鸡群中的流行情况,本研究于2021年从福建省已免疫鸡马立克氏病(MD)疫苗鸡群且发生疑似MD病例的鸡场采集21份疑似发病蛋鸡外周血,分离其淋巴细胞接种鸡胚成纤维细胞(CEF),5 d后收集病毒,盲传1~2代后获得21株能够形成典型MDV蚀斑的分离株,依次命名SW1~SW21,采用PCR分别扩增MDV血清Ⅰ型(MDV-1) Meq基因、Ⅱ型(MDV-2) ORF873基因、Ⅲ型(MDV-3) US3基因进行MDV分型鉴定,扩增鸡传染性贫血病毒(CAV) VP3基因、禽网状内皮组织增殖病病毒(REV) LTR基因、禽白血病病毒A亚群(ALV-A)、B亚群(ALV-B)、J亚群(ALV-J)的env基因进行外源病毒检测,结果显示MDV-1均为阴性,MDV-2均为阳性,MDV-3阳性率为38.1%(8/21),未检测到外源病毒基因。在MDV-2分离株中选择SW14株进行pp24基因的PCR扩增,测序后与MDV-2参考株SB-1、301B/1、HPRS24的pp24基因进行基因序列比对分析,结果显示,SW14和SB-1株同源性(96.3%)最高。通过透射电镜观察SW14,可见分离株呈双环型,直径约110 nm,符合MDV病毒粒子形态特征。本研究证实该鸡场中存在MDV-2流行,可能会影响疫苗的免疫效果,但其致病性有待进一步研究。本研究从疑似发病蛋鸡中分离到新的MDV-2株,为我国MDV-2的研究提供重要参考依据,同时为我国MD疫情防控提供有价值的研究材料。

血浆Septin9基因甲基化状态与PGR、G-17检测对胃癌患者的诊断价值

目的探讨血浆Septin9基因甲基化状态与胃蛋白酶原Ⅰ与胃蛋白酶原Ⅱ比值(PGR)、胃泌素-17(G-17)检测对胃癌患者的诊断价值。方法在2022年1月至2024年1月本院收治的胃部病变患者100例,其中慢性非萎缩性胃炎组(A组)和萎缩性胃炎组(B组)各30例,胃癌组(C组)40例。对比三组患者Septin9基因甲基化状态、PGR比值以及G-17水平差异,分析其水平对胃癌的早期诊断价值和预后影响。结果PGⅠ、PGR在A组、B组、C组的水平逐渐下降,其中B组的PGⅠ、PGR水平低于A组(P<0.05),C组水平低于A组、B组(P<0.05);PGⅡ、G-17在A组、B组、C组水平逐渐上升,其中B组的PGⅡ、PGR水平高于A组(P<0.05),C组的PGII、PGR水平高于A、B两组(P<0.05);C组mSeptin9阳性检出率47.50%高于A组3.33%、B组6.67%(P<0.05);在胃癌患者中,肠型胃癌、高分化的患者mSeptin9阳性率比较高(P<0.05);ROC曲线结果显示mSeptin9、PGR、G-17单独及联合检测曲线下面积分别为0.704、0.648、0.851、0.988,联合检测曲线面积高于单项指标检测,对胃癌具有良好的预测诊断价值(P<0.05)。结论mSeptin9、PGR、G-17对胃癌的具有一定的诊断价值,联合检测可以提高胃癌的诊断效能。

糖原贮积病Ⅱ型1例

报告1例糖原贮积病Ⅱ型患者。患者为26岁男性,青年期表现为四肢骨骼肌萎缩无力及心肌受累,肌酶、肌电图、下肢磁共振及肌肉病理活检提示肌炎改变,外周血淋巴细胞滤纸片酶学检查显示酸性α-葡萄糖苷酶(acid alpha glucosidase,GAA)活性部分缺乏,最终检测GAA基因确诊为糖原贮积病Ⅱ型,基因变异c.-32-13T>G和c.1551+2T>G分别来自母亲、父亲。分析该患者发病特点,可认识并积累关于糖原贮积病Ⅱ型病例资料,加深对罕见的常染色体隐性遗传病理解。

波尔山羊ACVRⅡB基因5′调控区多态性及其与初生体重体尺的关联分析

旨在探讨波尔山羊激活素受体ⅡB(activin A receptor typeⅡB,ACVRⅡB)基因5′调控区多态性及其对初生体重体尺的影响。从103只波尔山羊耳组织中提取基因组DNA,扩增ACVRⅡB基因5′调控区序列,测序鉴定SNPs位点,分析遗传多态性,并与波尔山羊初生体重、体尺进行关联分析。结果显示,鉴定到g.-1776C>G、g.-1725G>A、g.-1697C>T、g.-1604G>A、g.-1569G>C 5个SNPs位点,其中g.-1725G>A位点AA型在群体中频率为0.049,AG型为0.359,GG型为0.592,PIC为0.29,处于中度多态;g.-1569G>C位点CG型在群体中频率为0.167,GG型为0.833,PIC为0.14,处于低度多态。连锁分析发现g.-1725 G>A与g.-1697C>T、g.-1569G>C完全连锁(相关性为100%)。关联分析发现,g.-1725G>A位点AG型初生重、初生体长均显著高于GG型(P<0.05);g.-1569G>C位点CG型初生体高显著高于GG型。综上,g.-1725G>A位点可作为波尔山羊早期生长选育的候选分子标记。

宁夏枸杞根际土壤链霉菌Ⅱ-2-2-2的基因组测序和次级代谢产物分析

目的 分析链霉菌Ⅱ-2-2-2基因序列,挖掘潜在次级代谢能力生物合成基因簇。方法 采用IlluminaHiSeq+PacBio测序技术获得链霉菌Ⅱ-2-2-2的基因组草图序列,经antiSMASH(v6.0.1)平台分析次级代谢产物合成基因簇,采用高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱技术对发酵液进行网络化分析。结果 自宁夏枸杞须根附近的土壤中分离得到一株菌株Ⅱ-2-2-2,经鉴定其与缺乏研究的Streptomycesacrimycini CSSP430 16S rRNA基因序列的相似度达99.64%。其基因组草图序列4 409 970 bp,G+C含量占66.43%,3974个蛋白质编码基因,10个rRNA操纵子和72个tRNA。Anti SMASH分析基因序列至少包含5条次级代谢产物合成基因簇,可能编码线性含唑肽类、核糖体合成和翻译后修饰的肽、非核糖体肽、聚酮类和萜类化合物。获得82个正负模式的离子,并将二级碎片离子在全球天然产物交互分子网络平台进行聚类分析和数据库搜索,发现了24个化学结构。结论 链霉菌Ⅱ-2-2-2具有丰富的次级代谢能力并可能成为研究和开发新抗生素的重要资源。

一种新的β-珠蛋白基因内含子Ⅱ碱基缺失和插入突变的基因型和表型分析

目的:分析β-地中海贫血的基因型,明确是否存在新的突变。方法:对病例进行血液学分析、血红蛋白(Hb)分析及荧光PCR及DNA测序分析地中海贫血基因突变类型。结果:共194例确诊为β-地中海贫血,其中1例为新的β-珠蛋白基因内含子Ⅱ基因突变杂合子。病例男患儿,2岁,临床有轻度贫血。Hb分析结果Hb A 92.9%,Hb A2、Hb F均升高,Hb A2为4.2%,Hb F为2.9%。基因分析显示为杂合子β-珠蛋白基因IVS-Ⅱ-561至IVS-Ⅱ-562有1个碱基缺失和13个碱基插入突变,基因突变类型为IVS-Ⅱ-561-562(-1 bp,+13 bp)。结论:新的β-珠蛋白基因IVS-Ⅱ-561至IVS-Ⅱ-562突变的杂合子导致β-地中海贫血,临床表现为轻度贫血,Hb A2水平升高。

基于NCⅡ遗传交配设计的籼稻抽穗期全基因组关联分析

抽穗期受光温资源和基因网络的共同调控,影响作物产量和品种的地域适应性,通过关联分析鉴定与抽穗期性状相关的显著位点和基因,对解析抽穗期的遗传基础具有重要意义。本研究按照双因素交叉式遗传设计(North Carolina design Ⅱ,NCⅡ)将115份籼稻品种作为父本,5份不育系作为母本,进行测交,得到了575个F_(1)代的测交群体。对亲本和F_(1)代抽穗期的表型值、亲本品种群体的一般配合力、F_(1)代群体的特殊配合力和超亲优势值进行全基因组关联分析,(1)共定位到104个关联位点,分布在12条染色体上。其中,第4条染色体上检测到的显著位点最多,为16个。在亲本的抽穗期表型、一般配合力、F_(1)代的抽穗期表型、特殊配合力、超亲优势值5个数据集中分别检测到6、5、15、57和21个。对这5个数据集中的显著关联位点进行表型变异分析,发现在亲本抽穗期表型、一般配合力、F_(1)代抽穗期表型、特殊配合力和超亲优势值这5个数据集中的显著关联位点对表型变异的总贡献率(phenotypic variation explained,PVE)分别为79.57%、10.51%、33.35%、56.42%和54.86%。其中,25个位点在多个数据集中被检测到,可能为抽穗期相关的热点区域。(2)通过关联分析得到的显著位点与日本晴参考基因组注释信息比对,共检测到5个已克隆抽穗期基因,其中3个基因与显著关联位点的基因组距离小于200 kb,对这3个基因中的单倍型组合与单个基因的优异单倍型进行比较发现,亲本品种群体中单倍型组合SDG724(Hap.A)_Hd17(Hap.E)_Ghd7(Hap.A)的对应的水稻单株籽粒产量较高,抽穗期较长,该组合中各基因的单倍型对应于单个克隆基因的优异单倍型,表明优异单倍型的聚合的常规稻,具有更高的产量和更长的抽穗期。测交子代未见此情形,测交子代群体中SDG724(Hap.I)_Hd17(Hap.K)_Ghd7(Hap.I)的单倍型组合形式的水稻有适中的抽穗期和较高的产量,说明测交子代的抽穗期遗传机制较父本(常规水稻品种)复杂。全基因组关联分析和单倍型分析相结合,能利用到多个SNP提供的连锁不平衡信息,提高了基因检测效率,对培育高产的水稻品种具有重要的指导意义。