5个VNTR位点用于我国三省65株结核分支杆菌菌株基因分型的研究

目的初步探讨我国结核分支杆菌的数目可变串联重复位点 (VariableNumberofTandemRepeat ,VNTR)的分布特征及其在基因分型中的应用。方法 选取结核分支杆菌基因组中的 5个VNTR位点 ,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术 ,并应用BioNumerics(Version3.0 )软件进行处理 ,分析结核分支杆菌DNA中VNTR分布多态性。结果 检测分析的 6 5株结核分支杆菌具有明显的多态性 ,共分成 12个不同的型别 ,其中大部分菌株属于一个型 ,占 6 4 .6 % ,其他菌株呈散在分布。结论 我国结核分支杆菌的VNTR具有明显的多态性。VNTR分型技术具有简便、快速、特异、重复性好等优点 ,可广泛用于结核病的分子流行病学研究。

膀胱癌D17S5位点VNTR多态性研究

膀胱癌Ｄ１７Ｓ５位点ＶＮＴＲ多态性研究王德育袁春伟（东南大学国家教委分子与生物分子电子学实验室，南京２１００９６）可变数目串联重复序列（ＶａｒｉａｂｌｅＮｕｍｂｅｒＴａｎｄｅｍＲｅｐｅａｔｕｎｉｔｓ，ＶＮＴＲｓ）是广泛存在于人类基因组中的ＤＮＡ片段...

D_1S_(80),P_(33.6)位点扩增片段长度多态性在法医学中的应用

用ＰＣＲ技术、小型垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染显色法，分析血痕、精斑、混合斑中的Ｄ１Ｓ８０，Ｐ３３．６ＶＮＴＲ位点的扩增片段长度多态性（ＡｍｐＦＬＰ），获得了满意的结果将该方法运用于案件的鉴定。

河南省结核菌分离株26位点MIRU-VNTR和Spoligotyping分子分型及耐药分析

目的探讨河南省结核杆菌的遗传多样性。方法使用26位点(经典24位点和其他2位点)的分支杆菌散在重复单元中数目可变串联重复序列(mycobacterium interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat,MIRU-VNTR)和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)对来自2015年期间河南省不同地区的668株结核杆菌分离株进行分型分析。对结核菌spoligotype类型和耐药表型的相关性进行分析。结果 Spoligotyping分析表明668株结核杆菌被分到10个不同的基因簇中。北京家族基因型是河南地区结核杆菌中的优势菌株。北京家族基因型菌株对四种一线药全耐药以及耐多药菌株比例明显高于非北京型菌株。668株结核杆菌通过26位点VNTR被分为567个不同的基因型。26个位点中15个位点具有高度或适中的分辨能力。10个分辨能力最强位点的组合分辨力能与26位点相当。结论北京家族是河南省最流行的结核杆菌基因型。10位点VNTR和spoligotyping相结合可有效地用于河南省结核杆菌进化遗传学研究。

肠出血性大肠埃希菌遗传基因分型方法比较

目的对肠出血性大肠埃希菌（EHEC）O157：H7的遗传基因型别进行不同分子分型方法的对比研究,以对EHEC的分子流行病学追踪提供更为行之有效的方法。方法采用核酸脉冲场凝胶电泳（PFGE）与多位点串联重复序列（VNTR）分析（MLVA）两种方法对16株EHEC O157：H7进行分析。结果在PFGE的研究中,依据经XbaI及确认BlnI酶切后,具有相同电泳图谱的菌株被定义为PFGE同一群落的菌株,将16株菌株分成6个型别。MLVA通过对9个位点的串联重复序列的比较研究,16株菌株在3个位点上没有显示出区别,在另外6个位点上等位基因的数目为2~7种,16株细菌被分为14个MLVA的型别。流行病学资料表明,这些菌株为散发病例分离株,分离地域上基本没有关联,因此,MLVA的结果与流行病学信息高度相关。结论MLVA能够区分无法区分的PFGE型别,且可以区分来自于不同地理区域的散发菌株,具有区分肠出血性大肠埃希菌O157：H7的潜力。

麻风

20140052中国麻风菌株系统发生生物地理学与麻风传播/邢燕（首都医科大学北京友谊医院,北京热带医学研究所）,李威,王永红…//中国皮肤性病学杂志.-2013,27（8）.-757~762采用SNP分型与17个位点的VNTR分型,对目前国内尚有麻风新发病例的17个省及西藏、新疆自治区的190例麻风患者的菌株进行分型。结果：除单核苷酸多态性（SNP）外,18-8,12-5,rpoT,（TA）10等VNTR位点是鉴别我国麻风菌株的重要标记物。

VNTR技术用于安徽省耐药结核分支杆菌基因分型的初步研究

目的探讨VNTR(variable number of tandem repeat)技术在安徽省耐药结核分支杆菌基因分型中的应用。方法初步选取13个分型效果较好的VNTR基因位点。应用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,建立检测耐药结核分支杆菌DNA指纹多态性的方法,分析耐药结核分支杆菌DNA多态性。结果共对78株耐药结核分支杆菌的13个VNTR位点进行了检测,根据这些菌株的指纹多态性特征,共分为4个基因型(Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型),分别为Ⅰ型3.8%(378)、Ⅱ型6.4%(578)、Ⅲ型10.3%(878)、Ⅳ型所占比例最大,为79.5%(6278)。在Ⅳ型菌中,耐药菌株主要为耐多药(结核分支杆菌至少耐异烟肼和利福平两种药)和单耐利福平菌株,其所占比例分别为45.8%和22.6%。结论本资料分析表明,安徽省耐药结核分支杆菌的传播似以Ⅳ型菌株为主,应加强此型菌株流行的监控。

辽宁省结核分枝杆菌可变串联重复序列体系的初步建立

目的通过对24位点可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats, VNTR)和日本12位点VNTR(日本JATA12位点)的应用,探索适合辽宁省基因分型的相关位点,初步建立本省的VNTR分型体系。方法采用实验菌株为省级保存的2011-2013年采集自辽宁省14个市的75株菌株。以PCR为基础选取不同位点的引物28对(其中标准24位点与日本JATA12位点中共有的位点有8对)对相应目的片段进行扩增,最后用琼脂糖凝胶电泳进行检测。结果日本JATA12位点不适用于辽宁省的菌株,12位点中的VNTR2074、VNTR3336和Qub15位点通过多次改变PCR条件进行实践仍未得出准确的条带(杂带过多或无目的条带)。标准的24位点中的全部24个位点均可通过实验得出清晰的条带,说明标准24位点的方法可以用于建立辽宁省结核分枝杆菌MIRU-VNTR基因分型体系。75株结核分枝杆菌临床分离株的24个VNTR位点检测结果显示这些菌株均有明显的多态性,24个VNTR位点的Hunter-Gaston指数从0到0.75,其中分辨力最高的位点是MIRU26,分辨力最低的位点是MIRU2。结论辽宁省与日本虽同为北京基因型的主要流行地区,但辽宁省流行的北京基因型结核分枝杆菌的基因与日本流行的北京基因型结核分枝杆菌存在着不同的特点。24位点MIRU-VNTR基因分型体系适用于本省,目前已初步建立我省VNTR基因分型位点体系,我们将通过进一步的实验精简位点,最终建立最适用于本省的精准VNTR基因分型体系。

可变串联重复序列分析在辽宁省结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的了解辽宁省81例结核分枝杆菌多位点数目可变串联重复序列分析(variable number of tandem repeats,VNTR)的基因多态性及近期传播情况。方法对2018年辽宁省内送至辽宁省疾病预防控制中心实验室的菌株进行传代后采用对硝基苯甲酸(p-nitrobenzoic acid,PNB)培养基进行菌群鉴定,以区分结核分枝杆菌复合体和非结核分枝杆菌。采用固体比例法利用罗氏培养基对4种一线抗结核药物进行药敏实验。以PCR为基础对标准24位点进行检测分析,利用RD105基因缺失法鉴定北京基因型。利用Microsoft Excel软件进行多态性分析,利用https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index网站得到VNTR基因分型结果,同时进行位点多态性和成簇率的计算。采用SPSS 23.0软件进行数据的统计描述,对计数资料或各年度耐药情况进行χ~2检验;当理论频数<5时,采用Fisher确切概率法计算双侧P值,检验水准α=0.05。结果经分析81株菌株可分为3个基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),菌株数分别为1(1.23%)、4(4.94%)和76(93.83%),其中最大的基因群为Ⅲ群。成簇率为4.94%(4/81)。近期感染率最小估计值为2.47%(2/81)。24个VNTR位点中有5个位点的多态性较好,3个位点的多态性尚可,16个位点的多态性较差。结论初步证实辽宁省耐药结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,其主要流行型为北京基因型(Ⅲ群)。