埃可病毒14型分离株VP1区序列基因特征分析

目的分析全球近30年埃可病毒14型(echovirus14,Echo14)分离株VP1区遗传进化规律,探索其分子流行病学特征。方法应用生物信息学软件,分析GenBank核苷酸数据库收录的全球Echo14分离株全长VP1区基因序列,构建系统进化树,比较分析分离株核苷酸和氨基酸同源性。采用Datamonkey在线软件筛选正向选择位点,采用Bioedit软件测算氨基酸置换熵值。结果共纳入Echo14分离株140株,毒株分离于1990—2019年,主要来自中国(占69.3%),主要分离自急性迟缓性麻痹监测样品(占72.1%)。分离株血清型由多到少依次为基因型D(占44.3%)、B(占30.0%)、C(占23.6%)和A(占2.1%),其中C和D型均流行于中国;分离株核苷酸和氨基酸同源性为80.0%和96.2%;发现1个正向选择位点和11个氨基酸易突变位点;核苷酸碱基总突变数6833 bp,总突变率为5.5%。结论Echo14流行水平较低,其分离株进化较为活跃,亲缘性关系较远,存在共循环流行特征。

中国首例iVDPVs病例粪便标本中病毒血清型分布和Ⅲ型iVDPVs VP1区基因特征

分析中国首例免疫缺陷疫曲衍生脊髓灰质炎病毒（immunodeficient vaccine-derived polioviruses，iVDPVs）急性弛缓性麻痹（acute flaccid paralysis，AFP）病例（实验室编号为9230）12份便标本中病毒血清型分布和分离物中Ⅲ型VP1区的基因特征。31个省的疾病预防控制中心脊髓灰质炎（脊灰）实验室网络，在2005年采用细胞培养、病毒分离和微量中和试验从5231例AFP病例中的293例的便标本中分离到脊灰病毒，其中从1例编号为9230的AFP病例发病2～150天的12份便标本中分离到17株脊灰病毒株，包括Ⅱ型12株，Ⅲ型5株。用PCR-RFLP和ELISA两种方法对送检的293例AFP病例中分离的病毒进行型内鉴定，VP1区序列测定和分析发现：从9230号病例粪便标本中分离的12株Ⅱ型为混合不同变异数目的Ⅱ型iVDPVs，5株Ⅲ型病毒为单一Ⅲ型iVDPVs；除9230号病例外未发现其它iVDPVs或疫苗衍生脊灰病毒（vaccine-derived polioviruses，VDPVs）。5株Ⅲ型iVDPVs的VP1基因和SabinⅢ相比有22～24个碱基突变，同源性为97．33％～97．56％，是中国至今发现变异最大的Ⅲ型VDPVs。9230号病例临床诊断为X-连锁低／无丙种球蛋白血症，是在中国首次发现的iVDPVs病例，该病例的病毒分离物中同时存在Ⅱ型和Ⅲ型iVDPVs，Ⅲ型iVDPVs在患者体内至少复制2．5年以上，iVDPVs病例的持续排毒已经给中国维持无脊灰状态提山了新的挑战。

浙江省2002年2例柯萨奇B_5病毒VP1区基因特性分析

目的:研究2002年浙江省病毒性脑膜脑炎病原CoxB5病毒VP1区的基因特征.方法:用Hep-2和RD两种细胞对患者脑脊液和粪便标本进行病毒分离,提取病毒RNA,再用RT-PCR扩增病毒VP1区基因片断,对纯化产物进行核苷酸序列测定,采用DNAMAN和Bioedit软件进行分析处理.结果:两株CoxB5病毒的VP1区核苷酸长度均为 849 bp,二者核苷酸同源性为 98.7%,氨基酸同源性达 100%.结论:浙江省两株CoxB5病毒为同一性状毒株,它们的亲缘关系与侵犯中枢神经系统的CoxB5的原型株AF-114383CoxB5(Swend-16-1998)最为接近.但这两株CoxB5毒株与欧美国家相比,核苷酸同源性仅为 79.3%～81.5%,氨基酸同源性为 96.82～97.53%,核苷酸序列有了 18.5%～20.7% 的变异,与国外报道的CoxB5株之间存在一定的差异.这两株病毒与安徽明光市2001年从无菌性脑膜脑炎病人粪便中分离到的两株CoxB5病毒MG-18-2001和MG-39-2001在同一小分枝上,核苷酸同源性达 98.5%～98.9%,氨基酸同源性达 99.29%～99.65%.

2021—2023年安徽省手足口病柯萨奇病毒A组16型分子分型研究

目的了解安徽省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)发病情况、柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)基因型别分布情况和VP1基因进化特征。方法通过中国疾病预防控制信息系统对2021—2023年安徽省HFMD发病情况和病原学检测情况进行统计。收集HFMD患者咽拭子样本,分离得到CVA16毒株,对其VP1区进行PCR扩增和基因序列测定,使用肠道病毒在线分型工具鉴定基因亚型,运用MegAlign比较核苷酸和氨基酸同源性,利用MEGA 6.0构建进化树,并分析VP1区氨基酸变异位点。结果2021—2023年安徽省累计报告HFMD病例155640例,年均报告发病率为84.83/10万。2021—2023年安徽省16个地市共报告HFMD实验室确诊病例12643例,其中CV-A16占18.16%(2296/12643),各年度构成比分别为25.81%(1127/4366)、33.69%(782/2321)和6.50%(387/5956)。2021—2023年安徽省共分离到HFMD CV-A16毒株72株,其中B1a和B1b基因亚型分别为58株(占80.56%)、14株(占19.44%)。两种亚型毒株与CV-A16原型株G-10的核苷酸和氨基酸同源性分别为73.80%~76.20%和90.60%~92.30%。进化树显示B1a基因亚型流行株在遗传进化上分为4个分支簇,B1b基因亚型流行株形成3个分支簇。72条VP1区基因序列与原型株比较发现了26个氨基酸位点发生变异。结论2021—2023年安徽省HFMD CV-A16主要流行的基因亚型为B1a和B1b,B1a为优势基因亚型,应加强对CV-A16流行毒株的分子监测。

猪水泡病病毒VP1基因抗原区的原核表达

利用RT PCR和nestedPCR(nPCR)技术扩增出猪水泡病病毒VP1基因的抗原区 ,将其克隆到表达载体pProEX HTb中 ,获得重组质粒 ,经PCR、酶切和序列分析鉴定表明 ,目的基因插入的位置、大小和读码框均正确。将重组质粒导入BL2 1 (DE3) ,经IPTG诱导表达后SDS PAGE检测表明 ,重组菌能表达猪水泡病病毒VP1抗原区蛋白 ;Westernblot检测表明 ,诱导表达的抗原区蛋白能与猪水泡病阳性血清发生特异性反应。

宁夏手足口病患者柯萨奇病毒A14型VP1区序列分析

目的了解宁夏手足口病(HFMD)患者中柯萨奇病毒A14型(CVA14)分离株的基因特征。方法收集2013年实时荧光PCR法检测非EV71和非CVA16肠道病毒核酸阳性标本280份,用RD和Hep-2细胞进行肠道病毒分离培养,分离到的毒株采用RT-PCR法扩增其VP1区基因并进行核苷酸序列测定,测序结果利用BLAST进行型别鉴定。对鉴定为CVA14的毒株进行VP1区基因同源性分析和进化分析。结果从280份标本中共分离到肠道病毒36株,其中有2株鉴定为CVA14。2株CVA14宁夏分离株相互间核苷酸同源性为99.4%,氨基酸同源性为99.3%;与原型株G14的核苷酸同源性为82.3%~82.5%,氨基酸同源性为96.6%。系统进化显示,2株CVA14宁夏株与国内其他省份CVA14毒株处于同一分支。结论引起手足口病的病原除了优势病毒株EV71和CVA16外,同时还存在着CVA14等一些较少见、易忽略的肠道病毒共同循环的现象,因此应不断加强HFMD监测,以全面了解HFMD的流行趋势和抗原变异。

Ⅰ型鸭肝炎病毒VP1蛋白优势抗原区的鉴定及抗体检测ELISA方法的建立

为鉴定Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)VP1蛋白优势抗原区及建立DHV-Ⅰ抗体检测ELISA方法,本研究以重组质粒pEasy-VP1为模板,将其分为5段(VP1-a^e)及全长VP1经PCR扩增,并分别克隆于pET-32a(+)进行原核表达。经western blot分析表明,截短表达的蛋白VP1-c(80 aa^150 aa)抗原性良好。将其纯化作为包被抗原建立了DHV-Ⅰ抗体的间接ELISA检测方法。经反应条件优化确定:VP1-c包被浓度为2μg/mL,DHV-Ⅰ抗血清稀释度为1∶20,其临界值为0.208。该方法能够特异性检测DHV抗体,与其他常见的几种鸭病阳性血清无交叉反应;其批内和批间重复性试验变异系数均小于9%。应用建立的ELISA方法对48份鸭血清进行了检测,与中和试验相比较,符合率为86.9%。表明该方法可以初步应用于DHV抗体的检测和血清流行病学调查。

中国脊髓灰质炎Ⅰ型病毒VP1/2A区变异的分子流行病学研究

应用基因测序法对我国12个省24份脊髓灰质炎1型病毒标本散了VP1/2A片段的测序工作,并与疫苗株sabin 1型参考株的序列,我国台湾省和其他国家15株病毒的序列做了比较。由计算机PCGene程序分析处理,构建出两株关系树,初步揭示了我国大陆6个基因型病毒之间,以及它们与台湾省和其他国家病毒之间的分子流行病学关系。

云南省昆明地区2021年柯萨奇病毒A10型VP1区基因特征分析

目的对云南省昆明地区2021年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿粪便样本中提取的柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CVA10)VP1区基因特征进行分析。方法从2021年昆明地区各县市区送检的手足口病患儿粪便标本中直接提取病毒RNA,先用肠道病毒EV U/EV-A71/CVA16三重核酸检测试剂盒和CVA6/CVA10病毒双通道核酸检测试剂盒进行核酸检测,检出的CVA10病毒再用486/488和487/489引物分两段扩增CVA10 VP1区全序并测序,用Sequencher 4.8软件对序列进行拼接和编辑,得到CVA10 VP1区全序列。将测得的序列与文献中的序列进行比对,用Mega 5.2软件构建系统进化树,进行基因特征及分子流行病学分析。结果2021年从852份手足口病患儿粪便标本中共检测到331株肠道病毒(enterovirus,EV),总阳性检出率为38.85%(331/852),其中,23株(6.95%,23/331)为CVA10。VP1区基因分析结果表明,23株CVA10病毒株均为基因型E,是昆明地区特有的基因型,为国内首次报道。CVA10病毒VP1区共有894个碱基,编码298个氨基酸。与原型株Kowalik进行氨基酸变异分析,结果表明,298个氨基酸位点中,昆明株分别有30~32个位点发生变化。结论云南省昆明地区2021年手足口病病原中的CVA10毒株均为基因型E,是中国新发现的基因型,应进一步加强对CVA10的基因检测和分子流行病学分析。

以主要流行EV71 VP1基因高度保守区为靶点的TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

在我国,肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)C4型是引起手足口病的主要流行基因型。为建立EV71C4型TaqMan荧光定量PCR检测方法,在C4型EV71VP1基因的高保守区,设计合成引物和TaqMan探针,将包含此目的区段的基因片段克隆到pcDNA3.1载体中,通过体外转录获得标准品,并以梯度稀释的标准品为模板建立工作曲线,进而在优化反应条件的基础上建立TaqMan荧光实时定量PCR检测方法。实验中,所设计引物、探针的高度保守性保证了C4型EV71的高效扩增。经反应条件优化,引物和探针的最佳工作浓度分别为300 nmol/L和200 nmol/L,在1×10~301×10~3拷贝数检测范围内具有良好的线性关系(R^2=1),灵敏度可达到10~2 copies/μL。通过对该方法进行检验发现,批间和组间重复实验的变异系数均小于0.5%,且该方法对柯萨奇A16(coxsackievirus A16,CA16)柯萨奇B1(coxsackievirus B1,CB1)人轮状病毒(human rotavirus,HRV)单纯疱疹病毒2型(herpes Simplex virus type 2,HSV-2)均无交叉反应,对6份EV71阳性样本检出率为100%。以上数据表明,文中建立的TaqMan荧光定量PCR方法可为我国主要流行C4型EV71感染的快速诊断及疾病监控提供有效途径。

2023年临沂市手足口病流行特征及柯萨奇病毒A10型VP1区基因特征分析

目的了解临沂市手足口病病原情况,并对柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)完整VP1区基因进行基因特征分析。方法对临沂市2023年手足口病例样本进行检测分型及毒株分离,扩增CV-A10分离株VP1区基因并进行测序,将获得的序列与NCBI数据库中的序列进行比对,构建系统进化树,进行基因特征及分子流行病学分析。结果2023年全年共采集手足口病样本861例,核酸检测阳性594例(68.99%),阳性病例中男女比例1.56∶1。5岁以内儿童占81.65%,高发季节为6~8月份(83.84%)。病原体以CV-A6为主(84.51%),其次为CV-A10(9.93%)。13株CV-A10分离株株间VP1区基因序列核苷酸和氨基酸同源性分别为93.29%~100.00%、97.65%~100.00%,与A型原型株AF081300-Kowalik/USA/1950的核苷酸和氨基酸同源性较低(75.95%~76.62%、91.72%~92.41%)。与C2c代表株的氨基酸和核苷酸同源性最高(94.28%~96.76%、98.28%~100.00%),遗传距离最近(0.04~0.06)。氨基酸位点变异分析显示,分离株与原型株AF081300-Kowalik/USA/1950相比存在较多位点变异,与C2c代表株相比仅部分分离株发生I80V、E141K、P147S、T219I、E240K、V261I位点突变。遗传进化树显示分离株均与C2c代表株在同一分支,均属C2c基因型,且分离株进一步分为2个较小分支。结论2023年临沂市手足口病病原以CV-A6为主,其次为CV-A10。CV-A10分离株均为C2c基因型,并可分为2个进化分支,应加强对CV-A10的持续监测和基因特征分析。

新疆和田地区鹅细小病毒感染调查及VP1基因遗传进化分析

为了解新疆和田地区鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)的感染情况及遗传进化特征,试验采集新疆和田地区和田县、于田县、皮山县鹅养殖场的578只死亡雏鹅的内脏(肝脏、脾脏)及肛拭子样本(和田县344只,于田县67只,皮山县167只),采用PCR方法对鹅细小病毒进行检测,并随机选取2份阳性病料样本对鹅细小病毒VP1基因进行PCR扩增、测序、BLAST比对和遗传进化分析。结果表明:共检测出44份鹅细小病毒阳性样品,总阳性率为7.61%(44/578),其中新疆和田地区和田县鹅细小病毒阳性率为12.50%(43/344),于田县鹅细小病毒阳性率为1.49%(1/67),皮山县未检测到鹅细小病毒。随机选取的2株鹅细小病毒(XJHT-1、XJHT-2株)均为经典鹅细小病毒,与鹅细小病毒各参考毒株VP1基因编码氨基酸序列相似性分别为89.5%~95.8%和92.1%~97.3%,与番鸭细小病毒参考毒株VP1基因编码氨基酸序列相似性分别为76.0%~85.4%和78.5%~88.7%。鹅细小病毒XJHT-1、XJHT-2株与鹅细小病毒DY16株(中国江苏)的相似性最高,分别为95.8%和97.3%,遗传距离最近;XJHT-1株与鹅细小病毒GD株(中国广东)和SD-F30株(中国河北)的相似性较低,分别为89.5%和89.6%;XJHT-2株与鹅细小病毒SHM319株(德国)、GD株(中国广东)和SD-30株(中国河北)的相似性较低,分别为92.1%、92.8%和92.8%。说明和田地区部分鹅场存在鹅细小病毒的感染,但阳性率较低,选取的2株毒株与鹅细小病毒DY16株(中国江苏)的氨基酸序列相似性最高,推测可能由鹅细小病毒DY16株进化而来。

一起暴发流行的无菌性脑炎的病原分析

目的对一起暴发流行的无菌性脑炎进行病原分析。方法用荧光PCR法对14份咽拭子标本进行核酸定性检测,细胞培养分离得到病毒后进行微量细胞中和试验,并对病毒VP1区3’段核酸测序以鉴定病毒。结果 14份咽拭子标本中,甲型/乙型流感病毒、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(Cox A16型)均为阴性,其中8份标本肠道病毒通用型为阳性。从该8份标本从中分离到3株疑似肠道病毒,经微量细胞中和试验及病毒VP1区3’段核酸测序鉴定,均为埃可病毒30(ECHO30)型肠道病毒。结论本次暴发的无菌性脑炎由ECHO30型肠道病毒引起。

2021年南京市手足口病流行特征及柯萨奇A组4型VP1区基因特征分析

目的了解南京市手足口病(HFMD)流行特征,分析柯萨奇病毒A组(CVA)4型基因特征。方法收集2021年来自南京市12个区的监测样本,使用实时荧光定量PCR方法检测肠道病毒并分型,对排除CVA6、16、10型和肠道病毒(EV)71型阳性的其他未分型肠道病毒,用反转录·聚合酶链反应(RT-PCR)的方法扩增VP4-VP2区,双向测序确定基因型,最后巢式扩增CVA4型的VP1区,确定其基因亚型。结果2021年南京市手足口病呈季节性流行,不同月份之间的肠道病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=80.06,P<0.05)。易感人群为3~<6岁儿童,该年龄段阳性数占总阳性数的57.05%(178/312)。不同年龄段之间的肠道病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=73.70,P<0.05)。地区分布中,肠道病毒阳性率占前三位的依次是玄武区94.74%(18/19)、浦口区94.00%(47/50)和江北新区83.33%(65/78),不同地区肠道病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=177.42,P<0.05)。550份标本中,荧光定量PCR法检测肠道病毒阳性312份,主要型别为CVA6型,占总阳性数的83.01%(259/312),其次依次为CVA16型(21份)和CVA10型(5份),未分型肠道病毒27份。经VP4-VP2区测序得到CVA4型6份,对其VP1区扩增测序后获得目的片段。结论南京市2021年手足口病主要型别以CVA6型为主,与其他毒株(CVA16型、CVA4型、CVA10型等)共同循环流行;其中CVA4型毒株均属于C2亚型,未发现新的亚型,需持续监测。

山东省潍坊市柯萨奇病毒A6型VP1区基因进化特征分析

目的 探讨2015-2020年山东省潍坊市柯萨奇病毒A6(CV-A6)VP1区核苷酸进化特征,明确潍坊市CV-A6的基本流行状况及VP1区毒力相关的氨基酸位点。方法 收集2015-2020年山东省潍坊市手足口病患者CV-A6核酸阳性标本,进行VP1区全长序列扩增及核苷酸序列测定,根据GenBank中CV-A6原型株及参考序列(含重症、轻症)进行基因分型、选择性压力分析、重症及轻症间氨基酸位点差异对比分析。结果 共获得15条915 bp VP1轻症全长序列,15条序列均位于D3a分支中,且分别与不同地域序列处于不同分支中。与轻症序列相比,重症序列VP1区的5个氨基酸替代位点S5A(χ^(2)=13.37,P=0.001)、A30V(χ^(2)=6.79,P=0.009)、N137S(χ^(2)=5.40,P=0.02)、V242I(χ^(2)=14.41,P=0.000)、A283T(χ^(2)=14.26,P=0.000)差异均有统计学意义(P<0.05)。潍坊市CV-A6 VP1区序列中,有4条序列在两个位点与重症序列突变一致(I174V、A283T)。所有VP1序列只存在负选择压力,Ka/Ks>1,3个碱基A410G、A520G、G724A发生非同义突变,分别位于三个氨基酸替代位点N137S、I174V、V242I的密码子中,突变率与氨基酸替代率一致。结论 2015-2020年山东省潍坊市手足口病CV-A6 VP1区为轻症序列,均位于D3a分支中D3a基因亚型。重症序列中的N137S、I174V、V242I三个氨基酸位点可能与CV-A6致病性相关。

2018—2020年丽江市手足口病持续流行及2020年EV-A71分离株VP1区基因特征分析

目的明确2018—2020年丽江市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的流行情况及2020年EV-A71分离株的基因特征。方法对收集到的2018—2020年丽江市HFMD患者粪便标本进行核酸检测,结果为EV-A71阳性的标本进行病毒分离,扩增其VP1区,获得的序列与参考株构建系统进化树。结果2018—2019年,丽江市HFMD报告病例以≤5岁儿童为主。历年男性病例数均高于女性,但男女性病例阳性检出率差异无统计学意义。构成丽江市HFMD主要病原的是EV-A71、CV-A16和其他EV。其中EV-A71阳性病例2018年1份(0.48%,1/210),2019年未检出,2020年159份(66.53%,159/239)。系统进化分析显示丽江市EV-A71分离株均处于C4a分支,分离株间核苷酸和氨基酸同源性分别是99.44%~100%和99.65%~100%,与攀枝花参考株核苷酸和氨基酸同源性分别是99.10%~100%和98.99%~100%。所有丽江分离株在中国内地EV-A71常见的氨基酸变异位点均发生了S283T和A293S突变,在B细胞抗原中和表位中的氨基酸序列均未发生改变。结论其他EV、CV-A16和EV-A71作为丽江市2018—2020年的HFMD流行的优势病原交替出现。2020年丽江市流行的EV-A71均为C4a亚型,与攀枝花参考株亲缘关系最近,考虑为攀枝花市输入传播。

国内C4基因型EV-A71结构蛋白VP1区第98和145位点分子进化特征的分析

目的 分析国内C4基因型肠道病毒A71型(enterovirus A71,EV-A71)结构蛋白VP1区第98和145位点的分子进化特征。方法 构建国内C4型EV-A71 VP1序列数据库,采用选择压力位点分析、易突变位点熵值分析、氨基酸多样性分析3种方法分析国内C4基因型EV-A71不同进化分支的结构蛋白VP1区第98和145位点分子进化的特征,并结合手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)暴发前后及临床轻重症信息进行分析。结果 国内C4基因型EV-A71流行进化过程,发生了从C4b到C4a-1,再到C4a-2三个进化分支的优势替换,且不同进化分支VP1的选择压力位点不同。VP1区第98和145位点是国内C4型EV-A71进化过程中发生改变的关键氨基酸位点,与病毒毒力和传播特征紧密相关。VP1区第98和145位点氨基酸组合类型主要包括98E145E(EE)占89.24%、98K145E(KE)占6.78%、98E145G(EG)占1.76%、98E145Q(EQ)占1.66%。其中,EE为最常见类型,而KE型与临床重症发生显著相关(P<0.001)。结论 国内EV-A71优势流行毒株仍为C4a-2基因型,结构蛋白VP1区第98和145位点可能是重要的病毒毒力相关位点。

手足口病柯萨奇病毒A10和A6型的分子鉴定及其VP1区3′端序列分析

目的鉴定手足口病患儿咽拭子病原体柯萨奇病毒A10（CVA10）和A6（CVA6）,并对其VP1编码区3′端序列进行分析。方法合成对肠道病毒VP1区3′端序列具有较高特异性的兼并引物040-011,RT-PCR方法测定其VP1区3′端基因序列,通过BLAST程序比对,鉴定病毒的基因型;与GenBank中其他已知病毒基因型序列进行同源性分析,构建遗传进化树。结果 38例非EV71非CVA16引起的手足口病患儿咽拭子,5例检测到CVA10,1例检测到CVA6。在进化关系上CVA10与D基因型最为密切,核苷酸和氨基酸同源性分别为92.7%~94.2%、91.7%~100%;CVA6与2003~2009年报告的部分毒株核苷酸同源性为86.8%~90.2%,其中与2008年台湾EU908148的毒株同源性最高;氨基酸同源性为85.2%~89.0%。结论兼并引物040-011对CVA10和CVA6有良好的基因扩增特异性;引起手足口病的肠道病毒除EV71和CVA16外,CVA10和CVA6也是重要的病原;鉴于2008年芬兰和2009年山东省文登市CVA10引起的手足口病暴发,应加强对手足口病病原的检测和分型,以了解柯萨奇病毒在手足口病中的位置,掌握其遗传进化特征。

引起吉林省2011年手足口病流行的肠道病毒71型VP1区基因的特征

目的分析引起吉林省2011年手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)流行的肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)VP1区基因的特征。方法对2011年分离自吉林省8个市(州)HFMD病例的35株EV71分离株的VP1编码区基因进行RT-PCR扩增及序列测定,应用Bioedit和MEGA 4.0软件对VP1基因进行同源性和基因亲缘关系分析。结果吉林省2011年的35株EV71分离株均属于C4a基因亚型;其VP1区基因的核苷酸序列同源性在95.9%～100%之间,分属于3个进化枝,形成3个传播链,与2008年安徽阜阳株亲缘关系最近,VP1区基因核苷酸序列同源性达97.6%～99.3%,与2007年的北京株和2003年的浙江株亲缘关系相对较远;2011年吉林省各市中,既存在3个EV71传播链共流行的市,同时监测到2个EV71传播链共流行的市,还发现3个只有单一EV71传播链的市,每个传播链均在5个市流行传播。结论 2011年在吉林省内,3个C4a基因亚型EV71的传播链同时循环传播引起HFMD的流行,未发现优势传播链。

北京地区新近报道的人Boca病毒VP1、VP2蛋白编码区基因序列分析

目的了解北京地区新近报道的人Boca病毒(human bocavirus,HBoV)主要结构蛋白编码区基因的特征。方法选择已经过初步研究证明为HBoV NP1基因检测为阳性的2份临床标本BJ3064、BJ3722,应用针对HBoV VP1蛋白编码区基因的PCR引物进行扩增,对所获得的PCR扩增产物直接进行核苷酸序列测定。将所测到的序列与GenBank中的基因序列进行比较分析和种系进化分析。结果从标本BJ3064及BJ3722中扩增得到HBoV VP1蛋白编码区全基因的PCR扩增产物为2016 bp,编码671个氨基酸。VP2蛋白是在不改变开放性读码框架(ORF)的情况下,由VP1蛋白编码区内起始合成,并与VP1终止于同一终止密码子,长度为1629 bp,编码542个氨基酸。与HBoV原型株ST1、ST2株相比较,BJ3064、BJ3722的VP1及VP2蛋白无论是核苷酸水平还是氨基酸水平的同源性均超过98％,但与同属细小病毒的BPV及MVC相应位置的序列相比较,同源性较低,其中核苷酸序列同源性低于60％,而氨基酸序列同源性低于50％。VP1及VP2蛋白的编码区基因进化分析显示, BJ3064、BJ3722与ST2之间进化关系较ST1更密切。在BJ3064、BJ3722的VP1蛋白中,也存在类似于MVC的保守性磷酸酯酶A2特异性位点的活性基序(HDXXY)及Ca2+结合位点。结论已得到HBoV的结构蛋白VP1和VP2的全基因,将为儿科急性呼吸道感染中该病毒的病原作用、地位及其在各年龄组人群中的血清学特征的深入研究打下坚实的基础。