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2016-2017年盐城市手足口病CVA9型肠道病毒VP1基因分子进化特征 被引量:8
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作者 许晓庆 陈国清 +2 位作者 王瑶 安然 邵荣标 《江苏预防医学》 CAS 2019年第3期269-271,353,共4页
目的研究2016-2017年盐城市手足口病病原CVA9型肠道病毒VP1基因分子进化特征。方法对2016-2017年盐城市疑似手足口病例标本进行病原体分子分型分析;以RT-PCR法扩增CVA9型肠道病毒VP1基因全长编码区并测序,采用生物信息学软件进行核苷酸... 目的研究2016-2017年盐城市手足口病病原CVA9型肠道病毒VP1基因分子进化特征。方法对2016-2017年盐城市疑似手足口病例标本进行病原体分子分型分析;以RT-PCR法扩增CVA9型肠道病毒VP1基因全长编码区并测序,采用生物信息学软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果2016-2017年盐城市共检测1 002例疑似病例标本,肠道病毒核酸阳性率38.32%,主要型别为EV71型112例(占29.17%),CVA16型94例(占24.48%),其他肠道病毒共178例(占46.35%)。检出2株CVA9型,其核苷酸、氨基酸同源性分别为94.7%、99.3%,与原型株Griggs(D00627)核苷酸、氨基酸同源性分别为80.4%~81.3%、92.7%;与引起其他症状各代表株(包括无症状健康儿童携带者)的核苷酸、氨基酸同源性为81.1%~97.2%、94.0%~99.3%。遗传进化树分析显示2毒株在C4分支中构成2条明显的传播链:CVA9/JS-yancheng/122/2016位于单独的小分支,CVA9/JS-yancheng/419/2016与2016年无症状健康儿童携带者四川株(LC361283)聚集成簇构成另一传播链。共检测31例重症病例,13例肠道病毒通用核酸阳性,阳性率41.93%,其中EV71型11例、CVA型2例。结论2016-2017年盐城市引起手足口病的CVA9病毒属于散在流行,非手足口病流行的主要基因型别,与国内部分省市引起手足口病的毒株共进化共循环,与引起其他症状类型的CVA9毒株存在差异。 展开更多
关键词 手足口病 人类肠道病毒 CVA9 VP1基因 序列分析 分子流行病学
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樱桃谷种鸭鸭1型甲肝病毒的分离鉴定及其VP1基因的序列分析 被引量:2
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作者 陈红梅 陈珍 +5 位作者 程龙飞 傅光华 施少华 万春和 傅秋玲 黄瑜 《福建农业学报》 CAS 2014年第11期1066-1069,共4页
从某樱桃谷种鸭场病死樱桃谷种鸭的肝脏中分离到1株病毒(命名为HeN1403),该病毒能在79h内致死10日龄番鸭胚,对8日龄雏番鸭的致死率为33.3%。应用鸭1型甲肝病毒特异性引物对HeN1403分离株进行RT-PCR检测,可扩增到约200bp的目的条带,并对... 从某樱桃谷种鸭场病死樱桃谷种鸭的肝脏中分离到1株病毒(命名为HeN1403),该病毒能在79h内致死10日龄番鸭胚,对8日龄雏番鸭的致死率为33.3%。应用鸭1型甲肝病毒特异性引物对HeN1403分离株进行RT-PCR检测,可扩增到约200bp的目的条带,并对分离株的VP1基因进行扩增,得到714bp的基因片段。通过软件对分离株VP1基因序列与GenBank上发表的12株不同基因型鸭1型甲肝病毒的VP1基因核苷酸序列的同源性进行比对和遗传进化分析,确定该分离株为鸭1型甲肝病毒。 展开更多
关键词 樱桃谷种鸭 鸭1型甲肝病毒 VP1基因
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鸡传染性法氏囊病病毒地方流行株VP1基因片段的扩增及序列分析 被引量:1
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作者 何秀苗 陈佳 +3 位作者 康斯那 陈盛峰 韦美萍 韦平 《动物医学进展》 北大核心 2015年第4期19-23,共5页
为了解鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)地方流行毒株在基因组B节段关键序列上的分子进化情况,通过反转录PCR(RT-PCR)技术对6个IBDV不同地方分离株的VP1基因中与病毒致病型相关的一个片段(1 518bp^1 997bp,共480bp)进行扩增,并对所获得的VP1 ... 为了解鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)地方流行毒株在基因组B节段关键序列上的分子进化情况,通过反转录PCR(RT-PCR)技术对6个IBDV不同地方分离株的VP1基因中与病毒致病型相关的一个片段(1 518bp^1 997bp,共480bp)进行扩增,并对所获得的VP1 480bp片段进行核苷酸的序列测定,与IBDV参考株和常用疫苗株的相应序列进行比较分析和绘制遗传进化树。结果表明,6个分离株与参考株在VP1RNA聚合酶基序Ⅵ和基序Ⅶ上均保守,在特征性氨基酸位点上,3个广西分离株QX0604、WZ0704和NN0603与参考的vvIBDV相同,而分离株BH111(广西)、JS17(江苏)和HUN0804(湖南)则既具有vvIBDV的位点特征,又具有经典毒株特征,但不同毒株在不同位点上表现不同;在同源性分析上,JS17、BH111、QX0604、WZ0704和NN0603等5个毒株与参考用vvIBDV毒株的同源性较高,在核苷酸和氨基酸水平上分别为92.5%~100.0%和97.5%~100.0%,但与2个常用疫苗株和经典毒株的同源性仅分别为87.9%~90.0%和96.2%~96.9%,分离株HUN0804则与经典毒株和2个疫苗株更接近;在遗传进化树上,JS17和BH111等5个分离株与vvIBDV在一个分支上,亲缘关系更近,而HUN0804则与经典毒株和2个疫苗株在另一个大分支。表明不同分离株在VP1的功能基序上保持保守,但分离株在特征性氨基酸位点上则发生了变化,大多数分离株与常用疫苗株之间的同源性较低,亲缘关系较远。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 VP1基因 反转录PCR 分子特征
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A型口蹄疫病毒VP1基因的克隆及原核表达 被引量:1
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作者 刘明 刘航 柳纪省 《中国农学通报》 CSCD 2012年第14期110-113,共4页
通过利用原核表达系统表达并纯化出A型口蹄疫病毒VP1蛋白。首先从实验室冻存的含A型口蹄疫病毒的细胞中提取FMDV总RNA,通过RT-PCR获得cDNA。并根据FMDV全基因组序列设计了一对针对VP1基因的引物,通过PCR扩增得到目的基因VP1并亚克隆入pM... 通过利用原核表达系统表达并纯化出A型口蹄疫病毒VP1蛋白。首先从实验室冻存的含A型口蹄疫病毒的细胞中提取FMDV总RNA,通过RT-PCR获得cDNA。并根据FMDV全基因组序列设计了一对针对VP1基因的引物,通过PCR扩增得到目的基因VP1并亚克隆入pMD 18-T载体。将鉴定出的阳性质粒和表达载体PET32a用BamHⅠ和HindⅢ双酶切回收后连接获得阳性重组质粒PET32-VP1。用IPTG诱导重组质粒表达目的蛋白VP1并用SDS-PAGE进行检测。表达产物用镍亲和树脂进行了纯化。结果证明:A型口蹄疫病毒VP1蛋白在大肠杆菌中获得了高效表达且表达产物得到了纯化,为实验室进一步的研究提供了重要的材料。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 VP1基因 原核表达
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西安市手足口病肠道病毒71型分离株VP1区基因特征分析 被引量:1
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作者 付建军 王海峰 +3 位作者 马超峰 雷彩虹 黄嘉丽 邓慧玲 《浙江临床医学》 2014年第9期1363-1365,共3页
目的:了解西安市2012年手足口病肠道病毒71型分离株VP1区基因特征,探讨基因型与病情轻重间的关系。方法采集肠道病毒71型(EV71)患者咽拭子或粪便标本,按等概率法随机选择6例普通型和6例重型EV71分离株,用逆转录-聚合酶链反应(RT-... 目的:了解西安市2012年手足口病肠道病毒71型分离株VP1区基因特征,探讨基因型与病情轻重间的关系。方法采集肠道病毒71型(EV71)患者咽拭子或粪便标本,按等概率法随机选择6例普通型和6例重型EV71分离株,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对EV71分离株进行VP1区基因扩增及核酸测序,并将测序结果与EV7各基因型代表株进行同源性和遗传进化分析。结果12株EV71分离株的基因型为C4基因亚型,其与C4亚型代表株VP1区核苷酸和氨基酸同源性最高,分别91.8%~93.0%和98.3%~99.3%,6例普通型和6例重型EV71分离株在VP1基因型区无明显差异,对12株EV71分离株进行遗传进化分析显示,12株流行株与C4亚型代表株聚集于同一个分支。结论西安12株EV71流行株的基因型属于C4亚型,基因型与病情严重程度可能无关。 展开更多
关键词 基因型 肠道病毒71 VP1基因
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盐城市1起病毒性脑炎疫情的肠道病毒Echovirus18VP1基因分子特征
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作者 李春香 陈国清 +3 位作者 王瑶 李峰 徐士林 李长城 《江苏预防医学》 CAS 2021年第1期13-16,共4页
目的对盐城市1起病毒性脑炎聚集性疫情分离的Echovirus18(E-18)型肠道病毒进行VP1基因分子进化特征分析。方法通过实时荧光RT-PCR方法,对2019年盐城市病毒性脑炎聚集性疫情标本进行肠道病毒的检测,对非EV71或CVA16其他肠道病毒进行分子... 目的对盐城市1起病毒性脑炎聚集性疫情分离的Echovirus18(E-18)型肠道病毒进行VP1基因分子进化特征分析。方法通过实时荧光RT-PCR方法,对2019年盐城市病毒性脑炎聚集性疫情标本进行肠道病毒的检测,对非EV71或CVA16其他肠道病毒进行分子分型,采用RT-PCR扩增E-18型肠道病毒VP1基因并测序,采用生物信息软件从核苷酸、氨基酸和分子进化3个层面进行分子特征分析。结果该起病毒性脑炎聚集性疫情是由E-18型肠道病毒感染引起,其6例病例;肛拭子肠道病毒核酸通用阳性4例,阳性率66.67%;均为轻症,全部治愈。4株E-18型肠道病毒株VP1基因片段均未见核苷酸的插入或者缺失,长度均为861bp、编码287个氨基酸,其核苷酸、氨基酸同源性分别为99.9%~100.0%和100.0%;与2019年E-18型手足口病盐城株(151/HFMD/JSYC/2019)VP1基因核苷酸、氨基酸同源性分别为99.5%~99.7%和100.0%;与原型株Metcalf VP1基因核苷酸、氨基酸同源性分别为79.0%~79.1%和93.4%。遗传进化树显示,2019年盐城市4株病毒性脑炎代表株与1株手足口病代表株聚集成簇,构成1个独立进化分支,属于C2基因亚群分支毒株。与原型株Metcalf相比,盐城市4株病毒性脑炎代表株涉及19个氨基酸位点的变异,变异率为6.62%,与1株手足口病代表株在VP1基因B-C loop区域发生了R84N氨基酸位点的变异。结论该起病毒性脑炎聚集疫情由E-18型肠道病毒引起,该病毒属于C2基因亚群优势进化分支,与本地手足口病代表株可能有共同的来源。 展开更多
关键词 病毒性脑炎 Echovirus 18型肠道病毒 基因型 VP1基因 序列分析
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轻或重症手足口病患儿HEV71分离鉴定及其VP1基因型分析 被引量:2
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作者 蒋卓婧 何婷婷 +1 位作者 陈金堃 严杰 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期429-434,共6页
目的从不同病情手足口病(HFMD)患儿中分离鉴定人肠道病毒71型(HEV71)并分析其VP1基因型及药物结合位点突变情况。方法从2014年浙江省绍兴地区轻、重症各4例HFMD患儿标本中分离HEV71并用RT-PCR进行鉴定。采用RT-PCR扩增病毒分离株全... 目的从不同病情手足口病(HFMD)患儿中分离鉴定人肠道病毒71型(HEV71)并分析其VP1基因型及药物结合位点突变情况。方法从2014年浙江省绍兴地区轻、重症各4例HFMD患儿标本中分离HEV71并用RT-PCR进行鉴定。采用RT-PCR扩增病毒分离株全长VP1基因并测序。采用专业生物信息学软件,对HEV71分离株进行VP1基因分型、确定VP1基因中药物结合位点突变情况及构建HEV71分离株系统进化树。结果8例HFMD患儿标本中均分离出HEV71。HEV71分离株与文献报道的VP1-C4a基因亚型的核苷酸和氨基酸序列相似性分别高达97.2%~98.8%和99.3%~99.7%。2例重症患儿HEV71分离株分别在VP1基因序列第179位药物结合位点发生V179L点突变。5株HEV71与安徽和湖南分离株、3株与上海和山东分离株亲缘关系较近。结论本地区不同病情HFMD患儿分离的HEV71均为VP1-C4a基因亚型,重症患儿HEV71分离株VP1基因第179位药物结合位点突变可能与病情严重程度有关。 展开更多
关键词 手足口病 人肠道病毒71型 VP1基因 基因分型 药物结合位点/突变
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Genetic Analysis of the VP1 Region of Human Enterovirus 71 Strains Isolated in Fuyang,China,During 2008 被引量:19
8
作者 Shao-hui MA Jian-sheng LIU Jing-jing WANG Hai-jing SHI Hui-juan YANG Jun-ying CHEN Long-ding LIU Qi-han LI 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2009年第3期162-170,共9页
Enterovirus 71 (EV71) is a common cause of Hand, foot, and mouth disease (HFMD) and may also cause severe neurological diseases, such as encephalitis and poliomyelitis-like paralysis. To examine the genetic divers... Enterovirus 71 (EV71) is a common cause of Hand, foot, and mouth disease (HFMD) and may also cause severe neurological diseases, such as encephalitis and poliomyelitis-like paralysis. To examine the genetic diversity of EV71, we determined and analyzed the complete VP1 sequences (891 nueleotides) from nine EV71 strains isolated in Fuyang, China. We found that nine EV71 strains isolated were over 98% homologous at the nucleotide level and 93%-100% homologous tO members of the C4 subgenogroup. At the amino acid level, these Fuyang strains were 99% -100% homologous to one another, 97%-100% homologous to members of the C4 subgenogroup, and the histidine(H) at amino acid position 22 was conserved among the Fuyang strains. The results indicate that Fuyang isolates belong to genotype C4, and an H at position 22 appears to be a marker for the Fuyang strains. 展开更多
关键词 VP1 gene Genotype C Enterovirus 71(EV71)
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RT-nPCR Assays for Amplification and Sequencing of VP1 Genes in Human Enterovirus A–D from Clinical Specimens 被引量:6
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作者 CHEN Wei WENG Yu Wei +7 位作者 HE Wen Xiang ZHU Ying YU Ting Ting XIE Jian Feng ZHENG Kui Cheng YAN Yan Sheng ZHANG Yong Jun ZHANG Wen Chang 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2020年第11期829-838,共10页
Objective To develop RT-nPCR assays for amplifying partial and complete VP1 genes of human enteroviruses(HEVs)from clinical samples and to contribute to etiological surveillance of HEV-related diseases.Methods A panel... Objective To develop RT-nPCR assays for amplifying partial and complete VP1 genes of human enteroviruses(HEVs)from clinical samples and to contribute to etiological surveillance of HEV-related diseases.Methods A panel of RT-nPCR assays,consisting of published combined primer pairs for VP1 genes of HEV A–C and in-house designed primers for HEV-D,was established in this study.The sensitivity of each RT-nPCR assay was evaluated with serially diluted virus stocks of five serotypes expressed as CCID50 perμL and copies perμL,and the newly established methods were tested in clinical specimens collected in recent years.Results The sensitivity of RT-nPCR assays for amplifying partial VP1 gene of HEVs was 0.1 CCID50 perμL and 10 virus copies perμL,and for the complete VP1 gene was 1 CCID50 perμL and 100 virus copies perμL,using serially-diluted virus stocks of five serotypes.As a proof-of-concept,25 serotypes were identified and complete VP1 sequences of 23 serotypes were obtained by this system among 858 clinical specimens positive for HEVs during the past eight surveillance seasons.Conclusion This RT-nPCR system is capable of amplifying the partial and complete VP1 gene of HEV A–D,providing rapid,sensitive,and reliable options for molecular typing and molecular epidemiology of HEVs in clinical specimens. 展开更多
关键词 Clinical specimens Human enterovirus A–D VP1 gene Polymerase chain reaction
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Comparison of Immune Responses against FMD by a DNA Vaccine Encoding the FMDV/O/IRN/2007 VP1 Gene and the Conventional Inactivated Vaccine in an Animal Model 被引量:2
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作者 Farahnaz Motamedi Sedeh Hoorieh Soleimanjahi +1 位作者 AmirReza Jalilian Homayoon Mahravani 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2012年第5期286-291,共6页
Foot-and-mouth disease virus (FMDV) is highly contagious and responsible for huge outbreaks among cloven hoofed animals. The aim of the present study is to evaluate a plasmid DNA immunization system that expresses t... Foot-and-mouth disease virus (FMDV) is highly contagious and responsible for huge outbreaks among cloven hoofed animals. The aim of the present study is to evaluate a plasmid DNA immunization system that expresses the FMDV/OflRN/2007 VP1 gene and compare it with the conventional inactivated vaccine in an animal model. The VP1 gene was sub-cloned into the unique Kpn I and BamH I cloning sites of the peDNA3.1+ and pEGFP-N1 vectors to construct the VPI gene cassettes. The transfected BHKT7 cells with sub-cloned pEGFP-N1-VP1 vector expressed GFP-VP1 fusion protein and displayed more green fluorescence spots than the transfected BHKT7 cells with pEGFP-N1 vector, which solely expressed the GFP protein. Six mice groups were respectively immunized by the sub-cloned pcDNA3.1+-VP1 gene cassette as the DNA vaccine, DNA vaccine and PCMV-SPORT-GMCSF vector (as molecular adjuvant) together, conventional vaccine, PBS (as negative control), pcDNA3.1+ vector (as control group) and PCMV-SPORT vector that contained the GMCSF gene (as control group). Significant neutralizing antibody responses were induced in the mice which were immunized using plasmid vectors expressing the VP1 and GMCSF genes together, the DNA vaccine alone and the conventional inactivated vaccine (P〈0.05). Co-administration of DNA vaccine and GMCSF gene improved neutralizing antibody response in comparison with administration of the DNA vaccine alone, but this response was the most for the conventional vaccine group. However, induction of humeral immunity response in the conventional vaccine group was more protective than for the DNA vaccine, but T-cell proliferation and IFN-? concentration were the most in DNA vaccine with the GMCSF gene. Therefore the group that was vaccinated by DNA vaccine with the GMCSF gene, showed protective neutralizing antibody response and the most Thl cellular immunity. 展开更多
关键词 DNA vaccine Foot-and-mouth disease virus Immune Response VP 1 gene
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Expression and Immunological Analysis of Capsid Protein Precursor of Swine Vesicular Disease Virus HK/70 被引量:3
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作者 Hong TIAN Jing-yan WU You-jun SHANG Shuang-hui YING Hai-xue ZHENG Xiang-tao LIU 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2010年第3期206-212,共7页
VP1, a capsid protein of swine vesicular disease virus, was cloned from the SVDV HK/70 strain and inserted into retroviral vector pBABE puro, and expressed in PK15 cells by an retroviral expression system. The ability... VP1, a capsid protein of swine vesicular disease virus, was cloned from the SVDV HK/70 strain and inserted into retroviral vector pBABE puro, and expressed in PK15 cells by an retroviral expression system. The ability of the VP1 protein to induce an immune response was then evaluated in guinea pigs. Western blot and ELISA results indicated that the VP1 protein can be recognized by SVDV positive serum, Furthermore, anti-SVDV specific antibodies and lymphocyte proliferation were elicited and increased by VP1 protein after vaccination. These results encourage further work towards the development of a vaccine against SVDV infection. 展开更多
关键词 Swine vesicular disease virus Capsid protein precursor gene (vp1) Gene expression Immunere sponse
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人细小病毒B19VP1基因片段原核表达载体的构建及其表达
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作者 孟炯 赵国强 赵新合 《河南预防医学杂志》 2004年第6期330-332,338,共4页
目的 克隆人细小病毒B19 VP1基因片段,构建其重组克隆载体和表达载体,并诱导表达。方法 利用聚合酶链反应(PCR)和分子克隆技术,将B19病毒VP1基因片段扩增后,构建pGEM-T-easy克隆载体;经PCR筛选后,亚克隆于pGEX-4T-1表达载体中,并转化... 目的 克隆人细小病毒B19 VP1基因片段,构建其重组克隆载体和表达载体,并诱导表达。方法 利用聚合酶链反应(PCR)和分子克隆技术,将B19病毒VP1基因片段扩增后,构建pGEM-T-easy克隆载体;经PCR筛选后,亚克隆于pGEX-4T-1表达载体中,并转化至BL21感受态菌;经诱导剂异丙基硫代-β-D-半乳糖苷 (IPTG)诱导表达,并以免疫印迹法对表达蛋白进行鉴定。结果 扩增出一条约 801bp的基因片段,PCR鉴定结果的与预期结果一致。经IPTG诱导,VP1融合蛋白在大肠杆菌中得到成功表达,PAGE上出现相对分子量约为 54KD的一条新生蛋白带,经蛋白印迹验证为表达蛋白B19VP1。薄层扫描现示,表达产物占菌体总蛋白的 27. 4%。结论 获得人细小病毒B19VP1基因片段的原核表达载体及其产物,对进一步研究其纯化及B19疫苗有重要意义。 展开更多
关键词 人细小病毒B19 VP1基因片段 克隆 表达
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微滴式数字PCR定量检测禽脑脊髓炎病毒方法的建立 被引量:1
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作者 谢志勤 谢芝勋 +14 位作者 张艳芳 范晴 谢丽基 万丽军 罗思思 李孟 张民秀 曾婷婷 黄娇玲 王盛 李丹 韦悠 李小凤 任红玉 阮志华 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期668-673,719,共7页
旨在建立微滴式数字PCR(ddPCR)检测禽脑脊髓炎病毒(avian encephalomyelitis virus,AEV)的方法,并实现对AEV绝对定量检测。根据已发表的AEV的VP1基因为靶序列,在其保守区域内设计了特异性扩增的引物和探针序列,应用合成的引物和探针建立... 旨在建立微滴式数字PCR(ddPCR)检测禽脑脊髓炎病毒(avian encephalomyelitis virus,AEV)的方法,并实现对AEV绝对定量检测。根据已发表的AEV的VP1基因为靶序列,在其保守区域内设计了特异性扩增的引物和探针序列,应用合成的引物和探针建立ddPCR检测AEV方法,并测定其特异性、灵敏性和重复性。结果显示,建立方法的最佳引物终浓度为1.0μmol/L,探针终浓度为0.5μmol/L,退火温度为58℃。特异性测试结果,本方法只检出AEV,没有检出禽流感病毒、鸡新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒、禽呼肠孤病毒、禽偏肺炎病毒和鸡传染性喉气管炎病毒,且无交叉反应。灵敏性结果显示,本方法对pMD18-AEV重组质粒DNA最低检测限为5.9拷贝/μL,敏感性高。用4个连续稀释的pMD18-AEV重组质粒DNA的拷贝数的对数值与ddPCR检测的拷贝数的对数值绘制绝对定量曲线,其曲线呈良好的线性关系(R2=0.9994),结果稳定。3次重复检测结果的变异系数均小于5%,重复性好。对采集的病鸡临床样品65份进行ddPCR和荧光定量PCR检测,结果显示2种方法AEV阳性检出率均为4.62%(3/65)。结果表明,本研究建立的ddPCR方法检测AEV特异性高、灵敏好和稳定可靠,为绝对定量检测AEV提供了技术手段,对有效防控AEV有重要意义。 展开更多
关键词 微滴式数字PCR 禽脑脊髓炎病毒 VP1基因
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2014年安徽省柯萨奇病毒A组16型分离株VP1基因特征研究 被引量:10
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作者 史永林 王贤 +2 位作者 陈国平 张进 胡万富 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期660-664,共5页
研究2014年安徽省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿中分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsachivirus A 16,CVA16)毒株VP1区基因特征。收集安徽省2014年1月至11月期间413份HFMD患儿咽拭子标本接种敏感细胞分离肠道病毒,用... 研究2014年安徽省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿中分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsachivirus A 16,CVA16)毒株VP1区基因特征。收集安徽省2014年1月至11月期间413份HFMD患儿咽拭子标本接种敏感细胞分离肠道病毒,用荧光定量RT-PCR鉴定细胞培养物,对CVA16阳性培养物进行毒株VP1区RT-PCR扩增及核苷酸序列测定和基因特征分析,并与国内外参考序列构建基因亲缘性关系树。共分离鉴定出肠道病毒阳性培养物97份,其中CVA16病毒分离株17株,人肠道病毒71型(Human enterovirus 71,HEV71)分离株76株,其它肠道病毒分离株4株,总体病毒分离率为23.49%(97/413)。CVA16基因亲缘性关系分析显示:安徽省2014分离的17株CVA16毒株都属于B1基因型B1b一个分支,它们之间在核苷酸和氨基酸水平上的同源性分布为分别为95.30%~100%和98.70%~100%,但在B1b分支内形成几个传播链。17株CVA16毒株VP1区核苷酸序列与国内云南、湖南、广东、西藏和江苏地区病毒分离株同源性较高,亲缘性关系近,其中与湖南2013年和广东深圳2014年CVA16病毒分离株同源性最高,为96.40%~99.70%。2014年安徽省分离的CVA16病毒分离株属于B1基因型B1b亚型,为优势流行株;在B1b分支内形成多个小的病毒传播链共同流行。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组16型 手足口病 VP1基因 B1基因型
原文传递
三门峡市手足口病病原分离检测及肠道病毒71型VP1基因分析 被引量:4
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作者 武恕星 武景福 +3 位作者 杨洁 卫海燕 许玉玲 黄学勇 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期630-635,共6页
了解三门峡市2011年手足口病例及健康儿童肠道病毒型别及生物学特征。本研究采集55份手足口病临床病例及60份健康儿童粪便接种敏感细胞进行肠道病毒分离,提取RNA,用荧光RT-PCR检测肠道病毒通用型(Pan-enterovirus,PE)、肠道病毒71型(Hum... 了解三门峡市2011年手足口病例及健康儿童肠道病毒型别及生物学特征。本研究采集55份手足口病临床病例及60份健康儿童粪便接种敏感细胞进行肠道病毒分离,提取RNA,用荧光RT-PCR检测肠道病毒通用型(Pan-enterovirus,PE)、肠道病毒71型(Human enterovirus 71,EV71)、柯萨奇病毒A16型(Coxsackie virus A16,CA16)。EV71、CA16分别用各自的VP1引物全序测定鉴定,对其它肠道病毒使用引物对012/011、008/013进行扩增测序,并与已知序列对比分型鉴定,并且对EV71病毒VP1基因特征进行了分析。临床病例肠道病毒检出率为52.73%(29/55)、健康儿童肠道病毒检出率为18.33%(11/60);临床病例检出22株EV71、4株CA16和3株其它肠道病毒,健康儿童检出肠道病毒11株,其中柯萨奇B组病毒占81.82%(9/11)。对19株EV71病毒VP1基因分析证实,三门峡市2011年流行株为C4a亚群,其进化聚类以灵宝市、卢氏县聚类最为明显。引起手足口病主要为EV71和CA16,健康儿童中存在大量的柯萨奇B组病毒,隐性感染广泛存在,2011年本地EV71病毒流行株为C4a亚群,有明显地域聚集特点。 展开更多
关键词 肠道病毒 手足口病 VP1基因 同源性分析
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基于定型肠道病毒VP1基因的不同巢式或半巢式PCR评价 被引量:4
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作者 朱艳菊 潘玥 +2 位作者 陈俊英 刘建生 马绍辉 《中国病毒病杂志》 CAS 2014年第4期267-271,共5页
目的评价三组基于肠道病毒定型的VP1基因的不同巢式或半巢式PCR方法,建立一种快速、灵敏的分子检测方法用于直接检测临床样品。方法从文献中选出目前常用三组引物,外加一对针对B群肠道病毒改良引物。对代表A群肠道病毒的CVA16毒株和代表... 目的评价三组基于肠道病毒定型的VP1基因的不同巢式或半巢式PCR方法,建立一种快速、灵敏的分子检测方法用于直接检测临床样品。方法从文献中选出目前常用三组引物,外加一对针对B群肠道病毒改良引物。对代表A群肠道病毒的CVA16毒株和代表B群肠道病毒的CVB5和ECHO20三个毒株分别进行连续10倍稀释至10^-7,对稀释度为10^-3~10^-7的病毒株进行巢式或半巢式PCR。对20份手足口病(HFMD)患儿的粪便样品和16份病毒性脑炎的脑脊液样品进行巢式或半巢式PCR。结果所选三组引物均能检测2.50CCID50/ml CA16病毒;在CVB5和ECHO20检测中,Leitch等设计的引物灵敏度最高,即能够检测含1.12CCID50/ml和1.00CCID50/ml的病毒。在粪便临床样品检测中,Iturriza-Gómara等设计的引物阳性率最高,其中A群肠道病毒检测率为55.0%(11/20),B群为10.0%(2/20);而Leitch等设计的引物检测率则为A群为15.0%(3/20),B群为45.0%(9/20),其次为Nix等设计的引物检测率为45.0%(其中A群为30.0%,B群为15.0%),改良的引物为20.0%(4/20)。但脑脊液样品仅有Leitch等设计引物检出,而检出率仅为6.25%(1/16)。结论 Iturriza-Gómara等设计的A群肠道病毒的引物和Leitch等设计的B群的引物组合检测临床样品最佳。 展开更多
关键词 肠道病毒 引物 PCR VP1基因
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云南省人类埃可病毒25型的基因特征分析 被引量:2
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作者 罗春蕊 徐敏 +4 位作者 伏晓庆 周晓芳 寸建萍 向以斌 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2020年第5期346-349,共4页
目的对云南省2006-2014年从急性弛缓型麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)、手足口病(hand,foot and mouth disease)、病毒性脑炎(viral meningitis,VM)病例和健康儿童中分离到的15株人类埃可病毒25型(echovirus 25,E25)VP1区的基因特... 目的对云南省2006-2014年从急性弛缓型麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)、手足口病(hand,foot and mouth disease)、病毒性脑炎(viral meningitis,VM)病例和健康儿童中分离到的15株人类埃可病毒25型(echovirus 25,E25)VP1区的基因特征进行分析。方法对云南省分离到的15株E25毒株进行血清中和试验和基因测序鉴定并对其完整VP1区基因进行逆转录聚合酶链反应及定型,构建其亲缘性进化树揭示其基因特征。结果2006-2014年云南15株E25毒株的基因进化分析表明,14株分布在基因型B分支2(lineage 2)的簇1(cluster 1),1株分布在簇2(cluster 2)。云南株与原型株JV-4株的核苷酸差异率为19.91%,氨基酸差异率为5.56%。结论基因进化分析结果表明15株云南E25病毒株为基因型B,其中14株为分支2的簇1,只有1株为簇2,簇1毒株是云南省主要流行株。 展开更多
关键词 埃可病毒25型 VP1基因 分子流行病学 基因型
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柯萨奇B5型病毒安徽分离株的鉴定及VP1区基因特征分析 被引量:2
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作者 史永林 张永根 胡万富 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2014年第11期979-981,1028,共4页
目的了解手足口病相关病原CVB5病毒安徽分离株VP1基因遗传进化特征。方法用RD和Hep-2两种细胞对采集的手足口病临床病例咽拭子标本进行病毒分离,出现CPE后培养物上清,采用微量中和试验鉴定毒株血清型;抽提病毒RNA,用RT-PCR扩增VP1基因,... 目的了解手足口病相关病原CVB5病毒安徽分离株VP1基因遗传进化特征。方法用RD和Hep-2两种细胞对采集的手足口病临床病例咽拭子标本进行病毒分离,出现CPE后培养物上清,采用微量中和试验鉴定毒株血清型;抽提病毒RNA,用RT-PCR扩增VP1基因,对扩增产物进行基因序列测定,采用ClustalX2.0和Mega5.0生物软件对测序结果与国内外参考毒株进行基因亲缘性进化分析。结果 2株毒株微量中和试验鉴定为CVB5,基因测序显示VP1区核苷酸长度均为891bp,其核苷酸和氨基酸序列同源性均为100%;基因进化分析显示,安徽分离株与山东、河南和浙江分离毒株亲缘性较近,处于同一进化分支CladeⅠ,核苷酸同源性为92.56%-98.94%,氨基酸同源性为92.93%-100%;与国外参考株及CVB5的原型株(Faulkner/)比对,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.89%-83.84%和96.81%-98.59%。结论分离到的2株病毒均为肠道病毒CVB5,其VP1区基因和氨基酸序列变异较小,与国内流行参考株同源性高。 展开更多
关键词 手足口病 CVB5 VP1基因 遗传分析
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四川省德阳市柯萨奇病毒A组4型基因特征分析
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作者 何杨 吴晓宇 +2 位作者 代泽伟 吉华贵 高燕 《预防医学情报杂志》 CAS 2017年第11期1164-1166,共3页
目的分析四川省德阳市柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)的基因特征。方法对2014-2015年德阳市手足口病咽拭子标本进行病毒分离和核苷酸测序,VP1区序列与世界各地的CV-A4参考株序列构建进化树并分析基因特征。结果德阳市5株CV... 目的分析四川省德阳市柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)的基因特征。方法对2014-2015年德阳市手足口病咽拭子标本进行病毒分离和核苷酸测序,VP1区序列与世界各地的CV-A4参考株序列构建进化树并分析基因特征。结果德阳市5株CV-A4分离株之间,VP1区核苷酸序列一致性91.5%~96.8%(推导氨基酸序列一致性97.7%~99.3%);同CV-A4原型株(High Point)比较,核苷酸序列一致性≥84.0%(推导氨基酸序列一致性≥97.0%);进化树分析显示,德阳市CV-A4分离株均为G1B基因亚型,分别与云南、上海和浙江分离株有较近的亲缘关系。G1B基因亚型内的平均核苷酸遗传距离为10.4%。结论德阳市CV-A4为G1B基因亚型,为中国大陆的优势基因亚型;VP1区核苷酸变异较大,形成不同的进化分支并在德阳市循环传播。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒A4型 VP1基因 基因特征
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2014-2018年云南省文山州柯萨奇病毒A10型VP1区基因特征分析 被引量:4
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作者 周雪花 伏晓庆 +4 位作者 李楠 周晓芳 寸建萍 赵晓南 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2020年第2期109-113,共5页
目的对2014-2018年云南省文山州从手足口病病例中分离的柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CV-A10)完整VP1区基因(894bp)进行基因特征分析。方法用486/488和487/489引物扩增CV-A10VP1区5′端和3′端基因,用Sequencher 4.0软件对序列... 目的对2014-2018年云南省文山州从手足口病病例中分离的柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CV-A10)完整VP1区基因(894bp)进行基因特征分析。方法用486/488和487/489引物扩增CV-A10VP1区5′端和3′端基因,用Sequencher 4.0软件对序列进行拼接和编辑,得到CV-A10VP1区全序,并将测得的序列与NCBI数据库中的序列进行比对,构建系统进化树,进行基因特征及分子流行病学分析。结果2014-2018年云南省文山州手足口病实验室监测系统从2774份标本中分离到197株肠道病毒阳性标本,病毒分离率为7.10%(197/2774),其中检出8株CV-A10。基于VP1分型,8株毒株序列均为基因型C,其中4株为分支1;2株为分支2;2株为分支3。8株毒株VP1序列的核苷酸一致性为93.07%~94.10%,氨基酸一致性为97.74%~98.41%,与原型株Kowalik(基因库编号:AF081300)的核苷酸一致性为76.01%~76.65%,氨基酸一致性为91.78%~92.26%。结论2014-2018年云南省文山州分离的CV-A10毒株均为基因型C,并可分为3个进化分支,应加强对CV-A10的持续监测和基因特征分析。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A10型 VP1基因 基因特征分析
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