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VTCN1调控结肠癌细胞长链非编码RNA和mRNA的全基因表达谱分析
被引量:
2
1
作者
褚以忞
周锋利
+5 位作者
徐莹
蒯榕
李吉
侯照远
杨大明
彭海霞
《上海交通大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期270-277,共8页
目的·探讨含V-set域T细胞激活抑制因子(V-set domain containing T cell activation inhibitor 1,VTCN1)在结肠癌中对下游长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和mRNA的调控作用。方法·利用慢病毒质粒在结肠癌细胞株SW1...
目的·探讨含V-set域T细胞激活抑制因子(V-set domain containing T cell activation inhibitor 1,VTCN1)在结肠癌中对下游长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和mRNA的调控作用。方法·利用慢病毒质粒在结肠癌细胞株SW1116中过表达VTCN1,抽提RNA并测序,与阴性对照组比较分析差异表达的lncRNA和m RNA,并任意选取差异表达的lncRNA(3条)和mRNA(2条)进行实时定量PCR(qRT-PCR)验证RNA测序结果的准确性。通过BLAST2GO和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析预测这些差异表达lncRNA和m RNA的相关功能。利用线上平台GEPIA18(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)分析差异表达lncRNA与结直肠癌患者生存期的相关性。结果·通过RNA测序在过表达VTCN1的SW1116细胞中发现了167条差异基因,包括39条lncRNA和128条m RNA。qRT-PCR检验结果与RNA测序结果变化趋势一致。生物信息学分析结果显示这些受VTCN1调控的差异基因可能参与了内质网中的蛋白处理、mRNA监控信号通路。另外,在过表达VTCN1的结肠癌细胞中明显上调的3条lncRNA(DNAJC9-AS1、HCG27和RP11-339B21.13),同时也是预测结直肠癌患者总生存期的独立因子。结论·在结肠癌细胞中VTCN1对下游多条lncRNA和mRNA具有调控作用,这些lncRNA和mRNA可能参与了内质网中的蛋白处理和mRNA监控信号通路。
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关键词
含
v-set
域
t
细胞激活抑制因子
结肠癌
长链非编码RNA
RNA测序
生物信息学分析
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职称材料
题名
VTCN1调控结肠癌细胞长链非编码RNA和mRNA的全基因表达谱分析
被引量:
2
1
作者
褚以忞
周锋利
徐莹
蒯榕
李吉
侯照远
杨大明
彭海霞
机构
上海交通大学医学院附属同仁医院内窥镜室
上海交通大学基础医学院生物化学与分子细胞生物系
出处
《上海交通大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期270-277,共8页
基金
国家自然科学基金面上项目(81872131)
上海市卫生和计划生育委员会青年科研项目(20154Y0160
+2 种基金
20174Y0084)
上海市自然科学基金(18ZR1434900)
长宁区科学技术委员会重点项目(CNKW2016Z01)~~
文摘
目的·探讨含V-set域T细胞激活抑制因子(V-set domain containing T cell activation inhibitor 1,VTCN1)在结肠癌中对下游长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和mRNA的调控作用。方法·利用慢病毒质粒在结肠癌细胞株SW1116中过表达VTCN1,抽提RNA并测序,与阴性对照组比较分析差异表达的lncRNA和m RNA,并任意选取差异表达的lncRNA(3条)和mRNA(2条)进行实时定量PCR(qRT-PCR)验证RNA测序结果的准确性。通过BLAST2GO和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析预测这些差异表达lncRNA和m RNA的相关功能。利用线上平台GEPIA18(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)分析差异表达lncRNA与结直肠癌患者生存期的相关性。结果·通过RNA测序在过表达VTCN1的SW1116细胞中发现了167条差异基因,包括39条lncRNA和128条m RNA。qRT-PCR检验结果与RNA测序结果变化趋势一致。生物信息学分析结果显示这些受VTCN1调控的差异基因可能参与了内质网中的蛋白处理、mRNA监控信号通路。另外,在过表达VTCN1的结肠癌细胞中明显上调的3条lncRNA(DNAJC9-AS1、HCG27和RP11-339B21.13),同时也是预测结直肠癌患者总生存期的独立因子。结论·在结肠癌细胞中VTCN1对下游多条lncRNA和mRNA具有调控作用,这些lncRNA和mRNA可能参与了内质网中的蛋白处理和mRNA监控信号通路。
关键词
含
v-set
域
t
细胞激活抑制因子
结肠癌
长链非编码RNA
RNA测序
生物信息学分析
Keywords
v-set
domain
containing
t
cell
activation
inhibitor
1 (
vtcn
1)
colon cancer
long noncoding RNA (lncRNA)
RNA sequencing
bioinforma
t
ic analysis
分类号
R735.3 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
VTCN1调控结肠癌细胞长链非编码RNA和mRNA的全基因表达谱分析
褚以忞
周锋利
徐莹
蒯榕
李吉
侯照远
杨大明
彭海霞
《上海交通大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
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