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基于HMM的齿肋赤藓VOZ转录因子的预测与分析 被引量:7
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作者 高贝 李小双 张道远 《生物信息学》 2014年第2期77-83,共7页
VOZ(Vascular plant One Zinc finger protein)作为与植物的进化与发育密切相关的基因,在极端耐旱荒漠苔藓植物齿肋赤藓(Syntrichia caninervis)中对VOZ基因进行挖掘和分析有利于更好的揭示VOZ基因的进化关系,且可作为抗逆基因进行更为... VOZ(Vascular plant One Zinc finger protein)作为与植物的进化与发育密切相关的基因,在极端耐旱荒漠苔藓植物齿肋赤藓(Syntrichia caninervis)中对VOZ基因进行挖掘和分析有利于更好的揭示VOZ基因的进化关系,且可作为抗逆基因进行更为深入的分子生物学研究。在VOZ转录因子蛋白中VOZ-domain是一个保守的DNA结合结构功能域,利用VOZ-domain多序列联配构建隐马尔可夫模型序列谱能够很好的进行家族成员的识别和预测。利用拟南芥、小立碗藓和水稻等植物已知的转录因子序列信息构建HMM序列谱模型,对荒漠苔藓齿肋赤藓转录组进行比对搜索。最终得到一条新的齿肋赤藓VOZ转录因子ScVOZ1(NCBI/EBI检索号:HG764415),序列长度为1 495 bp,具有完整的VOZ-domain结构域。生物信息学分析表明其具有转录调控功能和核定位潜能。多序列比对、进化和保守基序分析表明,ScVOZ1蛋白序列与小立碗藓VOZ家族和拟南芥AtVOZ1相似度较高。本研究为进一步研究ScVOZ1基因的功能以及其进化起源奠定了基础。 展开更多
关键词 齿肋赤藓 voz转录因子 隐马模型 生物信息学
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芒果VOZ转录因子基因家族成员鉴定及生物信息学分析 被引量:4
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作者 刘志鑫 孙宇 +4 位作者 叶子 罗睿雄 李忠 蒲金基 张贺 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1762-1770,共9页
【目的】对芒果维管束锌指蛋白(VOZ)基因家族成员进行鉴定并对其生物信息学进行分析,为深入探究芒果VOZ转录因子在免疫反应中的生物学功能提供理论参考。【方法】基于芒果全基因组数据,利用生物信息学方法鉴定芒果VOZ转录因子基因家族成... 【目的】对芒果维管束锌指蛋白(VOZ)基因家族成员进行鉴定并对其生物信息学进行分析,为深入探究芒果VOZ转录因子在免疫反应中的生物学功能提供理论参考。【方法】基于芒果全基因组数据,利用生物信息学方法鉴定芒果VOZ转录因子基因家族成员,并分析其理化性质、保守基序及系统发育进化。通过实时荧光定量PCR检测胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)与细菌性黑斑病菌(Xanthomonas citri pv.mangiferaeindicae)侵染下的相对表达量。【结果】从芒果全基因组中间鉴定出4个VOZ转录因子家族成员,分别为MiVOZ1、MiVOZ2、MiVOZ3和Mi-VOZ4基因,开放阅读框(ORF)长度为1290~1482 bp,编码氨基酸数量为429~493,蛋白分子量为47.26~54.96 kD,等电点(pI)为5.47~6.00,亲/疏水性指数为-0.663~-0.552,不稳定指数为37.66~50.86,二级结构均以无规则卷曲和α-螺旋为主要元件。芒果和其他9个物种的49个VOZ蛋白聚为十个分支,在ClassⅠ中3个MiVOZs蛋白(MiVOZ2、MiVOZ3和MiVOZ4)与苹果、木薯和毛果杨聚类在一起,在ClassⅤ中MiVOZ1与拟南芥、木薯和毛果杨聚类在一起。在胶孢炭疽菌侵染下,仅MiVOZ1和MiVOZ2基因的相对表达量较对照显著升高(P<0.05,下同);在细菌性黑斑病菌侵染下,仅MiVOZ2基因的相对表达量较对照显著升高。【结论】芒果VOZ转录因子在抵御不同病原菌侵染的生物学功能方面存在差异,其中MiVOZ2基因在抵御胶孢炭疽病和细菌性黑斑病侵染的免疫反应中具有相似生物学功能,属于正调节因子。 展开更多
关键词 芒果 voz转录因子 生物信息学 实时荧光定量PCR
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菠萝VOZ转录因子序列特征及其对非生物胁迫的响应 被引量:12
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作者 夏杨 苏初连 +3 位作者 晁骏 康浩 蒲金基 张贺 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期1228-1234,共7页
为探究菠萝(Ananas comosus)维管植物锌指蛋白转录因子(VOZ)家族的序列特征及表达特征,该研究采用生物信息学的方法对菠萝VOZ转录因子家族进行序列分析,并通过qRT-PCR技术研究了NaCl、干旱和低温(4℃)等逆境处理对菠萝VOZ家族基因表达... 为探究菠萝(Ananas comosus)维管植物锌指蛋白转录因子(VOZ)家族的序列特征及表达特征,该研究采用生物信息学的方法对菠萝VOZ转录因子家族进行序列分析,并通过qRT-PCR技术研究了NaCl、干旱和低温(4℃)等逆境处理对菠萝VOZ家族基因表达的影响。结果表明:(1)菠萝与拟南芥、水稻的VOZ转录因子家族均含有2个保守区域,且菠萝VOZ蛋白均为亲水酸性蛋白;蛋白质二级结构显示,菠萝VOZ蛋白主要结构元件为α-螺旋和无规则卷曲。(2)qRT-PCR分析显示,不同非生物胁迫下,AcoVOZ1和AcoVOZ2的表达量与对照差异显著,且NaCl、干旱、低温(4℃)、甘露醇、ABA、Eth胁迫下,AcoVOZ1和AcoVOZ2的表达量均呈显著下降趋势。研究推测,菠萝VOZ转录因子家族以负调控的方式参与菠萝抗高盐、干旱、低温(4℃)等非生物胁迫的应答反应,为进一步研究菠萝抗逆分子机制和菠萝抗逆性基因工程改良奠定了技术基础。 展开更多
关键词 voz转录因子 生物信息学 非生物胁迫
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2个大豆VOZ转录因子的克隆及非生物胁迫表达分析 被引量:1
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作者 邬长乐 张军 +4 位作者 何佳琦 李铭杨 于海伟 李珊珊 翟莹 《高师理科学刊》 2022年第6期80-84,共5页
为探究大豆维管植物锌指蛋白(VOZ)转录因子的序列特征和非生物胁迫表达模式,采用实时荧光定量PCR对Gm VOZ1-1,Gm VOZ1-2在非生物胁迫下的表达量进行检测,并对其进行克隆及序列分析.Gm VOZ1-1,Gm VOZ1-2对干旱、高盐、低温胁迫均存在响应... 为探究大豆维管植物锌指蛋白(VOZ)转录因子的序列特征和非生物胁迫表达模式,采用实时荧光定量PCR对Gm VOZ1-1,Gm VOZ1-2在非生物胁迫下的表达量进行检测,并对其进行克隆及序列分析.Gm VOZ1-1,Gm VOZ1-2对干旱、高盐、低温胁迫均存在响应,且干旱胁迫下表达量升高最明显.Gm VOZ1-1位于大豆6号染色体上,Gm VOZ1-2位于大豆13号染色体上,分别编码含有478,459个氨基酸的蛋白质,它们均含有1个保守的VOZ结构域.Gm VOZ1-1,Gm VOZ1-2均含有1个核定位信号,预测均为细胞核蛋白.Gm VOZ1-1与白羽扇豆La VOZ的亲缘关系最近,GmVOZ1-2与蒺藜苜蓿Mt VOZ的亲缘关系最近. 展开更多
关键词 大豆 voz转录因子 非生物胁迫 表达分析
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VOZ转录因子在植物开花调控及胁迫响应中的研究进展
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作者 刘源 罗聪 +2 位作者 李箬芫 李柏君 何新华 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1133-1144,共12页
在植物生长发育过程中,开花和应激反应是至关重要的事件。VOZ(vascular plant one-zinc finger)转录因子是存在于维管植物及苔藓植物中的一类植物转录因子。它于2004年在拟南芥(Arabidopsis thaliana)中被鉴定出来,并已被证明在成花和... 在植物生长发育过程中,开花和应激反应是至关重要的事件。VOZ(vascular plant one-zinc finger)转录因子是存在于维管植物及苔藓植物中的一类植物转录因子。它于2004年在拟南芥(Arabidopsis thaliana)中被鉴定出来,并已被证明在成花和逆境胁迫响应中发挥着重要作用。本文在介绍VOZ转录因子的结构特征及VOZ基因成员在不同物种中的分布情况的基础上,总结了VOZ基因在不同物种中的表达模式及其在植物生长发育过程中发挥的功能,包括促进植物成花诱导和果实发育、提高植物对生物胁迫的耐受力、降低植物对非生物胁迫的抵抗能力以及调控种子萌发等方面,并阐述了VOZ转录因子在不同调控途径中与相关蛋白发生相互作用,从而发挥功能的分子机制。本文总结了VOZ转录因子发挥不同功能时的分子机制,旨在为植物开花和逆境胁迫领域的研究人员提供帮助,为进一步研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 维管植物 研究进展 voz转录因子 开花 逆境
原文传递
Bioinformatics Analysis of VOZ Gene Family in Populus trichocarpa
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作者 YANG Cai-hong GONG Yuan-yong YAN Fei 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2022年第4期45-53,共9页
To explore the biological characteristics of Vascular plant One-Zinc finger(VOZ)gene family in Populus trichocarpa,this paper used bioinformatics to analyze the nucleotide sequences and protein sequences of four membe... To explore the biological characteristics of Vascular plant One-Zinc finger(VOZ)gene family in Populus trichocarpa,this paper used bioinformatics to analyze the nucleotide sequences and protein sequences of four members of VOZ gene family of P.trichocarpa.The results showed that the four PtVOZ genes of P.trichocarpa were evenly distributed on four chromosomes.The length and molecular weight of the encoded protein were almost the same,and the subcellular localization was located in the nucleus,belonging to the unstable acidic hydrophilic non-aliphatic soluble protein.The gene structures were all in the patterns of 4 exons and 3 introns.The proportion order of PtVOZ transcription factor secondary structure components was random coil>αhelix>extended strand>βsheets,and the tertiary structure was very similar in spatial conformation.The phylogenetic tree analysis showed that P.trichocarpa was more closely related to VOZ transcription factors of dicotyledons.The four PtVOZ genes of P.trichocarpa were expressed in seedlings and different tissues,but there were differences in the expression intensity.This study provided a necessary theoretical basis for further exploring the molecular biological function of PtVOZ genes. 展开更多
关键词 Populus trichocarpa voz gene family Transcription factor Bioinformatics analysis
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