宁夏手足口病患者柯萨奇病毒A14型VP1区序列分析

目的了解宁夏手足口病(HFMD)患者中柯萨奇病毒A14型(CVA14)分离株的基因特征。方法收集2013年实时荧光PCR法检测非EV71和非CVA16肠道病毒核酸阳性标本280份,用RD和Hep-2细胞进行肠道病毒分离培养,分离到的毒株采用RT-PCR法扩增其VP1区基因并进行核苷酸序列测定,测序结果利用BLAST进行型别鉴定。对鉴定为CVA14的毒株进行VP1区基因同源性分析和进化分析。结果从280份标本中共分离到肠道病毒36株,其中有2株鉴定为CVA14。2株CVA14宁夏分离株相互间核苷酸同源性为99.4%,氨基酸同源性为99.3%;与原型株G14的核苷酸同源性为82.3%~82.5%,氨基酸同源性为96.6%。系统进化显示,2株CVA14宁夏株与国内其他省份CVA14毒株处于同一分支。结论引起手足口病的病原除了优势病毒株EV71和CVA16外,同时还存在着CVA14等一些较少见、易忽略的肠道病毒共同循环的现象,因此应不断加强HFMD监测,以全面了解HFMD的流行趋势和抗原变异。

手足口病柯萨奇病毒A10和A6型的分子鉴定及其VP1区3′端序列分析

目的鉴定手足口病患儿咽拭子病原体柯萨奇病毒A10（CVA10）和A6（CVA6）,并对其VP1编码区3′端序列进行分析。方法合成对肠道病毒VP1区3′端序列具有较高特异性的兼并引物040-011,RT-PCR方法测定其VP1区3′端基因序列,通过BLAST程序比对,鉴定病毒的基因型;与GenBank中其他已知病毒基因型序列进行同源性分析,构建遗传进化树。结果 38例非EV71非CVA16引起的手足口病患儿咽拭子,5例检测到CVA10,1例检测到CVA6。在进化关系上CVA10与D基因型最为密切,核苷酸和氨基酸同源性分别为92.7%~94.2%、91.7%~100%;CVA6与2003~2009年报告的部分毒株核苷酸同源性为86.8%~90.2%,其中与2008年台湾EU908148的毒株同源性最高;氨基酸同源性为85.2%~89.0%。结论兼并引物040-011对CVA10和CVA6有良好的基因扩增特异性;引起手足口病的肠道病毒除EV71和CVA16外,CVA10和CVA6也是重要的病原;鉴于2008年芬兰和2009年山东省文登市CVA10引起的手足口病暴发,应加强对手足口病病原的检测和分型,以了解柯萨奇病毒在手足口病中的位置,掌握其遗传进化特征。