呼吸道感染致病菌16SrRNA基因V3、V6可变区序列分析及在液态芯片中应用的探索性研究

目的探讨呼吸道感染致病菌16SrRNA基因V3、V6可变区在液态芯片系统的应用价值。方法通过GenBank公布的呼吸道感染致病菌16SrRNA基因序列，设计并合成探针及引物，建立液态芯片检测系统，检测福建省立医院收集的52例呼吸道感染痰标本抽提的DNA，与测序结果比对，分析其灵敏度和特异度。结果呼吸道感染致病菌16SrRNA基因V3、V6区均存在差异，应用液态芯片可在3．5h得到检测结果，铜绿假单胞菌16SrRNAV6探针，可检测浓度大于10^2／μl标本，检测灵敏度为100．0％，特异度为100．0％；金黄色葡萄球菌16SrRNAV3探针灵敏度为66．7％，特异度为98．0％；金黄色葡萄球菌16SrRNAV6探针灵敏度为0．0％。结论呼吸道感染致病菌16SrRNA基因V3、V6可变区差异可应用于病原学诊断，但不适合检测所有的呼吸道感染致病菌。

饮水中地塞米松污染对小鼠肠道菌群的影响

目的探讨水环境地塞米松污染对小鼠肠道菌群的影响。方法将20只Balb/c小鼠随机分为对照组和实验组,每组5只。实验低剂量组灌喂含0.035 ng地塞米松磷酸钠的饮用水,中剂量组为0.225 ng、高剂量组为2.25 ng,对照组灌喂不含地塞米松磷酸钠的饮用水。每日观察小鼠行为、皮毛、大便等的变化。灌喂第36 d处死小鼠,取回盲部组织提取细菌基因组DNA,扩增16S r DNA V6可变区,扩增产物变性凝胶梯度电泳(DGGE)后分析。切取DGGE图谱上的优势条带,扩增、纯化后克隆测序,其序列BLAST比对分析。结果各实验组小鼠均出现性情暴躁、斗殴打架、咬断尾部等现象。DGGE图谱聚类分析表明各组小鼠回盲部均具有较稳定的菌群;主成分分析表明各组的优势菌群存在一定差异;菌群多样性分析表明,与对照组相比,低剂量组菌群的种类和数量明显增加(P<0.05);中、高剂量组种类和数量显著增加(P<0.01)。16S r DNA V6区序列分析显示实验组和对照组具有共有菌属15种、差异菌属2种,优势菌种类和比例发生了改变。对照组有乳杆菌属的细菌定植,而中、高剂量实验组乳杆菌属的细菌消失,却出现志贺菌属的细菌。结论饮水地塞米松污染可影响小鼠神经系统,使小鼠肠道内细菌的种类、数量及优势菌所占的比例发生改变,菌群多样性增加;抑制肠道益生菌的定植,利于肠道致病菌的入侵。