本研究分别对新老窖泥样本的16S rDNA V4和V3-V4区进行Illumina高通量测序,比较了测序的群落多样性参数、NMDS聚类与优势门/属的相对丰度。V4区的OTUs数目(264~639)显著低于V3-V4区(459~1123);V4区的Shannon指数在新、老池壁泥中(2.47、...本研究分别对新老窖泥样本的16S rDNA V4和V3-V4区进行Illumina高通量测序,比较了测序的群落多样性参数、NMDS聚类与优势门/属的相对丰度。V4区的OTUs数目(264~639)显著低于V3-V4区(459~1123);V4区的Shannon指数在新、老池壁泥中(2.47、5.02)显著低于V3-V4区(3.33、6.46),而在新(4.98 vs 5.98)、老(5.64 vs 5.39)池底泥样本中无显著差异(p>0.05);V4区的Chao1指数在新池底泥(2455 vs 1358)、新池壁泥(1326 vs 504)和老池底泥(3475 vs 1260)中显著高于V3~V4区,在老池壁泥中无显著差异(1915 vs 1312)(p>0.05)。两个可变区的测序对NMDS聚类规律无影响。热图聚类结果显示,两个可变区的优势门/属的相对丰度很接近,V4区在属水平上更容易区分老窖池的池底泥。与V3-V4区相比,V4区更利于区分池壁泥与池底泥,且可以检测出甲烷菌的含量,更有利于窖泥菌群组成分析。本研究为16S rDNA高通量测序中V3-V4区与V4区的选择提供一定参考。展开更多
为研究微型/微微型浮游植物在褐潮生消过程的多样性变化,以18S r DNA V4区作为目标基因,结合高通量测序技术,对2014年5月、7月和2015年5月、7月长兴岛近岸海域海水中微型/微微型浮游植物多样性进行了检测.结果表明,高通量测序技术可有...为研究微型/微微型浮游植物在褐潮生消过程的多样性变化,以18S r DNA V4区作为目标基因,结合高通量测序技术,对2014年5月、7月和2015年5月、7月长兴岛近岸海域海水中微型/微微型浮游植物多样性进行了检测.结果表明,高通量测序技术可有效地检测长兴岛近岸海域海水中微型/微微型浮游植物多样性,自行设计的V4(F/R)引物在微型/微微型浮游植物群落鉴定方面更为高效.2014年5月、7月在长兴岛海域分别检出微型/微微型浮游植物143、165种,2015年5月、7月分别检出123、167种.微型/微微型浮游植物群落中绿藻门相对丰度最高,2014年5月、7月分别为44.5%、65.6%,2015年5月、7月分别为81.8%、73.7%.微型/微微型浮游植物多样性指数和种类数都是同年7月高于5月,说明7月海水中微型/微微型浮游植物群落结构较5月稳定.同时发现了渤海海域的褐潮致灾种微拟球藻(Nannochloris sp.)和金牛微球藻(Ostreococcus tauri),2014年和2015年其平均优势度分别为0.37和0.39;而已发现的褐潮致灾种——抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)在长兴岛海域的4次调查中虽都有检出,但其优势度(平均为0.000 3)较低.展开更多
【目的】了解南明河城区河段细菌群落结构及多样性变化,探讨城区河段环境因子对细菌群落结构的影响。【方法】应用对细菌16S r DNA V4区的高通量测序技术,分析和比较了南明河流经城区的5个样点的细菌群落多样性;然后采用冗余分析(RDA)...【目的】了解南明河城区河段细菌群落结构及多样性变化,探讨城区河段环境因子对细菌群落结构的影响。【方法】应用对细菌16S r DNA V4区的高通量测序技术,分析和比较了南明河流经城区的5个样点的细菌群落多样性;然后采用冗余分析(RDA)探讨了水体环境因子与细菌多样性的关系。【结果】南明河贵阳区段细菌多样性指数(Shannon-Wiener指数)分析结果显示,多样性指数平均达7.5,乌当桥采样点的细菌多样性>水口寺采样点>五眼桥采样>花溪大桥采样点>冠洲桥采样点。序列比对结果显示,南明河内细菌除了部分分类地位不明确的菌群和稀有菌群外,其余分布于11个门包含327个属的细菌,优势菌门为变形菌门(Proteobacterice,66.1%±3.30%),其中γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria,54.76%±4.86%)为优势亚群,假单胞菌属(Pseudomonas,16.92%±0.02%)为优势菌属;RDA结果表明不同菌群受不同环境因子的影响不同,菌属群落Ⅳ和环境中总氮、总磷显著正相关。【结论】高通量测序分析能获得更为全面的细菌群落多样性信息。河流经过城区后环境因子发生较大变化,影响河流细菌群落结构改变。这为研究河流城市区段的细菌结构多样性及与环境因子的关系提供了新的科学数据。展开更多
在组织共生微生物群系的研究中,组织样本中微生物细胞比例远低于宿主细胞,导致高通量测序数据中属于微生物的序列比例很低,不足以准确反映菌群多样性和结构组成.本文比较了HostZEROTM Microbial DNA Kit(ZYM)和NEBNext mircobiome DNA e...在组织共生微生物群系的研究中,组织样本中微生物细胞比例远低于宿主细胞,导致高通量测序数据中属于微生物的序列比例很低,不足以准确反映菌群多样性和结构组成.本文比较了HostZEROTM Microbial DNA Kit(ZYM)和NEBNext mircobiome DNA enrichment kit(NEB)两款商用DNA提取试剂盒、16S r RNA基因V3-V4高变区测序文库构建过程中的巢式PCR(NES)和扩增产物切胶回收(GEL)四种方法.与未经去除宿主DNA的方法相比,四种方法都使胃组织样本测序结果中细菌序列占比显著增加.NES和ZYM明显改变了纯菌菌株混合样本和胃组织样本菌群的组成;NEB未对菌株混合样本菌群组成造成明显影响,但对胃组织样本菌群结构影响大;只有GEL方法对样本菌群结构影响较小.综上所述,GEL方法能够去除大部分宿主DNA又对菌群组成影响最小,这为研究组织微生物群系时减少测序数据中宿主DNA的方法选择提供了参考.展开更多
目的：探究冬病夏治方穴位贴敷给药对哮喘豚鼠的治疗作用及其对肠道菌群的影响。方法：将75只豚鼠随机分成空白组、哮喘模型组、阳性（地塞米松磷酸钠）组、穴位给药组、非穴位给药组（n=15）,采用卵蛋白注射及雾化吸入的方法建立豚鼠...目的：探究冬病夏治方穴位贴敷给药对哮喘豚鼠的治疗作用及其对肠道菌群的影响。方法：将75只豚鼠随机分成空白组、哮喘模型组、阳性（地塞米松磷酸钠）组、穴位给药组、非穴位给药组（n=15）,采用卵蛋白注射及雾化吸入的方法建立豚鼠哮喘模型,通过肺组织病理苏木素-伊红（HE）,马松（Masson）染色观察冬病夏治方对豚鼠哮喘的治疗效果。提取豚鼠粪便总基因组DNA,对16 S rRNA V4可变区基因进行PCR扩增及Illumina Hi Seq测序,将基因序列相似度高于97%的序列进行聚类归并,并进行生物信息学分析。结果：与哮喘模型组比较,各给药组豚鼠肺组织炎症细胞减少,支气管收缩、气道上皮增生症状改善明显,恢复良好,胶原纤维沉积均有不同程度减少,且地塞米松磷酸钠组与穴位给药组的减少程度明显,穴位给药组的治疗效果优于非穴位给药组。通过操作分类单元（OTU）及其丰度分析发现,冬病夏治方穴位贴敷给药后豚鼠的肠道菌群多样性升高,普氏菌属显著增多,拟杆菌门减少,变形菌增多;哮喘模型组厚壁菌数目较空白组及各给药组减少。结论：冬病夏治方穴位贴敷能有效治疗哮喘,改善哮喘症状,调控哮喘豚鼠肠道菌群的构成。提示该方可能通过调控肠道菌群从而影响机体免疫,达到治疗哮喘的效果,为研究哮喘的治疗机制提供一定的理论基础。展开更多
文摘本研究分别对新老窖泥样本的16S rDNA V4和V3-V4区进行Illumina高通量测序,比较了测序的群落多样性参数、NMDS聚类与优势门/属的相对丰度。V4区的OTUs数目(264~639)显著低于V3-V4区(459~1123);V4区的Shannon指数在新、老池壁泥中(2.47、5.02)显著低于V3-V4区(3.33、6.46),而在新(4.98 vs 5.98)、老(5.64 vs 5.39)池底泥样本中无显著差异(p>0.05);V4区的Chao1指数在新池底泥(2455 vs 1358)、新池壁泥(1326 vs 504)和老池底泥(3475 vs 1260)中显著高于V3~V4区,在老池壁泥中无显著差异(1915 vs 1312)(p>0.05)。两个可变区的测序对NMDS聚类规律无影响。热图聚类结果显示,两个可变区的优势门/属的相对丰度很接近,V4区在属水平上更容易区分老窖池的池底泥。与V3-V4区相比,V4区更利于区分池壁泥与池底泥,且可以检测出甲烷菌的含量,更有利于窖泥菌群组成分析。本研究为16S rDNA高通量测序中V3-V4区与V4区的选择提供一定参考。
文摘为研究微型/微微型浮游植物在褐潮生消过程的多样性变化,以18S r DNA V4区作为目标基因,结合高通量测序技术,对2014年5月、7月和2015年5月、7月长兴岛近岸海域海水中微型/微微型浮游植物多样性进行了检测.结果表明,高通量测序技术可有效地检测长兴岛近岸海域海水中微型/微微型浮游植物多样性,自行设计的V4(F/R)引物在微型/微微型浮游植物群落鉴定方面更为高效.2014年5月、7月在长兴岛海域分别检出微型/微微型浮游植物143、165种,2015年5月、7月分别检出123、167种.微型/微微型浮游植物群落中绿藻门相对丰度最高,2014年5月、7月分别为44.5%、65.6%,2015年5月、7月分别为81.8%、73.7%.微型/微微型浮游植物多样性指数和种类数都是同年7月高于5月,说明7月海水中微型/微微型浮游植物群落结构较5月稳定.同时发现了渤海海域的褐潮致灾种微拟球藻(Nannochloris sp.)和金牛微球藻(Ostreococcus tauri),2014年和2015年其平均优势度分别为0.37和0.39;而已发现的褐潮致灾种——抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)在长兴岛海域的4次调查中虽都有检出,但其优势度(平均为0.000 3)较低.
文摘【目的】了解南明河城区河段细菌群落结构及多样性变化,探讨城区河段环境因子对细菌群落结构的影响。【方法】应用对细菌16S r DNA V4区的高通量测序技术,分析和比较了南明河流经城区的5个样点的细菌群落多样性;然后采用冗余分析(RDA)探讨了水体环境因子与细菌多样性的关系。【结果】南明河贵阳区段细菌多样性指数(Shannon-Wiener指数)分析结果显示,多样性指数平均达7.5,乌当桥采样点的细菌多样性>水口寺采样点>五眼桥采样>花溪大桥采样点>冠洲桥采样点。序列比对结果显示,南明河内细菌除了部分分类地位不明确的菌群和稀有菌群外,其余分布于11个门包含327个属的细菌,优势菌门为变形菌门(Proteobacterice,66.1%±3.30%),其中γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria,54.76%±4.86%)为优势亚群,假单胞菌属(Pseudomonas,16.92%±0.02%)为优势菌属;RDA结果表明不同菌群受不同环境因子的影响不同,菌属群落Ⅳ和环境中总氮、总磷显著正相关。【结论】高通量测序分析能获得更为全面的细菌群落多样性信息。河流经过城区后环境因子发生较大变化,影响河流细菌群落结构改变。这为研究河流城市区段的细菌结构多样性及与环境因子的关系提供了新的科学数据。
文摘在组织共生微生物群系的研究中,组织样本中微生物细胞比例远低于宿主细胞,导致高通量测序数据中属于微生物的序列比例很低,不足以准确反映菌群多样性和结构组成.本文比较了HostZEROTM Microbial DNA Kit(ZYM)和NEBNext mircobiome DNA enrichment kit(NEB)两款商用DNA提取试剂盒、16S r RNA基因V3-V4高变区测序文库构建过程中的巢式PCR(NES)和扩增产物切胶回收(GEL)四种方法.与未经去除宿主DNA的方法相比,四种方法都使胃组织样本测序结果中细菌序列占比显著增加.NES和ZYM明显改变了纯菌菌株混合样本和胃组织样本菌群的组成;NEB未对菌株混合样本菌群组成造成明显影响,但对胃组织样本菌群结构影响大;只有GEL方法对样本菌群结构影响较小.综上所述,GEL方法能够去除大部分宿主DNA又对菌群组成影响最小,这为研究组织微生物群系时减少测序数据中宿主DNA的方法选择提供了参考.
文摘目的：探究冬病夏治方穴位贴敷给药对哮喘豚鼠的治疗作用及其对肠道菌群的影响。方法：将75只豚鼠随机分成空白组、哮喘模型组、阳性（地塞米松磷酸钠）组、穴位给药组、非穴位给药组（n=15）,采用卵蛋白注射及雾化吸入的方法建立豚鼠哮喘模型,通过肺组织病理苏木素-伊红（HE）,马松（Masson）染色观察冬病夏治方对豚鼠哮喘的治疗效果。提取豚鼠粪便总基因组DNA,对16 S rRNA V4可变区基因进行PCR扩增及Illumina Hi Seq测序,将基因序列相似度高于97%的序列进行聚类归并,并进行生物信息学分析。结果：与哮喘模型组比较,各给药组豚鼠肺组织炎症细胞减少,支气管收缩、气道上皮增生症状改善明显,恢复良好,胶原纤维沉积均有不同程度减少,且地塞米松磷酸钠组与穴位给药组的减少程度明显,穴位给药组的治疗效果优于非穴位给药组。通过操作分类单元（OTU）及其丰度分析发现,冬病夏治方穴位贴敷给药后豚鼠的肠道菌群多样性升高,普氏菌属显著增多,拟杆菌门减少,变形菌增多;哮喘模型组厚壁菌数目较空白组及各给药组减少。结论：冬病夏治方穴位贴敷能有效治疗哮喘,改善哮喘症状,调控哮喘豚鼠肠道菌群的构成。提示该方可能通过调控肠道菌群从而影响机体免疫,达到治疗哮喘的效果,为研究哮喘的治疗机制提供一定的理论基础。
